简介:本研究采用高通量测序技术对淀粉积累高峰期的锥栗种仁进行转录组测序分析,对得到的Unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析,并进一步通过实时定量PCR方法分析了7个与淀粉和蔗糖代谢相关酶基因在锥栗种仁发育过程中的表达特征。结果显示:denovo组装后共获得53629条Unigene序列,序列平均长度为746bp;通过与其他核酸、蛋白质数据库的Blast搜索比对,共26739条Unigene序列获得基因注释,占All-Unigene的49.86%;与COG数据库比对后将其注释的14413条Unigene序列划分成25类;GO功能注释的33926条Unigene基因共分成细胞组分、分子功能和生物过程3大类58个分支;与KEGG数据库比对结果注释的5277条Unigene序列划分为116条代谢通路;7个与淀粉和蔗糖代谢相关酶基因表达量变化趋势中,CH.29636(淀粉合成酶,SS),CH.11971(淀粉分支酶,SBE)两个基因随着种仁的发育呈现逐渐上升的趋势,而其余5个基因(CH.31302、CH.33690、CH.19238、CH.30128、CH.13088)表达量随着种仁的发育呈先上升后下降的趋势,该结果与锥栗种仁发育期淀粉和蔗糖的变化规律一致。这些信息为锥栗果实品质形成相关功能基因的研究提供了重要依据。
简介:目的应用转录组技术,对UVA照射后的白念珠菌菌丝及生物膜进行基因表达分析.方法体外构建白念珠菌(ATCC90028)生物膜,采用UVA-LED抗菌设备(复旦大学光电所制,波长365nm,强度13mW/cm2,频率100Hz),照射白念珠菌生物膜5min、10min、15min,对照组不光照.用转录组技术分析UVA实验组和对照组之间差异表达的基因,进行GO、KEGG遗传差异富集分析.结果UVA光照组相对于对照组有大量差异表达基因,核糖体合成RIO2基因、氨基糖和核苷糖代谢相关基因MCR1、CBR1、内质网蛋白加工途径相关基因SHP1显著上调;RNA降解途径相关基因MPP6和细胞内吞作用相关基因CHMP6显著下调.结论UVA直接或间接调节白念珠菌菌丝及生物膜相关生理代谢途径,参与诱发细胞凋亡过程.
简介:在对长尖叶蔷薇和大花香水月季转录组测序的基础上,利用生物信息学方法,从其转录组数据中共获得23条MLOunigenes并对其进行了分析。结果显示它们之间的氨基酸数量、碱基数、分子量差异较小,多数为疏水性蛋白,平均亲水系数为-0.157-0.190,富含亮氨酸和丝氨酸。亚细胞定位主要分布于质膜中,包含5-9个跨膜结构;二级结构主要由α-螺旋组成。其中,等电点小于7的仅有1条,2条蛋白具有信号肽。这23条MLO蛋白具有15个长度在15-50个氨基酸间的保守基序。它们的系统进化关系分析结果揭示了MLO基因在长尖叶蔷薇与大花香水月季间具有较高的同源性和保守性。将这23条unigenes与来自于月季和拟南芥的MLO基因进行聚类分析,确定了6条可能参与抗白粉病的候选基因,对这6条候选基因进一步分析发现仅有2条unigenes符合MLO型白粉病基因的典型结构特征。最后,通过qRT-PCR试验验证,结果表明:这2条候选基因的相对表达量,在受到白粉病菌侵染后呈积极上调趋势。上述研究结果表明这2条候选基因很可能参与了寄主—白粉病菌的互作过程。
简介:目的探讨扁桃酸代谢对新生隐球菌毒力作用的影响。方法采用套叠PCR方法,构建扁桃酸消旋酶、扁桃酸脱氢酶及过氧化氢铜胺氧化酶基因重组片段,利用基因枪将重组片段转入新生隐球菌JEC21,应用PCR筛选、DNA测序等方法对阳性克隆子进行筛选与鉴定。体外观察并检测突变菌株对多种应激条件的应答反应。结果成功构建了新生隐球菌JEC21扁桃酸消旋酶、扁桃酸脱氢酶及过氧化氢铜胺氧化酶的基因缺陷菌株(mreΔ,lmdΔ,pcaoΔ),发现缺陷菌株mreΔ对于毒力功能影响不大,pcaoΔ、lmdΔ在高温、高渗、氧化应激等方面毒力减退,而黑色素分泌增加。结论扁桃酸代谢参与介导新生隐球菌毒力作用的调控,但其具体机制有待于进一步的研究探讨。
简介:目的探讨血浆(1—3)-β-D-葡聚糖对早期诊断深部真菌感染的临床价值。方法收集2009年3月-11月间在北京友谊医院感染科住院患者174例,根据侵袭性真菌感染诊断标准,将患者分为排除深部真菌组、确诊组、临床诊断组、拟诊组。应用MB-80微生物动态快速检测系统,检测各组患者血浆(1—3)-β—D-葡聚糖水平,分析比较深部真菌感染组和非深部真菌感染组血浆(1-3)-β-D-葡聚糖的水平。结果深部真菌感染组血清(1-3)-β-D-葡聚糖含量为(153.4±37.0)pg/mL,排除深部真菌感染组血清(1-3)-β—D-葡聚糖含量为(54.6±8.6)pg/mL,两组间有统计学差异(t=3.4,P〈0.01);分析血浆(1-3)-β-D-葡聚糖诊断深部真菌感染,以20pg/mL为诊断阈值,其准确率、敏感性、特异性、阳性预测值、阴性预测值分别为70.1%、87.5%、61.9%、52.1%、91.2%。确诊病例、临床诊断病例、拟诊病例,3组间血清(1—3)-β-D-葡聚糖含量无统计学差异(P〉0.05)。结论深部真菌感染组的葡聚糖水平明显高于排除深部真菌感染组的葡聚糖水平,具有统计学意义。以20pg/mL为诊断阈值,其准确率、敏感性、特异性、阳性预测值、阴性预测值分别为70.1%、87.5%、61.9%、52.1%、91.2%,可作为深部真菌感染的最佳诊断阈值。
简介:目的制备并鉴定一组抗曲霉不同抗原的单克隆抗体。方法采用烟曲霉细胞壁抗原成分、分泌抗原和灭活分生孢子,分别免疫BALB/c小鼠,制备单克隆抗体,免疫荧光法鉴定单克隆抗体与曲霉属和念珠菌属抗原的交叉反应。结果获得29株稳定分泌抗曲霉单抗的杂交瘤细胞株,其中用烟曲霉细胞壁抗原成分免疫获得11株,用分泌抗原免疫获得13株,用孢子免疫获得5株;Ig亚类鉴定,11个克隆株为IgG1亚类,3个克隆株为IgG3,15个克隆株为IgM。免疫荧光法鉴定29株单抗特异性识别烟曲霉细胞壁抗原,与其他曲霉抗原有交叉反应。结论29株单克隆抗体,对于建立侵袭性曲霉感染早期诊断方法、筛选曲霉保护性抗体以及研究抗体保护机制奠定了实验基础。
简介:目的探讨血浆(1-3)-β-D葡聚糖(即G实验)对院内侵袭性真菌感染的临床价值。方法选择2016.11~2017.4在宁夏医科大学总医院住院患者中院内侵袭性真菌感染的高危患者132例,血浆(1-3)-β-D葡聚糖含量使用MB-80微生物快速检测动态系统及其试剂进行检测,用ROC曲线比较G实验、真菌培养、G实验联合真菌培养的检测结果。结果132例高危院内IFI感染的患者中,共有43例诊断为院内侵袭性真菌感染,真菌培养的敏感度为67%,特异度为96%,阳性预测值(PPV)和阴性预测值(NPV)分别是0.72和0.80,G实验的敏感度为70%,特异度为88%,PPV和NPV分别是0.73和0.86;G实验真菌培养检测的敏感度提高为84%,特异度提高为92%,阳性预测值0.78,阴性预测值0.92;G实验Youden指数0.58,真菌培养Youden指数0.63,联合检测Youden指数提高到0.76;G实验结果、真菌培养结果及联合检测结果进行ROC曲线分析,曲线下面积分别为0.717,0.757及0.798。结论G实验是一种快速、简便、实用的侵袭性真菌感染的早期诊断方法,联合传统真菌培养可提高诊断的敏感度、特异度及诊断价值。
简介:目的DNA是进行分子生物学研究的重要基础。在本研究中,我们建立了2种简单快速抽提基因组DNA的方法并可用作PCR扩增的模板。通过比较4种不同的DNA抽提方法以确定哪种更适合进行下一步的基因分析。方法这4种方法是:玻璃珠法,酶法,3%SDS法和氯化苄法。玻璃珠法是用玻璃珠在混漩器上剧烈振荡破碎细胞壁;3%SDS法是将细胞在含10mmol/LDTT的3%SDS溶液中加热,然后用5mmol/LKAc和异丙醇抽提,DNA的产量通过A260测定。结果3%SDS溶解法、经典酶法、玻璃珠法和氯化苄法的DNA产量分别为0.4154±0.0367、0.8484±0.0756、1.2636±0.2040、0.4070±0.0339(g/L×10^8CFU/mL)。结论玻璃珠法是最敏感、重复性好、简单、费用合理的抽提方法。