省部共建地方高校政策在经历了初创期、成长期后，随着高等教育发展的新常态进入到了一个重大调整期。共建协议签署密度大、节奏快、效率高，政策边界拓展，共建主体多样，形式各异。从政策目标来看，从面向区域提升至有效服务国家教育战略；从政策内涵来看，弱化了层次类型划分，强化了工作机制属性；从政策形式来看，从单一走向多元，派生出多种合作方式；从政策受惠区域来看，从中西部拓展至东部，共建高校类型多样。在新的发展阶段，这项备受社会瞩目的政策举措也受到很多非议，其中既有时代变化发展带来的认识层面的问题，也有体制机制和政策本身的问题。一是政策导向发生重大转移，政策概念不清晰引发不同利益群体出现较大的认知差异；二是政策制定流程不够规范，政策运行缺少规范化、制度化的保障机制；三是政策实施缺少有效解读，相关利益群体对政策内涵理解产生重大分歧；四是政策效果与政策预期有较大差距，政策利益主体范围不断扩大导致有限政策资源进一步稀释。针对这些问题，建议从5方面着手改革和完善：一是坚持在深化高等教育综合改革整体框架下不断开拓创新，让省部共建地方高校政策保持活力；二是从“扶需、扶特”向“扶强”转变，不断强化合作平台和工作机制属性；三是建立健全规章制度和长效发展机制；四是要突出省部共建高校有特色、高水平、区域示范性的特征；五是以协同创新为总揽抓手，不断提升共建高校服务区域经济社会发展的能力。
