简介：摘要 目的 分析丙肝病毒RNA与丙肝抗体在丙肝诊断中的检验效果。方法 将2021年2月至2022年2月期间在我院就诊的60例疑似丙肝患者为研究对象，采集所有患者空腹静脉血进行检验，采用丙肝病毒RNA与丙肝抗体检测，以病理诊断结果为金标准判断两种检验方式的诊断符合率、漏/误诊率、敏感度、特异度。结果 丙肝病毒RNA检测诊断符合率、敏感度、特异度均高于丙肝抗体检测，漏/误诊率低于丙肝抗体检测，差异具有统计学意义（p

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简介：AbstractAlthough whole-exome sequencing and whole-genome sequencing has tremendously improved our understanding of the genetic etiology of human disorders, about half of the patients still do not receive a molecular diagnosis. The high fraction of variants with uncertain significance and the challenges of interpretation of noncoding variants have urged scientists to implement RNA sequencing (RNA-seq) in the diagnostic approach as a high throughput assay to complement genomic data with functional evidence. RNA-seq data can be used to identify aberrantly spliced genes, detect allele-specific expression, and identify gene expression outliers. Amongst eight studies utilizing RNA-seq, a mean diagnostic uplift of 15% has been reported. Here, we provide an overview of how RNA-seq has been implemented to aid in identifying the causal variants of Mendelian disorders.

简介：摘要目的探讨长链非编码RNA同源异形盒转录反义RNA(lncRNA HOTAIR)通过靶向微小RNA-520g-3p(miR-520g-3p)对胰腺癌细胞增殖、迁移能力的影响。方法实时定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测胰腺癌细胞中miR-520g-3p、HOTAIR表达水平；转染HOTAIR小干扰RNA至SW1990胰腺癌细胞中，并分为NC组、siHOTAIR-1组、siHOTAIR-2组。细胞计数试剂盒(CCK-8)实验检测细胞增殖能力，划痕愈合实验检测细胞迁移能力；双荧光素酶报告基因实验验证miR-520g-3p与HOTAIR靶向调控关系，两组之间的定量资料比较采用t检验。结果qRT-PCR结果表明SW1990中HOTAIR mRNA水平明显高于人正常胰腺导管上皮细胞(HPDE，3.08±0.33比1.57±0.17，t＝29.830, P<0.01)；miR-520g-3p在SW1990中的表达水平明显低于人正常胰腺导管上皮细胞(HPDE，0.93±0.11比2.63±0.24，t＝22.410, P<0.01)；HOTAIR小干扰RNA转染至SW1990中，72 h后NC组细胞吸光度(A)值明显高于siHOTAIR-1组、siHOTAIR-2组(3.52±0.99比1.92±0.23、2.36±0.58，t＝6.340、5.150，P<0.01)；降低HOTAIR表达48 h后，NC组细胞划痕愈合面积百分比为显著高于siHOTAIR-1组、siHOTAIR-2组[(85.37±9.82)%比(50.56±5.82)%、(35.28±6.86)%，t＝7.760, 14.750，P<0.01]，差异均有统计学意义。双荧光素酶报告基因表明miR-520g-3p可明显降低野生型HOTAIR载体荧光素酶活性。下调miR-520g-3p表达水平后，SW1990细胞增殖及迁移能力高于对照组(t＝13.190、12.480，P<0.01)，差异有统计学意义。结论HOTAIR可通过靶向负调控miR-520g-3p影响胰腺癌细胞增殖、迁移能力。

简介：摘要目的通过RNA测序(RNA-sequencing, RNA-seq)获取表达数据，并通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis，WGCNA)筛选与呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus，RSV)毛细支气管炎患儿疾病严重程度相关的核心基因，为预测RSV感染病情提供参考。方法将2019年10月1日—2020年2月29日在温州医科大学附属第二医院住院的22例RSV毛细支气管炎患儿作为病例组，根据病情分为轻度组、中度组及重度组，以22例健康儿童作为对照组，收集全血白细胞总RNA进行RNA-seq，比较不同严重程度患儿与对照组的差异表达基因(differentially expressed genes，DEGs)，寻找与疾病严重程度相关的基因共表达模块，筛选能评估疾病严重程度的生物学指标。结果22例患儿中位年龄3个月，男19例，女3例，对照组中位年龄4个月，男14例，女8例，两组年龄及性别差异无统计学意义。轻度组8例，中度组和重度组各7例。通过显著性分析发现轻度组有416个DEGs，中度组有586个，重度组有846个。根据WGCNA分析发现10个共表达模块，其中棕色模块与疾病严重程度存在明显相关性(r＝0.62，P<0.001)。进一步对棕色模块中的DEGs进行蛋白质互作(protein-protein interaction, PPI)网络构建并根据基因节点的连接度筛选出前30个核心基因，其中关联度较大的为基因RBX1和PSMA7。RBX1、PSMA7基因在重度组中表达上调，在轻、中度组中的表达与对照组比较差异无统计学意义。结论RBX1和PSMA7基因可能是RSV毛细支气管炎疾病严重度的生物学预测指标。

简介：摘要目的探讨环状RNA-7(circularRNA, ciRS)-7在食管鳞癌细胞放疗抵抗中的作用及生物学机制。方法采用慢病毒转染食管鳞癌细胞系KYSE410和KYSE510构建ciRS-7敲降细胞系(分为正常对照组和sh#1组、sh#2组)。不同剂量射线(2 Gy组、4 Gy组、8 Gy组)照射上述细胞，收集各组细胞染色，流式细胞术检测活细胞比例。双荧光素酶报告系统检测ciRS-7与微小RNA(microRNA，miR)-7的调控关系；KYSE410细胞分正常组、ciRS-7敲降组，RT-qPCR检测miR-7表达。shRNA转染KYSE410细胞，分为干扰组(正常对照组、敲降ciRS-7组);过表达组(ciRS-7和miR-7同时过表达组、阴性对照组、miR-7过表达组),蛋白质印迹法检测各组中B细胞淋巴瘤/白血病-2蛋白(bcl-2)的表达。两组间比较采用独立样本的t检验，以P<0.05为差异有统计学意义。结果KYSE410细胞sh#1组(0.36±0.03)、sh#2组(0.37±0.12)ciRS-7表达量低于正常对照组(1.00±0.01, t＝24.460、8.910, P<0.05); KYSE510细胞sh#1组(0.40±0.08)、sh#2组(0.34±0.08)ciRS-7表达量低于正常对照组(1.00±0.08, t＝8.514、9.550, P<0.05)，差异均有统计学意义。4 Gy射线照射后，KYSE410细胞sh#1组[(37.00±3.07)%]、sh#2组[(39.50±0.70)%]活细胞比例低于正常对照组[(63.50±6.36)%, t＝7.400、5.301, P<0.05]; KYSE510细胞sh#1组[(39.00±8.48)%]、sh#2组[(39.50±0.70)%]活细胞比例低于正常对照组[(73.50±6.36)%, t＝4.600、7.509, P<0.05]。8 Gy射线照射后，KYSE410细胞sh#1组[(22.50±3.53)%]、sh#2组[(39.50±0.70)%]活细胞比例低于正常对照组[(50.50±2.12)%, t＝9.604、11.800, P<0.05]; KYSE510细胞sh#1组[(33.00±2.82)%]、sh#2组[(31.00±2.82)%]活细胞比例低于正常对照组[(60.50±2.12)%, t＝11.000、11.800, P<0.05]，差异均有统计学意义。KYSE410细胞过表达ciRS-7组(1.00±0.23)的miR-7表达低于正常对照组(0.54±0.08, t＝3.191, P<0.05),双荧光素酶报告系统证实ciRS-7吸附结合miR-7。同时过表达miR-7及ciRS-7组的bcl-2表达高于过表达miR-7组(0.59±0.11, t＝6.013, P<0.05)、敲降ciRS-7组(0.83±0.08, t＝3.717, P<0.05),差异均有统计学意义。结论ciRS-7通过靶向miR-7促进食管鳞癌细胞的放疗抵抗。

简介：摘要近年来，长非编码RNA(lncRNA)作为竞争性内源RNA(ceRNA)在黑色素瘤中的研究日益增多。lncRNA在黑色素瘤中呈现高表达或低表达，并通过ceRNA机制竞争性地与miRNA结合，影响miRNA下游靶基因mRNA的表达，从而发挥癌基因或抑癌基因的作用。了解lncRNA作为ceRNA在黑色素瘤中的作用，可为未来黑色素瘤的诊断及治疗靶点研究提供新思路。

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简介：摘要泪腺腺样囊性癌(lacrimal gland adenoid cystic carcinoma，LGACC)是一种常见的、发生于泪腺的恶性上皮性肿瘤，其复发率和转移率均较高。多种小RNA(miRNA)在LGACC的发生、发展中起重要作用。miR-24-3p过表达可降低LGACC中PRKCH的表达以促进p53/p21表达，从而抑制肿瘤的侵袭。miR-93-5p通过调控Wnt信号通路，靶向下调乳腺癌转移抑制因子1L，而促进LGACC细胞上皮细胞-间充质转化、迁移、侵袭和增生。LGACC中的miR-181a-5p表达上调，也是LGACC细胞增生和迁移的原因之一。(国际眼科纵览，2022, 46：157-161)

简介：AbstractTargeted sequencing and whole exome sequencing are the most common approaches used to detect causative variants in Mendelian diseases; however, using DNA-based sequencing techniques, the current molecular diagnostic yield is at best 50%. In recent years, RNA sequencing has been shown to be able to provide a genetic diagnosis in patients whose conditions were previously unable to be identified by DNA analysis. RNA sequencing can reveal expression outliers, aberrant splicing events, allele-specific expression, and new pathogenic variants, and as such can complement and expand on the traditional genomic methods used to diagnose Mendelian diseases. Therefore, RNA sequencing is expected to become a routine method for genetic diagnosis in the future. This article reviews the applications and challenges of RNA sequencing in the genetic diagnosis of Mendelian diseases.

简介：摘要近年来，新型冠状病毒肺炎、流行性感冒、埃博拉出血热等病毒性疾病呈现愈演愈烈、愈发愈快的趋势。为保障人民健康和国民经济的稳定运行，研究病毒的致病机理与宿主免疫调控机制，解析病毒与宿主的基因表达调控规律，监测病原病毒与防治病毒病的重要性逐渐凸显。转录组测序是一类在RNA水平上关注基因在特定时空状态下表达特征的技术，是分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着分子生物学实验技术的进步和生物信息学分析平台的成熟，转录组学研究向着低成本、低技术门槛的方向发展，逐渐从理论研究领域向临床实验室过渡，改变着临床工作人员对病毒与病毒病的传统认知，被越来越多的用于病毒转录机制、病毒与宿主的免疫互作、追踪疾病进展以及抗病毒药物研发等方面研究。本文主要对宏转录组的技术流程、常用软件以及病毒与病毒病方向的应用场景进行综述，并对细胞群转录组、单细胞转录组、单细胞核转录组以及空间转录组的方法与应用进行简要介绍，以期为病毒转录机制研究与病毒病的防控提供方法学参考。

简介：摘要环状RNA（circRNA）是一类通过反向剪接生成的新的内源性非编码RNA，具有miRNA"海绵"、调节转录和剪接、调节蛋白之间的相互作用等功能。最近的研究表明，circRNA在视网膜微血管功能障碍、糖尿病视网膜病变、老年性黄斑变性、增生性玻璃体视网膜病变、高同型半胱氨酸血症所致眼病和眼部恶性肿瘤等眼底疾病的发生和发展过程中发挥着重要作用。在病理状态下，circRNA的差异性表达改变了相应基因的转录和翻译，从而改变细胞的活性和功能。CircRNA可能成为眼底疾病新的标志物和预后指标，其靶向干预也可能成为眼底疾病潜在的治疗方法。

简介：摘要精子发生对成年雄性动物完成生育功能来说至关重要，这一复杂的生理过程需要相关基因适时适度的表达，大量的表观遗传调控因子参与其中，包括明星分子环状RNA。环状RNA具有表达丰富、进化保守、细胞或组织特异性以及更高的抗外切酶或核糖核酸酶降解能力等多种特征。它可以调控亲本基因的表达，作为mRNA陷阱、miRNA或蛋白质的海绵体来发挥作用，也可以通过结合RNA结合蛋白来参与精子的发生过程，包括生殖干细胞的形成、精子的形成、精浆的组成及睾丸组织的形成。本文就目前环状RNA参与精子发生的研究进展进行综述。

简介：摘要环状RNA(circRNA)是一类以共价闭合连续环为特征的功能性非编码RNA，通过前体信使RNA反向剪接形成，在转录和转录后基因表达调控方面发挥着重要作用。近年来，越来越多的研究发现circRNA参与调控肝脏疾病的发生发展，具有成为肝脏疾病诊治生物学标志物的潜力。本文就circRNA的分类、形成、生物学功能及其在不同肝脏疾病中的作用进行综述。

简介：摘要白内障是全世界最常见的致盲性眼病，其发病机制尚不完全清楚。环状RNA（circRNA）是一种特殊的非编码RNA，具有较高的稳定性和保守性，广泛参与了多种生物学过程和疾病的发生。circRNA的异常表达可通过蛋白互作以及海绵吸附微小RNA影响晶状体上皮细胞的功能，从而参与白内障的发生，有望成为白内障防治的靶点。本文对circRNA在白内障发生及发展中作用的研究进展进行综述。

简介：摘要环状RNA(circRNA)是一类由前体信使RNA(mRNA)反剪接产生的序列保守的闭合环形RNA。与线性RNA不同，circRNAs不需要3’和5’端，这有助于其抗外切酶消化，具有序列保守性和组织特异性。circRNAs可以作为miRNA海绵或与RNA相关蛋白结合并调节基因转录，直接或间接影响乳腺癌相关基因的表达。最新研究结果显示，部分circRNAs有可以表达蛋白质的开放阅读框，也可以对乳腺癌细胞的增殖、侵袭与凋亡产生作用。越来越多的证据表明，circRNAs以细胞类型、组织或发育阶段特有的方式表达，并且也在病理条件下表达。甚至circRNAs的异常表达与多种癌症有关，如乳腺癌、肝细胞癌、淋巴腺癌、结直肠癌、胰腺癌和膀胱癌，它有可能成为癌症治疗所需的新型生物标志物和治疗靶点。近年来，circRNAs在肿瘤治疗和肿瘤早期检测中的作用成为了一个研究热点，其中就包括乳腺癌相关性环状RNA。本文就circRNAs的发现、产生机制、生物学功能进行综述，探讨circRNAs在乳腺癌中的研究进展以及外泌体circRNAs目前最新进展，并进行问题展望。

简介：摘要母乳含多种活性成分，对疾病防治有至关重要的作用。其中由共价键形成闭合环状结构的环状RNA(circRNA)因具有保守性和稳定性得到关注。对母乳circRNA的研究可能给母乳功能带来新的启发，值得儿科研究者关注。现从circRNA的特性与功能、母乳中circRNA的研究及展望进行阐述。

简介：摘要目的检测DEAD盒RNA解螺旋酶5(DDX5)和微小RNA-205(miR-205)在前列腺癌(PCa)中的表达情况，并分析二者与PCa预后的关系。方法选取2015年4月至2017年4月于北京市朝阳区双桥医院行前列腺癌根治术或穿刺活检术的86例PCa患者为研究对象，取患者术中切除的癌组织及癌旁组织分别作为PCa组和对照组。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法检测组织中DDX5 mRNA、miR-205的水平。采用免疫组化法检测组织中DDX5的表达情况。分析DDX5、miR-205表达水平与临床病理特征的关系。采用Kaplan-Meier生存分析DDX5、miR-205表达水平与PCa患者的预后关系。采用Cox回归分析PCa预后不良的影响因素。结果PCa组的DDX5 mRNA及蛋白表达水平均高于对照组(均P<0.05)，miR-205表达水平低于对照组(P<0.05)。PCa患者中DDX5、miR-205表达与肿瘤分期、血清PSA、Gleason评分、肿瘤转移均有相关性(均P<0.05)，而与患者年龄、切缘性质均无相关性(均P>0.05)。经Kaplan-Meier生存分析，DDX5阳性表达患者的3年累积生存率低于DDX5阴性表达患者(P<0.05)；miR-205高表达患者的3年累积生存率高于miR-205低表达患者(P<0.05)。多因素Cox分析结果显示，DDX5水平偏高、miR-205水平偏低是PCa不良预后的危险因素(HR＝2.598、3.342，均P<0.01)。结论在PCa患者癌组织中DDX5高表达，miR-205低表达，二者与PCa的多种临床病理及预后有关，是PCa患者预后不良的危险因素。

简介：摘要目的探讨间充质干细胞(MSC)在非小细胞肺癌(NSCLC)抵抗表皮生长因子受体抑制剂(EGFR-TKI)耐药过程中的作用及其机制。方法HCC827及PC-9肺腺癌细胞与MSC共培养后给予吉非替尼处理，检测肺癌细胞凋亡变化；应用荧光定量聚合酶链反应(qPCR)检测共培养刺激后MSC细胞表达生长因子及细胞因子的情况；收集培养癌旁和远端正常肺组织来源MSC并行微小核糖核酸(miRNA)表达谱检测，并采用miRNA模拟物及抑制剂进行功能验证；此外，行聚合酶链反应微阵列分析(PCR Array)检测进一步探讨MSC调控NSCLC细胞抵抗吉非替尼的机制。两组数值间比较应用非配对t检验。结果肺癌来源MSC的miR-26a表达组低于正常肺组织来源MSC的miR-26a表达组(53.3%，t＝4.626，P<0.01)，而肺癌来源MSC的miR-146a表达组高于正常肺组织来源MSC的miR-146a表达组(1.83倍，t＝4.895，P<0.01)。应用Transwell体系共培养肺癌细胞和MSC 48 h后发现，肺癌细胞(HCC827细胞)来源的miR-26a表达组明显低于MSC来源的miR-26a表达组(45.7%，t＝1.866，P<0.05)；且肺癌细胞(PC-9细胞)来源的miR-26a表达组也明显低于MSC来源的miR-26a表达组(62.0%，t＝1.728，P<0.05)，同时肺癌细胞(HCC827细胞)来源的肝细胞生长因子(HGF)表达组明显高于MSC来源的HGF表达组(3.88倍，t＝2.014，P<0.05);且肺癌细胞(PC-9细胞)来源的HGF表达组也明显高于MSC来源的HGF表达组(5.29倍，t＝2.197，P<0.05)。此外，MSC培养液可促进HCC827细胞可高表达转运蛋白和药物代谢基因三磷酸腺苷结合盒转运蛋白G2(ABCG2)(4.23倍)和细胞色素P450酶2C9(CYP2C9)(2.18倍)。结论肺癌来源的MSC通过异常表达miR-26a和miR-146a调控促肿瘤细胞因子增强NSCLC细胞对EGFR-TKI的抗药性。