简介:摘要目的分析四川南充和新疆和田甲型肝炎病毒(hepatitis A virus, HAV)分离株全基因组序列特征。方法收集2006年四川南充同1起暴发的3份和2016年新疆和田6份急性期甲肝患者血清标本,通过核酸提取、逆转录、分段巢式PCR、测序和序列拼接获得9条HAV全基因组序列。利用生物信息学软件进行系统进化、抗原中和位点、重组和选择压力分析。结果VP1-2A连接区基因分型表明9条HAV序列都属于IA亚型,分为4个不同的分支,其中3条南充序列和3条和田序列属于同一分支;全基因组序列表明,3条南充序列核苷酸和氨基酸同源性分别为99.99%~100%和100%,与3条和田序列全基因组核苷酸和氨基酸差异分别为0.50%~0.57%和0.08%~0.17%。9条HAV全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为98.29%~100%和99.62%~100%,与我国hd9和蒙古MNA12-001关系最近(核苷酸和氨基酸同源性分别为:与hd9 98.60%~99.50%和99.75%~99.92%;与MNA12-001 98.45%~99.32%和99.71%~99.87%)。9条HAV序列在已发表的抗原中和位点处未发生改变,未发现重组,选择压力分析表明处于负向选择。结论我国存在多株HAV流行株;9条HAV氨基酸序列在主要抗原中和位点处很保守。
简介:目的研究2株产气肠杆菌临床株Ea293和Ea2880对厄他培南耐药的机制。方法采用微量肉汤稀释法测定最低抑菌浓度(MIC),应用K—B法检测菌株对美罗培南、亚胺培南及厄他培南的耐药性,改良Hodge试验检测碳青霉烯酶;聚合酶链反应(PCR)扩增碳青霉烯酶基因(KPC,IMP-1、2组,VIM)和广谱及超广谱p内酰胺酶基因(TEM,SHV,CTX-M-1、2、9组ESBLs),并进行序列分析;十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)进行细菌外膜蛋白分析,并对外膜蛋白基因OmpE36进行PCR扩增及序列分析。结果药物敏感试验显示,产气肠杆菌Ea293和Ea2880均对厄他培南耐药。PCR扩增4种碳青霉烯酶基因和5种广谱及超广谱β-内酰胺酶基因,仅Ea2880的SHV和CTX-M9组ESBLs基因阳性,SHV基因的PCR产物测序为SHV-11型广谱酶。细菌外膜蛋白SDS-PAGE结果显示,与碳青霉烯类抗生素敏感的产气肠仟菌Ea1885相比,Ea293和Ea2880均缺失42kD左右的条带,即OmpE36。PCR扩增外膜蛋白基因OmpE36,Ea2880可见预期片段,DNA序列分析显示其与GenBank公布的产气肠杆菌标准株ATCC13048的相似性为87%,氨基酸序列的相似性亦为87%;而Ea293未扩增出预期片段。结论产气肠杆菌临床株Ea293与Ea2880对厄他培南耐药的主要原因可能是外膜蛋白基因OmpE36缺失,同时Ea2880可能还有CTX-M-9组ESBLs参与。