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  • 简介:Horizontalgenetransfer(HGT)haslongbeenconsideredasaprincipalforceforanorganismtogainnovelgenesingenomeevolution.Homologysearch,phylogeneticanalysisandnucleotidecompositionanalysisarethreemajorobjectiveapproachestoarguablydeterminetheoccurrenceanddirectionalityofHGT.Here,21genesthatpossessthepotentialtohorizontaltransferwereacquiredfromthewholegenomeofMagnaporthegriseaaccordingtoannotation,amongwhichthreecandidategenes(correspondingproteinaccessionnumbersareEAA55123,EAA47200andEAA52136)wereselectedforfurtheranalysis.AccordingtoBLASThomologyresults,wesubsequentlyconductedphylogeneticanalysisofthethreecandidateHGTgenes.Moreover,nucleotidecompositionanalysiswasconductedtofurthervalidatetheseHGTs.Inaddition,thefunctionsofthethreecandidategenesweresearchedinCOGdatabase.Consequently,weconcludethatthegeneencodingproteinEAA55123istransferredfromClostridiumperfringens.AnotherHGTeventisbetweenEAA52136andacertainmetazoan'scorrespondinggene,butthedirectionremainsuncertain.Yet,EAA47200isnotatransferredgene.

  • 标签: 水平基因转移 稻瘟病菌 机理分析 系统发育分析 水平转移 编码蛋白质
  • 简介:植物非特定的类脂化合物转移蛋白质(nsLtps)被报导了对细菌、真菌的病原体涉及植物防卫活动。在这研究,我们识别了135(122通常认为并且13以前识别了)SolanaceaensLtps,它被聚类进8个不同的组。由与Boutrot的nsLtp分类作比较,我们分类这八个组进五种类型(我,II,IV,IX和X)。我们把SolanaceaensLtps与Arabi-dopsis和GramineaensLtps作比较并且发现(1)那打字我,II和IV被Solanaceae,Gramineae和Arabidopsis分享;(2)类型III,V,VI和VIII被Gramineae和Arabidopsis分享然而并非到目前为止在Solanaceae检测了;(3)而类型IX在Arabidopsis和Solanaceae仅仅是在场的,类型VII仅仅在Gramineae被发现;(4)类型X是在我们的数据说明52.59%SolanaceaensLtps的一种新类型,并且到目前为止没在任何另外的植物被报导。我们进一步造了并且比较了八个组的三维的结构,并且发现在nsLtp家庭以内的主要功能的多样化能被早于到monocot/dicot分叉,并且许多基因复制和顺序变化在monocot/dicot分叉以后发生在nsLtp家庭,特别在Solanaceae。

  • 标签: 非特异性脂质转移蛋白 NSLTP 茄科 家庭 双子叶植物 识别