简介:目的使用影像组学方法构建一个影像组学标签分类模型,对肺肿瘤良恶性进行分类预测。方法分析四川大学华西医院80例怖肿瘤患者的CT影像学数据,分割肿瘤区域,提取肿瘤形状、大小、强化程度、纹理和小波变换共485个影像组学特征。利用Lasso算法筛选出与肿瘤良恶性鉴别最密切的组学特征,并使用Logistic回归构建诊断肿瘤良恶性的预测模型。采用受试者工作特征(receiveroperatingcharacteristic.ROC)曲线及其曲线下面积(areaundercurve,AUC)来评估该影像组学标签在训练集和验证集中的效能。结果选取3个影像组学特征构建出影像组学标签,具有很好的预测分类效果。训练集的AUC为0870(95%CI:0760-0978J,灵敏度为0.870,特异度为0.818;验证集的AUC为0.853(95%CI:0.717-0.989),灵敏度为0.882,特异度为0.778。结论随着CT在临床诊断中的广泛使用,真有望成为辅助检测肿瘤良恶性的非侵入手段。
简介:目的:系统评价我国癫痫患者相关基因的研究现状,为癫痫疾病的诊治提供循证医学证据参考。方法:计算机检索CBM,CNKI,VIP和万方等数据库,检索时间为自建库至2017年10月。纳入评价癫痫疾病相关基因的文献,总结与癫痫患者发病、诊断、治疗和预后的相关基因,对研究的结果进行描述性分析。结果:共纳入175篇文献,发表时间为1999–2016年。筛选出相关基因85种。文献类型主要为:基因与疾病的关系(n=81),基因与耐药性的关系(n=37),基因与血药浓度的关系(n=27),基因与药物疗效的关系(n=11),基因与不良反应的关系(n=9),基因定位或测序(n=6),基因与药物剂量的关系(n=2),相关基因的分布频率与癫痫(n=2)。筛选出相关基因85种,研究结果有55.4%(97/175)阳性结论,31.4%(55/175)阴性结论,2.3%(4/175)不确定结论,另外有8篇文献研究结果为一个阴性,一个阳性结果,有2篇文献研究结果为一个阴性结果,一个不确定结论。结论:癫痫药物基因学的研究众多,关于研究的基因类型复杂多样,涉及的内容主要有基因与疾病,基因与药物以及基因自身的定位测序等。关于基因与药物的疗效和安全性有待更深入的研究。
简介:目的应用相对和绝对定量同位素标记技术(ITRAQ)研究养心氏片对血管性抑郁小鼠(VD)海马组织蛋白质表达的影响,以探讨养心氏片抗抑郁的作用机制,并寻找可能的潜在生物标志物。方法60只ICR小鼠随机分为假手术组、模型组、氟西汀组、养心氏片组,每组15只。采用小鼠脑缺血再灌注诱导血管性抑郁模型,造模完成后行为学实验检测小鼠抑郁行为的变化,养心氏片组给予养心氏片1000mg/(kg·d),氟西汀组给予15mg/(kg·d)灌胃给药,假手术组、模型组给予等体积的0.9%NaCl。给药21d后以提取的小鼠海马组织蛋白分析,获取的串联质谱数据通过Protein.pilot4.5软件鉴定蛋白质,之后进行生物信息学分析。用实时定量PCR(RT-qPCR)验证部分差异蛋白的表达趋势。结果利用ITRAQ技术蛋白质组学方法一共鉴别得到了4300个蛋白质,通过对比模型组和假手术组,模型组和养心氏片组,共找到400个共同差异蛋白质。模型组和假手术组比较,其中上调130个(foldchange〉1.2,P〈0.05),下调270个(foldchange≤1.2,P〈0.05)。模型组和养心氏片组比较,其中上调147个(foldchange〉1.2,P〈0.05),下调253个(foldchange≤1.2,P〈0.05)。并最后筛查出涉及重要通路的Atp6v0a1、Stxbp1、Ap2a2、Slc6a11、Camk2b、Slc6a1、Camk2a、Npy、Gfap、Ntrk2、Grin2b、Gria2、Gria1、Dnm1、Atpif1、Ndufs7、Rab3a等25个相关蛋白,并对养心氏片组和模型组神经肽Y(NPY)、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、人神经营养性酪氨酸激酶2型受体TrkB、钙调蛋白依赖性蛋白激酶Ⅱa(CamkⅡa)、钙调蛋白依赖性蛋白激酶Ⅱb(CamkⅡb)、钠和氯依赖性GABA转运蛋白3(GAT3)、钠和氯依赖性GABA转运蛋白1(GAT1)7个差异蛋白进行mRNA层面的RT-qPCR验证,并对这些蛋白在mRNA水平的表达量和蛋白水平的表达量进行了相关性分析(R2=0.857,P=0.014)。结论利用基于ITRAQ技�
简介:强直性脊柱炎(AS)是一种血清阴性脊柱关节病,属于自身免疫性疾病,主要特点为骶骼关节和脊柱附着点的炎症,导致脊柱强直和纤维化,可使骨骼、肌肉、肺、眼等出现不同程度病变,疾病发展后期脊柱多呈现“竹节样”变化[1]。流行病学研究发现,AS在欧洲人群发生率比亚洲人群高,男性发生率高于女性[2]。AS高发于20岁左右的青壮年,早期症状多为腰背痛,伴随胸廓活动度减小、晨僵、腰椎活动受限等,直至发展为脊柱强直,严重者可丧失劳动能力。目前AS的诊断广泛采用1984年修订的纽约标准[3],主要依靠临床表现及骶髂关节影像学检查。但AS患者早期症状通常不典型,影像学检查难以进行早期诊断,当骶髂关节出现影像学改变时病程己非早期。且该病目前尚无彻底根治方法,应尽早发现及时控制。
简介:目的:基于影像组学方法,分析超声医学影像信息,评估影像组学方法预测原发性肝细胞癌(hepatocellularcarcinoma,HCC)中Ki-67表达的可行性。方法:回顾性分析133例经术后病理证实的HCC患者的灰阶超声图像,通过图像分割、提取图像中肿瘤病灶的小波、纹理、形态特征,结合最大相关最小冗余(minimum-redundancy-maximum-relevance,mRMR)准则的遗传算法选出234个特征,之后再用稀疏表示(sparserepresentationcoefficient,SRC)方法进一步筛选,得到最优特征子集并用于分类。结果:利用支持向量机(supportvectormachine,SVM)和留一法(leave-one-outcrossvalidation,LOOCV)的预测模型对临床HCC超声图像进行分类和评价。结果显示,受试者操作特性曲线下面积(areaunderthereceiveroperatingcharacteristiccurve,AUC)达到了0.75。结论:基于HCC超声灰阶图像的影像组学分析和Ki-67表达存在相关性,可以为临床合理诊疗和预后预测提供有用的信息。
简介:目的:通过宏基因组学方法研究健康志愿者口腔微生物群落,为慢性牙周炎治疗转归及预后提供生物学基础。方法:提取健康志愿者唾液样本及龈上、龈下菌斑样本的总DNA,构建基因文库,测序并分析结果(进行物种注释和相对丰度计算),获得样本微生物群落。结果:测序结果显示健康志愿者口腔唾液样本可获得15个微生物属,龈上菌斑样本中可获得19个微生物属,龈下菌斑样本中可获得20个微生物属,微生物群落存在多样性。健康志愿者龈上微生物样本组、龈下微生物样本组及唾液样本组间微生物门、属的平均相对丰度比差异有统计学意义(P<0.05)。结论:结合第二代高通量测序技术的宏基因组学方法能够较好地获得健康志愿者口腔样本中的微生物群落,并初步分析各样本组中的微生物群落结构。
简介:摘要本文综述了蛋白质组学的生物标志物发现技术已经发展了广阔的前景,因此蛋白质表达可作为精神分裂症临床诊断的病理生理学指标。使用质谱分析,根据体液中蛋白质的鉴定,例如脑脊液、血清或血液,就有可能识别出精神分裂症的生物标志物。在临床确诊前,体液中应存在理想的生物标志物,灵敏度高,特异性强,重现性好。该综述讨论了全面的蛋白质组学方法,阐明了其在精神分裂症的发现、诊断和治疗方面的适用性。尽管进行了大量的科学努力,病理与病理生理学精神分裂症知之甚少。蛋白组学通过对精神分裂症患者体液中的蛋白质的研究,可以帮助了解精神分裂症的分子机制。它们也可能表明最有可能发生病理改变的细胞的类型和位置。蛋白质组学方法的研究已经为死后脑组织、外周组织和体液中的定量和定性蛋白质模式提供了大量信息。如二维电泳,2-DDIGE,SELDI-TOF不同蛋白质组学技术、蛋白质组和基于标记(ICAT),无标记(MS(E))量化已应用于精神分裂症的研究。此外,我们还讨论了蛋白质组学方法作为一种常规诊断工具在精神分裂症临床实验室中存在的问题和挑战。