An Approach for Searching Insertions in Bacterial Genes Leading to the Phase Shift of Triplet Periodicity

(整期优先)网络出版时间:2011-04-14
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三位字节频率(TP)的阶段移动的概念从17个细菌的染色体在基因被用于寻找的潜在的DNA插入。为这些插入的察觉的一个数学算法被开发了。这条途径能与不是三个底的multiples的长度检测潜在的插入和删除,特别相对大的DNA碎片的插入(>100个底)。在三位字节矩阵之间的新类似措施被采用为检测TP阶段移动改进敏感。有每由超过1,200个底组成的17,220细菌的基因的序列被分析,并且TP阶段移动的存在在16%分析基因(2,809基因)被显示出,它是多于在我们的以前的工作检测了那的大约4次。我们建议TP阶段的移动可以显示与不是三个底的multiples的长度在DNA碎片的插入以后在基因读框架的移动。在TP的阶段移动和在基因的框架移动之间的一种关系被讨论。