简介：摘要目的分析2017—2021年福建省外环境禽流感病毒流行特点，为禽流感防控、预测工作提供参考。方法在福建省6地市监测点的4类禽类相关不同场所进行6类不同类型标本的采样，采用荧光定量PCR法对环境标本进行A型、H5、H7和H9亚型核酸检测，并采用流行病学方法对检测结果进行分析。结果2017—2021年共采集6个监测点标本4 214份，其中A型禽流感病毒阳性率为41.53%(1 750份)，H5、H7和H9亚型阳性率分别为2.33%(98份)、1.16%(49份)和23.16%(976份)，H5+H7亚型阳性率为0.05%(2份)，H5+H9亚型阳性率为1.83%(77份)，H7+H9亚型阳性率为0.83%(35份)，H5+H7+H9亚型阳性率为0.09%(4份)，A型阳性未分型的阳性率为12.08%(509份)。不同检测场所和不同类型标本A型阳性率的差异具有统计学意义(χ2＝517.57, P<0.001; χ2＝51.58, P<0.001)：城乡活禽市场的禽流感病毒阳性率最高(49.72%)；不同类型标本中笼具表面擦拭标本(48.09%)、清洗禽类的污水(47.34%)和宰杀或摆放禽肉案板表面(45.66%)的阳性率较高。不同地区监测点的A型阳性率差异具有统计学意义(χ2＝458.34, P<0.001)：A型阳性率最高和最低的地市分别是三明市(56.00%)和漳州市(3.34%)。在时间分布方面，冬春季(11月至次年2月)和夏季(6~8月)的阳性率较高。结论福建省禽流感病毒总体阳性率较高，以H9亚型为主，应重点加强冬春季和夏季禽流感病毒的监测，加强对城乡活禽市场的监管力度。

简介：摘要目的追溯新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)病例的感染来源及病毒传播路径，证实经长途货车司机跨省远距离传播COVID-19事件。方法采用全基因组靶向扩增结合二代测序技术，对2022年3月福建省泉州市本土疫情暴发期间漳州市报告的5例货车司机COVID-19病例鼻咽拭子标本进行新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)全基因组测序，应用在线分析平台判定病毒型别及突变位点，利用进化分析软件构建系统发育树，结合流行病学调查数据，综合分析病例的感染来源及传播路径。结果成功从5例病例中获得2019-nCoV全基因组序列，序列长度为29 770~29 839 bp，基因组平均覆盖度为99.53%；病毒分型结果显示5株病毒均为Omicron变异株，但分属3种BA.2亚分支；序列分析结果显示3例病毒与2022年3月福建省泉州市本土疫情流行的两种进化分支病毒高度相似，另2例病毒则与该起疫情流行的病毒存在差异较大(核苷酸突变位点差异7~14个、氨基酸突变位点差异5~7个)；进化分析结果表明3例病毒与福建省泉州市本土疫情病毒高度同源，2例病毒因亲缘关系较远可排除其与泉州市疫情关联；结合病例的个案调查资料，可以推断至少有2例长途货车司机病例系福建省外感染后返回的散发病例。结论2019-nCoV全基因组序列分析提示5例COVID-19货车司机病例至少存在3个感染来源，并推测部分病例系省外感染并跨省长距离传播。

简介：摘要目的从福建省2016年输入性黄热病病例标本中分离黄热病毒(YFV)并分析其生物学特征。方法将16份黄热病毒核酸阳性血清、尿液、唾液样品分别接种C6/36细胞，YFV实时荧光RT-PCR法鉴定检测培养物中特异性病毒核酸，通过高通量测序获得病毒全基因序列并绘制系统进化树。结果从1例患者发病后3天的血清样品分离到一株病毒，通过YFV实时荧光RT-PCR鉴定为YFV病毒；BLAST分析显示该毒株全基因序列与2016年我国首例输入性黄热病病例中分离得到的毒株CNYF01R/2016(KX268355)序列完全一致；系统进化树显示该毒株与1971年安哥拉流行株Angola71分属同一进化树分支，与疫苗株17D vaccine strain(X03700)存在明显的差异，表明本研究分离到的YFV毒株是属于安哥拉型YFV野毒株。结论福建省成功从2016年输入性黄热病病例样品分离到一株安哥拉型YFV毒株。

简介：摘要目的应用高通量测序和生物信息学分析技术，从一起经货轮输入的新冠肺炎(COVID-19)聚集性病例标本中直接测定新型冠状病毒(2019 novel coronavirus，2019-nCoV)全基因组序列，并从全基因组水平分析2019-nCoV的基因组变异特征，追溯病毒的潜在来源。方法采用2019-nCoV全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术，对来源于同一艘货轮的8例COVID-19确诊病例咽拭子标本进行病毒全基因组测序。应用在线分析平台，判断病毒型别，分析病毒突变位点。利用进化分析软件，构建系统发育树，结合病例流行病学资料，推测病毒的来源。结果成功测序获得8条长度为29 822~29 865 bp的2019-nCoV全基因组序列，平均测序深度为11 928×~33 588×，基因组覆盖度为99.73%~99.87%；Pangolin分型结果显示8个2019-nCoV基因组均属于VOC/Delta(B.1.617.2)进化分支；全基因组突变分析显示，与武汉参考株(NC_045512.2)相比，8个2019-nCoV基因组序列核苷酸突变的中位数为35个(31个~38个)，氨基酸突变的中位数为26个(24个~28个)，突变位点分布于8个编码区(ORF1a、ORF1b、S、ORF3a、M、ORF7a、ORF8、N)；进一步分析发现8个2019-nCoV基因组中含有23个属于2019-nCoV Delta(B.1.617.2·AY.2)变异株的特征性突变位点；但因8个2019-nCoV基因组间的突变位点并非完全重合，且流调报告显示货轮中途经停多个口岸且有人员更替，故推测该起聚集性COVID-19疫情可能有不同传播来源；进化分析显示，8个2019-nCoV序列共同处于B.1.617.2进化分支的AY.2子分支上，同Pangolin分型及突变分析结果一致。结论本研究从一起经货轮输入的COVID-19聚集性疫情病例标本中测序获得8个Delta变异株全基因组序列，本研究所构建的测序方法和分析结果可在COVID-19防控中为2019-nCoV的变异分析和病例溯源提供参考。