简介:构建小鼠脂联素受体2(mAdipoR2)基因cDNA克隆,并进行序列及基因结构分析,为进一步研究小鼠AdipoR2的表达和生物学活性奠定基础.用RT-PCR方法扩增mAdipoR2基因cDNA,获得的片段连接至pGEM-T载体,转化JM109大肠杆菌,经酶切鉴定后,进行序列测定.利用因特网生物信息学资源分析mAdipoR2基因序列.结果成功地构建了mAdipoR2基因cDNA克隆,其序列与GenBank登录序列一致.通过与小鼠基因组序列比对,分析了mAdipoR2基因结构,其编码序列由7个外显子组成,编码1个含7个跨膜区的膜蛋白,但该受体不属于G蛋白偶联受体家族(GPCRs).mAdipoR2与人及大鼠蛋白的同源性分别为91%和95%.
简介:目的了解临床分离大肠埃希菌Ayfy2926中TEM型β内酰胺酶的基因型。方法采用聚合酶链反应(PCR)扩增大肠埃希菌Ayfy2926中TEM型β内酰胺酶的全编码基因并对PCR产物进行序列分析;PCR产物克隆入pHSG398质粒并在感受态细胞大肠埃希菌JM109中进行表达,琼脂稀释法测定转化子菌株对β内酰胺类抗菌药的敏感性。结果大肠埃希菌Ayfy2926中TEM型β内酰胺酶的基因型为一种新亚型,TEM-166(GenBank注册号FJ197316);与TEM-1相比,仅有1个氨基酸差异(Arg120→Gly);与TEM-1转化子菌株相同,TEM-166转化子菌株对哌拉西林高度耐药,对第三代头孢菌素、亚胺培南敏感,β内酰胺酶抑制剂可显著降低克隆表达菌株的耐药性。结论TEM-166为TEM型β内酰胺酶的新亚型,是一种非超广谱β内酰胺酶。
简介:摘要目的采用长链非编码RNA(lncRNA)芯片检测在骨肉瘤与瘤旁组织中lncRNA表达谱,分析差异表达的lncRNA,探讨其功能。方法利用lncRNA芯片筛查2010年至2012年期间广州市第一人民医院和南部战区总医院7对骨肉瘤组织与瘤旁组织中lncRNA表达谱,实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)验证芯片结果;分层聚类和火山图分析特征性表达lncRNA,结合基因本体论数据库(GO)分析和通路分析探讨lncRNA参与肿瘤细胞的生物过程。使用Agilent Array平台对样品进行微阵列分析。Agilent Feature Extraction软件分析采集阵列图像。GeneSpring GX v11.5.1软件包进行分子标准化和随后数据处理。采用重复测量设计的方差分析评价各组之间的变化,多组间比较采用单因素方差分析。结果筛选得到7组瘤组织中差异lncRNA总数为4 221个,其中上调的1 995个,下调的2 226个;RT-qPCR验证结果与lncRNA结果基本一致;分层聚类分析显示骨肉瘤组织(T)和瘤旁组织(C)中的lncRNA表达差异有统计学意义;GO分析显示lncRNA广泛参与细胞的生物过程,还参与细胞的细胞器组成。结论lncRNA芯片能有效检测骨肉瘤组织差异性表达的lncRNA,结合分子生物学分析技术发现lncRNA参与骨肉瘤细胞多种生物活性过程。
简介:摘要目的通过生物信息学与功能研究,探讨新的抑癌非编码RNA(ncRNA)及确定其功能。方法通过对癌症基因组图谱(TCGA)数据库泛癌RNA-seq数据中ncRNA进行全基因组meta分析,筛选出新的下调表达泛癌ncRNA。以细胞增殖、迁移、侵袭、凋亡等体外功能实验确证该ncRNA的泛癌抑制功能。组间比较采用双侧t检验。结果全基因组meta分析发现1 615种差异表达ncRNA,其中由ENSG00000231246编码的ncRNA未见报道,我们将其命名为泛癌非编码RNA246(PANC246)。相对于未转染组和转染pcDNA3.1空质粒组,过表达PANC246质粒转染的食管癌、肝癌、胃癌、结直肠癌等癌细胞株,其细胞增殖(t=7.252,P<0.01)、迁移(t=15.073,P<0.01)和侵袭能力(t=11.003,P<0.01)显著降低,而细胞凋亡显著增加(t=23.293,P<0.01)。与未转染组和空质粒组比较,PANC246高表达可显著抑制CDK2(t=19.301,P<0.01)、KRAS(t=14.682,P<0.01)、MUC16(t=22.581,P<0.01)等原癌基因mRNA表达。结论PANC246是一种新的泛癌抑制ncRNA,有望作为广谱抗癌治疗的新靶点。
简介:目的:探讨Blimpl基因突变在弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuselargeB-celllymphoma,DLBCL)发病中的作用。方法:应用基因测序方法检测1例DLBCL患者Blimpl基因的突变情况;用PCR扩增其Blimpl全长编码基因,并通过定点突变获得野生型Blimpl的全长编码基因。分别将野生型、突变型Blimpl的全长编码基因亚克隆至含有Flag标签的Flag-CMV4真核表达载体中,将重组质粒分别命名为Flag-Blimp1-wt和Flag-Blimp1-mut:采用PCR扩增获得人CIITA启动子,并将扩增片段插入PGL3-Basic荧光报告基因载体中.所有重组质粒均通过酶切鉴定并测序验证序列正确:将Flag-Blimp1-wt/mut分别与PGL3-CIITA-promoter共转染293T细胞.用荧光素酶报告基因系统检测报告基因载体的活性及Blimpl基因对其表达的调控.采用蛋/3印迹法检测融合蛋/3F1ag-Blimpl-wt与FIag-Blimpl-mut的蛋白表达差异。结果:成功构建野生型、突变型F1ag-Blimpl融合蛋白表达载体及PGL3-CIITA-promoter报告基因载体;经荧光素酶报告基因检测系统证实.构建的报告基因载体具有启动子活性。野生型Blimpl蛋白对其表达具有抑制作用,且该抑制作用与Blimpl的转染剂量呈正相关.而突变型Blimpl对其抑制功能明显减弱:蛋白印迹检测结果显示,突变型Blimpl蛋白明显低于野生型.结论:该例患者中Blimpl的突变影响了其转录抑制功能.可能是由基因突变导致Blimpl蛋白表达量的减少所引起。
简介:利用RT-PCR(ReverseTranscriptionPolymeraseChainReaction)分离阿部鲻(Mugilogobiusabei)P-gp(P-glycoproteins)CDS(Sequencecodingforaminoacidsinprotein)基因,并进行序列测定与分析。结果表明,cDNA全长2073bp,其中阅读框1958bp,编码652个氨基酸,估算的蛋白质相对分子质量为71.87kD;5′非翻译区115bp。序列同源性分析表明,不同进化地位动物的P-gp编码序列存在高度同源性,显示P-gp基因在系统进化上高度保守。生物信息学分析表明,阿部鲻P-gp基因不含有编码蛋白信号肽的序列,预测结果显示,有4个跨膜区,编码蛋白含ATP结合盒(theATP-bindingcassette)内膜转运typ-1型结合域。
简介:摘要糖尿病视网膜病变(DR)发病机制复杂。长链非编码RNA (lncRNA)中INK4基因座中反义非编码RNA (ANRIL)与细胞增生、分化及个体发育过程密切相关,在视网膜血管内皮细胞的异常增生中起重要作用,是DR发病机制研究中的新领域。现有研究发现,ANRIL可能通过核因子-κB、ROS/聚腺苷二磷酸核糖聚合酶信号通路以及与p300、miR-200b、EZH2协同调节VEGF在DR中的表达和功能,发挥其在DR发生发展中的作用。特异性阻断ANRIL及其相关通路,可能成为未来DR临床治疗中的新靶点。
简介:摘要非编码RNA(ncRNA)过去被认为是一类不具备蛋白编码功能的基因转录产物,但越来越多的研究表明部分ncRNA能够编码产生功能性多肽,且通过测序、质谱等技术可以证实此类ncRNA和多肽往往具有较高的保守性和同源性。本文以“非编码RNA”和“多肽”为关键词在多个数据库进行了相关研究的检索,对编码多肽的ncRNA特征、编码多肽的检测方法、生物学功能及其临床应用价值进行了综述。结果表明这些功能性多肽参与了包括调节肿瘤发生发展、调节肌肉活动以及调节免疫应答等过程,将来可将ncRNA来源的多肽作为一类新型的标志物在疾病早期诊断、疗效判断及预后观察等方面发挥重要作用,同时将ncRNA编码的多肽作为靶点亦可为肿瘤的个体化精准治疗提供新的思路。
简介:摘要目的探讨长基因间非蛋白质编码核糖核酸174(LINC00174)调控骨质疏松分子机制。方法选择烟台山医院47例骨质疏松症患者和47例正常健康人为研究对象。人骨髓间充质干细胞(hBMSCs)购自美国ScienCell公司。过表达LINC00174质粒(pcDNA-LINC00174)、过表达阴性对照(pcDNA-NC)、LINC00174小干扰RNA(si-LINC00174)、小干扰RNA阴性对照(si-NC)转染至hBMSCs。实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测基因信使核糖核酸(mRNA)表达;噻唑蓝(MTT)检测细胞增殖活性;流式细胞仪检测细胞凋亡率;蛋白质印迹法检测蛋白表达;酶联免疫吸附法检测丙二醛(MDA)、超氧化物歧化酶(SOD)及过氧化氢酶(CAT)水平。两组间比较行t检验,多组间比较采用单因素方差分析,组间两两比较采用LSD-t检验。结果骨质疏松症患者血清中LINC00174表达水平显著高于健康对照(2.38±0.21比1.00±0.11),差异有统计学意义(t=39.908,P<0.05)。pcDNA-LINC00174组hBMSCs细胞LINC00174表达(3.01±0.25比1.00±0.08)、凋亡率[(23.25±1.42)%比(12.46±1.07)%]和活化的天冬氨酸蛋白水解酶3(cleaved Caspase-3)表达(0.75±0.05比0.39±0.03)显著高于pcDNA-NC组,增殖活性(0.53±0.04比0.91±0.06)、细胞周期蛋白D1(Cyclin D1)、(0.42±0.05比0.86±0.06)、碱性磷酸酶(ALP)(0.37±0.03比0.65±0.05)、Runt相关转录因子2(RUNX2)(0.41±0.04比0.83±0.06)和骨钙蛋白(OCN)(0.27±0.03比0.72±0.05)蛋白表达显著低于pcDNA-NC组,差异有统计学意义(t=15.671、20.877、9.564、12.431、17.498、21.652、18.932、21.774,P<0.05)。si-LINC00174组hBMSCs细胞LINC00174表达(0.38±0.04比1.01±0.09)、凋亡率[(8.46±0.78)%比(13.73±1.43)%]和cleaved Caspase-3(0.26±0.02比0.45±0.04)表达显著低于si-NC组,增殖活性(1.21±0.08比0.78±0.05)、Cyclin D1(0.78±0.06比0.54±0.04)、ALP(0.75±0.06比0.49±0.04)、RUNX2(0.89±0.06比0.53±0.05)和OCN(0.92±0.06比0.68±0.05)蛋白表达显著高于si-NC组,差异有统计学意义(t=13.032、16.541、10.125、19.356、15.238、18.981、9.237、11.343,P<0.05)。pcDNA-LINC00174组hBMSCs细胞Nrf2(0.39±0.03比0.88±0.06)和Kelch样环氧氯丙烷相关蛋白1(Keap1)(0.24±0.02比0.59±0.05)蛋白表达显著低于pcDNA-NC组,差异有统计学意义(t=17.238、14.045,P<0.05)。si-LINC00174组hBMSCs细胞核因子红系2相关因子2(Nrf2)(0.94±0.05比0.72±0.04)和Keap1(0.86±0.05比0.47±0.04)蛋白表达显著高于si-NC组,差异有统计学意义(t=13.032、16.541,P<0.05)。结论LINC00174可调控骨质疏松,其机制可能与通过Nrf2/Keap1信号通路调控hBMSCs增殖、成骨细胞分化、凋亡及氧化应激有关。
简介:摘要目的筛选和验证脓毒症患儿外周血中差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNAs),探讨其在儿童脓毒症发病机制中的作用。方法选取2016年1月至12月在首都儿科研究所附属儿童医院ICU进行救治的3例脓毒症患儿和3例健康儿童的外周血标本,通过lncRNA测序技术筛选出差异表达的lncRNAs和mRNAs;对差异表达的lncRNAs进行靶基因预测,并根据GO分析结果选出与线粒体ATP合酶(F1FO-ATPase)活性相关的lncRNA-mRNA关系对;进一步扩大样本量,采用实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应(qRT-PCR)技术对筛选结果中F1FO-ATPase活性相关的部分mRNAs及lncRNAs进行验证。结果测序结果显示,与健康儿童相比,脓毒症患儿外周血中差异表达的lncRNAs共252个(86个表达上调,166个表达下调),差异表达的mRNAs共2 652个(955个表达上调,1 697个表达下调);qRT-PCR验证结果显示:lncRNA ENST00000621933.1、ENST00000616950.1、ENST00000595748.1在脓毒症患儿中表达升高(P<0.05),MT-ATP8、ATP5E以及lncRNA ENST00000624705.1和ENST00000615535.1在脓毒症患儿中表达降低(P<0.05),与测序结果一致。结论脓毒症患儿外周血中存在差异表达的lncRNAs,以MT-ATP8及ATP5E作为靶基因的lncRNA ENST00000621933.1、ENST00000616950.1、ENST00000595748.1、ENST00000624705.1和ENST00000615535.1的表达水平可能与儿童脓毒症的发生发展有关。
简介:目的:观察有丝分裂前期检查点基因CHFR在食管癌、食管上皮内瘤变及正常食管组织中蛋白的表达,了解食管癌中CHFR蛋白表达与患者临床病理资料之间的关系,探讨其在食管癌发生发展过程中的作用及相关的分子机制。方法收集食管癌标本92例以及相配对的食管上皮内瘤变11例,另取正常食管组织27例。采用免疫组化检测92例食管癌及其对应的食管上皮内瘤变、正常食管组织中CHFR蛋白的表达。通过免疫组化半定量积分法判断免疫组化结果。结果食管癌组织中CHFR蛋白阳性表达率为7.61%(7/92),低于正常食管组织的96.3%(26/27)和食管上皮内瘤变组织的54.55%(6/11),且差异有统计学意义(P﹤0.05);食管上皮内瘤变组织中CHFR蛋白阳性表达率也低于正常食管组织,且差异有统计学意义(P﹤0.05)。高分化的食管癌组织中CH-FR蛋白表达阳性率的33.33%(6/18)明显高于中-低分化的食管癌组织中CHFR蛋白表达阳性率的1.35%(1/74),差异具有统计学意义(P﹤0.05)。患者的不同年龄、性别以及其他病理资料之间CHFR蛋白表达阳性率比较,差异无统计学意义(P﹥0.05)。结论食管癌中有丝分裂检查点基因CHFR蛋白的表达下调或缺失是频发、早期事件,可能参与食管癌的发生发展,其与食管癌分化程度的关系可能更为密切。