简介:大白菜是重要的蔬菜作物,准确鉴定大白菜品种对于大白菜种质资源管理、新品种测试、种子质量检测等具有重要意义。本研究从已定位到大白菜10个连锁群的205个SSR标记中,筛选出30个在连锁群上分布均匀、PCR扩增稳定、带型简单的标记,用于大白菜品种DNA指纹鉴定。对入选的引物用4种荧光染料进行了标记,利用基于毛细管电泳荧光检测的DNA分析仪对SSR扩增产物进行检测。通过比较分析2种不同型号的3台DNA分析仪的扩增片段检测数据,明确了不同DNA分析仪的检测数据间一般存在明显的系统误差。系统误差的大小取决于引物,一般在1~4bp之间。使用扩增产物的片段长度对各SSR位点的不同等位变异进行命名。通过使用一组参照品种,消除了不同批次、不同DNA分析仪型号间的系统误差,保证了检测数据的可重复性和可再现性。在此基础上,对184份大白菜品种进行了DNA分子数据采集。
简介:根据转录组测序获得的钙依赖蛋白激酶基因的EST序列设计特异引物,利用RT-PCR和RACE技术从油菜中克隆获得BnCDPK1基因全长序列,NCBI登录号为KF740477,其cDNA和gDNA全长分别为2115bp和2857bp,含有11个内含子和12个外显子。生物信息学分析表明其开放阅读框为1581bp,编码527个氨基酸,具有CDPKs家族典型的特征,含有1个激酶区域和4个钙离子手型结构域,与拟南芥AtCDPK28同源性最高,属于第Ⅳ亚家族。BnCDPK1在油菜的根、茎、叶、花、种子中均有表达,但表达丰度存在差异,叶片中表达量最高,其次为茎、根和种子,花中的表达量最低;在高抗和高感油菜品种中,菌核菌胁迫均能够诱导BnCDPK1上调表达,但是高抗品种比高感品种反应更迅速,表达量更高。接种前、接种后12h、接种后24h,高抗品种的表达量相比高感品种分别提高1.4倍、4倍和3倍,推测其可能参与油菜的生长发育以及油菜对菌核菌侵染的应答和防御反应。
简介:InDel在基因组中的分布密度仅次于SNP,可作为动植物群体遗传分析、分子辅助育种等研究领域的有效分子标记。花生是世界范围内重要的油料作物之一。目前,花生栽培种全基因组已经公布,为准确挖掘花生基因组信息提供了重要参考。本研究通过169份花生核心种质的GBS(Genotyping-by-sequencing)测序和比对,共获得大小分布在1~14bp范围内的10401个InDels。染色体Arahy.16上分布的InDels最多,达741个;而在染色体Arahy.08上分布的最少,有263个。参考基因组注释信息,仅有1167个InDels分布在功能基因相关区域。经GO注释,InDel分子功能主要包括催化活性(catalyticactivity)和结合(binding);生物过程主要涉及代谢过程(metabolicprocess)、单组织过程(single-organismprocess)和细胞过程(cellularprocess)。经KEGG通路分析发现,InDels所在的基因区域的功能主要与代谢相关。本研究开发出全基因组水平的InDel标记,并做了相应功能分类和注释,为进一步分子验证和利用提供丰富的基因资源。
简介:利用主要农艺性状以及SSR和AFLP2种分子标记,对河北省41个大豆推广品种进行遗传多样性分析,以便为种质资源利用和创新提供依据。农艺性状聚类结果将41个材料划分为3个类群和2个特殊品种,聚类结果与材料系谱来源相差悬殊,不能反映材料间亲缘关系。SSR和AFLP数据聚类结果将41个材料划分为4个SAG(SSRandAFLP—basedgroups)分子类群。30对SSR引物共检测出135个等位变异,平均每个位点上有4.47个等位变异,SSR的遗传多样性指数(Simpson)分布范围为0.0928~0.7800,平均值为0、6442。10对AFLP引物共扩增出93个多态性标记,平均每对引物9.3个多态性标记。品种间的遗传相似系数(GS)变化范围为0.5877~0.9868,平均值变化范围为0.6732~0.7653,总体平均值为0.7237,遗传相似系数较高,说明材料间遗传变异较小。
简介:从144对SRAP引物中筛选出61对多态性强、重复性好的SRAP引物,对43份苦瓜种质DNA进行了扩增,共得到2078条谱带,其中多态性谱带863条,平均每对引物扩增得到14.15条多态性谱带,多态性位点百分率为42.11%。用UPM—GA方法进行聚类分析,供试苦瓜种质的遗传相似系数为0.50~0.95,在阈值O.65处(L1)可将苦瓜分为2个类群,第1类群为野生种,第Ⅱ类群为半栽培种和栽培种;在阈值0.80处(L2)将第Ⅱ类群分为5个亚类群,L2的划分反映了苦瓜种质间的遗传多样性与果实性状、来源或地理分布有较高相关性;在阈值0.83处,第Ⅱ类群1亚类群又分为4类,大致分为滑身苦瓜(粗棱无瘤)、大顶苦瓜(棱细大圆瘤、倒锥形)、棱细圆瘤苦瓜以及尖刺瘤或凸瘤苦瓜,分类结果与苦瓜的刺瘤有无、棱条粗细、瘤的形状和瓜色等密切相关,初步认为刺瘤苦瓜为较原始类型。
简介:利用10对多态性丰富的SSR引物,以国家甘蔗种质资源圃中保存的14份具有代表性的割手密为对照,对新收集的云南省11份割手密(SaccharumspontaneumL.)资源进行多样性分析。结果共扩增出233条DNA谱带,与对照相比,新采集材料的多态性条带为207条,其中14条为特有条带,多态性条带比率为0.89。遗传相似性系数和UPGMA聚类分析表明,新采集的材料并没有单独聚为一类,而是比较分散,在相似性系数为0.64处作切割线,参试材料可分为3个类群:第Ⅰ类群主要由龙门割手密、河边村割手密和福建仙游1号组成;第Ⅱ类群中包含19份材料,其中新采集的样品有上岗割手密、他拉割手密、安乐割手密、勐根割手密、芒美割手密、贺海割手密、回落割手密、里拉割手密和曼亨割手密,对照材料主要包含了云南、四川、越南、老挝、泰国地区的割手密,其共同特点是均匀分布在内陆地区;第Ⅲ类群包括3个材料,分别是海南1号、海南92-2和广东化州割手密,其中不包含新采集的材料。而在相似性系数为0.654处作切割线又能将上述第Ⅱ类群分为较细的3个亚群。由此可见,新采集的11份割手密资源具有丰富的遗传多样性,与已收集的资源相比,具有一定的差异性。说明依靠云南高山峡谷等立体气候特点,分布着遗传差异显著的割手密无性系。
简介:利用SSR标记对78份抗PVY烟草种质进行遗传多样性分析,根据类型将78份材料分为烤烟、晒晾烟和黄花烟3个群体。结果表明:(1)从960对引物组合中筛选出45对扩增带型清晰、重复性和多态性好的引物用于78份烟草种质资源遗传多样性研究,共检测到108个位点,其中96个位点具有多态性,多态性比例为88.89%。遗传多样性指数(Nei’s)为0.3766,Shannon’s指数为0.5821,种质间遗传相似系数变异范围在0.0454~0.9973之间,说明我国抗PVY烟草种质资源存在着丰富的遗传变异。(2)3个群体内遗传差异由大到小分别为:晒晾烟〉黄花烟〉烤烟。3个群体间遗传距离比较分析,晒晾烟与烤烟的遗传相似度达到0.9840。(3)聚类分析可将78份种质材料划分为黄花烟草和普通烟草2大类群,烤烟、晒晾烟之间没有明确的界线。聚类分析结果也表明,黄花烟与其他群体的遗传距离较远。
简介:为了提高云南甘蔗品种资源的利用效率,为甘蔗遗传育种亲本的选择、杂交组合配制提供理论指导,本研究从18个质量性状和5个数量性状对73份云南甘蔗品种和27份中国历年主栽甘蔗品种(不包括云南选育的主栽品种)的遗传变异、遗传多样性、聚类关系等开展了研究。结果表明:云南甘蔗品种芽形、曝光后节间颜色、曝光前节间颜色、芽沟和57号毛群的多样性十分丰富;而数量性状的遗传变异主要来自叶片宽度和株高;相似性系数和聚类分析表明品种的相似性处于中等水平,可分成2个大类群4个亚类群及20个小类群,主成份分析表明云南甘蔗品种和中国历年主栽品种可划分为3个明显的基因库,与聚类分析结果基本一致。
简介:采用RAMP分子标记技术对80份甘蔗种质(32份祖亲种、48份栽培品种或品系)的遗传基础进行了分析。从30对引物组合中筛选出4对多态性较强引物,构建了甘蔗80份种质的RAMP指纹图谱,这4对引物组合共扩增出84条带,其多态性为91.7%。80份种质的遗传相似系数变化范围在0.433~0.988,平均0.710。聚类分析表明,随着相似系数结合线的不同,可分别将参试的甘蔗种质从属间(甘蔗属与斑茅种)、野生种(割手密种、大茎野生种、印度种、中国种)与栽培种(热带种)间、栽培种与杂交栽培品种(或品系)间区别开来。各祖亲种与杂交栽培品种(或品系)的遗传相似性由大到小依次为热带种〉印度种和中国种〉大茎野生种〉云南割手密种〉其他割手密种〉斑茅。另外,本试验首次利用RAMP标记,获得了部分热带种、野生种及斑茅种特异片段,并发现这些特异片段能不同程度地在具有其血缘的栽培种中得到传递。
简介:为了揭示建兰(Cymbidiumensifolium)品种的遗传多样性和亲缘关系,为建兰种质资源的有效利用和开发提供依据,本研究采用SRAP(sequence-relatedamplifiedpolymorphism)分子标记技术对来自四川、台湾、广东的47个建兰品种的遗传多样性进行分析,应用NYSYS软件对SRAP-PCR结果进行聚类分析。结果从88对引物中筛选获得12对特异性强、稳定性好的引物进行SRAP分析,共扩增出188条带纹,其中147条为多态性位点,平均每组引物扩增出12条多态性带。聚类分析表明,47个品种可以分为4个类群:第Ⅰ群由来自四川的3个品种组成;第Ⅱ群的23个品种中有18个来自四川、3个来自广东、2个来自台湾;第Ⅲ群的12个品种中有11个品种源于台湾,1个源于四川;第Ⅳ群仅有1个来自四川,其他品种均来自台湾。结果表明,由于人工驯化,造成了建兰品种遗传背景的混乱,而SRAP分子标记技术能有效地分析建兰品种的遗传多样性和亲缘关系。
简介:南方坡耕地土壤大部分较贫瘠,筛选出适合在丘陵坡地贫瘠土壤种植的苎麻种质,对于生态恢复和经济生产非常重要。本研究将田间平地试验、田间坡地试验、盆栽试验相结合,以10个苎麻种质为材料,测定株高、分株数、叶片数、叶面积、叶片SPAD、总鲜重、总干重、原麻重、氮肥利用效率、钾肥利用效率等10个指标,运用主成分分析、隶属函数、聚类分析方法,对筛选指标和抗性分类进行综合分析。通过主成分分析筛选出分株数、总鲜重、叶面积、株高、叶片SPAD、叶片数、氮肥利用效率、钾肥利用效率等8个指标可以有效的评价苎麻耐瘠性;对各性状隶属函数进行聚类分析,10个苎麻种质可划分为两类,一类是冷水江野麻、浏阳野麻;另一类是湘苎三号、多倍体一号、湘苎X2、湘苎X1、湘苎X3、湘苎XB、中苎一号、长沙野麻。通过研究苎麻耐瘠相关指标,建立了苎麻耐瘠性评价的指标体系,筛选和鉴定出了苎麻耐瘠性资源。
简介:目的明确侵袭性真菌感染(invasivefungalinfections,IFI)在慢性重型乙肝患者中发病情况及主要病因。方法依据IFI和乙肝诊断标准,筛选上海长征医院感染科慢性重症乙肝患者,60例IFI者为病例组,66例未发生IFI为对照组,进行回顾性分析。结果IFI患病率47.62%,病死率40%。乙肝病毒DNA水平是最主要的危险因素,当DNA高于3.16×10^3copies/mL,IFI发病可能性增大。结论慢重肝患者IFI的患病率和病死率超出临床预期,降低DNA拷贝可延缓乙肝进展,在预防及治疗IFI中亦具积极意义。
简介:采用10个ISSR分子标记对地理来源不同的33份绿豆种质资源进行了遗传多样性分析。结果表明,10个引物在33份绿豆种质间共扩增出118个条带,其中多态性条带115条,多态性位点比例为98.18%;供试绿豆种质间的遗传相似系数在0.50~0.98之间,平均0.68。当遗传相似性系数为0.682时,供试种质分为4个ISSR类群(ISSRGroups,IGs),第Ⅰ类群包括产地为黑龙江、吉林共9份和河北的1份绿豆种质资源,第Ⅱ类群包括河南、山西和陕西的所有和河北的4份绿豆种质资源,第Ⅲ类群为来自泰国的5份绿豆抗虫资源,第Ⅳ类群包括山东和内蒙古各2份绿豆资源;ISSR类群划分与绿豆的地理来源存在一定相关性。
简介:目的观察超脉冲点阵CO2激光联合1%卢立康唑乳膏外用封包治疗甲真菌病的疗效及安全性。方法共募集甲真菌病患者60名,总计223个病甲。患者随机分为A、B两组。其中A组患者病甲予超脉冲点阵CO2激光治疗,每两周1次,共6个月;B组患者病甲予每两周1次超脉冲点阵CO2激光治疗,联合每日1%卢立康唑乳膏外用封包于病甲8h,共持续治疗6个月。在治疗结束后3个月进行临床及真菌学评价。结果60例患者均完成治疗及随访,A组31例患者共计108个病甲,治疗结束后3个月临床有效率为50.9%,真菌清除率为38.9%;B组29例患者共计115个病甲,治疗结束后3个月临床有效率为69.6%,真菌学清除率为57.4%。B组临床有效率及真菌清除率均显著高于A组,差异有统计学意义(P〈0.05)。治疗结束后3个月,A、B两组患者满意度评价分别为87.1%和93.1%。两组治疗中,除激光治疗时出现轻微可耐受疼痛外,均无其他不良反应出现。结论超脉冲点阵CO2激光联合1%卢立康唑乳膏外用封包治疗甲真菌病是一种安全有效的方法,其疗效优于单纯点阵CO2激光治疗。
简介:本研究采用高通量测序技术对淀粉积累高峰期的锥栗种仁进行转录组测序分析,对得到的Unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析,并进一步通过实时定量PCR方法分析了7个与淀粉和蔗糖代谢相关酶基因在锥栗种仁发育过程中的表达特征。结果显示:denovo组装后共获得53629条Unigene序列,序列平均长度为746bp;通过与其他核酸、蛋白质数据库的Blast搜索比对,共26739条Unigene序列获得基因注释,占All-Unigene的49.86%;与COG数据库比对后将其注释的14413条Unigene序列划分成25类;GO功能注释的33926条Unigene基因共分成细胞组分、分子功能和生物过程3大类58个分支;与KEGG数据库比对结果注释的5277条Unigene序列划分为116条代谢通路;7个与淀粉和蔗糖代谢相关酶基因表达量变化趋势中,CH.29636(淀粉合成酶,SS),CH.11971(淀粉分支酶,SBE)两个基因随着种仁的发育呈现逐渐上升的趋势,而其余5个基因(CH.31302、CH.33690、CH.19238、CH.30128、CH.13088)表达量随着种仁的发育呈先上升后下降的趋势,该结果与锥栗种仁发育期淀粉和蔗糖的变化规律一致。这些信息为锥栗果实品质形成相关功能基因的研究提供了重要依据。