简介:摘要目的通过网络药理学方法研究二妙散干预特应性皮炎的药理机制,分析其作用的活性成分、分子靶点和信号通路。方法通过TCMSP和Drugbank数据库获得二妙散活性成分和靶点。通过GEO数据库分析差异表达基因,获得特应性皮炎疾病靶点。通过Cytoscape的Bisogenet和CytoNCA插件获得二妙散治疗特应性皮炎的靶基因。通过DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析。结果经筛选获得二妙散12种活性成分和107个靶点;鉴定出274个特应性皮炎差异表达基因(矫正P值<0.005和|log2(差异倍数)|>1.5)。得到187个二妙散治疗特应性皮炎的靶基因。靶基因的功能注释与端粒组织、蛋白异四聚体化、基因表达调控等相关。PI3K-Akt、MAPK、HIF-1信号通路等20条通路显著性富集。MAPK1、AKT、RELA、和TP53等多个基因为二妙散基因通路网络中干预特应性皮炎的关键基因。结论二妙散中槲皮素、四氢小檗碱、豆甾醇等核心成分可能通过参与PI3K-Akt、MAPK、HIF-1等信号通路,调控MAPK1、AKT、RELA和TP53等基因靶点,治疗特应性皮炎。
简介:摘要目的通过网络药理方法探讨散寒祛湿温经通络复方的有效化学成分及作用靶点基因,分析其治疗腰肌筋膜炎的机制。方法通过TCMSP对散寒祛湿温经通络复方的化学活性物质及作用靶点蛋白进行检索和筛选,应用基因组注释数据库平台(GeneCards)预测疾病的作用靶点,构建活性成分-靶点网络;通过STRING数据库构建蛋白相互作用网络,寻找核心基因,再进行GO富集分析和KEGG富集分析,构建靶点-通路网络。结果通过筛选,共得到散寒祛湿温经通络复方治疗腰肌筋膜炎的有效成分23个,共同靶点蛋白25个;GO富集分析结果包括抗生素应答、细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、细胞因子受体结合等;KEGG富集分析结果包括AGE-RAGE信号通路、麻疹、内分泌抵抗、炎症性肠病等;得到与上述通路匹配度较高的靶点基因包括IL6、JUN、IL1B、CDK4、CCND1。结论散寒祛湿温经通络复方可通过调节IL6、JUN、IL1B、CDK4、CCND1等靶点基因对腰肌筋膜炎起到治疗作用。
简介:摘要目的探讨虎杖干预类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的分子作用机制。方法通过TCMSP筛选虎杖的有效活性成分并预测相关靶点,通过GeneCards数据库预测RA相关靶点,将虎杖药效靶点与RA相关靶点取交集,得到虎杖干预RA的共同靶点,使用Cytoscape 3.7.2构建药物-活性成分-靶点-疾病网络。将获得的共同靶点导入STRING数据库进行蛋白质相互作用分析,经R语言计算筛选出虎杖干预RA的核心靶点。运用DAVID在线数据库及R语言对共同靶点进行GO分子功能富集分析和KEGG通路富集分析。使用AutoDock Vina软件对活性成分和前5位核心靶点进行分子对接。结果筛选获得10个虎杖有效活性成分和对应的203个药效靶点,检索得到4 424个RA相关靶基因,取交集后得到139个虎杖干预RA的共同靶点,蛋白相互作用网络分析提示,v-akt鼠科胸腺瘤病毒癌基因同源物Ⅰ (v-akt murine thymoma viral oncogene homolog 1, AKT1)基因、肿瘤蛋白p53(tumor protein p53, TP53)基因、JUN、MAPK1、人v-rel禽网状内皮细胞过多症病毒癌基因同源物(AV-Rel Reticuloendotheliosis Viral Oncogene Homolog A, RELA)等为核心靶点。GO富集分析得到虎杖干预RA的分子功能共35个,包括ATP结合、锌离子结合、转录因子活性等。KEGG富集分析得到虎杖干预RA的相关信号通路共117条,包括PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、癌症通路等。分子对接显示,有效成分均与基因AKT1、TP53、JUN、MAPK1、RELA对接良好,其中大黄素甲醚双葡萄糖苷与JUN显示出较好的结合能力。结论基于网络药理学和分子对接法分析虎杖可多靶点、多通路干预RA,为其药品研发提供参考。
简介:摘要目的利用网络药理学方法筛选茵陈二陈汤干预非酒精性脂肪性肝炎(non-alcoholic steatohepatitis, NASH)的活性成分、作用靶点,并探讨其干预NASH的作用机制。方法检索TCMSP筛选得到茵陈二陈汤的有效活性成分及作用靶点。利用GeneCards数据库收集NASH相关基因,采用Cytoscape软件构建药物-靶点和疾病-靶点的可视化网络。构建蛋白相互作用网络,以关键靶点蛋白为基础,实现GO及KEGG通路富集分析。结果共获得茵陈二陈汤45个有效活性成分,114个药物靶点蛋白,463个NASH相关靶点,药物和疾病共有靶点33个。茵陈二陈汤干预NASH的关键靶点主要为IL6、CASP3、MYC等。GO和KEGG富集分析分别得到34个生物过程和79条相关信号通路,涉及炎症、细胞凋亡、糖尿病、非酒精性脂肪性肝病、肿瘤等。结论茵陈二陈汤干预NASH具有多途径、多靶点作用的特点,本研究揭示了其作用的关键靶点及涉及的生物学过程和信号通路,为后续相关研究提供参考和依据。
简介:摘要目的应用网络药理学及分子对接探讨四逆散从缓解消化道症状及精神神经症状方面综合干预肠易激综合征的分子作用机制。方法检索TCMSP数据库获取四逆散的主要活性成分及其靶点,GeneCards数据库及疗效药靶数据库(TTD)获取肠易激综合征的靶基因,利用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络并筛选出核心基因,基于CB-Dock在线对接工具进行核心靶点-药物成分的分子对接验证,运用DAVID和Metascape数据库分别进行GO和KEGG通路分析。结果共获得四逆散活性成分112个及作用靶点204个,肠易激综合征相关靶基因2 805个,中药-疾病交集靶点152个,主要涉及IL-17信号通路、NF-κB信号通路、VEGF信号通路、多巴胺能突触通路、血清素突触通路和钙信号通路。结论四逆散可通过多成分、多靶点、多途径调节神经内分泌通路、调节免疫平衡、改善肠道轻度炎症和修复肠道屏障从而干预肠易激综合征。
简介:摘要目的依托Gene Expression Omnibus(GEO)差异基因分析及网络药理学技术方法探讨古方黄芪散治疗糖尿病肾病的相关作用机制。方法在中药系统药理学数据库平台(Traditional Chinese Medicine Database and Analysis Platform,TCMSP)检索黄芪散活性成分及预测靶点,借助Cytoscape3.7.2软件构建药物与靶点之间的网络图。通过GEO数据库查找糖尿病肾病有关芯片,借助R语言分析差异基因,再结合疾病数据库获得糖尿病肾病所有靶点。利用Venny在线工具构建药物与疾病的关键靶点Venny图,基于STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络图,而后按连接自由度(Degree)值进一步筛选核心靶点;运用DAVID数据库,实现对于基因本体论(gene ontology,GO)分析及京都基因与基因组大百科全书数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集的分析。结果获得黄芪散活性成分15个,预测靶点151个。序列号GSE30529、GSE30528的基因芯片筛选出差异基因分别为393个、317个;疾病数据库检索到疾病靶点1 591个,去重整合后获得糖尿病肾病相关基因2 082个。映射出关键靶点55个,在PPI网络0.4中置信度下共有309条相互作用关系,Degree≥15筛选到核心靶点16个。GO富集出生物过程69项、分子功能31项、细胞成分10项。KEGG富集出42条通路可能在治疗糖尿病肾病方面发挥重要作用。结论黄芪散通过蛋白激酶B 1(AKT1)、表皮生长因子受体(EGFR)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src(SRC)、雌激素受体α(ESR1)等核心靶点作用于雌激素通路、Rap1通路、甲状腺激素通路、HIF-1通路等特异性信号通路干预糖尿病肾病发生发展过程,为进一步临床治疗及研究提供了参考。
简介:摘要目的利用网络药理学方法研究补阳还五汤治疗缺血性脑卒中涉及的重要信号通路和保护神经血管单元的作用机制。方法使用TCMSP、上海有机所中药与化学成分数据库和相关文献获取并筛选补阳还五汤的活性成分及作用靶点;使用DrugBank数据库、药物靶标数据库(TTD)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和GeneCards数据库获取缺血性脑卒中靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件建立活性成分-治疗靶点网络,分析网络获取关键靶点。使用Metascape数据库对治疗靶点进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。使用AlzData数据库分析治疗靶点的基因表达情况。结果通过网络分析,获得了补阳还五汤治疗缺血性脑卒中的关键靶点,包括前列腺素内过氧化物合酶2、前列腺素内过氧化物合酶1、毒蕈碱型乙酰胆碱受体M1、β2肾上腺素能受体等;通过富集分析获取了补阳还五汤治疗缺血性脑卒中的多条关键信号通路,包括PI3K-Akt信号通路、钙信号通路、IL-17信号通路、血小板活化、Apelin信号通路、NF-κB信号通路、AMPK信号通路和花生四烯酸代谢通路等;通过基因表达分析了补阳还五汤对不同组织细胞的作用,发现治疗靶点在内皮细胞、星形胶质细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞、少突胶质细胞前体细胞和神经元中调控多种生物过程、细胞组成和分子功能。结论补阳还五汤治疗缺血性脑卒中具有多成分、多靶点、多通路、联系复杂的特点,在基因的细胞表达层面与神经血管单元密切相关,治疗作用机制包括神经保护、神经发生、抗血栓、促血管再生、胶质细胞调控等。
简介:【摘要】目的 探讨分析对2型糖尿病患者采用西格列汀联合二甲双胍进行治疗的效果。方法 选取本院94例2型糖尿病患者开展本次研究,标本纳入时间范围为2020年2月到2021年8月,将全部患者通过随机数字表法进行分组,分别为参照组和研究组,各47例。其中单独给予二甲双弧治疗的为参照组,联合西格列汀治疗的为研究组,比较对两组的治疗效果。结果 比较两组的血糖控制效果,研究组优于参照组(P<0.05);比较两组的胰岛素水平,研究组均好于参照组(P<0.05)。结论 根据本次研究的结果可以确认,对2型糖尿病患者采用西格列汀联合二甲双胍进行治疗的效果极为确切,可以有效控制患者的血糖,改善患者的胰岛素抵抗状态,有必要大力推广。
简介:摘要目的结合HPLC和网络药理学方法对三化汤治疗脑缺血的活性成分进行含量测定,预测其发挥作用的潜在靶点。方法采用HC-C18色谱柱(250 mm×4.6 mm,5 μm),流动相为甲醇-乙腈-0.05%磷酸水,梯度洗脱,流速1.0、0.8 ml/min;检测波长254 nm,柱温30 ℃,进样量10 μl。运用TCMIP V 2.0平台检索大黄酸、大黄素、大黄酚、橙皮苷、厚朴酚和羌活醇6种成分作用靶点,以Cerebral ischemia为关键词,检索GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、疗效药靶数据库(TTD)、Disgenet数据库,筛选6种活性成分治疗脑缺血潜在靶点,构建蛋白质相互作用网络和疾病-成分-靶点-通路整合网络。结果三化汤中6种活性成分大黄酸、大黄素、大黄酚、橙皮苷、厚朴酚和羌活醇线性范围分别为0.080 4~0.804 0 μg、0.015 3~0.382 0 μg、0.041 8~0.626 4 μg、0.312 6~3.908 0 μg、0.037 9~0.568 8 μg、0.045 3~1.359 6 μg,相关系数均大于0.999 0。经测定7份样品中上述6个成分含量范围分别为0.887~0.971 mg/g、0.094~0.101 mg/g、0.110~0.119 mg/g、1.494~1.669 mg/g、0.126~0.145 mg/g、0.153~0.167 mg/g。网络药理学分析发现,TNF、TP53、MAPK14、JUN、IL1B、MYC、ESR1、ICAM1、PTGS2、PPARG为三化汤中6种活性成分治疗脑缺血的核心靶点。结论建立了三化汤治疗脑缺血6种活性成分质量控制方法,该方法样品处理简便,色谱条件简单,结果准确。明确了三化汤中6种活性成分治疗脑缺血的10个潜在靶点,为进一步研究其作用机制奠定基础。
简介:摘要目的利用网络药理学方法及分子对接技术分析小陷胸汤抗心肌缺血再灌注损伤的作用机制。方法利用TCMSP筛选出小陷胸汤中3味中药所含的有效成分及相应的靶蛋白,将选择的靶蛋白名称转化成Uniprot数据库的基因名称;通过GeneGards和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)筛选心肌缺血再灌注损伤的靶基因;通过Venn在线软件得到药物与疾病的交集基因,运用Cytoscape软件构建"药物-化合物-靶点"可视化网络;利用STRING数据库和Cytoscape软件制作蛋白相互作用网络,并进行网络拓扑学分析;利用分子对接软件(AutoDock Vina)验证前5名有效成分与前10名核心靶点间的分子对接;利用Bioconductor R软件进行靶点基因GO功能和KEGG通路富集分析。结果经筛选后得到小陷胸汤38个有效化学成分,187个靶点基因;疾病相关靶点基因511个;获得72个药物疾病共同靶点基因;核心靶点涉及AKT1、MMP9、IL1B、EGF等。GO功能分析得出1 095个生物学过程、24个细胞组成、61个分子功能,KEGG通路分析发现111条相关信号通路。结论该研究预测了小陷胸汤可通过AKT1、MMP9、IL1B、EGF等多靶点及IL-17信号通路、PI3K-AKT信号通路等多通路抗心肌缺血再灌注损伤的可能作用机制,为进一步深入研究该复方抗心肌缺血再灌注损伤作用的物质基础和分子机制奠定了基础。
简介:摘要目的筛选参麦注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性成分并探讨其作用机制。方法基于网络药理学和高通量分子对接技术,从TCMSP、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具(BATMAN-TCM)及Targetnet数据库中检索参麦注射液的化合物和预测靶点,并构建成分-靶点网络;从在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和GeneCards数据库中检索"coronavirus pneumonia"相关基因,与化合物作用靶点共有的部分构建靶基因间的蛋白相互作用网络;使用DAVID6.8进行基因功能、通路富集分析;通过PDB数据库获取蛋白质的晶体结构,采用AutoDock Vina和Python脚本进行高通量分子对接。结果共获得27个化合物和224个靶基因,鉴定出干预冠状病毒的15个核心成分与15个核心靶点,分别为CASP3、NOS2、PARP1、CASP8、NOS3、BCL2、ADA、OPRM1、TGFB1、TLR9、ACHE、SLC29A1、BAX、ADK、PNP。核心靶点主要作用于肺结核、癌症通路、乙型肝炎、细胞凋亡等信号通路。虚拟筛选后得到与冠状病毒相关靶点对接较好的成分有薯蓣皂苷元、豆甾醇、β-谷甾醇、人参皂苷Rh1苷元。结论本研究筛选出了参麦注射液干预冠状病毒的主要活性成分及作用靶点,为参麦注射液治疗COVID-19提供参考。