简介：摘要目的了解浙西南山区(丽水市)人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus，HIV)感染者和艾滋病(acquired immunodeficiency syndrome，AIDS)患者的分子传播网络特征。方法收集丽水市2020年新确证且未经抗病毒治疗HIV/AIDS感染病例血样共147例，扩增HIV-1 pol区基因并测序。使用MEGA6.0软件构建系统进化树判断亚型，HIVDB在线分析治疗前耐药突变及耐药水平；计算两两序列间基因距离(genetic distance，GD)，确定最佳GD阈值，通过Cytoscape3.7.0软件绘制分子传播网络图。统计学方法采用χ2或Fisher精确概率法。结果成功得到134条pol基因序列，共发现9种亚型，以CRF08_BC (34.33%，46/134)，CRF01_AE (29.85%，40/134)和CRF07_BC (23.88%，32/134)为主，年龄、户籍地、教育程度和传播途径对亚型分布的差异均有统计学意义(P<0.05)。发现19个样本存在耐药，治疗前人群耐药率为14.18%(19/134)。以GD阈值为1.2%绘制HIV-1分子传播网络图，形成15个分子簇(簇内患者数2~29例)，入网率49.25%(66/134)，入网病例以男性(75.76%，50/66)、异性性传播(81.82%，54/66)和感染CRF08_BC(50.00%，33/66)为主。发现一个包含29个病例(其中2例暗娼)的CRF08_BC较大分子簇(平均度值22.7)，簇内病例集中在S县，平均年龄57.21岁，异性性传播为主(96.55%, 28/29)，包括7例耐药病例，簇内序列的同源性分析显示与云南流行株的关联性最高。结论浙西南山区(丽水市)HIV-1亚型多元，治疗前耐药达到较高水平，发现特定区域存在以老年嫖客为聚集特征的分子传播簇，急需制定和实施精准干预策略，遏制HIV的传播。

简介：摘要目的了解浙江省丽水市一例输入新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染核酸复阳病例的基因组序列特征及变异情况。方法采集该患者的咽拭子和深咳痰液样本，对样本进行病毒核酸提取和实时荧光定量PCR检测，采用高通量测序法对病毒基因组开展测序，对序列进行比对和分析，构建系统进化树，鉴定特异性突变位点。结果获得长度为29 815 bp的SARS-CoV-2基因组序列，覆盖病毒编码区全长。同武汉参考株(MN908947)序列相比，存在13个核苷酸突变及一段19 bp长度的缺失，13个核苷酸变异位点没有聚集性。该序列包含了D614G突变，与我国国内本土病例相关性较远，特征符合L基因型欧洲进化分支B.1.1特点，不含有最近南非和英国报道的新型变异毒株的氨基酸关键性突变位点。结论该例SARS-CoV-2感染核酸复阳病例为西班牙输入病例，病毒基因组序列属于L基因型欧洲进化分支B.1.1。

简介：摘要目的了解1株人流感H3N2毒株的全基因组序列特征、遗传进化及生物学特性。方法对浙江省丽水市分离的1株H3N2流感毒株进行全基因组测序，从美国国立生物信息中心(NCBI)和全球倡议分享流感数据库(GISAD)获取其他流感毒株基因组全序列，通过BioEdit7.0.9将该毒株8节段基因与其他序列比对，MEGA7.0软件邻接法构建进化树，并全面分析该毒株的进化、致病力和抗原性等特征。结果测序得到该毒株为人流感分离株A/Homo sapien/China/LS340/2019（H3N2）株（LS340），LS340为典型的季节性人流感病毒，血凝素基因属于3C.2a1进化分支，具备人际传播能力，部分位点呈现高传播性和高致病性特征，对金刚烷胺耐药。与当季推荐疫苗株相比，抗原区出现涉及A、B两个表位3个位点突变。结论LS340未出现重组、缺失等较大变异，但与当季推荐疫苗株相比已经发生抗原漂变，应及时更新疫苗，同时加强此类病毒变异监测，防止流感大流行发生。