简介:摘要目的了解2020年文山州手足口病患儿病原学特征并对柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CVA6)和CVA16 VP1区基因特征进行分析。方法直接从2020年云南省手足口病实验室监测系统收集的文山州手足口病患儿粪便标本中提取病毒核酸,先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒(enterovirus, EV)VP4/VP2结合区基因并进行测序,确定病毒型别,再用各型病毒的相关引物扩增VP1区全序并测序,进行基因特征分析。按参考文献下载基因库中CVA6和CVA16 VP1区参考序列,用MEGA5.2软件构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果共从317份标本中检测到32株EV,1株星状病毒MLB1型(astrovirus MLB1)。病毒总体检出率为10.41%(33/317),EV检出率为10.09%(32/317),其中肠道病毒A组(enterovirus species A, EVA)31株,占EV阳性数的96.88%(31/32),EVB组病毒1株,占3.12%(1/32),未检测到EVC和EVD组病毒。EV中,检出率最高的病毒是CVA6,占62.50%(20/32),其次是CVA16(18.75%,6/32)、CVA4(9.37%,3/32)、CVA10(3.12%,1/32),未检测到EVA71病毒。基因进化分析表明20株CVA6为D3a亚型,并可分为3个进化分支。6株CVA16为B1a亚型,是中国一直流行的基因型,文山州6株B1a亚型可分为两个进化分支。结论2020年云南省文山州手足口病的病原检测率为10.41%,EV中CVA6是主要的流行毒株,其次是CVA16。基于VP1区基因特征分析表明,2020年文山州手足口病的主要病原是CVA6 D3a亚型,其次是CVA16 B1a亚型,未检测到EVA71。
简介:摘要目的对2014—2018年云南省文山州手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病例进行病原分析,并对其中分离的柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6, CV-A6)进行分子流行病学分析。方法用RD细胞和Hep-2细胞从HFMD病例粪便标本中分离病毒,提取病毒RNA,先用MD91/OL68-1引物对病毒VP4/VP2结合区基因进行RT-PCR和测序,确定病毒型别,再用各型病毒的相关引物扩增肠道病毒(enterovirus,EV)VP1区全序并测序;按参考文献下载基因库中CV-A6病毒完整VP1区基因参考序列,用MEGA5.2软件构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果5年间共从2 848份标本中分离到581株EV,病毒分离率为20.40%(581/2 848)。581株病毒中CV-A6 74份,占阳性总数的12.74%(74/581),CV-A16 124份,占21.34%(124/581),EV-A71 374份,占64.37%(374/581)。其他病毒9份,占1.55%(9/581)。用MEGA5.2软件对74株CV-A6病毒的VP1基因完整序列(915 bp)作基因进化树,排除序列完全一样的序列后共对22株具有代表性的CV-A6病毒和52株参考株序列共74株病毒作基因进化分析,文山州所有22株均为D3a亚型,其中21株为分支1(cluster 1), 1株为分支2(cluster 2)。结论2014—2018年云南省文山州HFMD流行以EV-A71(占64.37%)、CV-A16(占21.34%)和CV-A6(占12.74%)为主。基因特征分析表明,跟往年全国的情况一样,云南省文山州2014—2018年流行的CV-A6为D3a基因亚型,其中进化分支1(cluster 1)是主要的流行分支。