简介：摘要目的利用网络药理学方法及分子对接技术分析小陷胸汤抗心肌缺血再灌注损伤的作用机制。方法利用TCMSP筛选出小陷胸汤中3味中药所含的有效成分及相应的靶蛋白，将选择的靶蛋白名称转化成Uniprot数据库的基因名称；通过GeneGards和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)筛选心肌缺血再灌注损伤的靶基因；通过Venn在线软件得到药物与疾病的交集基因，运用Cytoscape软件构建"药物-化合物-靶点"可视化网络；利用STRING数据库和Cytoscape软件制作蛋白相互作用网络，并进行网络拓扑学分析；利用分子对接软件(AutoDock Vina)验证前5名有效成分与前10名核心靶点间的分子对接；利用Bioconductor R软件进行靶点基因GO功能和KEGG通路富集分析。结果经筛选后得到小陷胸汤38个有效化学成分，187个靶点基因；疾病相关靶点基因511个；获得72个药物疾病共同靶点基因；核心靶点涉及AKT1、MMP9、IL1B、EGF等。GO功能分析得出1 095个生物学过程、24个细胞组成、61个分子功能，KEGG通路分析发现111条相关信号通路。结论该研究预测了小陷胸汤可通过AKT1、MMP9、IL1B、EGF等多靶点及IL-17信号通路、PI3K-AKT信号通路等多通路抗心肌缺血再灌注损伤的可能作用机制，为进一步深入研究该复方抗心肌缺血再灌注损伤作用的物质基础和分子机制奠定了基础。

简介：摘要目的探讨应用网络信息化平台的全国多中心基于案例学习(case-based learning, CBL)教学方法的实施效果。方法本研究采用问卷调查方法。2017年6月至2019年10月，选取全国11个省份的51家医院参加基于网络信息化平台的CBL教学方法的201名神经内科住院医师为研究对象。在教学开始前和结束后分别对住院医师发放问卷，以进行教学效果评估和满意度调查。结果住院医师对电生理和神经系统变性病知识的学习效果评分均较教学前有所提高，分别为(8.16±1.21)分比(3.76±1.59)分，t＝ 30.02；(6.29±1.41)分比(3.72±0.81)分，t＝22.19；其差异均具有统计学意义(均P<0.05)。参与评估的神经内科住院医师均认可CBL教学方法，满意度达到95.5%(200/201，缺项1人)，其中，评价较好的是学习内容适当、个人能力提高和团队能力提高，其平均分分别为(12.46±1.36)分、(3.71±0.80)分、(3.70±1.00)分。结论基于网络信息化平台的CBL教学效果较好，可以解决因空间不同所导致的教学问题。

简介：摘要目的通过生物信息学分析建立结直肠癌竞争性内源RNA(ceRNA)网络，对筛选出的ceRNA C14orf132-GAS1的表达及意义进行探讨。方法基于肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库对结直肠癌数据集进行分析，筛选差异表达的长非编码RNA(lncRNA)和mRNA，采用倍数法(fold change)和t检验识别差异表达基因，校正后P<0.05且|log2 fold change|>1的基因被鉴定为差异表达基因。采用超几何检验方法筛选出lncRNA-mRNA形成的ceRNA对，并对可能的靶微小RNA(miRNA)进行筛选。从TCGA数据库下载结直肠癌临床数据集。使用R包的"survival"和"survminer"进行生存分析。选取30例新鲜的结直肠癌及癌旁组织，应用荧光实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)对筛选出的ceRNA对和miRNA进行检测，并对这些分子间的相关关系进行Pearson相关分析。结果肿瘤组织中上调的mRNA数量为1 731，下调的为3 691；上调的lncRNA为1 126，下调的为2 105；上调的miRNA为14，下调的为190。经过筛选，确定C14orf132-miR-33a-GAS1轴可能为结直肠癌进展中有重要意义的ceRNA。生物信息学结果显示，C14orf132-GAS1作为ceRNA对，在肿瘤中表达水平(13.37±1.76、14.45±4.55)低于正常组织(15.71±0.62、16.00±2.42，t＝-9.44、-2.40，P<0.05)；miR-33a在肿瘤中表达水平(5.53±1.84)高于正常组织(3.25±0.77，t＝4.10，P<0.01)。组织验证结果与生物信息学结果符合。结论由C14orf132-miR-33a-GAS1轴形成的ceRNA机制可能在结直肠癌进展过程中发挥重要作用。

简介：摘要目的使用分子网络方法分析2009—2017年中缅边境的德宏州未治疗的16～25岁HIV-1感染者流行特征，为精准防控和降低HIV-1在德宏州的传播提供参考。方法筛选HIV-1感染者，静脉采血并分离血浆，提取RNA用以扩增HIV-1 pol区序列，使用HIV-TRACE程序构建分子网络并进行统计学分析。结果573名入组感染者中，中国籍319名(55.67%)、缅甸籍254名(44.33%)；男性351名(61%)，女性222名(39%)；异性性传播404名(HET，70.51%)，注射毒品110名(PWID，19.20%)，男男性行为者51名(MSM，8.9%)；亚型包括独特重组型193个(33.68%)、流行重组型201个(CRF，35.1%)、C亚型156个(27.23%)、B亚型23个(4.01%)。通过HIV-TRACE构建的83个分子网络涉及249名感染者，86.7%的网络由CRF01_AE，C或URF构成，49%为中缅混合网络(41/83)，缅甸籍进入中缅混合网危险度高(AOR＝2.676, p＝0.002)；中国籍男性PWID网络同配性为0.34，缅甸男性PWID为0.20，MSM为0.18。结论中缅边境德宏州存在潜在的HIV-1跨境传播风险；需注意MSM和缅甸籍男性PWID人群与其他传播途径混合传播的现象。

简介：摘要目的探究网络系统下闭环式管理模式对骨科护理工作效率及患者不良事件发生率、Ashworth评分的影响。方法选取舟山市中医院2016年4月至2019年10月收治的骨科患者200例为研究对象，选取基于网络系统下未开展闭环式管理模式的患者100例为对照组，进行基于网络系统下开展闭环式管理模式的患者100例为观察组。比较两组护理工作效率、患者不良反应发生率以及Ashworth评分的变化。结果观察组护理人员全体工作时间、基础护理时间、病历书写时间、整体护理时间以及健康宣教时间分别为（380.48±8.13）min、（62.67±4.58）min、（73.45±3.56）min、（61.27±4.39）min、（50.11±2.98）min，均短于对照组的（415.37±8.72）min、（90.57±4.94）min、（101.56±2.67）min、（70.26±5.53）min、（56.72±3.09）min（t=29.265、41.416、63.168、12.732、15.398，均P<0.05）；观察组护理人员对患者基本信息的掌握率（96.00%）高于对照组（74.00%）（χ2=18.980，P<0.05）；观察组患者不良反应事件发生率（5.00%）低于对照组的22.00%（χ2=12.374，P<0.05）；观察组Ashworth评分［（1.01±0.23）分］低于对照组的（3.09±0.41）分（t=44.245，P<0.05）。结论在骨科护理中采用基于网络系统下实施闭环式管理模式可以有效提高工作效率和护理人员对患者基本信息的掌握程度，减少不良事件的发生，改善患者的肢体痉挛。

简介：摘要运动想象及基于此开发的脑机接口技术已尝试运用于因脊髓损伤、脑卒中、多发性硬化等神经系统疾病所导致的语言交流及运动障碍患者中，并取得了较好的临床效果。目前的研究结果显示，脑机接口技术可以使脑卒中患者脑功能激活，脑电信号频率增强、持续时间延长且更加稳定；影像学结果表明，脑机接口技术可以使脑卒中患者双侧脑半球间及患侧脑半球内功能连接显著增加。文中就基于运动想象的脑机接口技术对于脑卒中患者脑功能的激活及神经网络的重塑进行综述，归纳总结该技术相关的机制研究进展，为该技术在临床及未来科研中的运用提供借鉴和参考。

简介：摘要目的建立燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个微小RNA（microRNA，miRNA）靶基因的蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction，PPI）网络，筛选具有重要作用的基因及基因模块。方法将本课题组前期筛选的燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个miRNA（hsa-miRNA-3131、hsa-miRNA-4516、hsa-miRNA-6501-5p、hsa-miRNA-10b-5p、hsa-miRNA-4683）的靶基因定位到STRING在线数据库（https：//string-db.org），筛选PPI网络。使用Cytoscape v3.6.0软件对PPI网络可视化，通过NetworkAnalyzer插件得到拓扑属性值度和拓扑属性值介数，筛选PPI网络的中心节点（度和介数均最高的节点）。同时，采用CytoHubba插件中的最大团中心（MCC）分析方法来确定PPI网络中的重要节点。通过MCODE插件进行聚类分析，筛选PPI网络的基因模块。将基因模块所包含的蛋白质名称在线提交KOBAS v3.0数据库（http：//kobas.cbi.pku.edu.cn/），对MCODE插件筛选出的基因模块进行KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路富集分析。结果靶基因的PPI网络由1 035个节点和4 346个边组成。泛素蛋白A-52残基核糖体蛋白融合产物1（UBA52）的度（101）和介数（0.010 723 89）均最高，为PPI网络的中心节点。经MCC分析，UBA52为PPI网络中的重要节点。从PPI网络中选择排名前5的基因模块，5个基因模块的KEGG通路富集分析中高度富集的基因通路分别为泛素介导的蛋白水解、剪接体、内吞作用、神经活性配体-受体相互作用、囊泡转运。结论成功建立了燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个miRNA靶基因的PPI网络，筛选出UBA52基因和5个基因模块主要通路。

简介：摘要目的筛选参麦注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性成分并探讨其作用机制。方法基于网络药理学和高通量分子对接技术，从TCMSP、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具(BATMAN-TCM)及Targetnet数据库中检索参麦注射液的化合物和预测靶点，并构建成分-靶点网络；从在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和GeneCards数据库中检索"coronavirus pneumonia"相关基因，与化合物作用靶点共有的部分构建靶基因间的蛋白相互作用网络；使用DAVID6.8进行基因功能、通路富集分析；通过PDB数据库获取蛋白质的晶体结构，采用AutoDock Vina和Python脚本进行高通量分子对接。结果共获得27个化合物和224个靶基因，鉴定出干预冠状病毒的15个核心成分与15个核心靶点，分别为CASP3、NOS2、PARP1、CASP8、NOS3、BCL2、ADA、OPRM1、TGFB1、TLR9、ACHE、SLC29A1、BAX、ADK、PNP。核心靶点主要作用于肺结核、癌症通路、乙型肝炎、细胞凋亡等信号通路。虚拟筛选后得到与冠状病毒相关靶点对接较好的成分有薯蓣皂苷元、豆甾醇、β-谷甾醇、人参皂苷Rh1苷元。结论本研究筛选出了参麦注射液干预冠状病毒的主要活性成分及作用靶点，为参麦注射液治疗COVID-19提供参考。

简介：摘要目的应用同步脑电-功能磁共振成像技术(electroencephalography-functional magnetic resonance imaging，EEG-fMRI)，探讨1型发作性睡病(narcolepsy type 1，NT1)患者非快速眼动(non-rapid eye movement，NREM)睡眠状态下脑功能网络的连通性和拓扑特性，探讨其与认知行为的关系。材料与方法对25例NT1患者和25例年龄匹配的健康对照组进行北京版蒙特利尔认知评估(The Beijing version of the Montreal Cognitive Assessment，MoCA-BJ)和EEG-fMRI扫描。所有受试者首先进行夜间多导睡眠图(nocturnal polysomnogram，nPSG)研究，计算总睡眠时间(total sleep time，TST)、各睡眠阶段占总睡眠时间百分比(TST%)和觉醒指数。采用Epworth嗜睡量表(Epworth Sleepiness Score，ESS)衡量白天的嗜睡程度。并在睡眠状态下对所有被试进行同步EEG-fMRI扫描。应用MoCA-BJ量表评估所有被试认知功能。利用EEG数据进行睡眠分期，基于fMRI数据建立被试睡眠状态下的全脑功能连接网络，使用图论方法分析网络的拓扑特征。比较各组之间拓扑参数的差异，并用相关分析方法分析脑网络拓扑特性与MoCA-BJ量表的关系。结果与对照组比较，NT1组的MOCA-BJ评分降低；而且NT1 NREM 2期睡眠期(N2)全脑全局效率以及小世界性均明显降低。NT1组的全脑功能网络的整体效率与MoCA-BJ评分显著相关(r=-0.589，P=0.002)。结论NT1患者在N2期睡眠状态下脑功能网络的网络拓扑属性异常与其认知障碍相关。

简介：摘要目的结合应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析2种方法筛选结肠癌mRNA表达谱中的差异共表达基因，并分析差异共表达基因与预后的关系。方法基于生物信息学方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库分别下载TCGA结肠腺癌数据集的转录组学数据和GSE68468数据集的芯片表达谱数据，筛选出两者在正常组织与结肠癌组织之间的差异表达基因(DEG)和最显著相关的加权基因模块，通过差异基因和加权基因取交集筛选出结肠癌相关差异共表达基因。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI )网络，利用最大派系中心度(MCC)计算方法筛选出MCC评分排名前10位的核心差异共表达基因，使用TCGA结肠腺癌数据集验证核心基因在正常组织和结肠癌组织中的表达，采用Kaplan-Meier生存分析探索核心基因与患者总生存期和无病生存期之间的关系。使用人类蛋白质图谱(HPA)数据库，对生存相关的差异共表达基因进行免疫组织化学染色验证。结果TCGA结肠腺癌数据集中DEG共3 481个，GSE68468数据集中DEG共7 275个，共获得237个差异共表达基因。使用PPI网络的MCC计算方法得到10个核心的差异共表达基因，分别为氯离子通道附件1(CLCA1)、MAPK3、胰高血糖素(GCG)、溶质载体家族26成员3(SLC26A3)、核受体亚家族1组H成员4(NR1H4)、脂肪酸结合蛋白1(FABP1)、鸟苷酸环化酶激活因子2A(GUCA2A)、二磷酸尿苷葡糖醛酸糖基转移酶家族2成员A3(UGT2A3)、肉碱棕榈酰转移酶2(CPT2)和跨膜4域A12(MS4A12)。与正常组织相比，TCGA结肠腺癌数据集结肠癌组织的CLCA1、GCG、SLC26A3、NR1H4、FABP1、GUCA2A、UGT2A3、CPT2和MS4A12 9个核心基因均下调(P均<0.05)，其中CLCA1高表达结肠癌患者的总生存期和无病生存期均长于低表达组(P均<0.05)，免疫组织化学染色结果在蛋白质水平也验证了结果的准确性。结论CLCA1可能在结肠癌的发展中起关键作用，可作为进一步诊断和治疗的潜在生物标志物。

简介：摘要目的分析浙江省绍兴市新确证人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1，HIV-1)感染者传播关系的分子网络特征，为疫情流行趋势和防治提供依据。方法纳入2018年8月至2019年12月绍兴市新确证未经抗病毒治疗的423份HIV-1感染/艾滋病病例血液样本，获得375份样本序列，采用反转录聚合酶链反应和巢式聚合酶链反应扩增HIV-1的pol基因，采用MEGA 6.0软件构建系统进化树分析亚型，并采用HyPhy软件和Cytoscape 3.7.2。生成不同基因距离的分子网络，通过美国斯坦福大学HIV耐药数据库在线软件工具分析耐药突变位点。结果375份样本序列中发现8种亚型，优势亚型为流行重组型(circulating recombinant form, CRF)07_BC 215份(57.33%)，CRF01_AE 103份(27.47%)，其他包括CRF08_BC、CRF85_BC、CRF55_01B、B、C和CRF01_AE/B亚型。在基因距离为1.50%时，共形成24个分子簇，194条序列入网，入网率为51.73%。在分子簇最多的0.75%基因距离时，共形成30个分子簇，129条序列入网，入网率为34.40%，35例以老年人为主的病例聚集成CL1簇。42份样本存在监测性耐药突变(surveillance drug resistance mutation, SDRM)，耐药传播率为11.20%(42/375)，其中非核苷类反转录酶抑制剂耐药突变38例，分别为K103N(32/375，8.53%)、K103S(4/375，1.07%)、Y188L(1/375，0.27%)和G190A(1/375，0.27%)，蛋白酶抑制剂耐药突变4例，分别为M46I(3/375，0.80%)和V82A(1/375，0.27%)。分子簇C2序列携带高比例耐药突变(94.29%，33/35)。结论绍兴市HIV-1亚型丰富多样，CRF07_BC亚型传播迅速；在0.75%基因距离仍聚集的CL1簇老年病例亟待干预，防止该耐药毒株的进一步快速传播。

简介：摘要心血管疾病发病率高，是世界范围内重大的公共卫生问题，长链非编码核糖核酸(lncRNA)在心血管疾病的基因编程和基因调控中扮演着重要角色。lncRNA母系表达基因3(MEG3)是近年来发现的非编码核糖核酸，其在冠状动脉粥样硬化性心脏病(CHD)患者中表达异常，在CHD发生发展及疾病的诊断和预测方面具有重要价值，与CHD的严重程度及预后相关，可以作为CHD的临床诊断标志物及治疗靶点。lncRNA MEG3通过调节内皮损伤、心肌凋亡、动脉粥样硬化、炎症反应等病理改变，在CHD中发挥作用，然而MEG3调控CHD的确切分子机制尚处于初步研究阶段，未来需要进一步验证这些基因通路。本文对lncRNA MEG3信号通路调控CHD的研究进展作一综述。

简介：摘要目的利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）及实验验证寻找RA相关的关键基因。方法从GEO数据库下载了RA患者基因芯片数据，构建基因网络，利用WGCNA将基因划分为不同的模块，将与RA临床症状相关的模块中的关键基因进行了基因本体论分析。随后使用GEO不同的数据集用受试者工作特征曲线（ROC）评价关键基因对RA诊断的准确性。此外，还通过实时荧光定量反转录PCR（RT-PCR）及蛋白质印迹法验证关键基因在RA中的表达，分析其与DAS28的关系。采用配对样本t检验和Pearson相关性分析对结果进行分析。结果共筛选出5 413个基因构建了加权基因共表达网络，将基因分为23个模块。其中，黑色模块与RA临床症状密切，包含346个基因。富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析显示其要富集于对IL-6的正调控、IL-1β分泌、破骨细胞分化、NOD样受体信号通路、辅助性T细胞（Th）17细胞分化等多个与RA密切相关的通路。其中运动性精子结构域包含蛋白2（MOSPD2）与临床症状具有明显相关性，在血液单核细胞、骨髓单核细胞中高表达（t=2.238，P=0.032；t=3.153，P=0.006），在RA关节滑膜液中与血液中表达呈正相关（r=0.683，P=0.03）。ROC曲线分析表明，MOSPD2能区分RA和对照组（曲线下面积分别为0.855和0.726）。RT-PCR及蛋白质印迹法结果显示，MOSPD2在RA患者中表达上调（t=-3.96，P=0.02）。MOSPD2在血液中的表达水平与RA患者的DAS28呈正相关（r=0.8846，P=0.0462）。结论MOSDP2与RA患者临床症状密切相关，可能是诊断及治疗RA的靶点之一。