简介:目的比较瘢痕疙瘩与正常皮肤的基因表达差异,从分子水平探讨瘢痕疙瘩的发病机制,为临床治疗提供新思路。方法用PubMed数据库文献检索瘢痕疙瘩与正常皮肤的差异表达基因,对与瘢痕疙瘩相关的基因进行蛋白-蛋白相互作用网络、生物学通路、基因本体(geneontology,GO)和功能注释聚类的生物信息学分析。结果获得差异表达基因谱8个和文献922篇,筛选瘢痕疙瘩相关基因94个(71个上调,23个下调)。86个基因构成蛋白-蛋白相互作用网络,TGFB1、FN1、COL1A1、MMP9、VEGFA、TP53、IL6和MMP2为核心蛋白。瘢痕疙瘩相关基因参与信号转导、肿瘤形成等生物学通路,细胞凋亡、细胞运动等生物过程,形成细胞膜结构和细胞外基质、胶原等组分。结论TGFB1、FN1、COL1A1、MMP9、VEGFA、TP53、IL6和MMP2等关键基因,TGF-β信号转导、细胞增殖和凋亡、肿瘤形成相关通路在瘢痕疙瘩的发生发展中可能起重要作用。
简介:摘要:目的:将生物信息学方法进行应用对冠心病相关基因进行有效分析。方法:将冠心病基因表达谱数据进行获取,将差异表达基因筛选出来,并对差异基因展开KEGG,GO和PPI网络分析,并将Webgestalt进行应用,实现对冠心病患者miRNA和转录因子的预测,促进miRNA-TF-gene调控网络的有效建立。结果:得出1449个差异基因,在将其与对照组进行比较时,冠心病样品中有726个上调基因,下调基因为723个,差异基因与富集于神经活性配体-受体相互作用差异显著。结论:将生物信息学技术进行应用,对冠心病基因芯片数据进行准确分析,保证获取冠心病基因通路,miRNA和转率因子,了解冠心病特性,从而为临床治疗工作提供借鉴,意义显著。
简介:【摘要】信息化时代为整个教育领域注入了新的生机与活力,在初中生物教学实践的过程中,教师需要结合信息化教学创新传统课堂,不断提升教学效率。基于此,本文展开了深入的研究与分析。
简介:目的通过生物信息学分析方法筛选滑膜肉瘤组织中关键lncRNA、microRNAs和mRNA,阐述其互相作用机制以及关键信号通路。方法通过GeneExpressionOmnibus(GEO)在线数据库检索并下载人滑膜肉瘤转录组数据,并应用基因本体论分析(GeneOntology,GO)、京都基因和基因组百科全书(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes,KEGG)、竞争性内源RNA(competingendogenousRNAs,ceRNAs)互作网络分析和蛋白互作网络分析(Protein-ProteinInteraction,PPI)对差异表达基因进行深入分析。结果共4个数据集纳入本项研究包括GSE28866,GSE18546,GSE2719和GSE42977,包含21个滑膜肉瘤组织和56个正常对照组织,在这些数据集中共获取了12个差异表达的lncRNA,119个差异表达的miRNA和1637个差异表达的mRNA。构建ceRNA调控网络并展示lncRNA-miRNA-mRNA之间的调控作用,发现6个lncRNA(RP11-123K19.1,RP11-261N11.8,MEG3,FOXD2-AS1,CTD-2228K2.7,LINC00982)和7个miRNA(hsa-miR-142-5p,hsamiR-548c-3p,hsa-miR-1224-5p,hsa-miR-133b,hsa-miR-206,hsa-miR-378-3p,hsa-miR-765)在滑膜肉瘤病变中具有重要作用。KEGG分析示滑膜肉瘤病变与47个信号通路显著相关(P〈0.05),特别是癌症中转录失调的信号通路(P=5.56×10-8)。PPI互作网络分析展示了154种蛋白质,6种转录因子和10个信号通路之间的相互作用。结论通过对在线数据库进行生物信息学分析,滑膜肉瘤的多个关键分子靶点和信号通路被确认,有助于对滑膜肉瘤病变分子发病机制进行深入研究。
简介:摘要目的利用生物信息学分析方法,筛选出原位肝癌和转移灶中的差异基因及其参与的代谢通路,寻找肝癌转移治疗新的代谢靶点。方法从基因表达汇编数据库(GEO)中下载编号为GSE40367的肝癌原发和转移基因表达谱数据。筛选出差异基因后,对差异基因进行基因本体论(GO)功能富集和京都百科全书基因和基因组(KEGG)通路分析。利用STRING数据库和cytoscape软件分析差异基因间的蛋白相互作用。通过文献检索获得肝癌转移中代谢组的变化,对差异基因和代谢物用MetaboAnalyst 4.0进行联合分析。利用Kaplan-Meier生存曲线在线对关键基因进行生存分析。结果从GSE40367中共筛选出564个差异基因,相比于原位肿瘤,转移癌中上调基因287个,下调基因277个。差异基因GO功能富集在一元羧酸代谢、脂肪酸代谢和脂质转运等过程。KEGG主要富集在胆汁分泌、ABC转运蛋白、半胱氨酸和甲硫氨酸代谢以及糖异生等通路。联合分析表明,主要相关代谢通路是烟酸和烟酰胺代谢、苯丙氨酸代谢、精氨酸生物合成和糖酵解或糖异生等。对关键基因的生存分析发现,CTH基因低表达可能与肝癌不良预后相关,PCK1、AOX1基因的高表达可能与肝癌不良预后相关。结论利用生物信息学分析揭示了与肝癌转移相关的代谢通路及通路中基因和代谢物的变化,提示了肝癌转移发生的分子机制,为肝癌转移治疗提供了新的代谢靶点。
简介:摘要目的筛选女性重度抑郁障碍患者与健康女性之间呈现差异表达的环状RNA(circRNA),探索可能与抑郁障碍相关的目标circRNA。方法采用高通量测序筛选3例女性重度抑郁障碍患者差异表达的circRNA,通过|log2FC|≥1, FDR< 0.05判定circRNA是否具有表达差异。选择差异程度最大的5个circRNA,根据circRNA的miRNA海绵功能,利用在线数据库预测circRNA可能靶向的miRNA,而后预测miRNA相关靶基因。通过GO生物学过程富集分析和KEGG信号通路富集分析,预测靶基因相关的生物学过程和信号通路。根据高通量测序结果,且具有与抑郁障碍相关的生物学过程及信号通路为依据,筛选与抑郁障碍相关的circRNA。结果通过差异程度最大的5个circRNA(hsa_circ_0020959、hsa_circ_0005959、hsa_circ_0033064、hsa_circ_0006862、hsa_circ_0027732),预测出13个靶向的miRNA及靶基因,通过靶基因预测出了多个抑郁障碍相关的生物学过程和信号通路,如糖皮质激素受体信号通路、白介素-7的反应、神经系统发育、Wnt信号通路、FoxO信号通路、甲状腺激素信号通路、神经营养素信号通路等。结论5个circRNA均富集出了与抑郁障碍相关的生物学过程或信号通路,其中hsa_circ_0005959、hsa_circ_0033064、hsa_circ_0006862、hsa_circ_0027732与女性重度抑郁障碍的关联可能更密切。
简介:目的:分析HHEX基因序列及蛋白质的结构特点,研究其在发育过程中的作用。方法:采用生物信息学方法分析预测HHEX基因序列、蛋白质结构,以及与其他蛋白质的相互作用。结果:小鼠HHEX基因cDNA全长1771bp,CDS区全长816bp,其编码的HHEX蛋白含271个氨基酸残基,相对分子质量为30×103,为不稳定蛋白,具有α螺旋、无规卷曲、延伸链与β转角;功能分析表明HHEX蛋白是参与调控关键发育过程的转录调控因子,并与EOMES、FOXA2、KDR、WNT7A、HEXB、TG、SLC30A8、IGF2BP2及CDKAL1蛋白有相互作用。结论:HHEX基因及蛋白生物信息学分析为HHEX基因及蛋白的相关研究提供了重要的信息基础。
简介:摘要:生物信息学作为一门统筹类学科,兼具了生物学、数学以及计算机科学的相关知识点,这是一门研究核酸和蛋白质相关科学的学科,而研究过程中需要运用到计算机科学以及数学的相关知识,需要涉及到生物实验的开展,对于相应生物实验数据的获取、分析以及研究等,是通过数据分析去研究生物知识的一门学科。我国的生物信息学发展时间比较短,但是整体的发展速度十分迅速,已经成为了世界上顶尖的生物学科研究的国家,这主要是得益于我国的计算机技术的飞速发展带来的计算分析能力的提高。而生物信息学的研究成果也已经在多个领域发挥着不可替代的重要作用,其本身的价值体现对于推动我国整体科学技术的发展起着十分重要的意义。
简介:谷氧还蛋白(glutaredoxin,GRX)是一类小分子氧化还原酶,在植物生长发育调控及逆境胁迫中起着重要调节作用。本研究拟对玉米MS22基因的生物信息及玉米中GRX基因家族的亲缘进化进行分析研究。通过对MS22基因的生物信息分析,发现MS22基因全长881bp,编码159个氨基酸,属于CC型谷氧还蛋白。玉米基因组中共鉴定出22个GRX类基因,其中有6个基因为GRX-subⅠ,7个基因属于GRX-subⅡ,9个基因属于GRX-subⅢ。通过聚类分析发现MS22属于GRX-subⅢ类型,该蛋白与不同来源CC型谷氧还蛋白的氨基酸序列保守性较高,一致率介于61%-87%之间。通过该研究对玉米中该类型基因的进一步研究具有较好的理论指导意义。