简介:目的:对目前研究较为广泛的miR-15a的靶基因进行预测及相关生物信息学分析,以期为miR-15a靶基因的实验验证提供数据支持,并为深入研究miR-15a的调控机制及生物学功能奠定基础和提供理论指导。方法:选择TargetScan5.1与PicTar两种计算方法预测miR-15a的靶基因的交集作为分析的基因集合,分别进行GO注释描述、GO富集分析和生物通路富集分析。结果与结论:预测靶基因集合分别富集在转录调控、蛋白质修饰、细胞周期等生物学过程和蛋白激酶活性等分子功能上(P〈0.01);经典miR-15a预测靶基因集合显著富集于KEGG通路数据库中的Wnt信号通路、细胞周期和p53信号通路等5个信号转导通路及前列腺癌、慢性髓细胞性白血病、黑素瘤等7个疾病通路中(P〈0.05)。
简介:目的:用生物信息学方法对沙丘芦苇胸腺嘧啶二磷酸葡萄糖脱水酶(PcTGD)的序列进行分析与结构预测,为后续研究提供参考。方法:以GOR法预测了PcTGD的二级结构,以ProtScale分析它的疏水性,最终通过现有的序列同源性比较,用MODELLER预测了PcTGD的三维结构。结果:PcTGD具有高度保守的活性中心Tyr***Lys和N末端的Gly*Gly**Gly的高度保守结构。结论:PcTGD属于一个短链脱氢酶/还原酶家族。
简介:目的:人肌球蛋白7A(MYO7A)基因是遗传性耳聋分子筛查的候选基因之一。从已知的MYO7A非同义单核苷酸多态性(nsSNPs)位点数据库中筛选可能与致病表型相关的nsSNPs位点,以提高MYO7A基因耳聋分子诊断的有效性和准确率。方法:首先,从NCBI数据中心的dbSNP数据库(dbSNP)和DeafnessVariationDatabase数据库获得MYO7A基因的SNPs数据和基因的相关信息;然后,通过SIFT、PolyPhen-2、PANTHER、PhD-SNP、MutationTaster、SNP&GO和MutPred软件进行nsSNPs表型致病性分析,预测潜在致病位点;接着,应用ClustalX2和GeneDoc软件进行同源氨基酸序列比对,分析潜在致病的nsSNPs位点保守性;最后,应用SwissModel平台选择性地对某些突变蛋白质的三维结构进行建模,并分析结构域的变化。结果:预测出MYO7A的104个高风险致病的nsSNPs位点,包括25个已报道的耳聋相关nsSNPs位点;高风险致病的nsSNPs位点中,有42个位于肌球蛋白马达(myosinmotor)结构域,其中12个预测有致病风险的nsSNPs位点与MYO7A基因致聋的突变研究报道一致。肌球蛋白马达结构域中包含30个新预测的潜在致病性nsSNPs位点,其中仅L366P位点在7个预测软件中具有高度一致性。通过对L366P位点位点突变前后的三维模型构建,发现存在蛋白结构的改变,且同源性比对结果显示了该位点的高度保守性。结论:MYO7A的L366P为潜在高风险致病性nsSNP位点,推测该基因突变可能与耳聋表型相关。本研究所采用的分析筛选方法对MYO7A基因突变的临床筛查及其他致病基因的nsSNPs筛选具有重要的参考价值。
简介:目的:探讨化学发光法在梅毒实验诊断中的应用价值。方法:采用化学发光法、RPR法、TPPA法分别检测150例梅毒患者及125例非梅毒患者血清。结果:化学发光法、RPR法、TPPA法对150例梅毒血清标本和125例非梅毒血清标本对照组的敏感性分别为98.0%、75-3%和97.3%,特异性分别为98-3%、81.6%和97.5%。化学发光法、TPPA法敏感性和特异性明显高于RPR法,差异有统计学意义(P〈0.05);化学发光法和TPPA法相比,敏感性和特异性差别不大,差异没有统计学意义(P〉0.05);联合3种方法检测,梅毒诊断阳性率可提高到100%。结论:梅毒的化学发光检测法具有极高的敏感性和特异性,是一种自动化、定量检测方法,能够用于梅毒的准确诊断和疗效观察,与传统方法联检可防止误诊、漏诊,具有较大的临床应用价值。
简介:目的:探讨血清胱抑素C(CysC)对帕金森病(PD)的临床诊断意义,为帕金森病的早期诊断和预防治疗提供可参考的血清学指标。方法:采用日立7170全自动生化分析仪检测53例帕金森病患者的血清CysC,以33例健康人作为对照,采用SPSS13.0软件对数据进行统计分析。结果:PD组CysC平均水平为(1.18±0.37)mg/mL,健康对照组为(0.79±0.15)mg/mL,组间均数有显著性差异(t=6.663,P=0.000〈0.05)。诊断PD的ROC曲线下的面积为0.860,面积下95%可信区间为(0.782±0.938)。在ROC曲线上确定诊断界点,当界点为0.938时,灵敏度为0.755,特异度为0.888;当界点为1.030时,灵敏度为0.528,特异度为0.970。当CysC水平〉0.938mg/mL时,PD组阳性率为75.47%;当CysC水平〉1.03mg/mL时,PD组阳性率为52.83%。结论:血清CysC对PD的诊断有一定的意义,CysC水平越高,确诊为PD的可能性越大;CysC水平〉0.938mg/mL时,能很好地区别于健康对照组。
简介:目的:比较并评价涂片抗酸染色法(涂片法)、L-J培养法和基因芯片法在分枝杆菌检测中的应用价值。方法:对241例需查抗酸杆菌的临床标本,采用涂片法、L-J培养法和基因芯片法检测分枝杆菌,3种方法检测结果存在分歧的标本再进行DNA测序,以培养鉴定结果阳性或DNA测序得到分枝杆菌序列为确诊标准。结果:241例标本,涂片法、L-J培养法和基因芯片法的检测阳性率依次为18.7%、12.0%、15.8%,经卡方检验三者阳性率的差异没有统计学意义(P〉0.05);检测灵敏度依次为85.4%、70.7%、93.0%,经卡方检验三种方法的灵敏度总体来说有差别(χ2=7.24,P〈0.05),涂片法与L-J培养法以及涂片法与基因芯片法的灵敏度差异没有统计学差异,基因芯片法的灵敏度高于涂片法(χ2=6.61,P〈0.05);检测特异性依次为95.6%、100.0%、100.0%。38例基因芯片检测阳性患者中有28例为结核分枝杆菌,10例为非结核分枝杆菌。结论:与涂片法及培养法相比较,基因芯片法能够鉴别分枝杆菌菌种,同时具有快速、可靠、准确度高的特点,在分枝杆菌感染的早期诊断和抗菌治疗上具有重要的临床价值。
简介:目的:探讨血尿淀粉酶检验指标在急性胰腺炎诊断中的应用分析.方法:选取2014年1月~2015年5月在我院住院治疗的急性胰腺炎患者64例作为研究对象,随机将所有患者分为观察组和对照组,各32例.观察组用血尿淀粉酶检验作为辅助检查,对照组用影像超声检查作为辅助检查,观察两组用不同的辅助检查方法,分析对比两组的判断准确率.结果:两组通过最后确诊的是32人,观察组根据血尿淀粉酶的检验结果,判断为急性胰腺炎的有31人,诊断准确率为96.88%;对照组根据影像超声检查结果,判断为急性胰腺炎的患者有27人,诊断准确率为84.38%,观察组的诊断准确率明显比对照组高(P〈0.05).结论:针对急性胰腺炎患者,血尿淀粉酶检验结果的准确率明显比影像超声的检查结果的准确率高,而且经济,操作方便,让患者更容易接受,在临床上值得大力推广.
简介:目的:探讨联合检测人附睾蛋白4(HE4)、血清糖类抗原125(CA125)和199(CA199)在绝经后卵巢可及综合征(PMPOS)中的应用价值。方法:采用化学发光法(CLIA)检测125例PMPOS患者及60例健康志愿者(对照组)血清HE4、CA125和CA199的水平,其中PMPOS患者分为良性肿瘤组(良性组,n=50)和恶性肿瘤组(恶性组,n=75)。结果:PMPOS恶性组患者血清HE4、CA125和CA199水平均显著高于良性组,有统计学差异(P〈0.05);也显著高于对照组,有统计学差异(P〈0.05)。良性组的CA125水平略高于对照组,有统计学差异(P〈0.05);但CA199和HE4水平与对照组比较无明显差异,无统计学差异(P〉0.05)。三者联合检测用于诊断PMPOS恶性肿瘤的敏感度达到81.2%,而特异度也保持在90.0%。结论:联合检测HE4、CA199和CA125可有效提高对PMPOS恶性卵巢肿瘤的诊断效率,具有较大的临床意义。