学科分类
/ 25
500 个结果
  • 简介:茶树是重要的叶用经济作物,但是茶树每年都要开花结实,消耗大量的养分,导致茶树鲜叶产量减少和品质降低。雌蕊缺失茶树资源是天然的不结实茶树品种。采用IlluminaHiSeqTM2500高通量测序技术,对雌蕊缺失茶树花花芽、花蕾、花进行转录组分析。经组装获得237484条Transcripts,取最长Transcripts作为Unigene,有182123条,将获得的Unigene与Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-prot、KEGG、GO等七种数据库进行注释,有22049条Unigene被注释上26种KOG分类,注释到KEGG的Unigene条数为21315,涉及的pathway有130条。此外,发掘出与花器官形态建成的ABCDE模型的功能基因31个,这些注释信息的完成为茶树花器官发育基因及性别决定相关基因的发掘提供了重要依据。

  • 标签: 茶树 雌蕊缺失 转录组 RNA-SEQ 基因注释
  • 简介:摘要目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)HOXA末端转录本反义RNA(HOTTIP)对胰腺癌诊断的临床价值。方法收集2017年6月至2018年12月间徐州市中心医院18例行手术切除并经病理证实的胰腺癌组织及癌旁正常胰腺组织(距癌组织>1 cm);收集78例临床确诊的胰腺癌患者血浆,选取78例健康体检者作为健康对照组,同时收集原发性肝癌、结直肠癌及胃癌各50例作为疾病对照组。实时荧光定量PCR法检测胰腺癌组组织及血浆、健康对照组和疾病对照组血浆HOTTIP的表达水平,化学发光法检测胰腺癌患者血浆CA19-9水平。分析胰腺癌患者血浆HOTTIP与癌组织HOTTIP及血浆CA19-9相关性,分析血浆HOTTIP水平与肿瘤临床病理特征之间的关系。绘制高表达HOTTIP组和低表达HOTTIP组患者的生存曲线,log-rank检验比较两组间的生存率差异。绘制受试者工作特征曲线(ROC),计算曲线下面积(AUC),评估血浆HOTTIP水平对胰腺癌的诊断效能。结果胰腺癌患者癌组织HOTTIP表达量显著高于癌旁正常胰腺组织(2.24±0.25比0.62±0.11,P<0.001);胰腺癌、肝癌、结直肠癌、胃癌患者及健康对照者血浆HOTTIP水平分别为1.33±0.32、0.57±0.17、0.51±0.10、0.41±0.09、0.54±0.05,胰腺癌组显著高于肝癌、结直肠癌、胃癌患者及健康对照者,差异均有统计学意义(P值均<0.05),但肝癌、结直肠癌、胃癌患者血浆HOTTIP水平与健康对照者的差异均无统计学意义。胰腺癌患者血浆HOTTIP表达与CA19-9及癌组织中HOTTIP表达均呈正相关(P值均<0.001),且血浆HOTTIP表达水平与TNM分期有关(P=0.029),而与患者性别、年龄及淋巴结转移、肿瘤大小无关。HOTTIP高表达患者生存率明显低于HOTTIP低表达患者(15.9个月比30.6个月,P<0.05)。血浆HOTTIP水平诊断胰腺癌的AUC值为0.81(95% CI 0.74~0.87),诊断临界值为1.14,灵敏度为62%,特异度为94%,准确性为74%。血浆HOTTIP联合CA19-9诊断胰腺癌的灵敏度提高到81%,特异度提高到97%,准确性提高到84%。结论胰腺癌患者血浆HOTTIP水平对胰腺癌的诊断具有一定的临床价值。

  • 标签: 胰腺肿瘤 诊断 敏感性与特异性 长链非编码RNA HOXA末端转录本反义RNA
  • 简介:摘要目的探讨长链非编码RNA(lncRNA) HOX转录反义RNA(HOTAIR)对乳腺癌细胞增殖的影响及其机制。方法收集2013年8月到2018年1月新乡市中心医院120例乳腺癌和癌旁组织,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析lncRNA HOTAIR表达水平。在乳腺癌细胞株MCF-7细胞株中建立lncRNA HOTAIR敲降细胞株(lnc HOTAIR KD组)和对照细胞株(lncRNA对照组),采用细胞计数试剂盒(CCK-8)试剂盒和5-乙炔基-2’脱氧尿嘧啶核苷(EdU)染色分析两组细胞的增殖能力;采用异种移植瘤模型分析细胞在体内的增殖能力。采用生物信息学分和双荧光素酶报告基因分析lncRNA HOTAIR作用靶点。组间数据比较采用t检验。结果与癌旁组织(1.09±0.19)比较,乳腺癌组织中lncRNA HOTAIR表达水平(2.98±0.21)显著升高,差异有统计学意义(t=3.011,P<0.05)。与lncRNA对照组(1.10±0.10)比较,Lnc HOTAIR KD组乳腺癌细胞增殖能力(0.25±0.05)明显下降,差异有统计学意义(t=2.510,P<0.05)。与lncRNA对照组EdU阳性率[(87.34±9.12)%]比较,Lnc HOTAIR KD组乳腺癌细胞EdU阳性率[(28.13±7.10)%]增殖能力明显下降,差异有统计学意义(t=3.918,P<0.05)。体内异种成瘤模型显示lnc HOTAIR KD组乳腺癌细胞增殖能力较LncRNA对照组显著下降,差异有统计学意义(F=2.109,P<0.05)。生物信息学研究显示lncRNA HOTAIR能与微小RNA(miRNA,miR)-126结合,进而调节CXC趋化因子受体4(CXCR4)表达水平。结论lncRNA HOTAIR通过靶向作用于miR-126/CXCR4轴进而调节着乳腺癌细胞增殖。

  • 标签: 乳腺癌 长链非编码RNA 微小RNA-126 CXC趋化因子受体4 增殖
  • 简介:摘要目的检测三阴乳腺癌(TNBC)中长链非编码RNA-HOX转录反义RNA(HOTAIR)表达,并探讨HOTAIR对TNBC发生发展的分子调控机制。方法收集64例2016年1月至2019年7月东莞市人民医院乳腺科手术治疗TNBC癌及癌旁腺体组织,以实时定量荧光聚合酶链反应(qPCR)检测HOTAIR表达,比较其在癌及癌旁中表达差异,并分析其与病理分期的相关性。在TNBC MDA-MB231细胞株中以小干扰RNA下调HOTAIR表达,以siControl为对照组检测对细胞增殖能力和凋亡的影响。进一步研究下调HOTAIR表达对于多梳蛋白复合体2(PRC2)核心亚基Zeste基因增强子同源物2(EZH2)表达的影响,应用SPSS 19.0统计软件分析,组间差异采用t检验。结果与癌旁组织比较,HOTAIR在TNBC中表达明显上调(0.71±0.10比0.50±0.06,t= 20.286,P<0.01),差异有统计学意义。且HOTAIR在晚期TNBC组织中的表达明显高于早中期(0.78±0.05比0.64±0.07,t=8.625,P<0.01),差异有统计学意义。MDA-MB231细胞中以小干扰RNA(siRNA)沉默HOTAIR或EZH2的表达均引起细胞增殖能力下降、细胞凋亡增加。HOTAIR沉默表达后,EZH2表达明显下调,而下调EZH2 RNA对HOTAIR表达无影响。结论TNBC中HOTAIR表达明显上调,与不良预后相关。TNBC中HOTAIR可能通过调节PRC2复合物核心蛋白EZH2表达发挥生物效应。

  • 标签: 三阴乳腺癌 HOX转录反义RNA Zeste基因增强子同源物2
  • 简介:[目的]蜡蚧轮枝菌是一种防治植物病原物和害虫的生防菌,弄清其致病的分子基础具有重要的意义。[方法]利用IlluminaHiSeq技术测序蜡蚧轮枝菌的cDNA文库,并进行RNA-Seq序列拼接和功能注释。[结果]共获得1634670条高品质reads,碱基GC含量48.50%。14856条Unigene经组装拼接后,在Nr、Swiss-Prot、COG和KEGG数据库中分别比对得到1467、9379、6518和4188条Unigenes。采用GO分类工具将21403条Unigenes分成24个功能组,主要包含在细胞组成(1369)、分子功能(1679)和生物学过程(1928)3个大类里,在COG数据库注释的基础上,把6518条Unigenes分成38个功能组,通过GO和COG丰度识别分类,聚类的主要是一般功能预测、次生代谢产物的合成、运输和分解代谢以及信号转导机制起作用的独立基因。能与KEGG路径匹配的108条Unigenes中大部分和新陈代谢途径及次生代谢产物的合成有关。[结论]这些结果将有助于找寻蜡蚧轮枝菌的致病因子,从而丰富其致病机理。

  • 标签: 蜡蚧轮枝菌 RNA-SEQ 转录组
  • 简介:目的:探讨转录水平基因沉默(TGS)技术和转录后水平基因沉默(PTGS)技术对肝素酶(HPA)基因干扰效果及其对肝癌SMCC-7721细胞侵袭能力的影响。方法从HPA基因启动子区和编码区分别设计并合成TGS和PTGS的小干扰RNA(siRNA),并转染肝癌细胞SMMC-7721;实时半定量PCR和Westernblotting检测TGS和PTGSsiRNA转染后48、72和96hHPA的表达,并设空白组作为对照;Transwell小室实验检测干扰后SMMC-7721细胞的侵袭能力。结果TGS和PTGS两种技术在转染48h后,从mRNA和蛋白水平上均能成功干扰HPA表达;转染后72h,PTGS组HPA恢复表达,而TGS组仍保持沉默;转染后96h,两组HPA均恢复表达。Transwell小室实验表明,TGS和PTGS组HPA基因均能使SMCC-7721的穿膜细胞数减少,TGS组效果更明显。结论TGS技术沉默肝癌SMMC-7721细胞中HPA基因的能力优于PTGS技术,并使肝癌细胞的侵袭能力显著降低。

  • 标签: 转录水平沉默 转录后水平沉默 肝素酶基因 肝癌细胞 侵袭
  • 简介:摘要目的全面分析肝癌的RNA结合蛋白和转录因子基因表达及免疫浸润对肝癌预后的预测价值。方法在癌症基因组图谱(TCGA)(n=365)、基因表达综合数据库GSE54236(n=78)和GSE14520(n=221)中筛选RNA结合蛋白和转录因子的共同基因集,单因素Cox回归分析进行初筛,通过LASSO-Cox构建生存回归模型,通过标准化得到整合RNA结合蛋白和转录因子的复合指数CIRT,根据其中位数将肝癌患者分为CIRThigh组(n=182)和CIRTlow组(n=182),并分析两组免疫浸润等差异。结果共筛选出37个预后相关的RNA结合蛋白和转录因子基因,通过LASSO-Cox构建基于其中7个最相关基因的预后预测模型。CIRThigh组患者的M1型巨噬细胞(P=0.032)、M2型巨噬细胞(P=0.009)、静息肥大细胞(P<0.001)、活化自然杀伤细胞(P=0.007)和静息记忆CD4+ T细胞水平较低(P<0.001),而CIRTlow组的静息树突状细胞(P=0.048)、M0型巨噬细胞(P<0.001)、中性粒细胞(P=0.049)、滤泡辅助性T细胞(P=0.004)和调节性T细胞(P=0.001)水平较低,差异具有统计学意义。基因富集分析显示,CIRThigh组的TCGA和GSE14520在细胞周期、DNA修复过程中高度富集。在TCGA队列中,CIRTlow组的患者比CIRThigh组的患者总生存更优。对TCGA队列中5年随访数据进行分析,CIRT对于肝癌患者长期生存预后具有良好的预测价值(受试者工作特征曲线下面积0.71)。结论在肝癌中建立了基于RNA结合蛋白和转录因子表达谱以及免疫细胞浸润的新的预后指标,CIRT可以作为一个独立的预后预测指标。

  • 标签: 癌,肝细胞 预后生物标志物 免疫浸润 RNA结合蛋白 转录因子
  • 简介:目的探讨端粒酶RNA(hTR)和反转录酶(hTERT)在银屑病皮损中的表达情况以及它们与角质形成细胞增殖关系。方法应用原位杂交方法检测银屑病皮损hTR、hTERTmRNA的表达,应用免疫组织化学方法检测Kj-67抗原表达,并对hTR、hTERTmRNA的表达与Ki-67抗原表达进行相关性分析。结果hTR表达在基底细胞、棘细胞、颗粒层细胞和所有有核细胞的胞浆,与细胞的增殖情况无关;其表达强度和阳性细胞百分率各组之间无明显差异(P〉0.05)。而hTERT的表达与细胞增殖状态有关,主要表达在基底细胞层和棘细胞层下方,表达强度和阳性细胞百分率要明显高于正常皮肤(P〈0.05)。Ki-67抗原主要表达在细胞生发层和分裂旺盛的组织;它的表达与hTERT的表达呈正相关(r=0.674,P〈0.01);而与hTR(r=-0.295,P〉0.05)无关。结论hTERTmRNA在银屑病皮损中的表达明显升高,与细胞增殖活性有关。hTR的表达和细胞增殖活性无关。

  • 标签: 银屑病 端粒酶RNA 端粒酶HTERT KI-67
  • 简介:

  • 标签:
  • 简介:摘要目的探讨长链非编码RNA同源异形盒转录反义RNA(lncRNA HOTAIR)通过靶向微小RNA-520g-3p(miR-520g-3p)对胰腺癌细胞增殖、迁移能力的影响。方法实时定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测胰腺癌细胞中miR-520g-3p、HOTAIR表达水平;转染HOTAIR小干扰RNA至SW1990胰腺癌细胞中,并分为NC组、siHOTAIR-1组、siHOTAIR-2组。细胞计数试剂盒(CCK-8)实验检测细胞增殖能力,划痕愈合实验检测细胞迁移能力;双荧光素酶报告基因实验验证miR-520g-3p与HOTAIR靶向调控关系,两组之间的定量资料比较采用t检验。结果qRT-PCR结果表明SW1990中HOTAIR mRNA水平明显高于人正常胰腺导管上皮细胞(HPDE,3.08±0.33比1.57±0.17,t=29.830, P<0.01);miR-520g-3p在SW1990中的表达水平明显低于人正常胰腺导管上皮细胞(HPDE,0.93±0.11比2.63±0.24,t=22.410, P<0.01);HOTAIR小干扰RNA转染至SW1990中,72 h后NC组细胞吸光度(A)值明显高于siHOTAIR-1组、siHOTAIR-2组(3.52±0.99比1.92±0.23、2.36±0.58,t=6.340、5.150,P<0.01);降低HOTAIR表达48 h后,NC组细胞划痕愈合面积百分比为显著高于siHOTAIR-1组、siHOTAIR-2组[(85.37±9.82)%比(50.56±5.82)%、(35.28±6.86)%,t=7.760, 14.750,P<0.01],差异均有统计学意义。双荧光素酶报告基因表明miR-520g-3p可明显降低野生型HOTAIR载体荧光素酶活性。下调miR-520g-3p表达水平后,SW1990细胞增殖及迁移能力高于对照组(t=13.190、12.480,P<0.01),差异有统计学意义。结论HOTAIR可通过靶向负调控miR-520g-3p影响胰腺癌细胞增殖、迁移能力。

  • 标签: 长链非编码RNA 微小RNA 胰腺癌 增殖 迁移
  • 简介:摘要目的:探讨晚期离焦识别的分子机制。方法:实验研究。将30只7 d龄白来航鸡随机分为负镜组、正镜组和对照组,分别给予雏鸡右眼-10 D/+10 D/0 D透镜诱导,干预时间为6 d。所有动物均在光学干预前后测量屈光度、眼轴和后极部各组织厚度等生物学参数。采用单因素方差分析对数据进行分析。眼球生物学参数测量完毕后分离眼后极部组织,提取RNA,应用RNA-seq技术筛选差异表达基因,并对其进行GO功能注释、KEGG通路分析及PPI网络分析,观察离焦干预对雏鸡后极部各组织转录组的影响。结果:负镜组、正镜组雏鸡的屈光度、眼轴长度以及脉络膜厚度,与对照组相比,差异具有统计学意义(P<0.05);以P<0.05和|log2FC|>1为筛选标准,负镜组与对照组相比,视网膜有203个差异表达基因,脉络膜有757个差异表达基因,巩膜有1 509个差异表达基因;正镜组与对照组相比,视网膜有191个差异表达基因,脉络膜有378个差异表达基因,巩膜有1 918个差异表达基因。与对照组比,负镜组与正镜组的重叠基因除LOC121112941外均表现出相同的差异表达趋势,GO分析通路存在50%以上重合,KEGG分析视网膜水平的重叠通路是花生四烯酸代谢、酪氨酸代谢和视黄醇代谢;脉络膜水平的重叠通路是内质网中的蛋白质加工,精氨酸和脯氨酸代谢和视黄醇代谢;巩膜水平的重叠通路则为细胞粘附分子、ECM-受体相互作用、粘着斑、细胞因子-细胞因子受体相互作用、硫代谢、糖胺聚糖生物合成-硫酸软骨素/硫酸皮肤素、Toll样受体信号通路、TGF-β信号通路和MAPK信号通路。通过PPI蛋白互作网络分析鉴定出离焦识别过程中各组织的关键基因。结论:本研究在转录组水平上筛选出晚期离焦识别过程的绝大多数重叠基因保持着相同的上调或下调表达趋势,不同方向的离焦信号可能诱导部分通路的相似变化。

  • 标签: 正视化 屈光不正 视网膜 脉络膜 巩膜 RNA-seq
  • 简介:摘要目的通过RNA测序(RNA sequencing,RNA-Seq)对先天性马蹄内翻足(congenital talipes equinovarus,CTEV)患儿血浆中游离的总RNA行全转录组测序,比较CTEV患儿与正常儿童血浆的mRNA、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、环状RNA(circular RNA,circRNA)以及微小RNA(microRNA,miRNA)的差异表达,揭示CTEV的可能致病机制。方法选取3例CTEV患儿(试验组)及3例正常儿童(对照组)血浆样品,应用RNA-Seq技术分析3对血浆样品的转录组,筛选出CTEV患儿与正常儿童的差异表达基因与转录本。应用基因本体论方法对差异表达基因进行功能显著性富集分析,基于基因与基因组京都百科全书对差异基因进行显著性信号通路富集分析。结果成功构建样品的基因表达谱:试验组和对照组共有181个差异表达基因,其中58个上调基因,123个下调基因。差异表达lncRNA 23个,上调12个,下调11个。差异表达miRNA 23个,上调11个,下调12个。未筛选出差异表达circRNA。其中分泌磷酸蛋白1(secreted phosphoprotein 1,SPP1)和核糖体蛋白S27(ribosomal protein S27,RPS27)在试验组和对照组中基因表达量差异明显,差异倍数分别是82.24和0.01。结论RNA测序可对CTEV患儿和正常儿童的血浆中差异表达基因进行筛选。SPP1和RPS27可能与CTEV的发病相关。

  • 标签: 儿童 先天性马蹄内翻足 全转录组测序 RNA测序 差异表达基因
  • 简介:摘要目的探讨长链非编码RNA核富集转录体1(LncNEAT1)胰腺癌中的表达水平及其影响胰腺癌细胞侵袭和迁移能力的影响,分析胰腺癌转移与LncNEAT1、微小RNA-15b(miR-15b)之间的相关性,探讨LncNEAT1影响胰腺癌细胞生物学表型的机制。方法实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测40例胰腺癌组织及胰腺癌细胞中LncNEAT1、微小RNA-15b(miR-15b)的表达水平,小干扰RNA转染至胰腺癌细胞SW1990中,Transwell实验检测转染后胰腺癌细胞的迁移和侵袭能力;过表达NEAT1后观察miR-15b的表达水平;双荧光素酶报告实验验证LncNEAT1与miR-15b的调控关系。结果胰腺癌组织中LncNEAT1表达水平(4.29±0.56)高于癌旁组织(2.21±0.30,t= 19.21 ,P<0.001);miR-15b在胰腺癌组织中的表达水平(3.10±0.12)高于癌旁组织(2.01±0.35,t= 6.45,P<0.01);LncNEAT1小干扰RNA转染至胰腺癌细胞SW1990后,胰腺癌细胞的迁移能力[(68.19±2.33)、(58.07±3.73)个/视野]显著低于对照组[(180.39±10.87)个/视野,t=6.02、8.43,P<0.01,P<0.01],转染后SW1990细胞侵袭能力[(50.01±5.73)、(49.68±8.86)个/视野]明显低于对照组[(112.20±10.93)个/视野,t=5.38、6.95,P<0.05, P<0.01] 。NEAT1的表达与胰腺癌患者TNM分期、有无淋巴结转移密切相关(χ2=3.92、5.74, P<0.05, P<0.05);miR-15b的表达与胰腺癌患者TNM分期、有无淋巴结转移密切相关(χ2=4.315、4.642,P<0.05, P<0.05);双荧光素酶报告实验表明miR-15b可明显降低MUT-NEAT1-AS1荧光素酶活性(t=11.53,P<0.01),LncNEAT1可负向调控miR-15b。结论抑制LncNEAT1表达可能通过调控miR-15b抑制胰腺癌细胞的迁移和侵袭能力。

  • 标签: 核富集转录体1 微小RNA-15b 胰腺癌 转移 侵袭
  • 简介:摘要目的观察甲状腺癌(TC)细胞中微小RNA-630(miR-630)对上皮-间充质转化(EMT)标志物锌指转录因子(Slug)表达的影响,及对细胞侵袭能力的影响。方法收集河北医科大学第二医院普外科2018年1月至2019年12月之间的40例乳头状甲状腺癌及其癌旁标本。采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)的方法检测甲状腺癌及其癌旁组织中miR-630的表达水平;将miR-630模拟物(mimics)转染至人乳头瘤状甲状腺癌细胞(TPC-1)细胞中,应用荧光定量PCR的方法观察Slug基因的表达水平,使用双荧光素酶报告基因实验观察miR-630对Slug基因的调控作用;同时,将过表达Slug质粒与miR-630 mimics共转染至TPC-1细胞,应用Transwell细胞侵袭实验观察miR-630和Slug表达变化对甲状腺癌细胞侵袭能力的影响,组间比较采用t检验。结果miR-630在乳头状甲状腺癌组织中的表达水平为(1.13±0.07),其表达水平明显低于癌旁组织表达水平(5.33±0.08),差异有统计学意义(t=15.472,P<0.05);miR-630 mimics上调甲状腺乳头状癌TPC-1细胞中miR-630后,Slug mRNA表达水平(0.48±0.09)明显低于对照组细胞(1.03±0.07,t=7.132,P<0.05),差异有统计学意义;miR-630 mimics与Slug 3’非翻译区野生型共转染组荧光素酶活性明显低于对照组(0.38±0.03,t=13.021,P<0.05),差异有统计学意义。而miR-630 mimics与Slug 3’非翻译区突变型共转染组,荧光素酶活性却无明显变化(1.08±0.02比1.02±0.03,t=1.122,P>0.05),差异无统计学意义;miR-630 mimics组侵袭细胞数(241.3±42.4)明显低于对照组侵袭细胞数(467.5±51.7),差异有统计学意义(t=3.214,P<0.05);miR-630 mimics和Slug过表达质粒共转染组细胞的侵袭细胞数(411.6±28.3)与阴性对照组(NC,418.3±31.2)组比较,差异无统计学意义(t=1.131,P>0.05)。结论miR-630能够通过靶向抑制Slug的表达,抑制甲状腺癌细胞的侵袭能力。

  • 标签: 甲状腺癌 微小RNA 侵袭
  • 简介:摘要目的探讨胃癌组织中环状RNA矮小相关转录因子1(circRUNX1)的表达及其与临床病理特征和患者预后的关系。方法收集上海交通大学附属第一人民医院胃肠外科2015年4月至2018年12月接受首次胃癌根治术的35例胃癌患者的胃癌组织(研究组)及癌旁正常组织(对照组),利用实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测组织中circRUNX1表达水平。分析circRUNX1的表达水平与胃癌患者临床病理特征及患者预后的关系。统计学方法采用χ2检验和Kaplan-Meier法结合Log-rank检验进行。结果结合circRNA测序结果和RT-qPCR验证,发现胃癌组织中circRUNX1的表达水平高于癌旁正常组织(68.6%,24比11)。进一步分析发现胃癌组织中circRUNX1的表达水平与肿瘤大小(χ2=5.844,P<0.05)、淋巴结转移(χ2=6.496,P<0.05)及肿瘤病理分期(TNM分期)(χ2=8.426,P<0.05)显著相关。Kaplan-Meier分析结果显示,circRUNX1高表达的胃癌患者的总生存率低于circRUNX1低表达者(Log-rank=11.010,P<0.05),差异有统计学意义。结论circRUNX1在胃癌组织中高表达,与胃癌的临床病理特征和患者预后密切相关,可能成为一个潜在的胃癌预后新指标。

  • 标签: 环状RNA 胃癌 预后
  • 简介:摘要目的观察LncRNA HOX转录反向RNA(HOTAIR)对低氧条件下角质形成细胞低氧诱导因子-1α(HIF-1α)表达的影响,探讨LncRNA参与瘢痕疙瘩形成的可能机制。方法2018年1—12月,在中国医学科学院组织工程研究中心取传代培养的HaCat细胞分为常氧组、低氧组、sh-control组、sh-HOTAIR组。常氧组在常氧条件下培养,低氧组在低氧条件下培养,sh-control组转染sh-control后在低氧条件下培养,sh-HOTAIR组转染sh-HOTAIR后在低氧条件下培养。培养24 h后用双荧光素酶检测LncRNA HOTAIR与HIF-1α的作用关系,用蛋白印迹法检测HIF-1α蛋白表达。结果双荧光素酶检测显示常氧组、低氧组、sh-control组、sh-HOTAIR组荧光素酶相对活性分别为0.94±0.30、20.39±1.15、18.09±0.80、3.04±1.15,其中低氧组高于常氧组(t=29.03, P<0.05),而sh-HOTAIR组低于低氧组(t=18.57, P<0.05),差异均有统计学意义。蛋白印迹法显示低氧组、sh-control组HIF-1α蛋白表达高于常氧组、sh-HOTAIR组,分别为1.19±0.07、1.15±0.06、0.56±0.29、0.37±0.38。结论LncRNA HOTAIR参与低氧条件下角质形成细胞HIF-1α表达上调,LncRNA HOTAIR可能通过HIF-1α途径参与瘢痕疙瘩形成。

  • 标签: 瘢痕疙瘩 角蛋白细胞 长链非编码RNA HOTAIR 低氧诱导因子-1α
  • 简介:目的构建GATA-3特异性短发夹状RNA(shRNA)逆转录病毒表达载体。方法设计、合成两对GATA-3编码基因的反向重复序列,中间插入9个碱基的短发夹,经退火形成互补双链,再克隆至逆转录病毒载体RNAi-RelypSIREN-RetroQ。结果构建的重组逆转录病毒载体可以被限制性内切酶BamHI,EcoRI切开,电泳可显示相应条带,经测序其序列与设计的一致。结论成功构建GATA-3特异性shRNA逆转录病毒载体RetmQ/GATA-3/shRNA,为进一步进行肿瘤细胞GATA-3基因沉默的研究奠定了基础。

  • 标签: 转录因子 肿瘤细胞 培养的 RNA干扰 遗传载体
  • 简介:摘要目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)X染色体失活特异转录物(XIST)对胃癌细胞增殖、迁移的影响及其作用机制。方法收集2018年1月至2019年12月来自宜昌市中心人民医院的胃癌患者42例,采用定量聚合酶链反应(qPCR)检测XIST在胃癌患者肿瘤组织和癌旁正常组织中表达,分析XIST表达与患者临床病理参数的相关性。采用qPCR检测XIST在胃癌细胞系中的表达,通过转染小干扰RNA(si-XIST)敲低XIST在胃癌细胞SGC-7901和AGS中的表达,分别将胃癌细胞分为si-XIST组和si-NC组,细胞计数试剂盒(CCK-8)检测各组细胞的增殖活性,细胞划痕实验和Transwell法检测细胞迁移和侵袭能力,双荧光素酶验证XIST与微小RNA(miR)-335的靶向关系。组间比较采用t检验。结果XIST在胃癌组织中相对表达量为1.86±0.24,显著高于癌旁正常组织的0.98±0.11,差异有统计学意义(P<0.05),同样,胃癌细胞系中XIST的相对表达显著上调(P<0.05),差异有统计学意义。组织样本中XIST的表达与患者的TNM分期和淋巴结转移明显相关(P<0.05),差异有统计学意义,敲低XIST表达可显著降低胃癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力,XIST可负向调控miR-335的表达。结论lncRNA XIST可负向调控miR-335的表达,从而抑制胃癌的增殖、迁移和侵袭能力。

  • 标签: 胃癌 长链非编码RNA 微小RNA 迁移 侵袭
  • 简介:摘要目的探讨微小RNA(miRNA,miR)-96通过靶向叉头框转录因子O1(FOXO1)促进肺癌细胞增殖和迁移的作用。方法应用茎环反转录荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)法检测miR-96在肺癌细胞株中的表达;干扰慢病毒感染抑制miR-96表达后,分别利用细胞增殖试验(CCK-8)和划痕试验检测其对肺癌细胞增殖和迁移的影响;蛋白质印迹法(Western blot)和双荧光素酶活性试验验证miR-96靶基因FOXO1。应用GraphPad Prism 5统计学软件进行分析,计量资料比较采用t检验。结果CCK-8实验显示抑制H1299细胞miR-96表达后,实验组24、48、72 h吸光度值分别为1.293±0.019、1.684±0.038、2.180±0.034,明显低于对照组的1.655±0.056、1.880±0.020、2.493±0.060,差异有统计学意义(t=5.646、4.426、14.670,P<0.01);划痕试验显示对照组4 h和10 h细胞迁移率为(29.21±3.96)%、(47.49±3.33)%,明显高于实验组[(5.80±2.94)%、(13.63±3.18)%],差异有统计学意义(t=4.748、7.352,P<0.01);筛选miR-96靶基因FOXO1,将miR-96过表达后,肺癌细胞FOXO1表达明显降低;反之,抑制miR-96表达后,FOXO1表达明显增高。荧光素酶活性试验显示miR-96和FOXO1 3’非翻译区(3’UTR)野生型质粒共转染后,野生型为(22.5±7.6)%,与对照组的(97.2±13.2)%及突变型的(115.6±13.5)%比较,荧火虫/海肾荧光素酶比值明显降低(t=14.750、12.040,P值均<0.01)。结论miR-96通过靶向调控FOXO1促进肺癌细胞增殖和迁移。

  • 标签: 肺癌 微小RNA-96 叉头框转录因子O1 增殖 迁移
  • 简介:摘要乳腺癌的发生、发展是一个复杂的过程,多种生物活性物质参与其中。作为一种长链非编码RNA,肺腺癌相关转录物1(MALAT1)不仅在乳腺癌发生中的多个位点发挥作用,而且在乳腺癌患者治疗及预后评估中也发挥重要作用。文章就MALAT1在乳腺癌中的研究进展进行综述。

  • 标签: 乳腺肿瘤 长链非编码RNA 肺腺癌相关转录物1 预后