简介：引物设计是RAMP和REMAP标记分析的关键，二者都使用锚定的微卫星序列引物。目前已开发出多个RAMP锚定微卫星序列引物，与不同的RAPD引物进行扩增，得到更多的引物组合。REMAP使用反转录转座子的外向LTR引物和锚定微卫星序列引物。而RAMP分析采用不对称PCR循环，在PCR扩增的后15个循环中，退火温度设为2个；REMAP则采用常规PCR循环。扩增产物可在聚丙烯酰胺凝胶、变性聚丙烯酰胺凝胶、琼脂糖凝胶上进行电泳分离，检测时可使用同位素、银染或溴化乙锭染色等技术。目前，这两种标记技术已在作物和动物种质资源的遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建、转基因植株基因稳定性分析等方面都有成功的应用。

简介：农杆菌渗入法是在植物中瞬时表达外源基因的一种方法,该方法通过在植物叶片上注射农杆菌,使目的基因转入植物细胞中进行快速表达。本文综述了农杆菌渗入法的原理、技术流程、影响因素及其应用,其应用主要涉及外源基因的表达、检测转基因的表达、启动子分析、转录后基因沉默、抑制子功能鉴定、细胞定位以及基因相互作用等方面。随着技术的进一步完善,我们相信该技术将成为转基因育种领域的重要的手段。

简介：水淹胁迫是植物遭受的主要非生物胁迫之一,对作物生长发育、产量、品质等都会带来严重影响,全面解析植物的耐涝机制,对选育耐涝品种具有重要意义。高通量转录组测序技术以其数字化信息、高灵敏度、广泛的检测范围及重复性好等优点,已被广泛用于生物体的多种功能研究。目前在水稻、玉米、油菜、黄瓜、大豆等多个物种中,已有从转录水平分析植物对水淹胁迫的分子响应机制相关研究报道,这对于深度解析植物耐涝的分子响应机制和加快作物耐涝品种选育具有重要意义。但目前尚未有转录组测序技术在植物水淹胁迫应用方面的综述。因此,本研究着重综述了植物水淹胁迫测序组织及时间点选择、各阶段基因表达水平、GO功能富集、小RNA的功能特征几个方面,并展望了新一代测序技术在植物抗逆机理研究中的应用前景。

简介：应用AFLP、SRAP、RAPD、SSR及同工酶等5种标记构建的326个标记位点的白菜遗传图谱和81个DH株系群体，采用MapQTL5软件与MQM作图法对白菜的叶片数与单株重进行QTL定位及遗传效应的分析。结果表明，通过两个不同年份的试验，在10个连锁群上共检测到20个QTL，主要分布在R5、R9连锁群上：控制叶片数的有5个，控制单株重的有15个；其中，获得两年稳定表达的QTL共6个：控制叶片数的有1个，控制单株重的有5个；另外，估算了单个QTL的遗传贡献率和加性效应，发现各QTL加性效应各不相等，各位点的遗传贡献率介于9．4％～39．6％之间；控制叶片数的和控制单株重的QTL位点表现为紧密连锁或相似的位置，主要集中在R5连锁群上，这与二者性状表型值相关系数很高相一致。这将为白菜品种改良中产量等性状的分子标记辅助选择提供理论依据。

简介：转录组连接基因组遗传信息与蛋白质组,也是基因功能研究的基础和出发点。单分子测序技术是近年逐渐成熟的新一代测序技术,也称为第三代测序技术,在转录组学研究方面较前代测序技术具有独到优势,应用前景广阔。在非模式植物的功能基因组学研究中,全长转录本的获得可有力地推进相应基础研究水平,而第三代测序技术为此提供了较好的解决方案。本研究就目前技术较为成熟且应用较广泛的SMRT等单分子测序技术原理进行了介绍,综述了该技术在非模式植物转录组学研究中的应用现状,对其应用前景进行了展望。

简介：简单重复序列（SSR）广泛存在于基因组中,是亲缘关系分析、DNA指纹图谱构建和遗传多样性研究领域中非常重要的遗传标记之一。红豆树群体已处于濒危状态,且属无参基因组,其近缘种开发的SSR引物亦很少,为满足红豆树遗传多样性研究及制定合理的保护策略,本研究基于SLAF-seq（specific-locusamplifiedfragmentsequencing）技术对天然群体中典型红豆树进行简化测序,利用MISA软件对测序获得所有SLAF片段进行SSR位点搜索,并对SSR位点特征进行统计分析,最后利用PrimerPremier5.0软件进行引物批量设计。与日本晴水稻的测序数据相比,红豆树参考基因组的双端比对效率为90.14%,酶切效率为92.37%,说明SLAF建库正常;测序Q30为92.32%,GC含量为37.17%,说明达到测序要求。本研究共获得6426462reads和592221个SLAF标签,其中16653个多态性SLAF标签,含有17868个SSR位点,平均每6.98kb就分布有1个SSR位点。不同核苷酸重复类型的基元类型数量及SSR位点数量间差异较大,除单核苷酸外,二、三核苷酸重复类型数量较多,分别占总SSR位点的17.15%和15.02%,其中AT/TA和GAA/TTC基元重复数量最多,分别为1090个（43.1%）和349个（15.2%）。通过批量引物设计共得到2817对引物,以二、三核苷酸类型较多,两者所占比例高达94.8%。结果表明：SLAF-seq技术可以很好的应用于红豆树（无参基因组）SSR位点的开发,基于简化基因组测序数据发掘的SSR位点能够为SSR分子标记开发提供信息,并有助于后续群体遗传多样性和交配系统分析等。

简介：荧光原位杂交技术（fluorescenceinsituhybridization,FISH）在植物的研究中已被广泛应用,它是20世纪80年代发展起来的一种非放射性原位杂交技术,是将特定的DNA序列定位在染色体或染色质上的一门新兴的分子细胞遗传学方法。该技术的灵敏度和准确性较高并且安全、直观。本文简单介绍了该技术的基本原理,重点从染色体制片、探针标记技术、染色质的凝缩程度、与分带技术相结合和单拷贝或低拷贝基因的检测等方面,阐述了近些年该技术的发展状况,最后本文概述了该技术在基因工程育种中的应用,并展望其应用前景。

简介：SSR和SNP被推荐为玉米品种DNA指纹鉴定优选标记技术。本研究选用大面积推广的11套玉米杂交种及其亲本作为试验材料,基于SNP芯片分型平台和SSR荧光毛细管电泳平台分析比较两种标记在玉米品种真实性鉴定中的应用。基于上述两种检测平台获得3072个SNP位点和40对SSR引物的基因型数据,分析比较各个参数。结果显示：（1）两种标记数据获得率均较高,3072个SNP位点平均数据获得率为98.4%,40对SSR引物平均数据获得率为99.47%。（2）两种标记均具备较高品种区分能力,3072个SNP位点平均MAF（minorallelefrequency）值为0.357,MAF值大于0.30占71%,平均DP（discriminationpower）值为0.515,DP大于0.5的占56%;40对SSR引物平均PIC（polymorphisminformationcontent）值为0.605,PIC大于0.51有32对,平均DP值为0.745,DP值大于0.71有29对。（3）两种标记位点鉴定样品杂合率、亲子关系方面结果是一致的,样品杂合率均介于0.4~0.6之间,平均杂合率分别为0.525和0.514;SNP数据显示符合亲子关系位点百分比介于95.2%~99.9%之间,SSR数据显示符合亲子关系位点介于36~40个之间。综上所述,SSR和SNP两种标记在数据完整性、区分品种能力、位点稳定性等方面差别较小。

简介：本文应用CTAB法从37种竹类植物中提取基因组DNA，根据在GenBank中发表的5SrDNAITS和matK基因设计引物，通过PCR进行扩增。结果表明：37种竹子5SrDNAITS序列PCR产物大小约为450bp，在刚竹属内部无长度上的差异，但是舒竹（Phyllostachysshuchengensis）与其他刚竹属植物相比，有一个位点的差异（由A变为C）。因此，5SrDNAITS在属下水平上无法提供较大的信息量，变异性较低，不适于刚竹属属下水平的系统分类研究。同样，选取37种竹子中3个竹种的matK基因的PCR扩增产物直接进行测序，结果显示matK基因在竹亚科的属间长度上无差异，产物的长度约为1500bp，将测序结果进行同源性比对，在变异位点附近寻找多态性酶切位点，碱基序列上有一个位点的差异（BstNⅠ）。PCR-RFLP结果显示，共有3种竹子在此位点发生变异分别为：浙江淡竹（Phyllostachysmeyeri）、安吉金竹（Phyllostachysparvifolia）和黄古竹（phyllostachysangusta）。刚竹属植物的基因序列相当保守，片段中刚竹属间的绝对核苷酸差异不到1个，所提供的信息量不够充分。因此，叶绿体5SrDNAITS和matK基因序列不适用于刚竹属植物系统分类研究，但其可能适合在属或属以上分类等级竹类植物的系统分类中应用。

简介：本研究对晋豆23与大豆孢囊线虫抗源灰布支黑豆的F3代群体共61个单株进行了ISSR分析,共检测出376个基因位点,多态性位点82个,多态性位点比例为218%。获得5个共显性位点,5个共显性位点的平均基因杂合度为0164。ISSR引物(GA)8C检测到3种基因型,ISSR引物VDV(CT)7检测到16种基因型。本研究表明该群体内有较丰富的遗传多样性,说明灰布支黑豆是大豆孢囊线虫抗病育种的理想抗源。

简介：为丰富太子参分子标记库、开发太子参SSR标记、寻找有效的太子参种源鉴定方法。本研究运用MISA、Primer3等分子生物学分析工具,从太子参转录组中搜索获得11297个SSR位点,其出现频率为8.87%,分布距离为平均每10kb有1.47个SSR位点,其中主要重复类型是单核苷酸重复;11297个SSR位点中不同核苷酸基序类型的SSR有259种,主要以单核苷酸重复基序A/T为主,其次是三核苷酸重复基序AAT/ATT。在此基础上设计、筛选得到16821对特异性引物,其中针对高多态性SSR序列的引物有8706对,随机挑选其中的20对引物对来源于贵州、江苏、福建的6个太子参样品DNA进行PCR扩增,其扩增成功率达70%~80%。太子参转录组SSR分布密度大、类型丰富、多态性潜能高、通用性好,可为开发太子参功能性标记提供前期基础,在太子参种质资源评价和优质种源筛选等方面具有极大的开发价值和良好的应用前景。

简介：为探索白刺花（Sophoraviciifolia）硬实形成的相关机制,采用IlluminaHiSeqTM2000高通量测序技术对白刺花种子转录组进行测序,利用Trinity软件将数据组装形成转录本,对所有转录本进行Nr（NCBInonredundantproteinsequences）、Nt（NCBInucleotidesequences）、Pfam（proteinfamily）、KOG/COG（euKaryoticorthologgroups/clustersoforthologousgroups）、Swiss-Prot（Amanuallyannotatedandreviewedproteinsequencedatabase）、KEGG（kyotoencyclopediaofgenesandgenomes）和GO（geneontology）分类和功能注释、Pathway注释,并对种子形成的代谢通路中的相关基因进行了分析。转录组共获得了333339724条初始序列,总长为335557bp,初始序列组装获得序列片段的平均长度与N50值分别为282bp和537bp;与KOG功能注释、GO分类及KEGG代谢通路分析后,获得了44840个GO功能注释、46126个KOG功能注释以及89494个PFAM注释：并从KEGG通路中找到有色氨酸代谢、半胱氨酸和甲硫氨酸的代谢途径的编码基因片段分别有66和37个。

简介：普通洋葱（AlliumcepaL.）是一种开放授粉的重要蔬菜作物,在洋葱品种的纯度鉴定中因其亲本保有一定程度的异质性,所以杂交种的纯度百分率难以确定。为了有效地控制杂交种的纯度质量,本研究从收集于各文献的89对引物中筛选出了12对具有多态性的引物,利用筛选出的12对SSR引物对39份洋葱种质进行分析,检测到47条多态性带,平均有效等位基因数为7.25。可变类平均法（Flexiblegrouplinkage）聚类分析表明,SSR标记可将39份洋葱划分为三大类,聚类分析结果与洋葱的自然属性是相符合的。同时发现这些标记在常规品种、亲本自交系内,甚至在杂种一代中都显示出很高的遗传异质性。为了促进和提升繁育品种质量鉴定的准确性,本研究所提出的SSR分子标记辅助育种方案,可通过选定的SSR位点纯和的原种田,制出杂交种。该方案能在选育的几个SSR位点检测出准确的杂交率,还可以有效地监测洋葱F1代杂交种的纯度质量,并且这个方案可以用于任何表现出严重的近交衰退的异花授粉作物的SSR标记分子纯度鉴定,为促进和提升繁育品种质量鉴定的准确性提供帮助。

简介：根据拟南芥的MIKC型MADS—box蛋白序列构建HMM（hiddenmarkovmodel）模型，在大豆基因组中确定了57个MIKC型MADS-box同源基因。分子进化树分析表明，57个大豆MIKC型MADS-box基因分为14个亚类，而MIKC^＋型基因又分为两个进化支。控制花形态建成的ABCDE同源异型基因（如AP1，AG，AP3和PI等）和重要的控制开花时间的基因（如SVP和SOCl）在大豆基因组中表现出多拷贝的特征。MEME和SMART分析表明，大豆和拟南芥MIKC型MADS—box基因具有保守的MADS和K-box基序，还有一些亚类具有特异的基序。MIKC型MADS—box基因结构较为保守，多数基因具有7～8个外显子。本研究得到的MIKC型MADS—box基因为下一步研究大豆花形态建成和开花时间调控的分子机制提供了重要参考依据。

简介：NAC转录因子在植物逆境应答中具有重要的作用。本研究从番茄中克隆了一个NAC基因SlNAC71。该基因编码区长1059bp,编码352个氨基酸,预测分子量约为39.51kD,等电点为8.40。推测的氨基酸序列中含有1个高度保守的NAM结构域。SlNAC71基因序列具有miR164靶序列识别位点。亚细胞定位预测SlNAC71蛋白定位于细胞核。进化树分析发现,SlNAC71和AtNAC分为一个分支。组织特异性表达模式分析表明在检测的所有组织中SlNAC71都有表达,在叶中表达量最高,在茎中表达量最低。SlNAC71基因的表达受高盐诱导,说明番茄SlNAC71基因可能参与番茄对高盐胁迫的应答。

简介：本研究借助近红外光谱分析技术对100个南方花生区试品种的粗脂肪、蛋白质、脂肪酸和氨基酸含量等21个品质性状进行测定，结果表明，供试品种的粗脂肪含量平均为51．37％，蛋白质为26．31％，总氨基酸为22．611％，油酸为44．84％，亚油酸为34．05％。主成分分析表明，21个品质性状可综合成3个主成分，分别为蛋白质和氨基酸因子、不饱和脂肪酸因子和粗脂肪因子，反映了原始数据信息量的74．47％。聚类分析表明，100个花生品种可划分为4大类，各类别间品质存在不同差异。利用主成分分析和聚类分析进行花生品质的综合评价，可避免单一指标的片面性和不稳定性，为花生亲本的利用和品质育种提供重要的科学依据。

简介：龙血树是热带、亚热带地区所特有的珍稀植物，是著名民间药物“血竭”的重要原料。该药在我国中药材市场中占有重要的地位。目前血竭的生产是从多年生的龙血树上取其带脂茎杆提炼而成，该法需要大量的原材料，不断的砍伐已使其资源面临枯竭的威胁，现其己被列为国家三级保护的濒危植物。如何有效地开发和利用龙血树这一宝贵的资源，使其得到可持续和高效的利用是目前研究的一个重要方向。本研究以经诱导物诱导处理刚产生血竭和未经诱导物处理的海南龙血树（DracaenacambodiannPierreexGagnep）组培苗为材料，利用抑制消减杂交（supressionsubtractivehybridization，SSH）技术构建了龙血树血竭生物合成相关基因的差减cDNA文库，采用PCR方法筛选差减文库获得431个重组子。随机挑取200个克隆经ReverseNorthernBlot筛选剔除假阳性后，共获得59个差异较明显的阳性克隆，测序后得51条差异片段，通过BLASTn和BLASTx进行比较分析，结果表明：分离到与信号转导相关的cDNA片段5个，转录翻译相关蛋白cDNA片段5个，物质能量代谢酶类cDNA片段12个，另外有23个克隆在GenBank中均未发现显著相关的同源序列，推测它们可能是功能未知的新基因或是靠近3--末端的基因片段，因保守性较低，难以通过同源比较推测其功能。

简介：鉴于泛素与植物受高温等环境胁迫下产生的一些诱导型蛋白降解有关,本研究根据擎天凤梨Ostara早期花器的全长cDNA文库,经大规模随机测序及重叠群（contigs）内EST序列的拼接,获得了擎天凤梨多聚泛素基因全长cDNA序列（GenBank登录号：GQ890686）,序列长1896bp,开放阅读框长1323bp,编码441个蛋白氨基酸残基,蛋白质分子质量为49.3kD,等电点pI为6.59。蛋白二级结构预测显示,该蛋白主要由随机卷曲、延伸链、α螺旋和β-转角组成;系统进化树分析表明与拟南芥推定的多聚泛素UBQ10（gi｜23397122｜gb｜AAN31845.1｜）亲缘关系最近;经推断它是由5个单体泛素组成的多聚泛素。本研究有助于进一步探讨该基因在低温胁迫下的反应机理以及如何采用分子调控手段增强擎天凤梨的耐低温能力。

简介：本实验在形态学分析的基础上，采用5对中国传统菊花的芽变品种和2组形态相似品种，运用随机扩增DNA多态性（randomamplifiedpolymorphicDNA，RAPD）分子标记方法对其进行了品种鉴定。通过反复试验，建立了稳定的RAPD反应体系；从22个20碱基随机引物中筛选出4个高效引物，扩增出13条带，扩增的多态性片段多在501～1000bp之间，其中有2个引物（ch1．21和ch1．25）能将试验中的7组材料全部清楚地区分开。研究结果表明：4个高效引物的RAPD分析能够有效地将选定的样本区分开。因此作者提出RAPD分析方法可以应用到菊花芽变及相似品种鉴定中。这就为进一步开发更多RAPD随机引物，开展菊花的品种鉴定和保护工作提供了参考资料。

简介：通过利用新一代高通量测序手段——转录组测序（RNA-Seq）技术研究巴西蕉（Musaparadisiaca）叶片在60mmol/LNaCl人工模拟盐胁迫0、12h、24h不同时间点的转录组分析。结果表明：盐胁迫12h上调和下调的DEGs（differential-expressedgenes）分别为2938个和2727个;24h分别有834个和893个。GO富集分析,差异基因主要在细胞过程、代谢过程、刺激响应、结合以及催化活性等。KEGG分析,差异基因主要涉及代谢途径、光合作用、黄酮类生物合成、苯丙素生物合成等。通过GO和KEGG显著性富集分析发现,NaCl胁迫12h后差异表达的基因数明显多于24h胁迫后的差异基因表达数。qRT-PCR验证了DEGs的表达趋势与RNA-Sep测序分析结果的一致,证明了RNA-Sep结果的准确性。本研究通过香蕉叶片转录组分析,为研究香蕉耐盐分子机制提供参考。