简介:摘要2018年2月,Gupta等[1]建议将分枝杆菌属(Mycobacterium)成员重新分类。分枝杆菌属最高水平中存在5个不同的单系分组(monophyletic groups),分别为Tuberculosis-Simiae(结核-猿猴,TS)、Terrae(土地,Te)、Triviale(次要,Tr)、Fortuitum-Vaccae(偶发-母牛,FV)、Abscessus-Chelonae(脓肿-龟,AC)。Gupta等由此建议分枝杆菌属(Mycobacterium)重新分类为5个属,并依次对科和5个属进行了描述。
简介:摘要β属人冠状病毒(human coronavirus, HCoV)包括HCoV-OC43、HCoV-HKU1、严重急性呼吸综合征冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus, SARS-CoV)、中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus, MERS-CoV)和2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV),其中SARS-CoV、MERS-CoV和2019-nCoV为高致病性HCoV,其跨种传播和流行对人类造成重大危害,对全球公共卫生及经济造成巨大损失,但相对于成人病例,儿童感染病例较少、临床表现较轻、预后较好,原因尚不清楚。本文对5种β属HCoV感染特点进行综述,比较儿童与成人病例的异同点并探讨其可能原因,以期为全面认识β属HCoV感染提供参考信息。
简介:摘要造成我国自2019年12月份开始的全国性新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的病因是新型冠状病毒(2019-nCoV)感染。2019-nCoV是目前已知所分4个属冠状病毒科的β属冠状病毒。对人类影响较大的β属冠状病毒,除2019-nCoV外,还有严重急性呼吸道综合症冠状病毒(SARS-CoV)和中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)。2019-nCoV的受体也是SARS-CoV的受体血管紧张素转换酶2(ACE2),MERS-CoV的受体是二肽基肽酶4(DPP4,或CD26)。免疫组织化学检测发现,ACE2在人类眼表的角膜和结膜上皮细胞、角膜内皮细胞均呈阳性表达,DPP4在正常动物眼结膜上皮细胞及其下方结缔组织的成纤维细胞中活性较强,在严重角膜损伤后整个角膜上皮和泪液中活性较强。两种受体均参与多个信号通路和多种病理生理过程,它们在眼表的表达是冠状病毒眼部感染可能的途径,为进一步研究冠状病毒眼部致病机制提供了线索。
简介:摘要目的分析7~14岁单纯性肥胖儿童与健康对照之间肠道拟杆菌属相似性及多样性差别,探讨儿童单纯性肥胖对肠道优势菌属的影响。方法收集30例7~14岁单纯性肥胖和30例同年龄段健康儿童的粪便样品,提取粪便菌群总DNA,利用拟杆菌属16 s DNA种属特异性引物,进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,通过变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得肥胖儿童和健康儿童肠道拟杆菌属的分子指纹图谱,进行多样性及相似性分析;同时测量肥胖和健康儿童的体质量、身高、体质量指数(BMI)、血压、血脂、瘦素(LEP)、血浆脂联素(ADP),探讨肥胖儿童与肠道优势菌属的关系及临床意义。结果肥胖组儿童BMI[(25.71±3.28)kg/m2]、收缩压(SBP)[(121±12.4)mmHg]、甘油三酯(TG)[(1.15±0.40)mmol/L]、总胆固醇(TC)[(4.20±0.73)mmol/L]、LEP[(18.94±1.68)μg/L]水平均高于正常组BMI[(17.38±3.54)kg/m2]、SBP[(104±7.3)mmHg]、TG[(0.87±0.31)mmol/L]、TC[(3.37±0.86)mmol/L]、LEP[(11.29±2.41)μg/L](均P<0.05),HDL[(1.01±0.28)mmol/L]、ADP[(4.10±2.32)mg/L]水平均低于正常组HDL[(1.40±0.26)mmol/L]、ADP[(5.84±3.42)mg/L](均P<0.05),两组年龄、DBP及LDL水平差异均无统计学意义(均P>0.05);肥胖组拟杆菌属DGGE图谱的条带数目[(9.33±1.37)]、H'指数[(2.07±0.16)]低于正常组样本[(17.33±2.80)、(2.67±0.20)],聚类分析结果示拟杆菌属肥胖组内个体间及与正常组比较组间相似性均降低;拟杆菌属两组DGGE图谱中的S及H'指数,与BMI和LEP均呈负相关(均P<0.01),与ADP均呈正相关(均P<0.05);正常组S、H'指数与LEP均呈负相关(均P<0.05),而与BMI、ADP均无相关性(均P>0.05);肥胖组S及H'指数与BMI和LEP均呈负相关,与ADP无相关(均P>0.05)。结论人类肠道菌群拟杆菌属组成的变化与儿童肥胖相关,肥胖儿童肠道拟杆菌属的多样性及相似性降低;肥胖儿童肠道拟杆菌属的多样性与BMI、ADP和LEP相关。
简介:摘要患者女性,左眼麦粒壳划伤后眼红伴视物不清,抗炎治疗效果不佳。左眼角膜中央色素性隆起病灶,颞上方及颞下方浸润灶处上皮缺损,下方角膜表面散在多处卫星灶,见羽毛状边界。真菌培养及活体激光共聚焦显微镜结果均提示刺盘孢属真菌,经测序确诊为刺盘孢属真菌性角膜炎。药敏实验后给予抗真菌治疗效果欠佳,行左眼眼内容物摘除术。(中华眼科杂志,2020,56:138-140)
简介:摘要目的建立实时荧光环介导等温扩增(Real-time Loop-mediated Isothermal Amplification,LAMP)技术检测皮肤癣的方法,实现皮肤癣菌病的快速实验室诊断。方法通过在NCBI官网查找下载皮肤癣菌中毛癣菌属、小孢子菌属和表皮癣菌属临床分离率较高的菌种rRNA序列(18S rRNA, ITS1, 5.8S rRNA, ITS2和28S rRNA),运用DNASTAR Lasergene软件进行分析比对,寻找出毛癣菌属内高度保守的靶序列,且该段靶序列要与其他属存在差异,运用Primer Explorer V5设计LAMP引物。提取须癣毛癣菌NBRC6202基因组DNA作为模板筛选引物以及建立LAMP检测毛癣菌属的反应体系,以红色毛癣菌ATCC28188基因组DNA作为模板测试其敏感性和稳定性,以毛癣菌属以外的其他真菌、细菌基因组DNA验证LAMP反应体系的特异性。结果筛选的4套引物里,primer2的扩增效果较好,可在22 min检测出须癣毛癣菌,且可以特异地检测出红色毛癣菌、指间毛癣菌、疣状毛癣菌、许兰毛癣菌、紫色毛癣菌。本研究建立的毛癣菌属RT-LAMP检测方法的最低检测限为1 pg/μL;在10 000 pg/μL、100 pg/μL和1 pg/μL三个浓度的分别10次重复检测实验中平均CT值和CV%分别为9.24±0.30,3.29%、10.57±0.54,5.12%、15.95±0.52,3.24%。结论实验建立的毛癣菌属LAMP检测方法在特异性、敏感性和稳定性三方面均表现出优越的性能,能快速准确地检测出毛癣菌属常见菌种,具有良好的临床应用前景。
简介:摘要目的探讨基于三维可视化肝中静脉及其属支的解剖情况。方法采用回顾性描述性研究方法。收集2018年11月至2019年9月南京医科大学第一附属医院收治的100例行肝脏增强CT检查健康体检者的临床影像资料;男47例,女53例;平均年龄为52岁,年龄范围为20~83岁。使用海信计算机辅助手术系统对100例健康体检者的肝脏CT检查薄层扫描结果进行三维重建和数据测量。每例健康体检者均重建肝脏、门静脉以及肝静脉,了解其解剖情况。观察指标:(1)肝脏体积。(2) 肝中静脉与Rex-Cantlie线的位置关系。(3)肝中静脉与门静脉流域划分左右半肝分界线的位置关系。(4)模拟解剖性肝切除术情况。(5)肝中静脉属支情况。正态分布的计量资料以x±s表示,偏态分布的计量资料以M(范围)表示。计数资料以绝对数表示。结果(1)肝脏体积:100例健康体检者的肝脏体积为1 248.8 mL(785.5~3 745.6 mL)。(2)肝中静脉与Rex-Cantlie线的位置关系:100例健康体检者中肝中静脉与Rex-Cantlie线重叠75例,偏右25例。(3)肝中静脉与门静脉流域划分左右半肝分界线的位置关系:100例健康体检者中肝中静脉与门静脉流域划分的左右半肝分界面完全一致76例,肝中静脉起始段位置偏右而近下腔静脉段一致24例,无肝中静脉偏于门静脉流域划分的左右半肝分界面左侧者。(4)模拟解剖性肝切除术情况:100例健康体检者解剖性肝切除离断肝实质长度为121.7 mm(91.3~177.2 mm)。胆囊窝距肝中静脉的距离为17.8 mm(6.5~35.8 mm)。(5)肝中静脉属支情况:100例健康体检者进行肝中静脉属支重建共507支,其中S4a段、S4b段、S5段、S8段肝中静脉属支总数分别为61支、147支、190支、109支。每例健康体检者S4a段、S4b段、S5段、S8段肝中静脉属支数目分别为1支(0~1支)、1支(0~3支)、2支(0~4支)、1支(0~2支)。S4a段、S4b段、S5段、S8段肝中静脉属支根部直径分别为3.6 mm(2.2~8.1 mm)、3.7 mm(2.0~6.6 mm)、3.6 mm(2.2~6.8 mm)、3.5 mm(2.3~7.9 mm),属支根部距胆囊窝的距离分别为103.9 mm(76.9~130.0 mm)、59.1 mm(12.0~115.3 mm)、54.2 mm(22.8~95.9 mm)、103.9 mm(66.5~144.2 mm)。根据肝中静脉各段属支根部位置、直径范围绘制肝中静脉解剖性半肝切除术的肝中静脉属支根部位置图。结论三维可视化技术能够通过肝中静脉属支解剖数据及肝中静脉属支根部位置图展示肝中静脉支流的解剖结构。
简介:摘要目的分析导管相关性血流感染草螺菌属的鉴定和药敏试验过程,提高临床医师和微生物检验工作者对罕见病原微生物关注和认知。方法采集1例慢性肾衰竭血液透析患者经透析导管留取的血培养阳性标本,涂片、染色、镜检,并对分离到单个菌落,分别进行质谱分析、生化鉴定和药敏试验;提取细菌基因组DNA,扩增细菌16S rDNA并测序;细菌基因组高通量测序。结果血培养瓶孵育20 h后阳性报警,涂片见革兰阴性杆菌。血琼脂上孵育16 h,见乳白色、凸起和无溶血菌落。VITEK2 Compact鉴定为洋葱伯克霍尔德菌,N335药敏卡检测药敏结果,发现该菌对氨曲南和多黏菌素耐药,其余抗生素均敏感。VITEK MS质谱仪临床数据库无法鉴定出种属,VITEK MS科研数据库鉴定为Herbaspirillum huttiense/Herbaspirillum aquaticum。该菌16S rDNA与草螺菌属Herbaspirillum huttiense、Herbaspirillum aquaticum一致性均>99%。细菌基因组高通量测序,发现本例临床分离株与Genbank数据库中Herbaspirillum huttiense subsp putei IAM 15032同源性为100%,证实本例分离株为Herbaspirillum huttiense。结论环境微生物演变成人类病原菌种类不断增多,草螺菌属因其生化特性与其他菌种相似,极易被误鉴定,需引起检验工作者的重视。
简介:摘要目的分析学龄肥胖儿童和正常体重儿童肠道菌群多样性差异,识别肥胖儿童肠道特征菌属,为后续相关机制研究和学龄儿童肥胖的防治提供依据。方法基于2016年在上海市嘉定区某小学建立的研究队列人群,将2016-2018年3年均处肥胖状态的儿童共63名纳入肥胖组,其中男生43名,女生20名。在3年均为正常体重的儿童中,根据年龄、性别和所在班级,将其与肥胖组儿童进行1∶1匹配,共选择63名纳入对照组。采用问卷收集儿童基本信息、饮食状况、母乳喂养等情况,收集两组儿童的粪便样本并进行16S rDNA测序。对质量优化后的测序序列按照97%相似性进行可操作分类单元聚类及物种注释。分析肥胖组和对照组儿童肠道菌群多样性及菌属丰度差异。计算肠道菌群的Ace、Chao1、Shannon、Simpson 4种α多样性指数,并利用主坐标分析,在非加权Unifrac距离和加权Unifrac距离的基础上表示β多样性。使用相似性分析(ANOSIM)比较两组β多样性的差异。利用STAMP软件挑选出两组儿童共有菌属中的差异细菌,并利用广义线性模型(GLM)分析肥胖与α多样性以及显著差异菌属的关联。结果肥胖组的Ace和Chao1指数低于对照组,差异有统计学意义(P值分别为0.026和0.039),Shannon和Simpson指数差异无统计学意义(P值分别为0.879和0.922)。ANOSIM分析结果显示,两组儿童肠道菌群差异有统计学意义(R>0),但是组别贡献不显著(非加权Unifrac距离:R=0.006,P=0.223;加权Unifrac距离:R=0.010,P=0.134)。在肥胖组的特有菌属中,普雷沃菌属(Prevotella)和八叠球菌属(Sarcina)的相对丰度较高。STAMP分析结果显示,共有菌属中,15个菌属的相对丰度在两组儿童中差异有统计学意义(P<0.05)。GLM分析结果显示,在调整年龄、性别、SBP、饮食频次、近一周内抗生素使用情况、分娩方式、母乳喂养时间后,与对照组儿童相比,肥胖组的Ace指数和阿克曼菌属(Akkermansia muciniphila)的相对丰度显著较低,粪球菌属(Coprococcus_3)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、不动杆菌属(Agathobacter)、柯林斯菌属(Collinsella)的相对丰度较高。根据性别分层之后,在肥胖男生中,发现Chao1指数低于正常体重男生。但是,在肥胖女生中,仅发现粪球菌属高于正常体重女生。结论与正常体重儿童相比,肥胖儿童肠道菌群α多样性较低、优势益生菌属相对丰度较低,但是与代谢紊乱、炎症促进、胆固醇降低有关的菌属相对丰度较高。
简介:摘要目的:探讨莫拉菌属角膜炎的临床特征及分离菌株耐药情况。方法:回顾性研究。收集2013年12月至2020年6月于温州医科大学附属眼视光医院诊断为莫拉菌属角膜炎的16例患者资料,对其临床特征、风险因素、治疗效果及病原菌的分布变化、耐药性趋势进行分析。应用半自动鉴定仪ATB Reader与质谱检测仪MBT鉴定莫拉菌种。结果:纳入研究的16例莫拉菌属角膜炎均为经实验室检查的确诊病例。经临床特征分析得出,最常见的局部与系统性风险因素分别为既往眼部手术史和糖尿病/高血压,患者最常见的症状是眼痛,最常见的体征是角膜溃疡。通过实验室检查发现所有患者中腔隙莫拉菌7例,非液化莫拉菌4例,奥斯陆莫拉菌3例,卡他莫拉菌1例,亚特兰大莫拉菌1例。细菌药敏试验结果显示分离到的致病菌对青霉素、头孢菌素、四环素、喹诺酮类和氨基糖苷类等眼部常用药物耐药性不高。结论:在纳入的16例莫拉菌属角膜炎患者中,以眼痛和角膜溃疡多见;腔隙莫拉菌和非液化莫拉菌为主要感染病原菌,其分离株对药物敏感性较高。
简介:摘要目的分析异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)后非曲霉属丝状真菌病(NAMI)的临床特点及预后。方法回顾性分析2010年1月1日至2016年12月31日在北京大学血液病研究所接受allo-HSCT后诊断(确诊或临床诊断)为NAMI的24例患者,总结其临床特点及预后。结果24例移植后NAMI患者,男21例(87.5%),女3例(12.5%),中位年龄33(10~66)岁。NAMI中位发生时间为移植后188(2~856)d,10例为确诊,14例为临床诊断;19例(79.2%)发生在肺部,4例(16.7%)发生在中枢神经系统,1例(4.2%)发生在鼻窦;病原菌分布中根霉菌14例(58.3%)、毛霉菌5例(20.8%)、犁头霉菌3例(12.5%),尖端赛多孢子菌2例(8.3%);临床症状为发热20例(83.3%),头痛4例(16.7%),咯血、腹痛腹泻、抽搐(颅内感染)各2例(8.3%),胸痛1例(4.2%)。在18例根据病原学结果调整抗真菌治疗的患者中,治疗的有效率为38.9%(7/18)。中位随访时间为自NAMI诊断后229(2~2 280)d,2年总生存率为(24.0±14.5)%。结论allo-HSCT后非曲霉菌属丝状真菌感染以根霉菌为主,临床表现缺乏特异性,死亡率高。
简介:摘要目的探讨早产极低出生体重儿(very low birth weight infant,VLBWI)肠道克雷伯菌属定植与肺炎克雷伯菌感染的相关性。方法采用前瞻性巢式病例对照研究,选择2015年1~12月收入深圳市宝安区妇幼保健院新生儿重症监护室的VLBWI为研究对象,收集生后第1、7、14、28、180天的粪便样本,采用Illumina MiSeq平台双端测序模式对粪便样本细菌DNA进行16S rRNA基因高通量测序及生物信息分析。同时记录临床信息,根据患儿住院期间是否发生肺炎克雷伯菌感染分为感染组与对照组,比较两组肠道菌群多样性及克雷伯菌属相对丰度。结果共纳入53例VLBWI,其中感染组13例(肺炎克雷伯菌败血症8例、肺炎5例),对照组40例,感染发生时间为生后(19.8±1.6)d,95%CI 16.5~23.0。两组VLBWI生后第7、14、28天肠道克雷伯菌属丰度均高于第1、180天(P<0.05)。生后第14天时感染组肠道克雷伯菌属相对丰度高于对照组(0.66±0.38比0.37±0.40,P=0.040),其余时间点两组差异无统计学意义(P>0.05)。感染组气管插管机械通气比例高于对照组(84.6%比37.5%,P<0.05),其他临床资料两组间差异无统计学意义(P>0.05)。两组各时间点多样性指数比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论在肺炎克雷伯菌临床感染发生前VLBWI肠道克雷伯菌属丰度已明显增加,减少克雷伯菌属在肠道的定植可能有助于降低肺炎克雷伯菌临床感染。