清末现代教育行政体制的建立,标志着现代教育行政体制在中国的形成,是中国教育早期现代化第二层面的重要内容,是中国现代教育发生发展的必然环节。它受到当时政体改革、官制改革的直接影响,以专门化、系统化的现代教育行政体制取代了教化型的传统教育行政体制,是一套行政决策与执行、咨议、督导、培训四位一体的体制。它要解决的核心问题是中央与地方教育行政权力的博弈与分配,其精华在于劝学所一级,是现代与传统教育行政智慧的结合,平衡了教育行政权力中的官权与绅权。清末现代教育行政体制的形成过程,也是学堂学生不断得到重视,而科举士子逐渐被边缘化的过程。