简介:摘要骨髓增殖性肿瘤(MPN)是一组造血干细胞克隆性疾病,JAK2V 617F基因突变为MPN诊断的主要依据。既往研究显示MPN患者BCR-ABL融合基因与JAK2 V617F基因突变是互相排斥的,但近年来两种基因双突变病例时有报道。文章综合近年来国内外相关文献,对BCR-ABL融合基因与JAK2 V617F突变双阳性的MPN进行综述。
简介:摘要目的筛选增生型糖尿病视网膜病变(DR)患者差异表达基因(DEG ),为增生型DR(PDR)治疗提供新的生物学治疗靶点。方法基础研究。2020年10月于天津医科大学眼科医院检查确诊的PDR患者3例(PDR组)及非糖尿病患者3例(对照组)纳入研究。另外分别选取同期PDR、非糖尿病患者各40例并据此分为PDR验证组、对照验证组。PDR验证组、对照验证组行外周血验证试验;PDR组、对照组进行RNA测序。采用转录组学(RNAseq)测序技术筛选PDR组、对照组DEG。对筛选得到的DEG进行基因注释(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)的信号通路富集分析和蛋白-蛋白互作网络(PPI)分析。应用基因表达总集数据库查找与PDR相关高通量数据行多队列比对分析,通过Targetscan平台对差异表达的miRNA进行靶基因预测,明确筛选所得DEG与PDR的相关性。采用逆转录聚合酶链反应、蛋白免疫印迹法对与PDR相关的DEG mRNA、蛋白表达进行验证。PDR验证组、对照验证组之间PDR相关的DEG mRNA、蛋白相对表达量比较行配对t检验。结果RNAseq测序共筛选出1 337个DEG,上调基因419个,下调基因918个。具有低等电点的直接凋亡抑制蛋白结合蛋白(DIABLO)、锌指和含BTB域10 (ZBTB10 )、polo样激酶3 (PLK3 )、调节亚单位1 (PIK3R1)、B细胞易位基因3 (BTG3)等基因在PDR组患者中差异表达。GO功能富集分析结果显示,DIABLO、ZBTB10、PLK3、PIK3R1、BTG3等基因参与了与PDR相关的病理过程。KEGG富集分析结果显示,细胞外基质受体作用、细胞因子调控通路、p53信号通路、半乳糖代谢等糖代谢途径可能参与了DEG涉及过程。PPI分析结果提示,DEG关联蛋白节点越大,关联的节点数量越多,其中DIABLO、ZBTB10、PLK3、PIK3R1、BTG3等基因对该作用网络形成作用显著。Targetscan平台预测发现,DR患者房水、玻璃体、血浆中显著差异miRNA与本研究所发现的DEG具有调控关系。与对照验证组比较,PDR验证组患者外周血中DIABLO、ZBTB10、PLK3、PIK3R1 mRNA、蛋白相对表达量上调,BTG3 mRNA、蛋白相对表达量下调。结论PDR患者的DEG为DIABLO、ZBTB10、PLK3、PIK3R1、BTG3,其通过调控细胞增生、纤维化及氧化应激等生物学过程参与疾病进程。
简介:摘要目的分析河南地区β-地中海贫血患者和基因携带者的基因类型与血液学特征。方法收集2016年8月至2021年11月于郑州大学第一附属医院诊断为β-地中海贫血患者或基因携带者的临床资料,分析其血常规、血红蛋白电泳、基因检测结果。结果83例β-地中海贫血患者或基因携带者中,女性46例,男性37例,年龄生后5个月至83岁,平均年龄(27.37±14.71)岁。共检出13种β-地中海贫血等位基因共计86个,前3位分别为IVS-Ⅱ-654(C>T)(33.72%)、CD41-42(-TTCT)(26.74%)、CD17(A>T)(18.60%),包括5种罕见基因:CD8-9(+G)、IVS-Ⅱ-1(G>A)、CD42(T>G)、Initiation codon ATG>AGG和Initiation codon ATG>ACG。其中,HBB:c.128T>G(CD42 T>G)为国内首次检出的突变类型。13种β-地中海贫血等位基因共组成15种基因型,包括12种单纯杂合子( 80例,占96.40%) 、2种复合杂合子(2例,占2.40%) 、1种纯合子(1例,占1.20%)。血液学主要表现为轻度小细胞低色素性贫血以及HbA2增高。与β+/βN基因型携带者相比,β0/βN基因型携带者的MCV、MCH明显降低,HbA2明显增高,差异有统计学意义(P<0.05)。结论β-地中海贫血在河南地区并不少见,其特点与高发地区不同,需引起足够重视。HBB:c.128T>G(CD42 T>G)丰富了中国人群的β-地中海贫血突变谱。本研究为河南省β-地中海贫血的遗传咨询和产前诊断服务提供参考。
简介:摘要目的探讨维生素D依赖性佝偻病(VDDR)ⅠA型患儿的临床特征,以及CYP27B1基因突变情况。方法选择2019年3月至12月,于首都儿科研究所附属儿童医院内分泌科确诊为VDDR ⅠA型的2例患儿(患儿1、2)为研究对象。采用回顾性研究方法,①分析其临床表现,基因检测、治疗、转归及随访结果等。②对2例患儿检出的新突变,采用MutationTaster、SIFT、PROVEAN、Polyphen-2等蛋白质功能预测软件,预测该基因新突变的致病性。按照2015年美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)制定的《ACMG遗传变异分类标准与指南》,对该基因新突变致病性进行分级。③通过比对8种灵长类及100种脊椎动物CYP27B1基因编码蛋白质序列,判断新突变位点在不同物种中的保守性。④利用Rosetta软件,对CYP27B1基因新突变后编码蛋白质建立同源3D模型,分析突变前、后蛋白质结构。本研究经首都儿科研究所伦理委员会批准(审批文号:首都儿科研究所SHERLL2020003)。结果①一般临床资料:患儿1、2均为男性患儿,年龄分别为5岁7个月和1岁8个月,分别因为"双下肢畸形3年"及"走路始步态不稳8个月",于病例收集医院住院治疗。②入院查体:身高均低于同性别、年龄健康儿童,均存在肋下缘、双膝关节外翻,双下肢呈"X"型。患儿1存在方颅畸形、"鸡胸"、肋骨"串珠"样改变。③入院时实验室及影像学检查:血钙、磷均降低,25-羟维生素D3[25(OH)-D3]稍低(患儿1)或正常(患儿2),碱性磷酸酶(ALP)、甲状旁腺素(PTH)均明显升高。腕、膝关节X射线摄片检查均可见尺、桡骨干骺端先期钙化带不规则,放射冠征、杯口征等佝偻病特征性改变。④基因检测:患儿1存在CYP27B1基因c.1358G>A与c.184C>T复合杂合突变;患儿2存在c.1325_1326insCCCACCC纯合突变,均遗传自其父母,被确诊为VDDR ⅠA型。⑤治疗及随访:对2例患儿采取骨化三醇及钙剂口服治疗后分别随访15个月和22个月,佝偻病相应症状、体征好转,出现追赶生长,实验室及影像学指标恢复正常,可见干骺端光整。⑥新突变致病性及其分级:CYP27B1基因c.184C>T在人类基因突变数据库(HGMD)(http://www.hgmd.cf.ac.uk)中尚未收载,为新突变。采用MutationTaster、SIFT、PROVEAN、Polyphen-2蛋白质功能预测软件分析发现,该新突变具有致病性;根据《ACMG遗传变异分类标准与指南》,该新突变被判断为可能致病性突变。⑦新突变位点在不同物种中的保守性分析:对CYP27B1基因该新突变位点编码蛋白质序列,在8种灵长类及100种脊椎动物中的保守性分析发现,该位点高度保守。⑧新突变前、后编码蛋白质三维结构分析:采用Rosetta软件对CYP27B1基因c.184C>T突变前、后编码蛋白质同源3D模型发现,该位点突变后,第62位氨基酸由组氨酸突变成酪氨酸后,增加了与第491位苏氨酸残基的极性相互作用,可能引起编码蛋白质结构变化。结论对于血钙、磷均降低,伴有PTH升高,25(OH)-D3非明显降低患儿,需考虑VDDR ⅠA型可能,应采取CYP27B1基因检测确诊。如果CYP27B1基因c.184C>T突变后续被HGMD证明是新突变,则本研究将丰富CYP27B1基因突变类型。
简介:摘要目的探讨宏基因组高通量测序技术(mNGS)在异基因造血干细胞移植术后感染患者中的应用价值。方法回顾性分析2019年4月至2020年11月于北京大学血液病研究所进行异基因造血干细胞移植术后出现局部或全身感染症状的83例患者,并进行mNGS检测。标本包括外周血、脑脊液、肺泡灌洗液、脓腔穿刺液等,同时分析同期细菌/真菌培养、病毒PCR检测结果,将mNGS结果和常规检测结果进行比对。结果83例患者112份样本进行了mNGS检测,共确定病原微生物34种。其中细菌11种,共17例次,最常见为大肠埃希菌(4/17)。真菌7种,共10例次,白色念珠菌(2/10)。病毒16种,共129例次,细环病毒30.2%(39/129)、CMV 25.6%(33/129)、EBV 14.0%(18/129)。以常规检测手段为金标准,mNGS敏感性为86.5%,特异性为45.0%。单一病原体感染的样本,mNGS与常规检测手段结果一致的共82.9%(29/35);共感染样本中,mNGS与常规检测结果一致的占16/17。结论mNGS有助于确定感染病原体,可作为常见手段的补充诊断方式。
简介:摘要目的明确导致猩红热的A族链球菌(GAS)流行型别,比较不同emm型别GAS的基因结构及基因变异性,阐明猩红热病原学的流行、进化规律。方法回顾性研究。收集2016年1月1日至2018年5月31日深圳市儿童医院诊断为猩红热的儿童咽拭子标本,保存GAS菌株,进行emm基因分型,选取在分型上具有代表性的菌株进行全基因组测序,通过比较基因组学分析,描述GAS菌株基因组多态性,并基于单核苷酸多态性(SNP)位点分析构建遗传进化树,阐明菌株之间的进化关系。2组比较采用秩和检验。结果在导致儿童猩红热的176株GAS分离株中,共检测到8种emm型别,emm12.0及其亚型(108/176株,61.4%)占比最高,其次为emm1.0及其亚型(53/176株,30.1%),两者共占91.5%。以GCA-900984775为参考序列进行比较基因组分析显示,GAS菌株基因组之间存在丰富的SNP和插入或缺失(InDel)多态性,emm12.0型菌株SNP数[183(163,213)个]大于emm1.0型菌株SNP数[63(54,75)个],差异有统计学意义(P<0.05);InDel分析中,emm12.0型菌株基因序列插入数[4(3,6)个]和缺失数[8(6,10)个]大于emm1.0型菌株[1(0,2)个,5(3,7)个]。以MGAS5005参考序列,基于SNP的分析结果构建进化树得出18株菌株及参考菌株处于2个分支。结论引起儿童猩红热的GAS菌株型别以emm12.0型、emm 1.0型多见,不同型别菌株基因组组成之间存在差异,emm12.0型菌株存在较高的遗传多样性。
简介:摘要白血病的分子分型是评估疾病风险、选择治疗方案的基础。NUTM1基因(15q14)重排是急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)的一种新分子类型,主要见于儿童(≥1岁)和婴儿(<1岁),儿童患者稍多。但是在婴儿ALL中,NUTM1重排是第2位最常见的分子异常。NUTM1重排白血病患儿对常规化疗方案反应敏感,预后较好。NUTM1重排白血病患者较少,我国尚鲜见相关研究和病例报道。NUTM1基因编码的NUT蛋白是一种染色质调节因子,与组蛋白乙酰化调控及染色质重构有关。文章介绍NUTM1重排白血病的临床病理学特征、检测方法、可能的致瘤机制及治疗前景,期望提高临床对此类白血病的认识,为精准分子分型及治疗提供参考。
简介:摘要目的探讨Cfap65基因敲除对小鼠精子发生的影响。方法利用CRISPR/Cas9技术构建Cfap65基因敲除小鼠;使用PCR和Sanger测序方法进行小鼠基因型鉴定;依据小鼠基因型将小鼠分为Cfap65-/-组(n=3)与野生型组(n=3);生育力试验评估小鼠生育力;使用HE染色、免疫荧光、透射电子显微镜观察小鼠附睾精子与睾丸精子形态;使用定量实时聚合酶链锁反应检测Cfap65 mRNA在小鼠心、肝、脾、肺、肾和睾丸组织中的表达。结果Cfap65-/-组小鼠表现为完全不育,附睾精子数量减少和活动率低下,形态观察可见精子出现短尾、卷尾和尾部缺失,头部畸形率也显著高于野生型小鼠(1.67%±0.44%比33.00%±1.53%),差异有统计学意义(P<0.001)。Cfap65基因敲除导致小鼠精子领结构异常。Cfap65高表达于成年小鼠的睾丸、肺中;Cfap65在小鼠睾丸中的表达从4周龄到6周龄有一个急剧的增加(901.90±33.19比2 144.00±22.92),差异有统计学意义(P<0.001)。结论Cfap65表达具有组织特异性,缺失后导致雄性小鼠精子发生障碍,这可能与精子领运输障碍有关。
简介:摘要目的研究深圳市啮齿动物所携带的汉坦病毒分子流行病学特征,分析汉坦病毒基因型别。方法采用笼日法布点捕鼠,收集鼠肺标本后研磨提取RNA。运用实时荧光PCR方法进行分型检测,进一步采用反转录-巢式PCR扩增部分M片段G2区和S片段核苷酸序列,并进行同源性和系统进化树分析。结果共捕获200只鼠类动物,包含褐家鼠189只、黄胸鼠9只和小家鼠2只。汉坦病毒检出率为21.0%(42/200),均为汉城病毒,其中宝安区鼠肺检出率最高,达45.7%(χ2=25.60,P<0.05)。从阳性鼠肺标本中分别扩增出25条汉坦病毒M片段G2区和S片段序列,核苷酸同源性分别为95.3%~100.0%和97.6%~100.0%,与来自广州市的参考序列核苷酸相似性较高。系统进化树显示此次研究深圳市鼠类动物所携带的汉坦病毒均为汉城病毒的S2亚型。氨基酸突变位点分析发现,在S基因编码的核衣壳蛋白中存在1个位点突变,为BA-111第973位由丙氨酸(Ala)变为苏氨酸(Thr)。结论深圳市鼠类动物所携带的汉坦病毒为汉城病毒的S2亚型,与深圳市历年以及周边省市汉坦病毒代表病毒毒株相比变异不大。
简介:摘要遗传因素对人类的运动能力起着关键作用,其中耐力素质和爆发力素质是运动能力的重要组成部分,本研究以耐力素质相关遗传标记血管紧张素转移酶(angiotensin converting enzyme,ACE)基因、肌型肌酸激酶(creatine kinase MM,CKMM)基因以及爆发力素质相关遗传标记α-辅肌动蛋白-3(alpha actinin 3, ACTN3)基因、血管紧张素原(angiotensinogen,AGT)基因和白介素6(interleukin6,IL6)基因为基础,对其遗传变异与人类运动能力的关系作一综述,从分子水平揭示人类运动能力的生物学遗传机制,同时对这些基因多态性在不同人群中的基因型分布频率和等位基因分布频率进行总结。
简介:摘要6月龄患儿以腹泻、呕吐起病,临床表现为排稀水样便并次数增多,营养不良,双肾多发结石,胃肠镜示慢性浅表性胃窦炎、慢性结肠炎,十二指肠降段黏膜病理示固有层多量淋巴细胞、浆细胞浸润伴绒毛萎缩。全外显子测序发现STAT3基因c.1516G>A(p.E506K)杂合错义突变,为自发变异。该突变未曾见报道,可能是儿童慢性腹泻新发致病突变。该患儿改无乳糖深度水解配方喂养及对症支持治疗后排便正常,体重逐渐增加,双肾结石变小。