简介：摘要目的探索基质辅助激光解吸电离飞行时间（MALDI-TOF）质谱仪不同算法快速识别甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌可行性。方法从北京同仁医院检验科2017年1月至2019年6月的细菌库中选取314株金黄色葡萄球菌临床分离株用MALDI-TOF MS鉴定，经头孢西丁纸片法（抑菌环直径≤21 mm）及聚合酶链反应（PCR）mecA基因初筛，将菌株分为甲氧西林耐药的金黄色葡萄球菌（MRSA）组（130株）和甲氧西林敏感的金黄色葡萄球菌（MSSA）组（184株）；甲酸提取法采集谱图，将MRSA组和MSSA组再各分成3个亚组，即MRSA-1亚组（43株）、MRSA-2亚组（42株）及MRSA-3亚组（45株）和MSSA-1亚组（60株）、MSSA-2亚组（61株）及MSSA-3亚组（63株）；使用Bruker MALDI-TOF质谱仪的ClinProTools软件中的遗传算法、快速分类算法、监督式神经网络算法以及中元汇吉质谱仪EX-Smartspec软件的卷积神经网络算法进行试验研究，重复3轮（第1轮MRSA-1和MRSA-2、MSSA-1和 MSSA-2为建模组，MRSA-3和MSSA-3为验证组，依此类推进行3轮）。以4种算法的受试者工作特征（ROC）曲线下面积展开性能确认。从北京同仁医院检验科2019年7—12月的细菌库中选38株MRSA和40株MSSA临床株，使用甲酸提取法采集谱图，对卷积神经网络算法建立的模型进行独立测试。结果在3轮建模和验证后，3个子组Bruker ClinProTools遗传算法的ROC曲线下面积分别为0.89、0.74和0.64，快速分类算法的ROC曲线下面积分别为0.77、0.95和0.94，监督式神经网络算法的ROC曲线下面积分别为0.90、0.98和0.98，中元汇吉质谱仪EX-Smartspec软件的卷积神经网络算法的ROC曲线下面积分别为0.95、0.99和0.99。卷积神经网络算法的独立测试结果显示其敏感度88.82%（810/912）、特异度81.15%（779/960）、准确性84.88%（1 589/1 872）、ROC曲线下面积0.92。结论Bruker ClinProTools软件中的监督式神经网络算法与中元汇吉质谱仪EX-Smartspec软件所用的卷积神经网络算法在快速识别MRSA时的性能指标可被临床接受。利用卷积神经网络算法，通过MALDI-TOF质谱技术可快速确认MRSA株，及时指导临床用药。

简介：摘要菌株资源化工程属微生物领域的基础建设，西方发达国家在19世纪末率先建立了经典的微生物资源化方法，不断完善的保藏体系、物种注释技术以及全球共享机制，实现了生物资源的扩充和储备。丰富的模式菌株、标准菌株及生产菌株保持了科学研究、生物经济（如抗菌药物、疫苗、检测试剂研发及标准制定等）及国家安全上的优势。但我国对其战略性认识不足，从顶层设计到资金投入远落后于发达国家，这与我国经济社会发展水平不相称。本文借鉴世界微生物菌种保藏联合会和世界生物数据中心（隶属WFCC）的做法，以临床新种/株收集为目的，对分离株鉴定、保存及上传体系建设提出建议。

简介：摘要目的研究并评估适合临床实验室开展的食源性腹泻弯曲菌检测方法及抗菌药物敏感性试验。方法分为预实验和大样本验证。（1）预实验：收集2017年9月至2018年1月就诊于北京地区某三甲医院食源性腹泻患者粪便标本400份。采用双孔滤膜培养法及改良头孢哌酮-木炭-脱氧胆酸盐（CCD）琼脂培养法在微需氧环境中培养48 h，挑选可疑菌落进行基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）鉴定，同时进行实时荧光定量聚合酶链反应（qPCR）检测空肠弯曲菌及结肠弯曲菌。（2）大样本验证：收集2018年4月至2019年3月就诊于北京不同地区不同级别3家医院肠道门诊食源性腹泻患者粪便标本2 062份，进行qPCR检测及培养。阳性菌株按照美国临床与实验室标准化协会及美国国家肠道细菌耐药监测中心推荐的纸片扩散法及琼脂稀释法进行药物敏感性试验并进行结果判读。采用卡方检验比较3种检测方法的检测结果及2种抗菌药物敏感性试验的一致性。结果预实验中qPCR、双孔滤膜培养法及改良CCD琼脂培养法检测弯曲菌（空肠弯曲菌/结肠弯曲菌）的检出率分别是9.0%（36/400）、5.0%（20/400）和3.5%（14/400），差异有统计学意义（χ²=11.772，P<0.01）且qPCR阴性，培养法均为阴性。大样本验证中，qPCR的检出率为8.1%（168/2 062），其中空肠弯曲菌7.0%（144/2 062），结肠弯曲菌1.2%（24/2 062）。qPCR阳性标本进行双孔滤膜培养法培养，阳性率为61.9%（104/168），其中空肠弯曲菌为58.3%（84/144），结肠弯曲菌为83.3%（20/24），与预实验检出率差异无统计学意义（P>0.1）。空肠弯曲菌和结肠弯曲菌对环丙沙星耐药率分别为94.0%（94/100）和100.0%（24/24），对红霉素耐药率分别为6.0%（6/100）和33.3%（8/24），两种抗菌药物敏感性试验方法一致性较好（Kappa值>0.75）。结论qPCR快速、灵敏、操作简单，适合临床实验室常规开展。双孔滤膜培养法检出率显著高于改良CCD琼脂培养法，弯曲菌对喹诺酮类药物显示出极高的耐药率，已不适用于北京地区弯曲菌食源性腹泻的治疗，应选择大环内酯类抗菌药物。

简介：摘要目的研究2016与2019年成人致泻性大肠埃希菌（DEC）食源性腹泻临床特征与耐药性，了解北京市强化食品卫生安全措施前后DEC流行病学变迁。方法分别收集2016和2019年就诊于北京同仁医院肠道门诊食源性成人腹泻患者1 926例和1 482例，共计3 408例。患者信息录入“肠道预警系统”，便标本分离培养，菌落行基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（MALDI-TOF）鉴定。大肠埃希菌采用多重荧光定量PCR对5种致病型进行分型。药物敏感性试验根据2019美国临床与实验室标准化协会标准判读。分类资料采用χ²检验或者Fisher精确检验进行统计分析。结果3 408份标本共检出DEC 581株，肠产毒性大肠埃希菌（ETEC）占53.36%（310/581），未检出肠出血性大肠埃希菌（EHEC）。2016年DEC检出率为14.54%（280/1 926），肠聚集性大肠埃希菌（EAEC）占DEC检出率的18.21%（51/280），ETEC占71.79%（173/280）。2019年DEC检出率为20.31%（301/1 482），EAEC占DEC检出率的41.23%（116/301），ETEC占48.93%（137/301）。与2016年比较，2019年EAEC检出率增高（χ²=29.26，P<0.001），其次为肠致病性大肠埃希菌（χ²=9.37，P=0.002），而ETEC检出率下降（χ²=15.43，P<0.001）。与其他致病型相比，EAEC易引起恶心（χ²=32.72，P<0.001），感染肠侵袭性大肠埃希菌（EIEC）的患者便标本易观察到红细胞（χ²=16.44，P=0.001）和白细胞（χ²=26.82，P<0.001）。EIEC对氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦及庆大霉素耐药率分别为80.95%（17/21）、66.67%（14/21）和57.14%（12/21）。2019年出现3株耐碳青霉烯类抗菌药物的EAEC，其中2株厄他培南及亚胺培南均耐药，1株仅厄他培南耐药。全基因测序显示存在多种耐药机制，以耐药结节性细胞分化家族外排泵、青霉素结合位点突变及产新德里金属β内酰胺酶5（NDM-5）为主。结论成人食源性腹泻患者DEC检出率高，以ETEC为主。与2016年相比，2019年ETEC下降，EAEC检出率显著升高，并于2019年分离到耐碳青霉烯类抗菌药物的致泻性大肠埃希菌菌株，其生物学特征及流行病学变迁应引起临床重视。

简介：摘要目的观察合并慢性阻塞性肺疾病（简称慢阻肺）的病毒性肺炎（VP-COPD）患者的临床特征及病原学特点，探讨不良预后相关的风险因素。方法前瞻性纳入2017年8月1日至2019年8月1日在北京同仁医院确诊的235例成人病毒性肺炎住院患者，根据是否合并慢阻肺分为VP-COPD组和未合并慢阻肺的病毒性肺炎组（VP-nCOPD组）。VP-COPD组60例，其中男49例，女11例，中位年龄76.5岁；VP-nCOPD组175例，男93例，女82例，中位年龄66.0岁。对两组患者进行病原体检测并比较临床特征，通过二项logistic回归探索重症VP-COPD的风险因素。结果VP-COPD组与VP-nCOPD组比较，年龄（76.5岁比66.0岁，P=0.001）、入院时CURB-65评分（2分比1分， P=0.001）和PSI评分（111 分比85分， P<0.001）差异均有统计学意义。VP-COPD组更易合并铜绿假单胞菌（χ²=10.308，P=0.001）及金黄色葡萄球菌（χ²=5.953，P=0.028）感染，Ⅱ型呼吸衰竭更常见（23.3%比6.8%，P<0.001），重症患者比例高（48.3%比30.3%，P=0.011），住院时间更长（13 d比8 d，P<0.001），院内病死率高（18.3%比7.4%，P=0.016）。多因素分析结果表明高血糖（OR值为1.73，95%CI：1.22~2.44，P=0.002）与胸腔积液（OR值为133.12，95%CI：7.57~2 340.36，P=0.001）是VP-COPD患者发展为重症的风险因素。结论存在慢阻肺基础疾病的病毒性肺炎患者易发展为重症，预后不良，临床应予以重视。

简介：摘要目的通过大样本流感样病例检测，明确抗原检测与核酸检测两种方法联合应用原则，从而快速明确流感诊断，控制流感暴发，减少资源浪费。方法采集2019年1月至2020年1月北京同仁医院发热门诊的4 622份流感样病例咽拭子标本，其中流感季3 230份，非流感季1 392份，采用快速抗原法和实时荧光逆转录聚合酶链反应（qPCR）两种方法对其进行流感病毒检测。不一致结果采用第二种核酸检测试剂进行比对。比较快速抗原法对于不同年龄敏感度与特异度的差异，以及不同亚型、不同病毒载量的检出差异。结果甲型流感病毒快速抗原法的敏感度为33.7%（577/1 710），特异度为93.5%（2 723/2 912），与qPCR的一致率为71.4%（3 300/4 622）。在流感季，甲型流感病毒快速抗原法阳性预测值及阴性预测值分别为84.1%（570/678）和57.4%（1 464/2 552）。在非流感季，其阳性预测值及阴性预测分别为8.0%（7/88）和96.5%（1 259/1 304）。甲型流感病毒快速抗原法与乙型流感病毒存在交叉反应，为2.3% （18/766）。儿童的敏感度比成人高［56.7%（164/289）比29.1%（413/1 421）］。快速抗原法对于不同流感亚型（H1N1和H3N2）的检出率差异无统计学意义（χ2=0.131，P=0.718），其敏感度随循环阈值（Ct值）增大而降低。结论甲型流感病毒快速抗原法阳性结果可确诊。在流感季，甲型流感病毒抗原阴性应进行核酸检测，而非流感季阴性结果可排除感染。快速抗原法对儿童的敏感度比成人高，敏感度与Ct值呈负相关。

简介：摘要目的探讨宏基因组测序（MGS）技术在感染性葡萄膜炎诊断中的作用。方法横断面研究。对2016年3月至2018年7月首都医科大学附属北京同仁医院临床疑诊为感染性葡萄膜炎的19例患者的19份玻璃体标本进行MGS检测。患者中男性8例，女性11例，年龄19~68岁；右眼10例，左眼8例，双眼1例；临床诊断急性视网膜坏死8例（9只眼），诊断不明11例（11只眼）。每份标本留取玻璃体约1 ml，800 μl标本用于MGS，200 μl标本用于实时荧光定量PCR的验证实验。MGS使用TIANamp Micro DNA Kit试剂盒提取样本DNA，BGISEQ-500平台测序。将测序数据中低质量和长度小于35 bp的数据、人类参考基因组序列及低复杂度序列去除后，获得的数据与专用微生物数据库比对分析，通过统计对比序列数占比、唯一序列数、覆盖率、测序深度等参数确定测序阳性结果，使用实时荧光定量PCR方法对上述结果准确性进行验证。结果19份标本MGS检出多种微生物，7份测序结果为阳性。其中3份为水痘-带状疱疹病毒、2份为白念珠菌、1份为痤疮丙酸杆菌、1份为副流感嗜血杆菌。3份水痘-带状疱疹病毒标本检出的序列数占比分别为77.93%（1 794/2 302）、99.98%（12 843/12 845）、98.88%（5 733/5 798），唯一序列数分别为1 794、12 843、5 733条；实时荧光定量PCR验证结果显示此3份标本水痘-带状疱疹病毒载量均较高，与MGS结果一致。结论MGS可作为感染性葡萄膜炎实验室诊断方法的一种选择。（中华眼科杂志，2020，56：519-523）