简介：摘要脑胶质瘤因其浸润性生长、恶性程度高等特点，临床治疗效果差。在过去的20多年间，基因治疗作为治疗脑胶质瘤的一种新方式，已经成为研究热点。但是，因中枢神经系统解剖结构复杂以及血脑屏障的作用，使得核酸分子的递送成为一大难题。因此，迫切需要开发更加高效而安全的中枢神经系统递送载体，将目的基因转运至肿瘤细胞内而达到治疗的作用。本文主要就脑胶质瘤基因治疗载体的研究现状进行综述。

简介：摘要新生儿疾病筛查对危害严重的遗传代谢缺陷病、先天性疾病可早发现、早期诊治，从而避免或减轻疾病的危害。基因测序技术的快速发展及遗传性疾病的基因筛查和相关临床研究的广泛开展，新生儿疾病基因筛查已为儿童疾病的预防、诊断、治疗、康复展现了良好前景。本文就基因检测在新生儿疾病筛查与诊断中的应用进行综述。

简介：摘要目的对3例Kleefstra综合征患儿进行EHMT1基因变异分析，探讨其可能的致病原因。方法采集患儿及其父母的外周血进行全外显子测序(whole exome sequencing，WES)，其中基因拷贝数变异(copy number variation, CNV)应用Realtime-PCR验证，基因变异应用Sanger测序方法验证。结果基因测序结果显示例1的EHMT1基因存在c.823+1G>T剪接位点杂合变异，父母均未检测到变异，变异影响该基因的表达水平，根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)遗传变异分类标准与指南，判定为致病性变异(PVS1+PS2+PM2)；例2的EHMT1基因存在c.439C>G(p.Leu147Val)杂合变异，父母均未检测到变异，根据ACMG遗传变异分类标准与指南，判定为可能致病性变异(PS2+PM1+PM2+PP3)。芯片结果提示例3在染色体9q34.3区域存在约520 kb的缺失，该缺失区域包括EHMT1基因，逆转录-PCR结果显示其父母该区域未见异常。结论EHMT1基因变异可能是3例患儿的致病原因，基因检测可以为临床诊断提供依据。

简介：摘要目的分析Dravet综合征(Dravet syndrome，DS)患者的临床特征和基因变异特点，明确其致病原因。方法采集患者及其父母外周血并提取基因组DNA，应用高通量测序技术进行检测，对疑似致病变异进行Sanger测序验证及生物信息学分析。结果高通量测序显示例1 SCN1A基因第12外显子存在c.2135delC(p.Thr712Lysfs*1)杂合变异，例2 SCN1A基因第10外显子存在c.1522 G>T(p.Glu508*)(杂合变异)，生物信息学分析预测为致病性。Sanger测序验证结果显示患者父母未检测到相同变异，均为新发变异(de novo)。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南，SCN1A基因c.2135delC和c.1522G>A变异均为致病性变异(PVS1＋PS2＋PM2＋PP3)。结论SCN1A基因变异可能为两例Dravet综合征患者的致病原因，新变异的检出丰富了基因变异谱，为家系的遗传咨询提供了依据。

简介：摘要目的对杜氏肌营养不良（DMD）基因新发突变家系生育史女性妊娠再发风险的情况进行总结分析，阐明新发突变家系DMD基因突变规律，并探讨此类家系遗传咨询的模式。方法收集2013年1月至2017年12月在河南省人民医院就诊DMD家系64例，首先应用多重连接依赖性探针扩增（MLPA）技术对DMD家系患者及其母亲DMD基因79个外显子进行缺失或重复分析，选取患者DMD基因突变而其母亲DMD基因未见突变的新发突变家系纳入本研究，然后利用MLPA技术联合短片段串联重复序列（STR）基因连锁分析对新发突变家系女性再妊娠进行产前诊断。结果64个DMD基因新发突变家系均为DMD基因外显子缺失突变家系；共对65例胎儿进行产前诊断，其中性别决定基因（SRY）阴性26例，SRY阳性39例，DMD基因无突变63例，DMD基因外显子缺失突变2例，产后随访与产前诊断结果一致。结论DMD基因新发突变家系外显子突变主要表现为外显子的缺失突变，集中在45~55外显子区域，对于新发突变家系，有DMD患者生育史的女性，即使DMD基因外显子未见突变，仍建议其孕期进行DMD产前诊断。

简介：摘要目的通过对2例中国云南地区Ⅱ型Waardenburg综合征（WS2）患儿相关基因突变位点的分析，探讨WS2可能的分子生物学致病原因。方法经知情同意，分别于2018年10月和2019年5月对2例WS2先证者及家系成员进行病史采集、体格检查、听力学评估及颞骨CT检查。获取外周血，提取基因组DNA， 高通量测序方法对MITF、PAX3、SOX10、SNAI2、END3、ENDRB、KITLG基因编码区的全部外显子及部分内含子和启动子进行检测，对先证者及其父母进行突变位点的Sanger测序验证分析。结果先证者1检测出MITF基因第7外显子c.641_643delGAA突变，导致氨基酸改变p.214delR，为整码移码突变，患儿双亲MITF基因序列测序分析该位点无变异，此位点为自发突变。先证者2检测出MITF基因1~9号外显子大片段杂合缺失，影响蛋白质功能的正常发挥。结论基因诊断是确诊Waardenburg综合征的重要依据，MITF基因c.641_643delGAA杂合突变和MITF基因1~9号外显子大片段杂合缺失可能是本研究2例WS2患儿的分子生物学致病原因。

简介：摘要1例1岁5个月女婴在卵黄囊瘤切除术后接受顺铂联合依托泊苷和博来霉素方案化疗（顺铂8.5 mg静脉滴注、第1~5天，依托泊苷42 mg静脉滴注、第1~5天，博来霉素6 U静脉滴注、第1天）。化疗结束2周后，患儿出现听力下降，听力阈值检测示左耳32 dB、右耳45 dB。追问家族史得知患儿母系家族中有2位女性为后天性耳聋患者，耳聋基因筛查结果显示患儿为线粒体12SrRNA基因m.1555A>G均质突变型携带者，判断患儿的听力下降与其携带耳聋易感基因及顺铂的耳毒性有关。

简介：摘要目的探讨APELA基因启动子区甲基化水平与子痫前期的关联。方法系统回顾2007年至2017年GEO基因表达数据库中APELA基因cg02779075位点在6项胎盘全基因组甲基化研究中与子痫前期关联的甲基化改变。检测研究间异质性后，使用随机效应模型进行meta分析。同时回顾性收集2008年至2010年复旦大学附属妇产科医院17例子痫前期和24例正常产妇共41份胎盘组织样本，MassARRAY定量CpG位点甲基化水平，用荧光实时定量聚合酶链反应检测APELA基因表达。采用t检验或Mann-Whitney U检验对数据进行统计分析。结果（1）经检索获得的6项全基因组甲基化研究，异质性检测表明研究间存在显著异质性（I2=0.64，P=0.016），使用随机效应模型进行meta分析，cg02779075位点在子痫前期胎盘中甲基化水平显著下调（Pmeta=6.7×10－6）。（2）胎盘组织分析中，与正常产妇相比，子痫前期产妇CpG1[0.12（0.00~0.25）与0.21（0.09~0.33），U=－2.569]和CpG2[0.07（0.01~0.14）与0.17（0.09~0.34），U=－4.160]位点甲基化水平显著下调（P值均<0.05）。子痫前期胎盘中APELA基因表达上调，但差异无统计学意义（U=0.891，P=0.384）。结论子痫前期产妇胎盘中APELA基因启动子区甲基化调控异常。

简介：摘要Wilson病（WD）是一种ATP7B基因突变导致铜排泄障碍的常染色体隐性遗传性单基因疾病。药物治疗是目前WD的主要治疗方法，药物应答不佳或急性肝衰竭需考虑肝移植，但面临药物治疗依从性以及不良反应、肝源的紧缺等问题。WD的基因治疗有可能永久纠正异常铜代谢，是目前研究的焦点问题。现围绕基因治疗的载体和CRISPR/Cas9基因编辑系统总结WD基因治疗的研究进展。

简介：摘要骨髓增殖性肿瘤（MPN）是一组造血干细胞克隆性疾病，JAK2V 617F基因突变为MPN诊断的主要依据。既往研究显示MPN患者BCR-ABL融合基因与JAK2 V617F基因突变是互相排斥的，但近年来两种基因双突变病例时有报道。文章综合近年来国内外相关文献，对BCR-ABL融合基因与JAK2 V617F突变双阳性的MPN进行综述。

简介：摘要目的探讨维生素D受体（VDR）基因多态性与寻常型银屑病的关系。方法2018年3月至2020年2月在海南医学院第二附属医院皮肤性病科和体检中心分别收集101例海南籍汉族寻常型银屑病患者与79例海南籍健康对照。采用靶基因捕获测序法对VDR基因及其上、下游各2 kb进行全长测序，对于最小等位基因频率大于1%的单核苷酸多态性（SNP）进行基于SNP和单倍型的关联分析。采用生物信息学方法预测风险位点对基因功能的影响。结果基于SNP的关联分析显示，40个SNP（29个位于内含子区、1个位于外显子区及10个位于基因间区）为银屑病的易感位点，其OR值为0.148（95% CI：0.016~1.294）~2.779（95% CI：1.260~6.130），P < 0.001~0.976。生物信息学预测显示位于外显子2上的rs2228570可引起氨基酸改变（蛋氨酸→苏氨酸），继而导致基因功能改变。基于单倍型的关联分析显示，10个单倍型为寻常型银屑病的保护性单倍型，在健康对照组和银屑病患者组中的频率分别为5.150%~45.570%、1.110%~33.170%，其OR值为0.198（95% CI：0.040~0.985）~0.630（95% CI：0.419~0.947），P值0.002~0.048。结论在海南籍汉族人群中，发现40个寻常型银屑病相关的风险SNP，分别位于内含子区、外显子区及基因间区域，同时发现10个保护性单倍型。

简介：摘要目的在3对表型存在差异(眶距增宽/眶距正常)的单卵双胞胎中鉴定面裂相关眶距增宽症的致病基因突变并进行验证和机制研究。方法纳入2014年5月至2019年5月就诊于上海交通大学医学院附属第九人民医院的3对单卵双胞胎，男2例，女4例，年龄5~18岁，双胞胎中均为1例眶距增宽症患者，1例眶距正常者，且眶距增宽均为面裂所致。对3对双胞胎进行全基因组测序，筛选眶距增宽症的突变基因。纳入该院同期33例面裂相关眶距增宽症患者和50例健康人作为验证样本，采用Sanger法进行外显子测序，验证全基因组测序筛选出的致病基因。在整形外科手术中获取患者和健康人颅面部骨膜组织，进行细胞培养，测定两组的碱性磷酸酶(ALP)活性，并进行茜素红染色鉴定细胞成骨分化情况；分别采用实时定量PCR和蛋白质印迹法检测两组骨膜细胞Notch和Wnt信号传导通路mRNA、蛋白表达水平。正态分布计量数据以均数±标准差表示，多组之间比较采用单因素方差分析，多组之间两两比较采用Bonferroni’s检验。结果全基因组测序分析显示，3对双胞胎中的眶距增宽症患者均在MAML3基因发现1个新的同义突变(c.1479 G>A，p.Q493Q)。Sanger法外显子测序结果中，33例眶距增宽症患者中有17例(51.5%)携带该突变；而在50例正常对照者中没有检测到该突变。骨膜来源细胞学实验结果显示：患者来源细胞中MAML3的mRNA和蛋白表达水平均低于健康者来源细胞；成骨诱导后3、7、14 d，患者来源细胞中ALP活性均高于健康者来源细胞(8.540±1.450、20.740±2.514、24.090±3.213　vs.　5.268±0.482、11.680±1.527、13.200±0.592；P值均<0.05)；成骨诱导后14 d，茜素红染色结果显示患者来源细胞内红斑形成多于健康者来源细胞，提示MAML3突变可能导致人骨膜来源细胞过度成骨分化；成骨诱导后14 d,与健康者来源细胞相比，Notch信号途径下游的靶转录因子hes1、hes5的mRNA和蛋白表达水平在患者骨膜来源细胞中均下调，Wnt信号途径的Wnt3a、β-catenin mRNA和蛋白表达水平上调。结论MAML3基因(c.1479G>A，p.Q493Q)突变是面裂相关眶距增宽症的一种致病基因，该基因突变使患者颅面部骨膜组织中MAML3蛋白表达水平下调。Notch和Wnt/β-catenin信号途径在眶距增宽症发病中起重要作用。

简介：摘要目的探讨异基因造血干细胞移植（allo-HSCT）前后DEK-NUP214融合基因的动态变化及其对急性髓系白血病（AML）患者移植前后的临床意义。方法分别采用实时定量聚合酶链反应（RQ-PCR）和流式细胞仪（FCM）检测2012年9月至2017年9月于北京大学人民医院接受allo-HSCT的15例初诊DEK-NUP214基因阳性的AML患者移植前后不同时间点的DEK-NUP214基因表达和白血病相关免疫表型（LAIP）。使用Kaplan-Meier生存曲线分析入组患者预后。使用log-rank检验比较组间的预后差异。结果中位随访时间为657（62~2 212）d。初诊DEK-NUP214的中位表达水平为488%（274%~1 692%）。13例患者在allo-HSCT前已完全缓解。在allo-HSCT前，13例患者DEK-NUP214表达阳性，中位值为0.38%（0.029%~738.9%）。在allo-HSCT后，13例阳性患者中9例患者的DEK-NUP214基因保持阳性。但其表达水平在移植后1个月内降低了约500（5.7~5 663.0）倍。移植后死亡5例，复发2例。移植前DEK-NUP214阳性患者的3年累计复发率是17.5%±11.3%，3年总生存率是60.5%±13.8%。在allo-HSCT后，DEK-NUP214阴性的患者比DEK-NUP214阳性的患者有更好的预后。结论RQ-PCR监测DEK-NUP214融合基因可能是一种有效且更敏感地评估allo-HSCT后微小残留病状态的指标。

简介：摘要目的探讨1个双耳极重度感音神经性聋患儿的致病基因变异类型，明确可能的遗传学病因，并对该家系进行产前诊断。方法应用高通量测序方法对先证者进行415个遗传性耳聋相关基因的序列检测，使用多重连接探针扩增(multiplex ligation-dependent probe amplification，MLPA)方法对测序结果进行验证并对先证者父母和胎儿进行检测。结果先证者DNA中检测到与X染色体连锁耳聋2型(deafness X-linked 2，DFNX2)相关的POU3F4基因完全缺失变异，按照美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南进行致病性评级，该变异为致病性变异(PVS1+PM2+PP4)，先证者母亲和胎儿均为POU3F4基因杂合缺失变异携带者，先证者父亲POU3F4基因拷贝数正常。结论POU3F4基因缺失变异是一个基因功能丢失变异，可能为该家系耳聋发生的遗传学病因，可用于指导家系进行产前诊断，胎儿产后听力正常，与产前诊断结果一致。

简介：摘要目的筛选增生型糖尿病视网膜病变（DR）患者差异表达基因（DEG ），为增生型DR(PDR）治疗提供新的生物学治疗靶点。方法基础研究。2020年10月于天津医科大学眼科医院检查确诊的PDR患者3例（PDR组）及非糖尿病患者3例（对照组）纳入研究。另外分别选取同期PDR、非糖尿病患者各40例并据此分为PDR验证组、对照验证组。PDR验证组、对照验证组行外周血验证试验；PDR组、对照组进行RNA测序。采用转录组学（RNAseq）测序技术筛选PDR组、对照组DEG。对筛选得到的DEG进行基因注释（GO）功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）的信号通路富集分析和蛋白-蛋白互作网络（PPI）分析。应用基因表达总集数据库查找与PDR相关高通量数据行多队列比对分析，通过Targetscan平台对差异表达的miRNA进行靶基因预测，明确筛选所得DEG与PDR的相关性。采用逆转录聚合酶链反应、蛋白免疫印迹法对与PDR相关的DEG mRNA、蛋白表达进行验证。PDR验证组、对照验证组之间PDR相关的DEG mRNA、蛋白相对表达量比较行配对t检验。结果RNAseq测序共筛选出1 337个DEG，上调基因419个，下调基因918个。具有低等电点的直接凋亡抑制蛋白结合蛋白（DIABLO）、锌指和含BTB域10 （ZBTB10 ）、polo样激酶3 （PLK3 ）、调节亚单位1 （PIK3R1）、B细胞易位基因3 （BTG3）等基因在PDR组患者中差异表达。GO功能富集分析结果显示，DIABLO、ZBTB10、PLK3、PIK3R1、BTG3等基因参与了与PDR相关的病理过程。KEGG富集分析结果显示，细胞外基质受体作用、细胞因子调控通路、p53信号通路、半乳糖代谢等糖代谢途径可能参与了DEG涉及过程。PPI分析结果提示，DEG关联蛋白节点越大，关联的节点数量越多，其中DIABLO、ZBTB10、PLK3、PIK3R1、BTG3等基因对该作用网络形成作用显著。Targetscan平台预测发现，DR患者房水、玻璃体、血浆中显著差异miRNA与本研究所发现的DEG具有调控关系。与对照验证组比较，PDR验证组患者外周血中DIABLO、ZBTB10、PLK3、PIK3R1 mRNA、蛋白相对表达量上调，BTG3 mRNA、蛋白相对表达量下调。结论PDR患者的DEG为DIABLO、ZBTB10、PLK3、PIK3R1、BTG3，其通过调控细胞增生、纤维化及氧化应激等生物学过程参与疾病进程。

简介：摘要目的分析河南地区β-地中海贫血患者和基因携带者的基因类型与血液学特征。方法收集2016年8月至2021年11月于郑州大学第一附属医院诊断为β-地中海贫血患者或基因携带者的临床资料，分析其血常规、血红蛋白电泳、基因检测结果。结果83例β-地中海贫血患者或基因携带者中，女性46例，男性37例，年龄生后5个月至83岁，平均年龄(27.37±14.71)岁。共检出13种β-地中海贫血等位基因共计86个，前3位分别为IVS-Ⅱ-654(C>T)(33.72%)、CD41-42(-TTCT)(26.74%)、CD17(A>T)(18.60%)，包括5种罕见基因：CD8-9(+G)、IVS-Ⅱ-1(G>A)、CD42(T>G)、Initiation codon ATG>AGG和Initiation codon ATG>ACG。其中，HBB：c.128T>G(CD42 T>G)为国内首次检出的突变类型。13种β-地中海贫血等位基因共组成15种基因型，包括12种单纯杂合子( 80例，占96.40%) 、2种复合杂合子(2例，占2.40%) 、1种纯合子(1例，占1.20%)。血液学主要表现为轻度小细胞低色素性贫血以及HbA2增高。与β+/βN基因型携带者相比，β0/βN基因型携带者的MCV、MCH明显降低，HbA2明显增高，差异有统计学意义(P<0.05)。结论β-地中海贫血在河南地区并不少见，其特点与高发地区不同，需引起足够重视。HBB：c.128T>G(CD42 T>G)丰富了中国人群的β-地中海贫血突变谱。本研究为河南省β-地中海贫血的遗传咨询和产前诊断服务提供参考。

简介：摘要目的探讨维生素D依赖性佝偻病(VDDR)ⅠA型患儿的临床特征，以及CYP27B1基因突变情况。方法选择2019年3月至12月，于首都儿科研究所附属儿童医院内分泌科确诊为VDDR ⅠA型的2例患儿(患儿1、2)为研究对象。采用回顾性研究方法，①分析其临床表现，基因检测、治疗、转归及随访结果等。②对2例患儿检出的新突变，采用MutationTaster、SIFT、PROVEAN、Polyphen-2等蛋白质功能预测软件，预测该基因新突变的致病性。按照2015年美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)制定的《ACMG遗传变异分类标准与指南》，对该基因新突变致病性进行分级。③通过比对8种灵长类及100种脊椎动物CYP27B1基因编码蛋白质序列，判断新突变位点在不同物种中的保守性。④利用Rosetta软件，对CYP27B1基因新突变后编码蛋白质建立同源3D模型，分析突变前、后蛋白质结构。本研究经首都儿科研究所伦理委员会批准(审批文号：首都儿科研究所SHERLL2020003)。结果①一般临床资料：患儿1、2均为男性患儿，年龄分别为5岁7个月和1岁8个月，分别因为"双下肢畸形3年"及"走路始步态不稳8个月"，于病例收集医院住院治疗。②入院查体：身高均低于同性别、年龄健康儿童，均存在肋下缘、双膝关节外翻，双下肢呈"X"型。患儿1存在方颅畸形、"鸡胸"、肋骨"串珠"样改变。③入院时实验室及影像学检查：血钙、磷均降低，25-羟维生素D3[25(OH)-D3]稍低(患儿1)或正常(患儿2)，碱性磷酸酶(ALP)、甲状旁腺素(PTH)均明显升高。腕、膝关节X射线摄片检查均可见尺、桡骨干骺端先期钙化带不规则，放射冠征、杯口征等佝偻病特征性改变。④基因检测：患儿1存在CYP27B1基因c.1358G>A与c.184C>T复合杂合突变；患儿2存在c.1325_1326insCCCACCC纯合突变，均遗传自其父母，被确诊为VDDR ⅠA型。⑤治疗及随访：对2例患儿采取骨化三醇及钙剂口服治疗后分别随访15个月和22个月，佝偻病相应症状、体征好转，出现追赶生长，实验室及影像学指标恢复正常，可见干骺端光整。⑥新突变致病性及其分级：CYP27B1基因c.184C>T在人类基因突变数据库(HGMD)(http：//www.hgmd.cf.ac.uk)中尚未收载，为新突变。采用MutationTaster、SIFT、PROVEAN、Polyphen-2蛋白质功能预测软件分析发现，该新突变具有致病性；根据《ACMG遗传变异分类标准与指南》，该新突变被判断为可能致病性突变。⑦新突变位点在不同物种中的保守性分析：对CYP27B1基因该新突变位点编码蛋白质序列，在8种灵长类及100种脊椎动物中的保守性分析发现，该位点高度保守。⑧新突变前、后编码蛋白质三维结构分析：采用Rosetta软件对CYP27B1基因c.184C>T突变前、后编码蛋白质同源3D模型发现，该位点突变后，第62位氨基酸由组氨酸突变成酪氨酸后，增加了与第491位苏氨酸残基的极性相互作用，可能引起编码蛋白质结构变化。结论对于血钙、磷均降低，伴有PTH升高，25(OH)-D3非明显降低患儿，需考虑VDDR ⅠA型可能，应采取CYP27B1基因检测确诊。如果CYP27B1基因c.184C>T突变后续被HGMD证明是新突变，则本研究将丰富CYP27B1基因突变类型。

简介：摘要目的探讨ANO10基因突变所致的常染色体隐性脊髓小脑共济失调10型（SCAR10）1例患者的临床表型及基因突变特点。方法应用全外显子测序技术对中日友好医院神经科2018—2020年收集的30个已排除Friedreich共济失调及继发性共济失调的拟诊为隐性遗传共济失调家系先证者进行全外显子基因检测，结合一代测序对患者及家系成员进行突变位点验证，应用软件对突变位点进行致病性分析，对收集的患者进行详细的神经科体检及辅助检查。结果发现1例ANO10基因突变所致的40岁男性SCAR10患者。该患者临床表现为进行性走路不稳、构音障碍并伴有轻度认知功能减退，外周血辅酶Q10水平减低（0.76 μg/ml），头颅磁共振平扫可见小脑明显萎缩。全外显子测序发现该患者ANO10基因存在复合杂合突变：c.1219-2A>C、c.1163-2A>G，均为新突变，一代测序家系验证结果显示2个突变分别来自其表型正常的父母，生物信息学分析结果显示2个剪切区突变均有致病性。结论通过全外显子测序发现了1例ANO10基因复合杂合突变所致的SCAR10患者，该病在中国罕见，常以进行性小脑共济失调为主要表现，多伴有认知功能减退，影像学检查可见明显的小脑萎缩。

简介：摘要目的探讨宏基因组高通量测序技术（mNGS）在异基因造血干细胞移植术后感染患者中的应用价值。方法回顾性分析2019年4月至2020年11月于北京大学血液病研究所进行异基因造血干细胞移植术后出现局部或全身感染症状的83例患者，并进行mNGS检测。标本包括外周血、脑脊液、肺泡灌洗液、脓腔穿刺液等，同时分析同期细菌/真菌培养、病毒PCR检测结果，将mNGS结果和常规检测结果进行比对。结果83例患者112份样本进行了mNGS检测，共确定病原微生物34种。其中细菌11种，共17例次，最常见为大肠埃希菌（4/17）。真菌7种，共10例次，白色念珠菌（2/10）。病毒16种，共129例次，细环病毒30.2%（39/129）、CMV 25.6%（33/129）、EBV 14.0%（18/129）。以常规检测手段为金标准，mNGS敏感性为86.5%，特异性为45.0%。单一病原体感染的样本，mNGS与常规检测手段结果一致的共82.9%（29/35）；共感染样本中，mNGS与常规检测结果一致的占16/17。结论mNGS有助于确定感染病原体，可作为常见手段的补充诊断方式。

简介：摘要目的明确导致猩红热的A族链球菌(GAS)流行型别，比较不同emm型别GAS的基因结构及基因变异性，阐明猩红热病原学的流行、进化规律。方法回顾性研究。收集2016年1月1日至2018年5月31日深圳市儿童医院诊断为猩红热的儿童咽拭子标本，保存GAS菌株，进行emm基因分型，选取在分型上具有代表性的菌株进行全基因组测序，通过比较基因组学分析，描述GAS菌株基因组多态性，并基于单核苷酸多态性(SNP)位点分析构建遗传进化树，阐明菌株之间的进化关系。2组比较采用秩和检验。结果在导致儿童猩红热的176株GAS分离株中，共检测到8种emm型别，emm12.0及其亚型(108/176株，61.4%)占比最高，其次为emm1.0及其亚型(53/176株，30.1%)，两者共占91.5%。以GCA-900984775为参考序列进行比较基因组分析显示，GAS菌株基因组之间存在丰富的SNP和插入或缺失(InDel)多态性，emm12.0型菌株SNP数[183(163，213)个]大于emm1.0型菌株SNP数[63(54，75)个]，差异有统计学意义(P<0.05)；InDel分析中，emm12.0型菌株基因序列插入数[4(3，6)个]和缺失数[8(6，10)个]大于emm1.0型菌株[1(0，2)个，5(3，7)个]。以MGAS5005参考序列，基于SNP的分析结果构建进化树得出18株菌株及参考菌株处于2个分支。结论引起儿童猩红热的GAS菌株型别以emm12.0型、emm 1.0型多见，不同型别菌株基因组组成之间存在差异，emm12.0型菌株存在较高的遗传多样性。