简介:摘要目的了解外环境中禽流感病毒分布情况,为禽流感的防控提供依据。方法2013年4月—2015年12月间,共采集禽类外环境标本620份,采用荧光定量RT-PCR方法对标本进行禽流感核酸检测。结果A型流感病毒阳性标本159份,阳性率为25.6%,H7为63份,阳性率10.2%,三年中外环境标本检测到FLuA的阳性率分别为18.3%,9%,34.6%,呈逐年上升的趋势。清洗禽类污水标本、笼具表面擦拭标本和宰杀或摆放案板表面涂抹的H7N9阳性检出率相对较高,分别为13.2%,12.3%,和11.3%。结论农贸市场活禽交易场所禽流感病毒阳性率较高,可能是秀洲地区禽流感病毒传播的一个最重要渠道,有关部门应采取有力措施对其进行监管,做好综合性防控工作,杜绝人感染H7N9病例的再次发生。
简介:摘要目的揭示H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)血凝素(hemagglutinin, HA)基因氨基酸位点的变异情况并探讨其分子进化趋势。方法收集并比对EpiFlu数据库中2020年4月以前H9N2 AIV毒株HA基因序列信息,采用生物信息学的方法分析HA蛋白关键受体结合位点、裂解位点、糖基化位点的氨基酸差异。结果84.92%(4 067/4 809)序列HA226位点的谷氨酰胺(glutamine, Q)被亮氨酸(leucine, L)替代;来自禽类的序列发生HA-Q226 L突变的占84.75%(4 013/4 735),来自哺乳动物的序列发生HA-Q226 L突变的占72.97%(54/74);96.26%(4 629/4 809)序列HA蛋白裂解位点基序模式仍保持低致病性AIV的特点,但有180条来自禽类的序列HA蛋白裂解位点插入了2个碱性氨基酸;58.68%(2 822/4 809)序列新增1个或者2个潜在糖基化位点,而66.44%序列(3 195/4 809)丢失糖基化位点HA210-212。结论H9N2亚型AIV HA蛋白受体结合位点趋于结合人类受体,对哺乳动物的适应性增加,HA蛋白裂解位点和糖基化位点有向高致病性AIV的序列特征突变的倾向。
简介:摘要目的研究2017—2018年佛山市活禽交易市场禽流感病毒检出率、混合流行情况和基因变异分析,评估活禽市场禽流感的潜在风险。方法采用荧光PCR检测2017年4月至2018年3月间1 440份活禽交易市场环境监测标本,对部分H9N2阳性标本进行血凝素(hemagglutinin,HA)全长测序,结合采集时间、采集地点、标本种类和基因进化情况综合分析。结果1 440份标本中甲型流感阳性422份。阳性标本中检出H9N2单独阳性标本213份(213/422,50.47%),混合阳性标本38份(38/422,9.00%)。H5N6单独阳性标本44份(44/422,10.43%),混合阳性标本26份(26/422,6.16%)。H7N9单独阳性标本4份(4/422,0.95%),混合阳性标本16份(16/422,3.79%)。来自外环境标本混合阳性检出率明显高于来自活禽标本(14.7% vs 1.75%,x2=20.10,P<0.01),零售市场混合阳性检出率高于批发市场但无明显差异(13.46% vs 8.18%,x2=1.97,P=0.1602)。9株测序的H9N2标本HA基因序列与国内疫苗株共同处于h9.4.2亚分支上。结论H9N2亚型禽流感病毒在佛山市活禽市场中存在比例较高,是与其他禽流感病毒混合感染率最高的亚型,后期应重点监测。
简介:摘要目的分析芜湖市2014年首例人感染A(H7N9)禽流感病毒基因组特征。方法患者标本经Real-time RT-PCR检测A(H7N9)核酸阳性后送检中国国家流感中心分离毒株并进行全基因组测序,序列提交GenBank并Blast。运用生物信息学软件DNAStar Lasergene 7.1和MEGA7.0对该病毒基因组进行同源性、关键氨基酸位点突变及系统进化树分析。结果毒株命名为A/Wuhu/1/2014(H7N9),血凝素(hemagglutinin,HA)系统进化树分析属于W2-4分支,HA裂解位点为PEIPKGR↓G,对比高致病性疫苗株A/Guangdong/17SF003/2016(H7N9)缺失4个氨基酸KRTA插入序列。HA受体结合位点发生T160A、G186V和Q226L突变。神经氨酸酶(neuraminidase,NA)茎区69~73位缺失5个氨基酸QISNT。PB2出现L89V、M535L及E627K突变。PB1 I368V,PA V100A、K356R和S409N,NS1 P42S和N205S,NS2 T48A,M1 N30D和T215A均发生了位点突变。NA未发生E119V、R152K、H274Y和R292K突变,但M2出现了S31N突变。结论A/Wuhu/1/2014(H7N9)毒株来源为禽类,起源于长江三角洲地区,对人类受体有亲和力、不耐NA抑制剂、耐M2离子通道抑制剂以及对哺乳动物毒力和人类的适应性增强,属于低致病性A(H7N9)禽流感病毒。
简介:目的对一株人感染H9N2禽流感病毒进行高通量测序(next—generationsequencing,NGS)分析,探讨其在人群流行的可能性。方法应用高通量测序技术进行全基因组序列测定(wholegenomesequencing,WGS)。对8个基因进行相似性检索,构建系统进化树并分析其关键位点的分子特征。结果8个基因与GenBank基因库相似度最高序列的来源不完全一致,系统进化树显示HA基因属于欧亚系I群,M基因位于G1-like分支,PB2位于G9-like分支,NA位于一独立分支,PBl,PA,NP,NS均位于SH/F/98-like分支。HA基因裂解位点为PSRSSR/GLF,226位受体结合位点为L。除M2基因$31N突变之外,NA基因茎63~65位缺失,PA和PB2基因未发生L336M和Q591R,E627K等可以增强病毒对哺乳动物适应性的突变,但发现可以增强病毒毒力的突变如M1基因N30D和T215A,PB2基因L89V,NSl基因P42S。除M2基因S31N突变外,NA基因和M2基因的药物结合位点未发生E119G,R152K,H274Y,R292K和L26F,V27A,A30T,G34E等耐药性突变。HA和NA糖基化位点预测结果都有8个糖基化位点,其中分别有7个和5个可靠程度较高。结论该H9N2禽流感病毒的大部分关键性位点较保守,只有少部分位点发生一定程度进化与变异,在人群引起流行的可能性不大,但需加强分子方面动态监测。
简介:摘要:超滤技术是用于截留液体中目标大小的颗粒,而水和低分子量溶质则允许透过膜。采用世界先进的切向流超滤浓缩技术,分别使用超滤膜包和中空纤维柱对流感病毒(H 3 N 2 亚型)超滤浓缩成倍体积,测定血凝价HA。结果HA成倍增加,废液 HA 呈阴性,病毒回收率达 100 %。结果表明,两种超滤系统各有优缺点,适用于流感病毒抗原的浓缩。
简介:摘要目的对2018年候鸟迁徙季从天山北麓分离的1株野鸟源H1N1禽流感病毒(avian influenza virus, AIVs)进行全基因组测序及遗传进化分析。方法2018年11月于天山北麓中段多个水库采集320份新鲜野鸟粪便样品,通过接种鸡胚、血凝抑制试验和AIVs PB1通用引物的RT-PCR等方法分离鉴定AIVs,以甲型流感病毒通用引物扩增病毒基因组8个片段并进行全基因组测序,利用BLAST、Clustal W、MEGA7.0和MegAlign等软件进行序列比对、系统进化和分子特征分析。结果从6份野鸟粪便样品中分离鉴定出流感病毒,阳性率为1.88%,其中1株为H1N1亚型AIV,命名为A/wild bird/Xinjiang/010/2018 (H1N1)(简称XJ-H1N1)。XJ-H1N1 8个基因片段均源于雁行目野鸭中分离的AIVs,其中表面基因HA和NA均属欧亚谱系,分别源于蒙古国绿头鸭(Anas platyrhynchos)中分离的H1N1和孟加拉国野鸭中分离的H3N1 AIVs,6个内部基因分别源于俄罗斯西伯利亚地区赤膀鸭(Anas strepera)中分离的H6N8、埃及琵嘴鸭(Anas clypeata)和短颈野鸭(teal)中分离的H7N3以及荷兰绿头鸭等野鸟中分离的H7N5 AIVs。XJ-H1N1血凝素(HA)蛋白裂解位点仅含1个碱性氨基酸,为低致病性AIV。HA受体结合位点190、225位氨基酸为E、G(H3计数),能够结合α2,3半乳糖苷唾液酸(SAα2,3Gal)和SAα2,6Gal双受体。HA的T200A、E227A突变和NS1的P42S突变均可增强病毒在哺乳细胞中的复制能力和致病性。结论从天山北麓野鸟中分离到1株H1N1亚型低致病性AIV,其主要由迁徙野鸭携带的AIVs经多次重配产生,该病毒在哺乳动物细胞中的复制能力和致病力可能增强,可结合SAα2,3Gal和SAα2,6Gal两种受体。
简介:摘要目的了解贵州省H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)的流行与遗传变异情况,为AIV的防控提供依据。方法统计2018年10月—2019年3月贵州省活禽市场外环境AIV检出情况,对选取的H9N2亚型AIV进行基因组的提取、血凝素(hemagglutinin, HA)基因的RT-PCR扩增与测序,并对获得的HA基因序列进行同源性、遗传进化和关键位点变异分析。结果贵州省活禽市场外环境AIV检出率为52.2%,H9N2占阳性的83.7%。H9N2亚型AIV HA基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为91.6%~100.0%和91.0%~100.0%,均属于Y280亚系,G57基因型;与致病性相关的裂解位点序列均为PSRSSRGLF和LSRSSRGLF,符合低致病性AIV的分子特征;与宿主特异性相关的受体结合关键位点存在H191N、E198T/A和Q234L三个位点的突变,具有人样受体结合特征;与毒力相关的糖基化位点均具有7个,其中因突变218位点均存在一个糖基化位点缺失,313位点均存在一个增加。与人感染毒株相比关键位点未发生重要突变。结论贵州省活禽市场外环境AIV检出率较高,污染较严重,且以H9N2为优势流行亚型;H9N2亚型AIV均属于Y280亚系,G57基因型,为低致病性AIV,毒株遗传差异在增大,关键氨基酸位点存在变异,具有感染人的风险,故应加强监测该病毒的分子遗传变异情况。