简介：摘要目的分析2020年广州市登革热流行状况和病毒E基因进化特征，探讨广州市登革热的流行特征和病毒传播特点。方法通过中国疾病预防控制信息系统传染病报告信息管理系统收集登革热病例信息，采用荧光定量PCR检测血清标本并测定登革病毒E基因序列，运用MEGA 5.05软件构建最大相似度基因树，使用SPSS 20.0软件进行统计学分析。结果2020年广州市共报告33例登革热确诊病例，其中输入病例31例（93.94%），本地病例2例（6.06%）。相比于2016-2019年，登革热确诊病例数、总发病率和本地发病率均有明显下降，差异有统计学意义（均P<0.05）。输入病例来自东南亚地区的占90.32%（28/31）。输入病例和本地病例登革病毒E基因序列及进化分析与东南亚序列亲缘关系相近，与我国广州市近年序列关系相对较远。结论2020年我国广州市登革热本地疫情受输入病例，特别是东南亚地区输入病例影响大。本研究结果支持我国广州市登革热疫情尚未本地化，由输入病例导致的本地流行的推论。

简介：摘要目的了解广州市手足口病的病原谱，对柯萨奇病毒A6 (coxsackievirus A6, CV-A6)型肠道病毒进行分子流行病学特征分析。方法采用逆转录荧光定量PCR法对2017年5月至2019年12月各哨点医院及区疾病预防控制中心上送的手足口样本进行EV-A71、CV-A16、CV-A6及总肠道病毒检测。挑选CV-A6阳性代表样本进行病毒培养，对病毒培养阳性的样本进行VP1区扩增并测序，采用Mega5.0及SeqMen对测序序列进行分析。结果共检测肠道病毒阳性标本7 578份，其中EV-A71 320份、CV-A16 1 481份、CV-A6 3 171份，其它肠道病毒2 606份。CV-A6引起的手足口病例以5岁以下儿童为主，男女发病比为1.56∶1，在每年的5～7月份及9～11月份有两个发病高峰。80份CV-A6阳性标本分离出病毒并完成VP1区基因测序。CV-A6毒株VP1区核苷酸同源性为93%～100%，氨基酸同源性为98%～100%；与CV-A6原型株Gdula VP1区核苷酸同源性为79%～81%，氨基酸同源性为95%～97%；与D3亚型代表株之间VP1区核苷酸同源性为92%～98%，氨基酸同源性为98%～100%。系统进化树显示所有CV-A6属于D3基因亚型，在系统进化树上呈多个分支分布。结论CV-A6是引起广州市手足口病的主要肠道病毒，其基因型为D3亚型。密切监测CV-A6分子特征及手足口病病原谱变化可以为手足口病的预防控制提供科学依据。

简介：摘要目的对广州市2019年不同来源的H3N2流感病毒进行基因测序，分析H3N2流感病毒的进化变异特点。方法对广州市2019年门诊监测、暴发疫情、住院重症病例等不同标本来源的H3N2流感病毒进行分离并对其血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因进行测序，运用DNA Star 7.1、Mega 6.0软件分析病毒的变异和进化特点。结果2019年广州市H3N2流感表现为流行期Ⅰ（2019年1-8月）和流行期Ⅱ（2019年11-12月）2个流行高峰。男性和女性的H3N2流感病毒阳性率分别为13.46%（703/5 221）和11.50%（510/4 435），差异有统计学意义（χ2=8.43，P=0.00）。10~20岁年龄组H3N2流感病毒阳性率最高（25.18%，665/2 641），各年龄组阳性率差异有统计学意义。测序发现，不同标本来源的毒株高度同源，亲缘关系相近，属于3C.2a.1分支。根据流行时间和进化特点，进一步划分为Group 1~3共3个小进化分支，Group 1分支流行于流行期Ⅰ、Group 3分支流行于流行期Ⅱ，Group 2分支为2个流行期过度的进化分支，流行期Ⅱ的病毒由流行期Ⅰ的病毒进化而来，且不同分支存在基因重组的现象。在疫苗选择压力下，Group 1~3分支逐渐出现HA抗原位点突变，导致新的抗原漂移。HA抗原位点变异主要发生A和B区，Group 1分支和Group 3分支受体结合位点变异发生在前壁和后壁，Group 2~3分支在HA抗原位点A区缺失2个糖基化位点。结论2019年广州市H3N2流感病毒的遗传变异包括位点突变和基因重组。在疫苗免疫压力下H3N2流感病毒发生快速的进化变异，抗原位点变异逐渐累积，进而出现新的抗原漂移。应对H3N2流感病毒分子流行特点进行持续监测。

简介：摘要目的分析2019年广州市登革热流行情况，评估登革病毒4种血清型对流行的影响。方法在传染病报告信息管理系统中收集2019年广州市登革热确诊病例信息，使用ArcGIS 10.2软件进行空间自相关性和聚集性分析，使用荧光定量PCR对血清标本进行核酸检测，将结果为阳性的血清标本进行病毒分离并测定E基因序列，用PhyML 3.1软件绘制基因进化树并分析。结果2019年广州市共报告登革热确诊病例1 655例，发病率11.10/10万，本地病例1 382例，输入病例273例，发病具有空间聚集性，发现18个高-高聚集性街道，输入病例来源以东南亚国家（86.08%，235/273）和非洲国家（2.56%，7/273）为主。荧光定量PCR检测确诊病例血清标本749例，阳性率93.06%（697/749），分离毒株464株。同往年基因树相比，登革病毒未发现基因型的转换。登革病毒血清型1型仍然是广州市的优势毒株，血清型2型主要在白云区和荔湾区流行。结论2019年广州市登革热疫情累及全市，范围向城乡接合部扩大和转移，应进一步重视城乡接合部的防控工作。加强来自东南亚和非洲国家的国境检疫。登革病毒血清型2型的流行和聚集性暴发风险不容忽视。多种血清型在广州市同时出现，提示需预防重症登革热的暴发和流行。

简介：摘要目的对广州地区新型冠状(简称新冠)病毒核酸阳性病例包括有临床症状的确诊病例和无临床症状的隐性感染者进行流行病学特征分析。方法对广州市2020年1月至9月检测到的新冠病毒核酸阳性病例，收集流行病学相关资料，分析确诊病例/无症状感染者其流行病学特征、确诊/隔离日期和首次核酸阳性间隔天数分布特征、探讨确诊病例和无症状感染者的影响因素。结果2020年1月7日至9月4日共发现1 097例核酸阳性病例，包括658份确诊病例(59.98%)，无症状感染者439份(40.02%)。确诊病例中位数年龄(M值)为42岁，出现两个明显高峰，分别和湖北输入及关联病例，境外输入及关联病例有关。无症状感染者年龄M值为32岁，可分为两个阶段，第一阶段紧随确诊病例的第二高峰，第二阶段和广州进入疫情常态化防控时期出现的确诊病例重叠，主要和境外输入有关。其中境外输入无症状感染者占总输入阳性病例的57.32%。两种不同类型病例中，咽拭子阳性率都高于鼻咽拭子及肛拭子。确诊病例和无症状感染者年龄、感染来源及性别构成差异均有统计学意义(P<0.05)。高年龄组更容易出现临床症状，与0～19岁组相比，≥40岁为确诊病例的危险因素(OR＝2.334，P＝0.001)，而20～39岁更不容易出现临床症状(OR＝0.620，P＝0.047)。与境内感染者相比，境外感染者更不容易出现临床症状成为确诊病例(OR＝0.723，P＝0.013)；与男性相比，女性更容易出现临床症状(OR＝1.574，P＝0.001)。结论目前广州地区新冠病毒无症状感染者和有临床症状的确诊病例共同存在，且无症状感染者数量高于确诊病例。高年龄、境内感染及女性可能是确诊病例的危险因素，值得深入探讨其背后机制，为治疗及防控提供依据。

简介：摘要目的分析广州市H5亚型禽流感病毒流行特点及基因进化和变异特征，为禽流感的防控提供依据。方法对2014－2019年广州市禽类市场外环境标本进行禽流感病毒核酸检测并分析H5亚型流行情况，随机选取48份（46份来源于环境和2份来源于病例）H5阳性标本进行HA和NA基因测序，应用生物信息学软件分析分子遗传特征。结果2014－2019年监测的52 284份环境标本中，检出H5亚型阳性标本1 094份，阳性率为2.09%。遗传进化分析显示，HA基因属于Clade 2.3.4.4.C分支，NA基因主要归属于欧亚谱系H6N6进化分支，HA和NA基因的进化以时间聚类为特点，相近年份流行株聚成一个进化分支。分子特征显示，48份毒株裂解位点呈现高致病性分子特点，受体结合位点仍为禽源受体，但普遍发生S123P、S133A和T156A倾向结合人源受体的位点突变。抗原位点变异主要出现在B、E区，并表现时间分布的特点，同一年份流行株常发生与上一年份流行株不同的抗原位点变异。2017年开始所有毒株出现由氨基酸缺失导致的糖基化位点的增加（140-NHT）。结论广州市禽类市场外环境H5亚型禽流感病毒长期流行，且阳性率占比逐渐升高。测序分析提示，广州市H5亚型禽流感病毒为Clade 2.3.4.4.C分支H5N6高致病性病毒，并且持续进化和变异，特别是普遍出现与人源受体结合能力增强的突变，需加强监测。