简介:本文提出DNA序列相似度指标,建立DNA序列比对算法。首先,将水生生物DNA样本序列与现有的基因库中的DNA序列逐项比对;其次,在满足特定阈值条件下,确认样本序列的分类。利用Java编程语言来实现算法,通过MonteCarlo模拟和实际应用,验证算法的有效性。理论结果表明:在满足特定阈值条件下,通过计算DNA序列相似度,能够确定数据库中与未知DNA样本序列最相似的序列,判断样本序列的分类。模拟实验、对比研究和应用结果表明:相似度指标算法在有效判别DNA序列的分类,提高DNA序列匹配成功率,降低程序复杂度等方面具有优良特征。
简介:在水温22-24℃下和90cm×60cm×30cm的水族箱中,采用静态急性毒性试验方法,研究了体重12.2±0.7g杂交鲟(Acipenserbaeri♂×A.schrenkii♀)幼鱼对富氯、氯胺T、聚维酮碘、二氧化氯、福尔马林、盐酸土霉素、氯化钠等7种常用水产消毒药物的敏感度。结果显示:杂交鲟幼鱼对药物的敏感度依次为富氯〉氯胺T〉聚维酮碘〉二氧化氯〉福尔马林〉盐酸土霉素〉氯化钠,安全浓度依次为0.21mg/L、2.59mg/L、3.88mg/L、6.35mg/L、9.86mg/L、143.45mg/L、2396.03mg/L;二氧化氯、聚维酮碘、福尔马林和氯化钠是杂交鲟幼鱼较好的消毒药物;杂交鲟对富氯和盐酸土霉素具有特殊的敏感性,其药浴浓度低于常规养殖鱼类;氯胺T的毒性与水体pH值密切相关,药浴鲟鱼时须注意水环境的酸碱度。
简介:利用21个微卫星标记分析一个黄河鲤繁殖群体,以检测其遗传潜力及与生长性状(体重、全长、体长等)相关的标记。共检测到122个等位基因,等位基因数为2-10,平均有效等位基因数为3.3706,平均观察杂合度为0.5893,平均期望杂合度为0.6578,平均多态信息含量为0.6108,分析结果表明:该群体的多样性水平较高。经x2检验,群体处于Hardy—Weinberg平衡状态。有8个标记分别与体重、全长、体长、体高等性状具有显著相关性。其中,标记CAFS2203与体厚、头宽、尾柄长呈极显著相关(P〈0.01),标记CAFS1603与吻长极显著相关(P〈0.01),标记CAFS1639与尾柄高极显著相关(P〈0.01)。本研究结果可以为黄河鲤的分子育种与选育提供参考。
简介:鲫作为研究鱼类进化的独特材料,具有丰富的遗传多样性和多种不同倍性的亚种。采用一般线性回归模型(GLM),对286个EST-SSR标记与鲫鱼自交F2代181尾个体的体长、体高及其比值进行单标记回归分析。Permutation检验(10000次)结果显示:共有53个标记分别与体长、体高及体长/体高具有显著相关性,其中与体长显著相关的标记有24个(P〈0.05),极显著相关的标记有6个(P〈0.01);与体高显著相关的标记有30个(P〈0.05),极显著相关的标记有9个(P〈0.01);与体长/体高显著相关的标记有23个(P〈0.05),极显著相关的标记有9个(P〈0.01)。本研究获得的53个与3种性状相关的标记为分子辅助育种(MAS)提供了理论基础。
简介:鲫(Carassiusauratus)遗传多样性丰富,具多种不同倍性的亚种,是研究鱼类进化的独特材料。本研究利用79个SSR标记和22个EST-SSR标记检测了鲫自交F2代的181尾个体的基因型,对体重、体长、体高和体厚4个生长性状进行了单标记回归分析。Permutation检验(10000次)结果显示:有22个标记分别与体重、体长、体高和体厚具有显著相关性(P〈0.05),其中,HLJYJ15和HLJYJ244与4个性状均呈极显著相关(P〈0.01)。本研究筛选的101个微卫星标记丰富了鲫分子标记数量,可用于鲫连锁图谱的构建和QTL定位研究;获得了4个与鲫性状相关的标记及基因型,为鲫的分子标记辅助育种(MAS)和生长性状的遗传机制研究提供了工具。