简介:摘要目的构建自噬基因表达特征的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)患者预后的预测模型。方法从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)、基因型-组织表达研究项目(The Genotype-Tissue Expression, GTEx)数据库中分别得到所有HCC和正常肝细胞组织的基因转录表达数据,并将每个样本的基因转录表达数据统一转化为log2(FPKM值+1),消除数据库之间测试平台的数据差异。根据人类自噬基因库中获取的人类自噬基因列表筛选出TCGA-GTEx整合后序列中每个样本对应的自噬基因的表达量。采用R语言limma包以错误发现率(FDR)<0.05及差异倍数|logFC|>1为筛选标准,进行自噬基因差异表达分析。采用R语言clusterProfiler包对差异表达自噬基因以P<0.05为筛选标准,进行基因本体论(Gene Ontology,GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)富集分析。根据自噬基因的差异表达量和患者的临床信息,采用R语言survival包进行单因素的Cox回归分析。进一步将单因素的Cox回归分析中有统计学意义(P<0.05)的自噬基因纳入到多因素Cox回归分析中,以每个差异表达的自噬基因表达量和相对应的回归系数coef值为基础,构建HCC的自噬基因预后模型:expmRNA1×βmRNA1+expmRNA2×βmRNA2+…+expmRNAn×βmRNAn(exp:基因表达量;β:多因素Cox回归分析的回归系数coef)。绘制预测模型的受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线并计算ROC曲线下面积(area under curve,AUC)评估模型预测价值。结果从TCGA-GTEx数据库中共得到HCC样本374例和正常肝组织样本160例的基因转录表达数据及临床信息。从整合后的样本序列中共筛选出205个自噬基因的表达数据,其中SPNS1、DIRAS3、TMEM74、NRG2、NRG1、IRGM、IKBKE、NKX2-3、BIRC5、CDKN2A、TP73为符合筛选标准的差异表达自噬基因。差异表达自噬基因GO主要富集在丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性的调控、ErbB 2信号通路、蛋白激酶调节活性、激酶调节活性等功能。差异表达自噬基因主要富集在EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药、Hippo信号通路等KEGG通路。整合并删除生存信息缺失的样本后,共418例样本表达纳入到Cox回归分析中。通过单因素、多因素Cox风险回归分析后,筛选出NRG1(HR=1.5565,95%CI:1.1793~2.0543)、IKBKE(HR=1.7502, 95%CI:1.2093~2.5330)这两个自噬基因并建立预后预测模型:(0.44247×NRG1的表达量)+(0.55977×IKBKE的表达量)。预测模型的ROC曲线显示7年总体生存的AUC为0.711。结论基于NRG1和IKBKE表达量构建的HCC预后模型,对HCC患者远期生存率有较高的预测价值。
简介:<正>四川省全面推行村干部任职公开化、民主化,尤其是村支书实行民选,在全国首开先河。截止1998年底,全省31%的村支部书记、村委会主任都完成了公推直选,目前已选出村官两万多人。四川省村官选任机制改革起步早、面广。去年初以来,全省农村基层采取公开报名、公开答辩、公开选举、公平竞争的方法,打破身份、职业界线。对资格审查合格者,通过公开讲演、公开民意测验,保证了公选的民主性和透明度。村官直选极大地调动了村民参政议政的积极性,村民的参选率达86%,村官的素质明显提高。1998年12月15日,成都龙泉义和镇洪安村的男女老少都聚集在村办小学的操场上,接下来他们就要投票直接选举出自己村上新一届的村主任和村委委员了。一“是不是又在走过场哦?”洪安村的
简介:2009—2013年的欧洲主权债务危机使欧洲的民主问题凸显,但要理解欧洲民主的深层困境,须有超越“民主”的视角。欧洲民主面临的第一个困境是,在新自由主义盛行的情况下,欧洲民主制度受制于经济规律而无法根据多数选民的要求进行决策;第二个困境是,在后工业化社会,欧洲民众的认同出现虚化和移动,导致民族国家:不再是施行民主的天然疆界。欧债危机期间欧洲出现的政府危机、抗议运动、民粹主义等都是这两个根本困境的体现,表明当前欧洲的民主制度不能完全赶上其周遭环境变化的步伐,开始出现“不:适应症”。这个“不适应症”在欧债危机期间凸显,其根源是深刻的。欧洲如要走出“民主困境”,就必须进行系统性反思与治理。