简介:[目的]生态位模型在生物地理学、入侵生物学和保护生物学中具有广泛的应用,被越来越多地用于预测物种潜在分布和现实分布的研究中。本文以美国白蛾为例介绍pROC方案在生态位模型评价中的应用及其注意事项,以期对物种潜在分布预测进行合理的评价,促进生态位模型在我国的合理运用和发展。[方法]介绍ROC曲线和AUC值基本原理,总结其在生态位模型评价中的应用,从物种存在分布点和不存在分布点的可信度出发,分析AUC值用于模型评价的优点和不足,最后介绍局部受试者工作特征曲线的线下面积方案(pROC方案)来弥补传统AUC值的不足。[结果]AUC值虽独立于阈值,但因其综合灵敏度和特异度,而屏蔽这2个指标各自的特征,不能分别评估预测结果的灵敏度和特异度,同时对遗漏率和记账错率不能进行权衡,会误导使用者对模型的评价。与AUC值相比,ROC曲线的形状更具有价值,蕴含丰富的模型评价信息。[结论]模型评价需要将灵敏度和特异度区别对待,ROC曲线形状比AUC值在生态位模型评价中更为重要,pROC方案相对于传统AUC值具有优势,但容易对过度模拟做出不当判断。模型评价与作者研究目的密切相关:当以预测物种潜在分布为目的时(如入侵物种潜在分布、气候变化对物种分布的影响和谱系生物地理学),模型评价应当给予灵敏度(或者遗漏率)更多的权重;当以预测物种现实分布为目的时(如保护区界定和濒危物种引入),模型评价应当给予灵敏度和特异度同等的权重。
简介:对用固相扣除杂交方法从低温驯化沙冬青克隆得到的AmLEA5基因进行表达模式分析和生物信息学分析,表明该基因编码一种第5族胚胎发育晚期丰富蛋白(LEA),全长693bp,含有1个297bp的开放阅读框,编码98个氨基酸,预测Am-LEA5的分子量为10.6kDa,是一种亲水性蛋白,有多个磷酸化位点。密码子偏好性分析表明该基因略偏好于用A或T结尾的密码子。系统发生分析表明,AmLEA5蛋白与蒺藜苜蓿LEA(ACJ84182.1)亲缘关系最近。qRT-PCR结果显示AmLEA5的表达量在低温、干旱、盐和热胁迫条件下均有上调,尤其在低温胁迫后期富集量最高。亚细胞定位表明,用YFP标记的AmLEA5位于细胞质和细胞核内。一系列试验结果表明AmLEA5基因在沙冬青抵御非生物胁迫,尤其是在抵御低温胁迫机制中发挥重要作用。
简介:目的通过回顾性分析非艾滋病患者感染马内菲蓝状菌病的临床特点提高对非HIV患者马内菲蓝状菌病的认识。方法分析并总结9例马内菲蓝状菌感染患者的临床表现及实验室检查各项指标。结果6例无基础疾病,3例有基础疾病,6例患者接受免疫抑制剂治疗。5例患者有骨损坏,2例有皮疹,淋巴结肿大7例,贫血7例,脾增大7例,肝大5例,体重下降5例,6例患者接受抗结核或非结核治疗。最后有6例患者治愈或好转,3例死亡。结论激素或免疫抑制剂的使用是非艾滋病患者感染马内菲蓝状菌的主要原因。非艾滋病患者感染马内菲蓝状菌无特异性的临床表现,易误诊,早期诊断困难,尤其需与结核病等疾病相鉴别。抗真菌治疗与患者的预后有密切的相关性。
简介:利用高效液相色谱法和实时定量PCR方法,分别测定了2个异黄酮含量显著差异的大豆品种鲁黑豆2号(LHD2)和南汇早黑豆(NHZ)在子粒发育过程中的异黄酮含量变化以及异黄酮合成相关酶基因的表达模式变化,试图分析异黄酮积累与各基因表达量变化的相关关系。结果表明在大豆子粒发育过程中,异黄酮含量逐渐升高,而不同异黄酮合成相关酶基因的表达趋势不同,CHS7、CHS8、CHR、CHI1A和IFS2的表达趋势与异黄酮积累模式基本一致,而IFS1和CHI1B1的表达趋势与异黄酮积累模式相反。IFR的表达模式在2个大豆品种中存在相反的趋势,在LHD2中与异黄酮组分积累趋势相反,而在NHZ中与异黄酮组分积累趋势相同。结果还表明,同一基因家族中不同基因在子粒发育过程中的表达量也存在差异。查尔酮合酶基因家族中CHS7和CHS8以及查尔酮异构酶基因家族的CHI1A的表达水平相对其他成员较高,异黄酮合酶基因家族中IFS2的表达量显著高于IFS1的表达量,预示这些基因家族在大豆子粒异黄酮积累过程中存在功能分化。此外,各基因表达模式与异黄酮积累的相关分析结果表明,不同基因表达模式与异黄酮积累的相关性在2个品种中也不尽相同。LHD2中CHS7、CHS8和IFS2在子粒发育过程中的表达量变化与不同异黄酮组分呈显著正相关,CHI1B1基因的表达量变化与不同异黄酮组分呈显著负相关。而在NHZ中,IFR在子粒发育过程中的表达量变化与多个异黄酮组分呈显著正相关。这预示了不同大豆品种异黄酮含量差异的潜在遗传基础。各异黄酮合成相关酶基因表达量变化的相关分析表明,在2个品种中,苯丙氨酸水解酶PAL1与4CL,4CL与CHS2以及CHS1与IFS2基因的表达量均呈现显著正相关。表明这些基因可能通过协同作用共同调控异黄酮的合成与积累。这些结果为今后利用基因工程提高大豆异黄酮含量奠定了基�
简介:【目的】生态位模型被广泛应用于入侵生物学和保护生物学研究,现有建模工具中,MaxEnt是最流行和运用最广泛的生态位模型。然而最近研究表明,基于MaxEnt模型的默认参数构建模型时,模型倾向于过度拟合,并非一定为最佳模型,尤其是在处理一些分布点较少的物种。【方法】以茶翅蝽为例,通过设置不同的特征参数、调控倍频以及背景拟不存在点数分别构建茶翅蝽的本土模型,然后将其转入入侵地来验证和比较模型,通过检测模型预测的物种对环境因子的响应曲线、潜在分布在生态空间中的生态位映射以及潜在分布的空间差异性,探讨3种参数设置对MaxEnt模型模拟物种分布和生态位的影响。【结果】在茶翅蝽的案例分析中,特征参数的设置对MaxEnt模型所模拟的潜在分布和生态位的影响最大,调控倍频的影响次之,背景拟不存在点数的影响最小。与其他特征相比,基于特征H和T的模型其响应曲线较为曲折;随着调控倍频的增加,响应曲线变得圆滑。【结论】在构建MaxEnt模型时,需要从生态空间中考虑物种的生态需求,分析模型参数对预测物种分布和生态位可能造成的影响。
简介:目的探讨多发性骨髓瘤(Multiplemyeloma,MM)并发上消化道侵袭性念珠菌病的临床特点,提高诊治该病的水平。方法回顾分析我科2例多发性骨髓瘤并发上消化道侵袭性念珠菌病的诊治过程,分析、总结治疗经验,并结合文献复习骨髓瘤并发上消化道侵袭性念珠菌感染的易感因素、临床表现、诊断和鉴别诊断及治疗。结果MM患者1,女性,异基因造血干细胞移植术后4个月发生腹泻伴腹部隐痛,抗移植物抗宿主病(graftversushostdisease,GVHD)治疗无效,经胃镜诊断上消化道念珠菌病,予卡泊芬净治愈出院。MM患者2,男性,化疗过程中疾病进展,并出现腹胀、腹痛,对症处理改善,再次化疗时上述症状加重并发肺部念珠菌病,发生急性心、肾功能不全,经胃镜诊断上消化道念珠菌病,予伊曲康唑、米卡芬净治疗,最终因肺部真菌感染加重,治疗无效死亡。结论多发性骨髓瘤并发上消化道侵袭性念珠菌病易发生误诊、漏诊。临床医生需提高对该病的认识,首选电子胃镜明确诊断、判断疗效。
简介:目的探讨国产两性霉素B单药或联合其他抗真菌药物治疗恶性血液病合并侵袭性真菌病(IFD)患者的有效性、安全性。方法回顾性分析2013年4月~2016年4月我科收治的54例恶性血液病首次合并IFD患者采用国产两性霉素B及联合其他抗真菌药物的临床资料。结果54例患者经治疗后总有效率为88.9%。两性霉素B组、两性霉素B联合伏立康唑组、两性霉素B联合卡泊芬净组有效率分别为76.2%(16/21例)、96.4%(27/28例)、100%(5/5例)。本组患者以中性粒细胞的恢复、吸烟史为主要易感因素(P<0.05)。肺部CT多可见斑片状磨玻璃影63.0%(34/54例)、实变11.1%(6/54例)、结节14.8%(8/54例)。本研究主要不良反应为低钾血症、肝脏损害。结论国产两性霉素B对于恶性血液病合并IFD患者仍为经济、安全、有效的抗真菌经典药物,单药治疗效果不佳时联合其他抗真菌药物可增强疗效,虽不良反应发生率有所增加,但予治疗则可以控制,从而达到更积极的抗真菌治疗、提高治疗有效率、降低病死率的目的。