简介:简单重复序列(SSR)广泛存在于基因组中,是亲缘关系分析、DNA指纹图谱构建和遗传多样性研究领域中非常重要的遗传标记之一。红豆树群体已处于濒危状态,且属无参基因组,其近缘种开发的SSR引物亦很少,为满足红豆树遗传多样性研究及制定合理的保护策略,本研究基于SLAF-seq(specific-locusamplifiedfragmentsequencing)技术对天然群体中典型红豆树进行简化测序,利用MISA软件对测序获得所有SLAF片段进行SSR位点搜索,并对SSR位点特征进行统计分析,最后利用PrimerPremier5.0软件进行引物批量设计。与日本晴水稻的测序数据相比,红豆树参考基因组的双端比对效率为90.14%,酶切效率为92.37%,说明SLAF建库正常;测序Q30为92.32%,GC含量为37.17%,说明达到测序要求。本研究共获得6426462reads和592221个SLAF标签,其中16653个多态性SLAF标签,含有17868个SSR位点,平均每6.98kb就分布有1个SSR位点。不同核苷酸重复类型的基元类型数量及SSR位点数量间差异较大,除单核苷酸外,二、三核苷酸重复类型数量较多,分别占总SSR位点的17.15%和15.02%,其中AT/TA和GAA/TTC基元重复数量最多,分别为1090个(43.1%)和349个(15.2%)。通过批量引物设计共得到2817对引物,以二、三核苷酸类型较多,两者所占比例高达94.8%。结果表明:SLAF-seq技术可以很好的应用于红豆树(无参基因组)SSR位点的开发,基于简化基因组测序数据发掘的SSR位点能够为SSR分子标记开发提供信息,并有助于后续群体遗传多样性和交配系统分析等。
简介:中国蚕学会召开首届全国青年学术讨论会中国蚕学会首届全国青年学术讨论会于1995年12月12日至14日在江苏镇江召开。出席会议的有来自全国26个科研、院校和有关专业单位共51位青年学者代表,另有约30名中国蚕业所的科研人员(不受年龄限制)列席了会议,并...
简介:本研究利用MISA工具筛选灯盏花基因组测序获得的462622条scaffolds,对其SSR位点信息进行分析,Primer3设计SSR引物,随机选取200对引物对60株灯盏花进行多态性扩增分析。研究结果表明:从灯盏花基因组中搜索到的231852个SSR位点中,二核苷酸基序是主要的重复类型,占总SSR的47.14%;AT/AT是最多的二核苷酸重复基元,占二核苷酸重复基元的74.60%,AAT/ATT是出现最多的三核苷酸重复基元,占三核苷酸重复基元的15%。PCR扩增发现,200对引物中有30对(15%)表现出稳定的多态性差异。灯盏花基因组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为灯盏花的遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记,利于开展灯盏花的遗传育种研究。
简介:植物生长延缓剂能够抑制植物细胞生长,使植株长得粗壮,根系发达,从而增强植物的抗逆性。试验研究了不同浓度的植物生长延缓剂矮壮素(CCC)和多效唑(PP_(333))对越冬期辣韭矢竹组培苗生长的影响。结果表明:经CCC和PP_(333)处理后的苗木,植株高生长明显降低,而分枝率和分蘖率显著增加;对植株叶绿素荧光参数的影响表现为,PSⅡ最大光化学效率(Fv/Fm)、非光化学猝灭系数(NPQ)和电子传递速率(ETR)均显著上升,光化学量子效率(ΦPSII)和光化学猝灭系数(qP)均显著下降,表明竹苗接受和传递光电子的能力增强,光合潜力上升,光机构得到保护,受低温伤害减轻,植株抗寒性增强。比较不同浓度CCC和PP_(333)的处理效果显示,800mg/L的PP_(333)和3000mg/L的CCC处理的植株均有较好的抗寒能力。综合来看,3000mg/L的CCC对辣韭矢竹苗在寒冷条件下的保护最全面。