简介:目的:建立检测人4型腺病毒拷贝数的荧光定量PCR方法。方法:提取本实验室构建的4型腺病毒全基因组质粒,以梯度稀释质粒为标准模板,选取人4型腺病毒六邻体区域基因设计一对特异性引物,进行SYBRGreenI荧光定量PCR扩增并制作标准曲线。结果:标准曲线为y=-4.284x+53.468,由全基因组质粒所构建的标准曲线线性关系良好,扩增反应Ct值与拷贝数的对数呈线性关系(R2=0.999609),检出敏感度可达1×10^2拷贝/μL,且与其他几种腺病毒无交叉反应。用该方法检测4型腺病毒感染细胞2、12和24h后的病毒拷贝数,其病毒拷贝数随时间增加,与细胞病变(CPE)变化保持一致,且荧光定量PCR的测量结果稳定(变异系数〈6%)。结论:建立了检测人4型腺病毒基因拷贝数的荧光定量RT—PCR方法,该方法灵敏度高、特异性强。
简介:【目的】谷斑皮蠹是一种重要的检疫性害虫,在新疆周边多个国家分布,口岸检疫人员多次从进境货物中截获谷斑皮蠹,该虫对新疆的农业生产极具威胁。【方法】以谷斑皮蠹的16SrDNA基因为靶序列,用昆虫通用引物对4种供试皮蠹进行PCR扩增,将扩增产物进行克隆和测序,用生物软件设计检测谷斑皮蠹的特异性引物与探针。【结果】设计的特异性引物(TG-SNP-F/TG-SNP-R)及所建立的常规PCR方法能有效检测出谷斑皮蠹,其扩增产物的片段大小为250bp,灵敏度为3ng·μL^-1设计的特异性引物(TG-F/TG-R)和探针(TG-probe),以及所建立的实时荧光PCR方法,对谷斑皮蠹的检测特异性强,灵敏度达0.8fg·μL^-1【结论】建立的常规PCR方法和实时荧光PCR检测方法能够对谷斑皮蠹进行准确鉴定,为口岸检疫人员检测进境货物中携带的谷斑皮蠹提供技术支持。
简介:[目的]蜡蚧轮枝菌是一种防治植物病原物和害虫的生防菌,弄清其致病的分子基础具有重要的意义。[方法]利用IlluminaHiSeq技术测序蜡蚧轮枝菌的cDNA文库,并进行RNA-Seq序列拼接和功能注释。[结果]共获得1634670条高品质reads,碱基GC含量48.50%。14856条Unigene经组装拼接后,在Nr、Swiss-Prot、COG和KEGG数据库中分别比对得到1467、9379、6518和4188条Unigenes。采用GO分类工具将21403条Unigenes分成24个功能组,主要包含在细胞组成(1369)、分子功能(1679)和生物学过程(1928)3个大类里,在COG数据库注释的基础上,把6518条Unigenes分成38个功能组,通过GO和COG丰度识别分类,聚类的主要是一般功能预测、次生代谢产物的合成、运输和分解代谢以及信号转导机制起作用的独立基因。能与KEGG路径匹配的108条Unigenes中大部分和新陈代谢途径及次生代谢产物的合成有关。[结论]这些结果将有助于找寻蜡蚧轮枝菌的致病因子,从而丰富其致病机理。
简介:【目的】近年来,通过电子商务平台获取境外珍贵的多肉物种资源已成为一种重要渠道,大量濒危物种通过第三方物流方式非法流人我国.甄别濒危物种并梳理出多肉物种资源重点查验名单,能够为物种资源查验尤其是植物多肉类濒危物种查验提供参考.【方法】以跨境多肉物种资源交易的热门平台“多肉之家”为研究对象,基于网络爬虫技术平台,获取电商多肉植物926条种类数据,并对数据进行筛选和归类分析.【结果】“多肉之家”平台上交易的多肉植物共涉及23科878种,其中包含18种CITES附录I以及120种CITES附录n濒危物种,约占16%.进一步对濒危植物进行归类分析发现,濒危植物中仙人掌科和大戟科多肉植物种类最多,分别为66和36种,两者占总计濒危植物种类的74%.【结论】网络爬虫技术在获取电商类平台的交易植物的种类数据上具有较好的实用性.
简介:【目的】梣粉虱是新近人侵中国大陆的一种危险性果树和园林植物害虫,针对其体型微小,与近缘种粉虱形态相仿,很难快速准确区分的问题,以田间常见的11种/隐种粉虱为参考,采用基于mtDNA细胞色素C氧化酶亚基I(mitochondrialDNAcytochromecoxidasesubunitI,mtDNAC0I)基因的物种特异性(species-specificCOI,SS-COI)PCR法,研究梣粉虱快速分子检测鉴定技术.【方法】利用mtDNACOI基因通用型引物对LC0-1490/HC0-2198获得梣粉虱和其他常见粉虱的C0I基因序列,根据测序结果设计梣粉虱特异性SS-COI引物1对(SPZWCF1/SPZWCR1),之后确定其对目的片段的扩增长度,并对该引物对的物种特异性和检测灵敏性进行检验.【结果】引物对SPZWCF1/SPZWCR1扩增片段的长度为426bp.物种特异性检验结果显示,该对引物只对梣粉虱的mtDNAC0I基因具有扩增效果,对我国常见的其他种类的粉虱包括5种烟粉虱隐种(AsiaI、AsiaH1、AsiaH3、MED、MEAM1隐种)以及桑粉虱、螺旋粉虱、黑刺粉虱、柑橘粉虱、双钩巢粉虱和温室粉虱等不具有交叉反应和扩增能力.灵敏性检验结果显示,该对引物不仅对不同性别、不同采集地的成虫具有良好的扩增效能,对2~4龄若虫以及单粒卵和初孵若虫亦具有同样的扩增效力,其最低检测阈值为75.1pg·μL^-1(相当于1/10240头雌性成虫).【结论】该技术体系可用于梣粉虱的快速准确鉴定及其检测和监测,对有效阻截其进一步传播扩散具有重要作用.