简介：摘要目的对淮南市发生的一起宋内志贺菌暴发疫情进行病原学溯源分析，并对菌株毒力基因和耐药谱进行检测。方法采集2020年8月淮南市一起感染性腹泻暴发疫情相关水样、粪便，进行多重病原体核酸检测和分离培养，对分离的宋内志贺菌进行毒力基因PCR检测、微量肉汤法药敏检测、脉冲场电泳和全基因组测序溯源分析。结果56份黏稀样粪便分离出38株宋内志贺菌（阳性率67.86%），血清型均为宋内志贺菌Ⅰ相；3份末梢水和井水革兰阴性菌（GN）增菌液荧光PCR检测志贺菌阳性；菌株毒力基因携带情况为侵袭性质粒抗原H（ipaH）阳性（38份），侵袭性质粒抗原H（ipaH）/侵袭相关基因（ial）阳性（31份），侵袭性质粒抗原H（ipaH）/侵袭相关基因（ial）/肠毒素2基因（sen）阳性（1份）；耐药谱显示14种抗生素中9种100.00%耐药，仅亚胺培南、氯霉素、头孢他啶、环丙沙星为有效药物；36株菌XbaⅠ限制性酶切图谱带型完全一致，其中3株菌株基因组ST型分析均为ST152型；全基因组测序和分析验证了此次暴发由单一克隆群菌株引起，且揭示此次暴发分离株与数据库中3株中国菌株、1株韩国菌株聚集成一个大簇，而与其他国家的菌株距离较远。结论本起由水源污染单一宋内志贺菌克隆引起，分离株为低毒力株，呈多重耐药表型。

简介：摘要目的分析淮南市2016年度外环境标本中H7N9禽流感病毒基因组特征。方法采集活禽市场禽类粪便、笼具、台面或砧板、脱毛机、禽类饮水、污水等标本，选取H7N9、H9亚型PCR检测阳性标本(Ct值≤30)，鸡胚分离培养后提取RNA，扩增8个基因节段进行基因序列测定、分子特征与进化分析。结果2016年150份淮南市外环境标本检出H7N9亚型46份、H9亚型71份、H5亚型38份；2份H7N9亚型分离成功。基因进化分析显示，淮南市2株H7N9禽流感毒株血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因均处于长三角分支内，其余6个内部基因无明显地域分布聚类；HA氨基酸受体位点出现G186V、Q226L位点变异，NA茎区缺失了"QISNT"序列，R294K、E119V耐药位点没有发生突变；聚合酶发生PA基因I550L，PB1基因I368V，PB2基因I504V突变；NS1基因出现增强致病力的位点N205S、P42S改变；耐药相关位点出现M1基因N30D、T215A，M2基因S31N突变。结论2016年淮南市活禽市场禽流感病毒高度流行，H7N9亚型感染人类的能力有所增强，M2离子通道抑制剂耐药，NA抑制剂仍为敏感有效药物。

简介：摘要目的分析淮南市2016年2—4月外环境标本中H9N2亚型禽流感病毒基因组特征。方法选取H9N2亚型荧光PCR检测核酸阳性标本(Ct值≤30)，经鸡胚分离培养提取RNA，扩增8个基因节段进行全基因序列测定，分析淮南株各基因节段分子特征，构建进化树进化分析。结果淮南市外环境2株H9N2禽流感毒株血凝素(hemagglutinin, HA)基因和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因与A/Anhui-Lujiang/39/2018/H9N2人源株核苷酸同源性分别为98.2%～98.3%/97.2%～94.9%，氨基酸序列同源性为98.9%～98.8%/99.2%～98.6%，其余6个内源基因与A/Anhui/1/2013/H7N9、A/Anhui/33163/2016/H5N6高度同源；基因进化分析显示，2016年淮南市2株H9N2亚型禽流感毒株为G57基因型，淮南市2株H7N9分离株、安徽人感染A/Anhui/1/2013/H7N9和A/Anhui/33163/2016/H5N6内源基因均为G57-like基因型；HA蛋白受体结合域氨基酸S132D、K138T、T189D、V/A190T、Q226L变异，NA茎区缺失了"TEI"序列，H274Y、R292K、N294S耐药位点未发生变异，PA基因I550L，PB1基因I368V，PB2基因I504V，NS1基因P42S，M1基因N30D、T215A，M2基因耐药S31N位点均发生突变。结论淮南市活禽市场H9N2病毒与人感染H9N2安徽株A/Anhui-Lujiang/39/2018/H9N2高度同源，处于同一进化分支，均为G57基因型，可提供内源基因与人感染H7N9、H5N6亚型禽流感病毒重组；HA受体结合域氨基酸位点、NA茎区缺失序列、聚合酶活性增加，均加强病毒感染人类的能力，M2离子通道抑制剂(金刚烷烃类)耐药，NA抑制剂(磷酸奥司他韦)仍为敏感药物。