简介:摘要慢性阻塞性肺疾病(COPD)是一种年龄和吸烟相关的进行性肺疾病,由于慢性支气管炎和肺气肿的影响,呈现出不可逆性气流的受限。COPD的发病率和死亡率不断增加,但是并没有有效的治疗策略。DNA甲基化是目前研究中备受关注的表观遗传学调控机制,与COPD的发生与发展密切相关。因此,针对DNA甲基化进行治疗可能存在重要的临床价值。
简介:摘要目的运用基因芯片技术筛查与黑素瘤相关的DNA异常甲基化位点,初步构建黑素瘤特异性甲基化谱。方法采用Illumina Human Methylation 450K全基因组甲基化芯片对6例黑素瘤组织及其瘤旁组织标本进行全基因组DNA检测,得出差异DNA甲基化位点。采用Gene Ontology(GO)富集分析及KEGG_Pathway分析了解基因功能。结果基因芯片检测结果显示,黑素瘤组织与瘤旁组织存在差异甲基化位点,共27 779个,其中16 673个为高甲基化位点,11 106个低甲基化位点。提高筛选条件为P < 0.01、︳Δβ︳> 0.2,过滤掉所有单核苷酸多态性相关探针、位于XY染色体上的探针以及交叉反应的探针,共筛选得到4 883个差异甲基化位点,其中1 459(30%)个位于启动子区(包括TSS1500、TSS200、5′UTR、1st Exon)。GO富集分析显示,差异甲基化基因参与的生物学过程主要包括细胞生长、分化、黏附、运动迁移、信号转导及转录调控等。KEGG_Pathway分析显示,差异甲基化基因主要参与黏着斑、癌症通路、转化生长因子β信号通路、磷脂酰肌醇信号通路、黑素生成、趋化因子信号通路、黏合连接、钙信号通路、细胞黏附分子、MAPK信号通路、Wnt信号通路、JAK-STAT信号通路。基于"启动子区高甲基化位点对应的前16个基因、出现甲基化频率最高(CpG位点≥ 7)的基因、具有一定的功能或参与某条信号通路"条件,选出8个基因(KAAG1、DGKE、SOCS2、TFAP2A、GNMT、GALNT3、ANK2、HOXA9)作为黑素瘤候选生物标志物。结论黑素瘤组织存在较多高甲基化基因,8个差异甲基化基因有可能作为黑素瘤的生物标志物。
简介:摘要DNA甲基化一般与基因的沉默(genesilence)相关,而去甲基化(demethylation)往往与一个沉默基因的重新激活(reactivation)相关。当机体衰老或呈病理状态,特别是肿瘤发生时,抑癌基因CPG岛以外的CPG序列非甲基化程度增加,而CPG岛中的CPG则呈现高度甲基化,致使抑癌基因表达的失活及染色体螺旋程度增加。笔者通过对基因组DNA甲基化理论研究进行综述,使广大医学研究工作者掌握DNA甲基化如何影响染色体结构、基因的沉默与重新激活、基因印记、以及遗传病和癌症发生发展的规律。
简介:摘要目的探讨APELA基因启动子区甲基化水平与子痫前期的关联。方法系统回顾2007年至2017年GEO基因表达数据库中APELA基因cg02779075位点在6项胎盘全基因组甲基化研究中与子痫前期关联的甲基化改变。检测研究间异质性后,使用随机效应模型进行meta分析。同时回顾性收集2008年至2010年复旦大学附属妇产科医院17例子痫前期和24例正常产妇共41份胎盘组织样本,MassARRAY定量CpG位点甲基化水平,用荧光实时定量聚合酶链反应检测APELA基因表达。采用t检验或Mann-Whitney U检验对数据进行统计分析。结果(1)经检索获得的6项全基因组甲基化研究,异质性检测表明研究间存在显著异质性(I2=0.64,P=0.016),使用随机效应模型进行meta分析,cg02779075位点在子痫前期胎盘中甲基化水平显著下调(Pmeta=6.7×10-6)。(2)胎盘组织分析中,与正常产妇相比,子痫前期产妇CpG1[0.12(0.00~0.25)与0.21(0.09~0.33),U=-2.569]和CpG2[0.07(0.01~0.14)与0.17(0.09~0.34),U=-4.160]位点甲基化水平显著下调(P值均<0.05)。子痫前期胎盘中APELA基因表达上调,但差异无统计学意义(U=0.891,P=0.384)。结论子痫前期产妇胎盘中APELA基因启动子区甲基化调控异常。
简介:目的研究环境内分泌干扰物邻苯二甲酸二(2-乙基已基)酯[Di—(2-ethylhexy)phthalate,DEHP]作用于孕鼠后,胎鼠睾丸组织基因组DNA甲基化水平的变化及3种DNA甲基化转移酶的表达情况;探讨DEHP所致表观遗传修饰改变在睾丸下降过程中的作用。方法妊娠昆明小鼠(KMmice)随机分为3组,即正常对照组、玉米油对照组和DEHP实验组,每组15只。玉米油对照组和DEHP实验组自妊娠第12.5天到妊娠第18.5天分别持续经口予以玉米油和DEHP,用量按每日500mg/kg,正常对照组不予灌药。采用高效液相色谱仪检测基因组DNA甲基化水平,实时荧光定量PCR检测3种DNA甲基化转移酶的表达量。结果正常对照组和玉米油对照组DNA甲基化水平和3种甲基化转移酶的表达均无统计学意义(P〉0.05):DEHP实验组DNA甲基化水平比对照组增高约10%。与对照组相比,差异有显著统计学意义(P〈0.05);实验组3种甲基化转移酶的表达量均比对照组高,与对照组相比,差异有显著统计学意义(Dnmt1,P〈0.05;Dnmt3a,P〈0.01;Dnmt3b,P〈0.05)。结论环境内分泌干扰物DEHP通过影响3种甲基化转移酶的表达而导致基因组DNA甲基化水平升高,从而抑制睾丸下降过程中多种基因的表达,发生隐睾。DNA甲基化等表观遗传学修饰的改变可能是DEHP诱发隐睾的分子机制之一。
简介:目的探讨p73基因异常甲基化在非霍奇金淋巴瘤(non—Hodgkin’slymphomas,NHL)中的分布,去甲基化p73基因的再表达。方法采用甲基化特异性PCR(Methylationspecificpolymerasechainreaction,MSP)方法检测22例非霍奇金淋巴瘤p73基因CpG岛甲基化状态。使用反转录PCR(Reversetransoriptionpolymerasechainreaction,RT-PCR)方法检测CdR药物作用前后P73基因mRNA的表达情况。结果非霍奇金淋巴瘤p73基因甲基化的发生率为27.3%(6/22),高度恶性比低度恶性更易发生甲基化,其发生率分别为42.8%和0%,5-杂氮-2’.脱氧胞嘧啶(5-aza-2’-deoxycytidine,CdR)在4.0~8.0μmol/L时可诱导非霍奇金淋巴瘤细胞p73去甲基化。结论p73基因甲基化可能是非霍奇金淋巴瘤发病的原因之一,去甲基化治疗是可行的。
简介:为深入研究特色烟叶的形成与气象因子的关系,用灰色关联理论结合生产实际选出与烟叶DNA甲基化相关的平均最高温度、总日照时数、平均相对湿度和总降雨量等4个气象因子,并建立了DNA甲基化(因变量)与4个气象因子(自变量)之间修正的Logistic模型。单因子效应分析表明,平均最高温度、总日照时数和平均相对湿度与DNA甲基化水平呈正相关关系,对烟叶DNA甲基化影响的程度依次为,平均最高温度〉平均相对湿度〉总日照时数;而总降雨量与DNA甲基化的关系为负相关。两因子交互效应分析表明,平均最高温度和平均相对湿度、平均最高温度和总日照时数之间对烟叶的DNA甲基化具有协同作用;总降雨量和平均最高温度、总降雨量和总日照时数、总降雨量和平均相对湿度之间对烟叶的DNA甲基化有拮抗作用;而平均相对湿度与总日照时数之间对烟叶的DNA甲基化水平没有明显的协同作用或拮抗作用。