简介：摘要目的追溯新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)病例的感染来源及病毒传播路径，证实经长途货车司机跨省远距离传播COVID-19事件。方法采用全基因组靶向扩增结合二代测序技术，对2022年3月福建省泉州市本土疫情暴发期间漳州市报告的5例货车司机COVID-19病例鼻咽拭子标本进行新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)全基因组测序，应用在线分析平台判定病毒型别及突变位点，利用进化分析软件构建系统发育树，结合流行病学调查数据，综合分析病例的感染来源及传播路径。结果成功从5例病例中获得2019-nCoV全基因组序列，序列长度为29 770~29 839 bp，基因组平均覆盖度为99.53%；病毒分型结果显示5株病毒均为Omicron变异株，但分属3种BA.2亚分支；序列分析结果显示3例病毒与2022年3月福建省泉州市本土疫情流行的两种进化分支病毒高度相似，另2例病毒则与该起疫情流行的病毒存在差异较大(核苷酸突变位点差异7~14个、氨基酸突变位点差异5~7个)；进化分析结果表明3例病毒与福建省泉州市本土疫情病毒高度同源，2例病毒因亲缘关系较远可排除其与泉州市疫情关联；结合病例的个案调查资料，可以推断至少有2例长途货车司机病例系福建省外感染后返回的散发病例。结论2019-nCoV全基因组序列分析提示5例COVID-19货车司机病例至少存在3个感染来源，并推测部分病例系省外感染并跨省长距离传播。
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