简介：根据拟南芥的MIKC型MADS—box蛋白序列构建HMM（hiddenmarkovmodel）模型，在大豆基因组中确定了57个MIKC型MADS-box同源基因。分子进化树分析表明，57个大豆MIKC型MADS-box基因分为14个亚类，而MIKC^＋型基因又分为两个进化支。控制花形态建成的ABCDE同源异型基因（如AP1，AG，AP3和PI等）和重要的控制开花时间的基因（如SVP和SOCl）在大豆基因组中表现出多拷贝的特征。MEME和SMART分析表明，大豆和拟南芥MIKC型MADS—box基因具有保守的MADS和K-box基序，还有一些亚类具有特异的基序。MIKC型MADS—box基因结构较为保守，多数基因具有7～8个外显子。本研究得到的MIKC型MADS—box基因为下一步研究大豆花形态建成和开花时间调控的分子机制提供了重要参考依据。

简介：对香蕉束顶病毒（BBTV）广州分离物MGHDNA组分6全序列进行了克隆及序列分析。并对来自广州、海南、台湾、澳大利亚及印度的BBTV组分6进行了分析,结果表明：BBTV组分6都含有CR-SL（stem-loopcommonregions）,CR-M（majorcommonregions）结构等典型的特征序列。BBTV组分6的核苷酸全序列、开放阅读框（ORF）核苷酸、CR-M核苷酸序列及其氨基酸序列系统进化树结果显示,BBTV分离物可分为2个组群：亚洲组和南太平洋组。CR-M结构在2个组群间有明显的差异,南太平洋组分离物的CR-M结构中有一段不完全保守的16个核苷酸的重复序列,而在亚洲组的分离物中这个序列并不重复。对BBTV组分6蛋白质进行了二级结构预测和理化性质分析发现,这2个类群蛋白质的二级结构有差异,但是理化性质无明显差异。

简介：为了研究M9矮化砧和八棱海棠砧YUCCA10a基因的结构特征及其嫁接树体的表达特征,从M9矮化砧和八棱海棠砧中克隆了YUCCA10a基因,并对该基因进行了序列分析以及不同时期2种砧木嫁接“烟富3”的定量表达分析。通过分析表明,该基因的编码序列为1149bp,推导编码382个氨基酸,预测蛋白质分子量为94285.29Da,理论等电点为5.08。实时荧光定量PCR结果表明,5月和10月份的M9矮化砧嫁接“烟富3”中YUCCA10a基因相对表达量明显低于八棱海棠砧,2种砧木嫁接的“烟富3”中YUCCA10a基因在10月份的相对表达量略高于5月份。本试验结果为研究M9矮化砧和八棱海棠砧YUCCA10a基因的结构特征和砧木对嫁接“烟富3”影响的机理方面提供理论依据。

简介：据报道,酵母中HOPS复合体参与囊泡融合及运输。本研究分别以酿酒酵母HOPS复合体各亚基氨基酸序列,通过BLASTp在稻瘟病菌数据库中搜索得到了6个酿酒酵母HOPS复合体各亚基的同源蛋白,我们通过生物信息学方法对稻瘟病菌6个HOPS复合体亚基的同源蛋白的理化特性、蛋白质结构域和进化关系进行了分析。基于稻瘟病菌98-06菌丝阶段和孢子侵染水稻CO39不同阶段转录组测序数据,分别选取稻瘟病菌内吞和外泌途径相关的基因,制作了表达模式图。此外,MoYpt7蛋白在其假定下游效应因子ΔMoVps41突变体中的定位研究表明MoVps41可能影响了液泡融合。

简介：筛选与小麦重要农艺性状相关联的SSR标记,对小麦分子标记辅助育种有重要的实践意义。本研究利用多态性较高的80个SSR标记,对南大2419及其71份衍生后代品种（系）进行基因型分析,采用TASSEL软件的MLM（Mixedlinearmodel）方法对籽粒产量、千粒重、有效穗、穗粒数等8个主要农艺性状进行SSR标记与性状的关联分析。结果表明：（1）该群体由6个亚群组成;（2）群体SSR数据分析发现,无论是连锁还是非连锁SSR位点组合都存在不同程度的连锁不平衡（Linkagedisequilibrium,LD）;在各基因组选择标记数基本相同的情况下,D基因组中显著LD位点比例（8.9%）明显低于A基因组（15.3%）和B基因组（13.8%）,但D基因组的LD水平较高;（3）群体中共20个SSR位点与8个农艺性状显著关联,4个位点2年被检测到与同一性状显著相关（p〈0.01）,10个位点位于家系连锁定位的QTL区间或附近,多数位点/性状关联结果与前人研究一致;13个标记位点同时与2个或多个性状关联。

简介：微卫星标记（SSR）在近缘物种间具有通用性,因其高效率、低成本可广泛用于跨物种间的遗传多样性分析、基因定位和图谱构建等。本试验基于甜瓜基因组测序结果开发了120对SSR标记,研究其在8种葫芦科作物间的通用性及作物内的多态性,并利用NTSYS软件分析37份不同瓜类作物材料间的遗传多样性。结果显示,114对标记均在甜瓜基因组中得到有效扩增,黄瓜中有108对标记有效扩增,通用性比率为94.7%,南瓜中能有效扩增标记最少,其通用性比率也达到了41.2%,在8种葫芦科作物间均通用的标记有29对;通过对通用性标记的多态性分析表明,甜瓜多态性比率最高为61.4%,西瓜、黄瓜、苦瓜、冬瓜、西葫芦、南瓜和丝瓜多态性比率分别为32.5%、14%、4.4%、8.8%、3.5%、13.2%和11.4%;不同作物间的平均遗传相似系数在0.70~0.83之间,其中甜瓜和黄瓜平均遗传相似系数较小,亲缘关系较近,西葫芦和南瓜间的平均遗传相似系数最小,亲缘关系最近。这些通用性标记将有利于提高葫芦科作物整体分子生物学研究水平。

简介：本研究探讨滴灌施肥条件下灌水量和施肥量对温室番茄品质的影响,优化陕北地区温室番茄水肥供应技术,为该地区优质番茄生产提供技术支持。通过田间试验,采用完全随机组合方法,试验由3个灌水水平（100%ET,80%ET和60%ET）和3个施肥水平（N-P2O5-K2O分别为240-120-150kg/hm2,180-90-112.5kg/hm2和120-60-75kg/hm2）进行完全随机组合,采用主成分分析法对番茄果实6项品质指标（可溶性糖,维生素C,硝酸盐,糖酸比,有机酸和番茄红素）进行综合评价,提出相对较优的水肥供应量。分析表明,灌水单因素对可溶性糖含量、维生素C和番茄红素的影响极显著（p〈0.01）,对硝酸盐和有机酸影响显著（p〈0.05）;在相同施肥水平下,随着灌水量的增加,番茄可溶性糖含量、维生素C、番茄红素、硝酸盐和有机酸含量随着灌水量的增加而降低;施肥单因素对维生素C、硝酸盐和番茄红素的影响极显著（p〈0.01）,随着施肥量的增加,维生素C、硝酸盐和番茄红素随之增加;水肥供应仅对番茄维生素C、硝酸盐含量和番茄红素含量有显著的交互作用（p〈0.05）。主成分分析法表明,灌水量为60%ET和氮磷钾施用量为240-120-150kg/hm2时得分最高,综合品质相对较优,推荐该处理为陕北地区温室番茄水肥供应技术优选方案,能够为该地区优质番茄生产提供技术支持。

简介：以2006-2007年度全国冬油菜区试的89份参试品种为材料,运用筛选确定的25对多态性好、带纹清晰的SSR引物对这些品种进行分子标记分析,共获得106个多态性片段,平均每对引物4.2个,多态性比率平均达到77.7%,PIC平均值为0.7991,利用106个多态性片段构建了这些品种的SSR指纹图谱。遗传聚类和主成分分析结果显示,在相似系数为0.95时,89份区试品种完全区分开;同一单位育成的品种的遗传距离较近,不同地区或单位育成的品种间遗传距离较大,揭示的遗传结构与品种系谱来源相吻合;除了少数品种外,大部分品种都具有很高的特异性。对不同类型及不同区片的品种（品系）遗传多样性指数分析,结果显示,杂交种的多样性水平要明显高于常规种;长江中游区品种（品系）遗传多样性指数最高,长江上游区和长江下游区次之,黄淮区最低。

简介：本研究以高抗大白菜芝麻状斑点病品系‘C24’和高感品系‘03B9’为试验材料,利用cDNA-AFLP技术分析其在发病条件（高氮）和不发病或少发病条件（低氮）下基因表达的差异,并回收得到与大白菜芝麻状斑点病相关的差异表达转录衍生片段（Transcript-derivedfragment,TDF）19条。研究结果表明：12个TDF与NCBI或BrassicaDatabase已有序列同源,功能涉及激素调节、氧化还原酶、细胞结构、蛋白质分解、信号传导等;3个TDF在NCBI或TIGR上有序列同源,但是功能未知;4个TDF未找到同源序列。结合本课题组有关氮素浓度和形态对大白菜芝麻状斑点病影响的生理指标的研究结果,可推测大白菜芝麻状斑点病可能是细胞结构受到破坏,细胞膜上细胞信号跨膜转导受阻,ACC、ABA的调节,蛋白质的降解,PPO引起酚类物质褐变等共同作用所致。

简介：根据黄瓜基因组数据库中CsaO20719基因编码区全序列设计引物，通过RT—PCR扩增的方法从黄瓜品种津研四号的叶片中克隆得到寡肽转运蛋白基因（oligopeptidetransportergene，OPT）。基因编码区全长为2013bp。该基因编码的蛋白由20种氨基酸组成，含有670个氨基酸残基，分子量和理论等电点分别为73kD和8．65。预测由该基因转录的寡肽转运蛋白为疏水蛋白，有14个连续的疏水片断。预测该蛋白不存在信号肽，为非分泌蛋白，存在OPT家族保守结构域，亚细胞定位在细胞膜上，主要功能为参与转运和底物结合。同源性和进化树的预测分析显示，OPT蛋白与毛果杨和蓖麻寡肽转运蛋白同源性分别达到了81％和79％，所转运的底物除有寡肽外，还包含有金属离子-烟草胺的螯合物等。qRT—PCR分析同一氮浓度处理OPT基因在不同部位表达结果显示，在无氮及低氮条件下，OPT基因在茎中表达量最高，其次为叶和茎尖。在高氮条件下，OPT主要在茎尖和叶中表达量较高，其次为茎，说明OPT基因在氮胁迫下存在于植物各个部位，并主要集中在生长旺盛的部位，为黄瓜的生长提供所需的能量。不同氮浓度下OPT在茎中表达分析结果显示，OPT基因在无氮及低氮下表达量增加，明显高于正常水平，并且随着氮浓度的降低，OPT的表达量增加，说明黄瓜OPT基因参与低氮胁迫应答反应，增强黄瓜耐低氮能力。

简介：在盐和干旱等渗透胁迫条件下，一些植物会积累甘氨酸甜菜碱（简称甜菜碱）作为渗透调节物质，甜菜碱在植物体内由胆碱经两步氧化形成，催化这两步反应的酶分别是胆碱单氧化物酶（cholinemonooxygenase，CMO）和甜菜碱醛脱氢酶（betainealdehydedehydrogenase，BADH）。由于甜菜碱的合成途径简单，进行遗传操作方便，在诸多抗逆性基因中甜菜碱合成酶基因被看作是最有希望的胁迫抗性基因。其中，BADH基因的全长cDNA序列首先被从藜科植物菠菜（spinaciaoleracea）中克隆到，此后人们相继以该基因为参照，研究其它植物中的BADH基因。本文作者在以菠菜BADH基因为对照研究菊科植物的BADH基凶时，根据已发表BADH基因的保守区序列设计了一对PCR兼并引物，以菠菜基因组DNA为模板，采用PCR法扩增出长分别为825bp（seq1）和822bp（seq2）的两个DNA片段，经测序和序列分析，seql与GenBank中登录的菠菜BADH基因的基凶组序列（U69142）一致，其外显子区与己发表的该基凼的cDNA序列（M31480）一致，seq2与U69142序列的例源性为68％，其外显子区与M31480序列的同源性为83．93％。而且，在由该核苷酸序列推导的氨基酸序列中，含有醛脱氢酶高度保守的十肽VTLELGGKSP，说明该基因为菠菜BADH基因的吲源基因。根据现有文献分析，菠菜中可能存在两个BADH的同工酶，作者所克隆基因片段所属的基因可能编码菠菜BADH的另一个民工酶。该序列已在GenBank中登录，登录号：DQ070842。

简介：利用10对SSR引物对南宁地区5个金花茶种群进行遗传多样性分析,探讨金花茶边缘种群及变种小果金花茶的遗传多样性,为金花茶的合理保护提供科学依据。结果显示:小果金花茶平均等位基因数(A)、有效等位基因数(Ae)、期望杂合度(He)和观测杂合度(Ho)分别为4.40、2.433、0.533和0.429,表明小果金花茶具有较低水平的遗传多样性。STRUCTURE聚类分析显示,5个金花茶种群按照两变种分为2个组。AMOVA结果和遗传分化系数(FST)均表明两变种间存在很大的遗传分化。位于平果县坡造乡的金花茶边缘种群具有最低水平的遗传多样性(PPB=50%,A=1.70,Ho=0.100),与主分布区种群间存在很大的遗传分化。基于以上结果表明,小果金花茶和平果县坡造乡边缘种群应当作为独立保护单元保护起来。

简介：简单重复序列（SSR）广泛存在于基因组中,是亲缘关系分析、DNA指纹图谱构建和遗传多样性研究领域中非常重要的遗传标记之一。红豆树群体已处于濒危状态,且属无参基因组,其近缘种开发的SSR引物亦很少,为满足红豆树遗传多样性研究及制定合理的保护策略,本研究基于SLAF-seq（specific-locusamplifiedfragmentsequencing）技术对天然群体中典型红豆树进行简化测序,利用MISA软件对测序获得所有SLAF片段进行SSR位点搜索,并对SSR位点特征进行统计分析,最后利用PrimerPremier5.0软件进行引物批量设计。与日本晴水稻的测序数据相比,红豆树参考基因组的双端比对效率为90.14%,酶切效率为92.37%,说明SLAF建库正常;测序Q30为92.32%,GC含量为37.17%,说明达到测序要求。本研究共获得6426462reads和592221个SLAF标签,其中16653个多态性SLAF标签,含有17868个SSR位点,平均每6.98kb就分布有1个SSR位点。不同核苷酸重复类型的基元类型数量及SSR位点数量间差异较大,除单核苷酸外,二、三核苷酸重复类型数量较多,分别占总SSR位点的17.15%和15.02%,其中AT/TA和GAA/TTC基元重复数量最多,分别为1090个（43.1%）和349个（15.2%）。通过批量引物设计共得到2817对引物,以二、三核苷酸类型较多,两者所占比例高达94.8%。结果表明：SLAF-seq技术可以很好的应用于红豆树（无参基因组）SSR位点的开发,基于简化基因组测序数据发掘的SSR位点能够为SSR分子标记开发提供信息,并有助于后续群体遗传多样性和交配系统分析等。

简介：为探究大豆应答非致病菌（Bipolarismaydis）胁迫的分子机制，将玉米小斑病菌接种于3周龄的大豆苗。取48hpi的大豆叶片以TCA／丙酮法提取蛋白质，利用蛋白质双向电泳技术分离蛋白，串联质谱（MS＋MS／MS）鉴定蛋白质再结合生物信息学技术进行蛋白质功能分析。结果显示：分离到大豆苗期叶片总蛋白点1300＋15个，其中，差异表达（2倍以上，P值〈0．05）的蛋白质点18个，除2个蛋白点未成功测序，其余16个差异蛋白点经GO分析可知，差异表达的蛋白质功能主要涉及光合作用、胁迫应激和非寄主抗性响应，如核酮糖1，5-二磷酸羧化酶、病程相关蛋白PR-10和细胞骨架结构相关蛋白profilin-2。同时，由测序结果推测：在非致病菌（玉米小斑病菌）的胁迫下，大豆通过降低光合作用相关蛋白和能量代谢相关蛋白的表达，来增强防御相关蛋白和非寄主抗性相关蛋白的表达。

简介：为探究萝卜肉质根中Chs基因的表达量与色素含量的关系,以16份不同类型萝卜为材料,在抽薹前测定肉质根色素含量和Chs基因的表达量。结果表明,不同类型萝卜肉质根Chs基因的表达量在0.0988~6.4321之间,平均值为1.4017,肉质根色素含量在0.001%~2.543%之间,平均值为0.804%。方差分析表明,16份不同类型萝卜肉质根间Chs基因表达量（F=2.3540,p=0.0001）和色素含量（F=114.2940,p=0.0001）差异均极显著,红皮红心萝卜的Chs基因表达量和色素含量均显著高于其他肉质颜色萝卜。相关分析表明,萝卜肉质根Chs基因的表达量与色素含量的相关系数为0.83,且相关系数达极显著水平。说明萝卜肉质根的色素含量与Chs基因的表达量高度相关,Chs基因可能是萝卜花青素合成的关键基因之一。Chs基因可作为萝卜色素生产基因工程中的候选基因,用于高色素含量萝卜新品种的选育。

简介：为了从蛋白质分子生物学方面研究白菜型冬油菜不同抗寒品种低温逆境及恢复条件下相关蛋白的响应机制,揭示大田生产中冬油菜抵御突发骤变低温伤害的抗寒机理,以超强抗寒冬油菜品种陇油7号和弱抗寒品种天油2号为材料,在培养箱培养至幼苗五叶期时,模拟北方寒旱区冬油菜返青期倒春寒环境,运用双向电泳结合质谱技术,分析其幼苗在低温（4℃）-恢复（20℃）-低温（4℃）-恢复（20℃）过程中存在的蛋白及其差异表达量。研究表明低温胁迫与恢复过程中,有2个蛋白点发生了显著差异的丰度变化,它们分别是半胱氨酸型氧化还蛋白过氧化物酶（定义为1号蛋白）和一种未知蛋白（2号蛋白）。且不同抗寒性品种存在2种不同蛋白的差异表达机制,1号蛋白在抗寒性较弱的天油2号低温胁迫恢复过程中表现出上调-下调-上调的变化趋势,抗寒性较强的陇油7号中此蛋白在第一次低温胁迫后消失,而出现了另外一种未知蛋白（蛋白2）,且在低温胁迫恢复过程中也表现出上调-下调-上调的变化趋势,并且表达量高于天油2号中的蛋白1,因此,这种未知蛋白2可能是陇油7号抗寒性强于天油2号的原因之一。

简介：通过对天然白桦群体583株个体纤维长度测定，选取其中有代表性的100株个体，利用随机扩增多态性DNA标记（randomamplificationpolymorphismDNA，RAPD）技术对其基因组差异分析，通过扩增条带与性状表现间的多元回归分析，筛选出与白桦纤维长度显著相关的分子标记。经过20个RAPD引物筛选，有6个引物的7个片段与纤维长度显著相关，其中片段“BFL”与纤维长度的相关系数为0．401，相关性达到5％的显著水平。对此片段进行克隆、测序后，成功转化成与长纤维性状相关的序列特征化扩增区域（sequencecharacterizedamplifiedregion,SCAR）标记，此标记对长纤维白桦的鉴定效率达80％。

简介：根据转录组数据库,通过同源克隆获得结缕草ZjSPL4基因,开放阅读框为1002bp,编码333个氨基酸,该基因具有SBP基因家族保守域。ZjSPL4编码的蛋白分子量为36.38163kD,理论等电点（pI）为8.79,总平均亲水性为-0.707,属于亲水性蛋白。二级结构预测结果显示ZjSPL4蛋白主要由无规则卷曲（Cc）、α螺旋（Hh）构成。ZjSPL4蛋白与其他植物的SBP蛋白总体相似度为53.71%,通过系统进化树分析发现ZjSPL4与谷子和二穗短柄草中的SPL基因亲缘关系较近。ZjSPL4蛋白亚细胞定位结果显示,其编码的蛋白定位于细胞核中。同时日本结缕草ZjSPL4基因受到GA、ABA、蔗糖、低温的诱导,说明该基因可能参与结缕草花芽分化以及抗逆反应等过程。因此,克隆分析结缕草ZjSPL4基因可为结缕草花芽分化与抗性机制研究以及分子育种提供一定参考。

简介：NAC转录因子在植物逆境应答中具有重要的作用。本研究从番茄中克隆了一个NAC基因SlNAC71。该基因编码区长1059bp,编码352个氨基酸,预测分子量约为39.51kD,等电点为8.40。推测的氨基酸序列中含有1个高度保守的NAM结构域。SlNAC71基因序列具有miR164靶序列识别位点。亚细胞定位预测SlNAC71蛋白定位于细胞核。进化树分析发现,SlNAC71和AtNAC分为一个分支。组织特异性表达模式分析表明在检测的所有组织中SlNAC71都有表达,在叶中表达量最高,在茎中表达量最低。SlNAC71基因的表达受高盐诱导,说明番茄SlNAC71基因可能参与番茄对高盐胁迫的应答。

简介：龙血树是热带、亚热带地区所特有的珍稀植物，是著名民间药物“血竭”的重要原料。该药在我国中药材市场中占有重要的地位。目前血竭的生产是从多年生的龙血树上取其带脂茎杆提炼而成，该法需要大量的原材料，不断的砍伐已使其资源面临枯竭的威胁，现其己被列为国家三级保护的濒危植物。如何有效地开发和利用龙血树这一宝贵的资源，使其得到可持续和高效的利用是目前研究的一个重要方向。本研究以经诱导物诱导处理刚产生血竭和未经诱导物处理的海南龙血树（DracaenacambodiannPierreexGagnep）组培苗为材料，利用抑制消减杂交（supressionsubtractivehybridization，SSH）技术构建了龙血树血竭生物合成相关基因的差减cDNA文库，采用PCR方法筛选差减文库获得431个重组子。随机挑取200个克隆经ReverseNorthernBlot筛选剔除假阳性后，共获得59个差异较明显的阳性克隆，测序后得51条差异片段，通过BLASTn和BLASTx进行比较分析，结果表明：分离到与信号转导相关的cDNA片段5个，转录翻译相关蛋白cDNA片段5个，物质能量代谢酶类cDNA片段12个，另外有23个克隆在GenBank中均未发现显著相关的同源序列，推测它们可能是功能未知的新基因或是靠近3--末端的基因片段，因保守性较低，难以通过同源比较推测其功能。