简介:为了方便辣椒的标记辅助育种和遗传分析,我们利用辣椒基因组富集文库和公共数据库辣椒的cDNA序列,从中开发了一批非冗余的、具有2~3个碱基基序的SSR(simplesequencerepeat)标记。SSR富集文库由三种限制性内切酶(AluI、HaeⅢ、RsaI)和两种生物素标记的寡核苷酸探针b(GA)15和b(CA)15共同构建而成。从6528个克隆开发了1736个基因组SSR标记,从13003个序列中获得了1344个cDNA序列来源的SSR标记。利用自交系K9-11和MZC-180的种内杂交种(K9-11×MZC-180)获得了双单倍体分离群体,并用于遗传作图。将597个标记定位到该连锁图上,其中包括265个新开发的SSR标记。将该遗传图谱命名为KL-DH,它包括12个连锁群,覆盖了2028cM的遗传距离,标记间的平均距离少于4cM。将KL-DH图谱的框架结构与已发表的COSⅡ图谱进行了比较,并利用番茄的基因组序列来整合两个图谱。COSⅡ图谱是由C.frutescens×C.annuum种间杂种的F2分离群体构建而成。本研究所建立的种内杂交KL-DH图谱和种间杂交COSⅡ图谱在图谱长度和标记分布上比较相似,表明KL-DH图谱几乎覆盖了整个辣椒基因组。
简介:我们用辣椒(Capsicumannuum)栽培种(已导入了灯笼椒CapsicumchinenseL^3基因)的种内F2代群体(2016株)和种间F2代群体(3391株)(由灯笼椒与Capsicumfrutescence杂交产生)对灯笼椒抗烟草花叶病毒属病毒的L^3基因进行定位。通过L^3基因抗性紧密相关的AFLP分子标记的BAC文库的分析,揭示出番茄抗病同源基因12的存在。通过简并PCR技术,对来自35株不同辣椒的同源基因12的部分或全部编码序列进行克隆,且在种间组合中产生了17个遗传标记。图谱显示:L^3基因位于12同源基因标记IH1—04和BAC—end标记189D23M中间,L^3基因定位于包含两个不同BAC重叠群的区内,这两个不同的BAC重叠群分别由4个和1个无性系组成。DNA纤维荧光原位杂交揭示这两个重叠群被约30kb隔开。DNA纤维荧光原位杂交结果和BAC无性系的Southern杂交表明在高度重复序列中富集包含L^3基因位点的区。Southern杂交表明两个BAC重叠群包含多于十个的12同源基因拷贝体。相反,对于种间F2代群体,,重组后代没有结合位点,在种内F2代群体中,该结合位点存在于两个不同的BAC重叠群内,这两个不同的BAC重叠群分别由7个和2个无性系组成。而且,两个群体间结合位点分配的不同表明在含有L基因位点的区域连锁不平衡。