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  • 简介:摘要绦虫病是一类严重危害人类健康的人兽共患寄生虫病,其药物治疗和疫苗防治是当今研究的热点,而目前蛋白组学成为了研制疫苗和了解致病机制的重要工具。寄生虫不同发育阶段间蛋白模式的差异可能反映了其在不断变化的环境和生命周期中所使用的特定策略和适应机制,故本文对多种绦虫的蛋白组学研究进展作一综述,旨在为绦虫病的防治提供参考依据。

  • 标签: 绦虫 蛋白质组学 质谱 双向电泳
  • 简介:摘要目的建立股骨干骨折后过度生长动物模型,并通过蛋白组学研究观察骺板的差异表达蛋白,以期明确股骨干骨折后过度生长的生物学机制。方法取48只雄性6周龄日本大耳白兔,利用环形剥离股骨干骨膜的方法建立兔股骨干骨折后过度生长动物模型,右侧为手术侧,左侧为假手术侧。术后4周取术侧及假手术侧股骨测量全长,并取股骨远端骺板行串联质谱标签(tandem mass tag,TMT)定量蛋白组学分析,通过对差异蛋白行基因本体(gene ontology,GO)分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析研究相关蛋白表达变化。另取20只10周龄雄性日本大耳白兔作为空白对照组,测量其双侧股骨长度。对相关差异蛋白蛋白印迹法检测。股骨长度差及蛋白表达差异采用Kolmogorov-Smirnov检验验证正态性,F检验验证方差齐性,符合正态分布且方差齐,采用配对t检验比较分析两侧股骨长度,独立样本t检验比较分析手术组与空白组长度差,若不符合正态分布或方差不齐采用秩和检验。GO功能富集分析应用Fisher精确检验。结果术后4周,手术组双侧股骨长度差(手术侧-假手术侧)为(0.62±0.63)mm,空白组双侧股骨长度差(右侧-左侧)为(-0.025±0.26)mm,组间比较,差异有统计学意义(P<0.001)。共鉴定出283种差异蛋白,GO分析提示差异蛋白富集于细胞代谢、胞内结构、有机环状化合物结合等,KEGG富集提示差异蛋白通路集中于核糖体、蛋白外排、剪切体、细胞凋亡及内质网中蛋白加工等。蛋白印迹法检测提示X型胶原蛋白α1链(type X collagen alpha 1 chain,COL10A1)在过度生长的股骨远端骺板软骨中表达上调。结论通过骨膜环切法可建立股骨过度生长的动物模型,COL10A1可能参与股骨过度生长的生物学行为。

  • 标签: 蛋白质组学 生长板 股骨干骨折
  • 简介:摘要目的通过检测不同时间点肺爆震伤小鼠肺蛋白组学变化,探究肺爆震伤损伤机制。方法60只健康雄性C57BL/6小鼠,随机(随机数字法)分为对照组、爆震后12 h组、24 h组、48 h组、72 h组及1周组(每组10只)。在北部战区总医院动物实验室进行实验,利用自主研发的精准爆震装置建立小鼠肺爆震伤模型;通过大体观察和HE染色评价肺组织损伤情况;基于液相色谱-串联质谱联用(liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)的蛋白组学技术对小鼠肺组织蛋白进行定量分析,筛选出差异表达蛋白,在此基础上利用生物信息学工具分析蛋白组学变化。结果肺爆震伤后,小鼠肺组织表面可观察到散在出血点,且随时间延长逐渐增多,24 h出血最为严重。HE染色可见爆震后12 h和24 h的肺泡正常组织结构消失,肺泡腔内弥漫性出血,大量炎细胞浸润,肺间质渗出液增多,肺泡壁增厚,肺泡腔萎陷融合。LC-MS/MS共鉴定到6 861个蛋白,定量到608个差异表达蛋白,其中在12、24、48、72 h及1周分别有227个、140个、202个、258个和71个差异蛋白。基因本体论(gene ontology, GO)分析得到包括细胞粘附、细胞外基质组织及胶原原纤维组织等130个生物进程子类,外泌体、细胞外基质及细胞质等66个细胞组分子类,以及细胞外基质结构组成、肌动蛋白结合及抗氧化活性等43个分子功能子类。KEGG分析共得到细胞外基质受体相互作用、黏着斑及PI3K-Akt信号通路等24个子类。结论小鼠肺爆震后早期不同时间点差异表达蛋白组合亦不同,损伤机制复杂,特别是12~24 h肺损伤最为严重,炎症反应显著。

  • 标签: 肺爆震伤 急性肺损伤 质谱 蛋白质组学 炎症反应
  • 简介:摘要目的建立燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个微小RNA(microRNA,miRNA)靶基因的蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,筛选具有重要作用的基因及基因模块。方法将本课题组前期筛选的燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个miRNA(hsa-miRNA-3131、hsa-miRNA-4516、hsa-miRNA-6501-5p、hsa-miRNA-10b-5p、hsa-miRNA-4683)的靶基因定位到STRING在线数据库(https://string-db.org),筛选PPI网络。使用Cytoscape v3.6.0软件对PPI网络可视化,通过NetworkAnalyzer插件得到拓扑属性值度和拓扑属性值介数,筛选PPI网络的中心节点(度和介数均最高的节点)。同时,采用CytoHubba插件中的最大团中心(MCC)分析方法来确定PPI网络中的重要节点。通过MCODE插件进行聚类分析,筛选PPI网络的基因模块。将基因模块所包含的蛋白名称在线提交KOBAS v3.0数据库(http://kobas.cbi.pku.edu.cn/),对MCODE插件筛选出的基因模块进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析。结果靶基因的PPI网络由1 035个节点和4 346个边组成。泛素蛋白A-52残基核糖体蛋白融合产物1(UBA52)的度(101)和介数(0.010 723 89)均最高,为PPI网络的中心节点。经MCC分析,UBA52为PPI网络中的重要节点。从PPI网络中选择排名前5的基因模块,5个基因模块的KEGG通路富集分析中高度富集的基因通路分别为泛素介导的蛋白水解、剪接体、内吞作用、神经活性配体-受体相互作用、囊泡转运。结论成功建立了燃煤污染型氟暴露人群血浆中差异表达的5个miRNA靶基因的PPI网络,筛选出UBA52基因和5个基因模块主要通路。

  • 标签: 微小RNA 蛋白质-蛋白质相互作用网络 KEGG
  • 简介:摘要病理性心脏重塑是多种心脏疾病的主要病理改变,表现为心肌肥厚和纤维化,并最终导致心力衰竭。心肌细胞作为一种终末分化细胞,增殖再生能力有限,因此蛋白稳态对于心肌细胞生存和功能极其重要。细胞蛋白稳态是指蛋白的合成与降解过程达到动态平衡,其主要受到包括分子伴侣、泛素蛋白酶体、细胞自噬等3种途径在内的蛋白质量控制系统的调节。近年的研究表明,心肌细胞蛋白稳态在心脏稳态维持中发挥重要作用,蛋白质量控制系统中任一环节出现异常均可能引起蛋白毒性,从而导致病理性心脏重塑。该文综述了蛋白稳态在心脏稳态维持中作用的新进展,并展望了通过调节蛋白稳态治疗心脏疾病的前景。

  • 标签: 心脏重塑 蛋白质稳态
  • 简介:摘要目的分析糖尿病性认知功能障碍(DACD)大鼠脑白质差异蛋白组学。方法20只SD大鼠分为对照组(10只)和2型糖尿病(T2DM)组(10只),对照组喂养标准饲料,T2DM组利用高脂高糖饮食联合腹腔注射链脲霉素建立T2DM模型。利用Morris水迷宫检测大鼠认知功能,使用弥散张量成像技术评价大鼠脑白质病变(WML)程度。通过蛋白非标记定量技术(Label-free)进行脑白质差异蛋白组学分析,对筛选出的差异蛋白进行生物信息学分析,最后选取一些差异蛋白进行Western blot验证。组间差异的比较采用独立样本t检验或Wilcoxon检验。结果共筛选到38种差异蛋白:24个蛋白表达上调(差异倍数>2.0且P<0.05),14个蛋白表达下调(差异倍数<-2.0且P<0.05)。差异蛋白主要分布在细胞膜、细胞质、外泌体等,主要参与神经系统发育、负向调控神经细胞的凋亡以及化学突触传递等生物学过程。差异蛋白主要富集在4个信号通路上,且以脑源性神经营养因子、一氧化氮合酶1、神经调节素(GAP43)、囊泡谷氨酸转运蛋白1(SLC17A7)、动力蛋白1、代谢型谷氨酸受体5和氨基酸转运蛋白蛋白为核心骨架,形成蛋白相互作用信息网络。结论差异蛋白同时参与认知功能障碍及WML相关的多条信号通路,GAP43和SLC17A7可能是WML发病机制的关键靶点。

  • 标签: 糖尿病,2型 认知功能障碍 脑白质 蛋白质组学 非标记定量
  • 作者: 薛敏 任新军 柯屹峰 刘巨平 范小娥 李筱荣
  • 学科: 医药卫生 >
  • 创建时间:2021-06-25
  • 出处:《中华实验眼科杂志》 2021年第06期
  • 机构:天津医科大学眼科医院 天津医科大学眼视光学院 天津医科大学眼科研究所 天津市视网膜功能与疾病重点实验室 天津市眼科学与视觉科学国际联合研究中心 300384 薛敏现在安徽省第二人民医院眼科,合肥 230041,天津医科大学眼科医院 天津医科大学眼视光学院 天津医科大学眼科研究所 天津市视网膜功能与疾病重点实验室 天津市眼科学与视觉科学国际联合研究中心 300384
  • 简介:摘要目的采用定量蛋白组学技术分析高度近视患者房水中的蛋白组谱。方法纳入2019年1—8月在天津医科大学眼科医院于白内障手术中用1 ml注射器采集伴或不伴高度近视的年龄相关性白内障患者房水标本各34例34眼(每例100 μl),分别作为高度近视白内障组和单纯白内障组。各组分别选取16例16眼房水标本,采用BCA法进行蛋白定量并比较,采用非标记液相色谱串联质谱分析得到2个组的差异表达蛋白。进一步将生物大数据用基因本体功能富集和京都基因与基因组百科全书通路富集分析差异表达蛋白的功能和信号转导通路。各组分别选取18例18眼房水标本采用酶联免疫吸附实验(ELISA)进行质谱检测结果的扩大样本量验证。结果高度近视白内障组房水标本平均蛋白量浓度为(1 134.91±104.78)ng/L,明显高于单纯白内障组的(706.71±85.43)ng/L,差异有统计学意义(t=11.977,P<0.01)。2个组患者房水标本中共鉴定出463个可定量蛋白,其中86个差异表达蛋白,包括49个表达上调蛋白和37个表达下调蛋白。这些差异表达蛋白的分类主要包括蛋白结合活性调节因子、细胞外基质蛋白、载体蛋白、细胞间信号分子、蛋白修饰酶等,分别占32.70%、14.50%、9.10%、9.10%和7.30%。生物信息学分析表明,86个差异表达蛋白主要富集在补体激活及其调节、急性炎症反应、细胞外基质组织重塑等生物学过程。其中21个差异表达蛋白富集于补体和凝血级联通路,15个差异表达蛋白富集于细胞外基质-受体相互作用通路,8个差异表达蛋白富集于PI3K-Akt信号通路。ELISA结果表明,随机选取的3个差异表达蛋白在2个组之间表达变化趋势均与非标记定量蛋白组学分析结果一致。结论高度近视白内障与单纯白内障之间房水蛋白表达谱有显著变化,高度近视与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。

  • 标签: 高度近视 非标记 蛋白质组学 房水 病理机制
  • 简介:摘要目的探讨蛋白摄入量对头颈肿瘤患者根治性放化疗期间黏膜损伤和营养状况的影响。方法选取2018年7月至2019年12月南京大学医学院附属鼓楼医院收治的72例头颈肿瘤患者的临床资料进行前瞻性研究。采用数字随机表法将患者分为2组,根据剔除标准,最终干预组纳入患者32例[男性27例、女性5例,年龄(51.67±12.92)岁]、对照组29例[男性23例、女性6例,年龄(56.03±8.26)岁]。干预组在常规膳食基础上接受在院蛋白补充方案[补充乳清蛋白粉50 g/d,使总蛋白摄入量达1.5~2.0 g/(kg·d)];对照组采用在院常规膳食方案[蛋白摄入量为1.0~1.2 g/(kg·d)]。所有患者均采用根治性同步放化疗方案。比较治疗前后2组患者的黏膜损伤程度、营养指标变化、治疗疗效和相关并发症。计数资料的比较采用四格表χ2检验;两样本均数的比较采用成组t检验。结果2组患者在年龄、身高、血压、心率(t=-1.59~1.26)、性别、学历和病种(鼻咽癌与其他疾病)(χ2=0.01~0.45)方面的差异均无统计学意义(均P>0.05)。在口腔黏膜损伤方面,干预组患者的损伤程度低于对照组[16%(5/32)对38%(11/29)],且差异有统计学意义(χ2=3.913,P=0.04);在营养指标方面,干预组与对照组比较,除了骨骼肌、体脂肪和血红蛋白外,干预组在体重[(-2.80±2.66) kg对(-4.85±2.35) kg,t=3.18,P<0.01]、体重指数[(-1.00±0.95) kg/m2对(-1.81±0.89) kg/m2,t=3.38,P<0.01]、握力[(5.59±4.20) kg对(2.59±5.32) kg,t=2.46,P=0.02]和血清白蛋白[(-1.40±3.37)g/L对(-3.07± 2.92) g/L,t=2.06,P=0.04]指标的维持上均优于对照组。2组在疗效评价、腹泻、便秘和发热指标上的差异均无统计学意义(χ2=0.24~1.30,均P>0.05)。结论在头颈肿瘤根治性放化疗中,补充蛋白有缓解患者放射性黏膜损伤程度的作用,在保持患者营养指标上也具有优势。

  • 标签: 头颈肿瘤 放射疗法 黏膜损伤 蛋白质 营养不良
  • 简介:摘要目的研究大鼠孕期慢性应激致子代学习记忆能力损伤相关的差异蛋白及信号通路,探讨可能的作用机制。方法于2019年7至10月,选择80~90日龄SPF级未曾受孕的雌性SD大鼠16只,体重(200±20)g;90~100日龄SPF级雄性SD大鼠12只,体重(220±20)g。适应性饲养1周后随机分组,雌鼠分为对照组和模型组(各8只);雄鼠分为对照交配组(8只)和模型交配组(4只),正常饲养。建立慢性不可预知温和应激(CUMS)模型,连续刺激21 d。应激前1天,第1、7、14、21天对雌鼠进行内眦静脉取血,测定皮质酮含量。利用Morris水迷宫实验检测子鼠的空间学习记忆能力,通过苏木素-伊红和尼氏染色观察子鼠海马组织形态学变化,采用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术对子鼠海马组织进行蛋白组学相关分析。结果与对照组比较,模型组雌鼠血浆皮质酮含量明显增高(F=7.717,P<0.05),模型建立成功。与对照子鼠组比较,模型子鼠组逃避潜伏期延长、游泳平均速度降低、跨越平台次数减少、目标象限游程缩短(P<0.05)。模型子鼠组海马组织结构中细胞形态不规则,神经元数量少,尼氏体分布不均匀、体积小、数量少。子鼠组共筛选出5 065个蛋白,差异蛋白共26个(P<0.05),其中上调和下调分别为19、7个。差异蛋白主要参与23种生物学过程、14种细胞组分和9种分子功能。京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析显示,共富集到57条通路,其中8条信号通路明显富集(P<0.05),可能参与子代学习记忆能力损伤的信号通路有5条,包括神经活性配体-受体相互作用、cGMP-PKG信号通路、黏附连接、FoxO信号通路和Notch信号通路,主要有酪氨酸蛋白激酶受体、α2A肾上腺素能受体、cGMP依赖性蛋白激酶等差异蛋白可能参与损伤过程。结论孕期慢性应激可能导致子代学习记忆能力损伤,蛋白组学方法所富集的信号通路和筛选的关键差异蛋白可能在损伤过程中起重要作用。

  • 标签: 大鼠 孕期 慢性应激 学习记忆能力 子代 同位素标记相对和绝对定量技术
  • 简介:摘要目的探讨维持性血液透析(MHD)患者发生蛋白能量消耗(PEW)的主要危险因素。方法将166例MHD患者按诊断标准分为PEW组及对照组。采集所有患者的一般临床资料、身体物理指标及理化分析结果,比较两组患者间各指标的差异。采用Logistic分析寻找MHD合并PEW的危险因素。结果PEW组和对照组的血压、蛋白摄入量、是否服用维生素,以及尿酸、肌酐、血钙水平方面的差异有统计学意义(均P<0.05)。多因素Logistic回归分析结果显示,血压、每日睡眠时间、是否服用维生素、BMI,以及肌酐、甲状旁腺素(PTH)是MHD合并PEW的危险因素。结论在临床中,应该更多地注重控制MHD患者的血压、改善其睡眠、补充维生素等。

  • 标签: 血液透析 蛋白质能量消耗 危险因素
  • 简介:摘要目的分析老年血液透析和腹膜透析患者的蛋白能量消耗(PEW)的危险因素,为预防该类患者PEW以及预后改善提供依据。方法根据国际肾脏营养与代谢学会关于PEW诊断标准共纳入上海市第八人民医院肾内科、复旦大学附属中山医院老年科、上海交通大学附属第六人民医院肾内科2016年5月至2020年6月行腹膜透析(PD)和血液透析(HD)治疗未发生PEW的老年患者112例为非PEW组,同期纳入114例发生PEW的患者归为PEW组;比较两组患者一般资料、生化指标、人体学测量、生物电阻抗等指标的差异,采用二分类Logistic回归分析老年HD和PD患者发生PEW的独立危险因素。结果PEW组与非PEW组比较,PEW组平均年龄更高(t=0.951、P<0.001),≥65岁者占比更高(χ2=17.161、P<0.001),体质指数更低(t=6.740、P<0.001),糖尿病肾病发生率更高(χ2=14.176、P<0.001),血液透析率更高(χ2=4.543、P=0.033),透析月龄更长(t=2.306、P=0.023),转铁蛋白、血清前白蛋白、血清总蛋白、血红蛋白水平、总胆固醇、体细胞质量指数更低(t=6.262、13.405、9.507、8.341、4.610、5.599、2.499,均P<0.05),高敏C反应蛋白水平、水分比更高(t=6.380、4.519,均P<0.001),上臂肌围更小(t=5.418、P=0.000)。二分类Logistic回归分析结果显示,≥65岁、透析龄、血清白蛋白、高敏C反应蛋白水平是HD治疗的老年患者PEW发生的独立影响因素(OR=2.762、0.182、2.694、2.980,P=0.023、0.007、0.009、0.027);≥65岁、体质指数、血红蛋白水平是PD治疗的老年患者发生PEW的独立影响因素(OR=2.452、0.671、0.962,P=0.013、0.000、0.000)。结论HD老年患者的PEW发生率较PD者低,临床应根据影响因素进行干预,预防PEW的发生。

  • 标签: 腹膜透析 血液透析 蛋白质能量消耗
  • 简介:摘要2020年1月30日,世界卫生组织宣布由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)导致的新型冠状病毒肺炎疫情成为国际关注的突发公共卫生事件。自2002年严重急性呼吸综合征冠状病毒和2012年中东呼吸综合征冠状病毒引起的肺炎大流行以来,SARS-CoV-2的出现并导致新型冠状病毒肺炎的暴发,标志着冠状病毒再次跨越物种屏障并导致在人类中大规模流行。目前对于SARS-CoV-2的防治主要借鉴于对冠状病毒的治疗经验,仅局限在对症支持治疗,并无针对性的有效治疗措施。本文从基因组、蛋白及疫苗方面综述了SARS-CoV-2的研究进展,为防治SARS-CoV-2提供新思路。

  • 标签: 基因组 疫苗 新型冠状病毒 蛋白质
  • 简介:摘要年龄相关性黄斑变性是老年人群中主要的不可逆致盲眼病,其主要致病因素包括年龄增长、遗传变异和生活方式等,但具体致病机制尚未完全阐明。蛋白组学技术作为近年来新兴的研究手段已经逐步应用于眼科领域。目前已经有大量研究对该疾病患者的血液、泪液、房水、玻璃体液、视网膜和脉络膜、玻璃疣以及视网膜色素上皮细胞标本进行了蛋白组学分析来筛选疾病的生物标志物并探究疾病相关机制。这些研究结果不仅能够帮助我们对疾病作出更加准确的诊断,还能在治疗靶点的选择以及预后判断中起到指导作用。

  • 标签: 蛋白质组学 年龄相关性黄斑变性 生物标志物
  • 简介:摘要目的探讨基于串联质谱标签(Tandem Mass Tags,TMT)的蛋白组学技术鉴定和分析先天性胫骨假关节(congenital pseudarthrosis of the tibia,CPT)病变骨膜组织中的差异表达蛋白。方法取CPT伴神经纤维瘤病1型(neurofibromatosis type 1,NF1)患者(NF1-CPT组)、CPT不伴NF1患者(非NF1-CPT组)和开放性胫骨骨折患者(对照组)的胫骨骨膜标本。采用基于TMT的蛋白组学技术,对各组胫骨病变骨膜组织中差异表达的蛋白进行鉴定和分析。设定倍数变化≥1.5或≤0.66且P值<0.05作为筛选差异表达蛋白的阈值。以在线工具DAVID和STRING生物信息学资源用于生成差异蛋白的GO注释、KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集和蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)。结果NF1-CPT组中有347种差异表达的蛋白,其中212种上调、135种下调;非NF1-CPT组中有467种差异蛋白,其中281种上调、186种下调。NF1-CPT组与非NF1-CPT组共有差异蛋白231种,除HLA-DRB1(在NF1-CPT组中上调而在非NF1-CPT组中下调)外,其余230种差异蛋白在两组中表达趋势相同(上调117种、下调113种)。有116种蛋白仅在NF1-CPT组中发生改变(上调94种、下调22种),236种蛋白仅在非NF1-CPT组中改变(上调164种、下调72种)。与非NF1-CPT相比,NF1-CPT组的47种蛋白变化1.5倍(P<0.05)。结论CPT病变骨膜组织与正常胫骨骨膜组织蛋白表达存在差异,NF1-CPT与非NF1-CPT的病变骨膜蛋白表达也存在差异,有助于对CPT发病机制的理解。

  • 标签: 胫骨 假关节 骨膜 质谱分析法
  • 简介:摘要目的应用血浆蛋白组学方法建立诊断模型,探索诊断和识别肾移植临床几乎耐受的新方法。方法收集2011年11月至2012年11月来自华中科技大学同济医学院附属同济医院等多家医疗机构的43例受试者血浆样本。分为临床几乎耐受组(18例)、排斥反应组(12例)以及健康对照组(13例)。应用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术对血浆样本进行蛋白组学分析。使用Biomarker Wizard及Biomarker Patterns软件筛选差异质谱峰,建立诊断模型。通过检索SWISS-PROT及TrEMBL数据库,对模型节点质谱峰进行鉴定。结果获得差异蛋白谱峰21个(P<0.05)。建立由M2 565.15、M1 966.28、M6 674.78、M1 103.27,M1 716.69、M1 966.28五个质谱峰构成的诊断模型。模型诊断临床几乎耐受的敏感性为83.3%、特异性为92.0%、ROC曲线下面积为0.951。模型节点质谱峰的生物信息学鉴定结果为:B型利钠肽(ANFB)、黑色素浓集激素(MCH)、三叶因子1(TFF1)、强啡肽原(PDYN)、蛋白酶体激活亚3(PSME3)。结论通过血浆蛋白组学方法建立诊断模型能够有效识别肾移植临床几乎耐受者。

  • 标签: 肾移植 免疫耐受 蛋白质组学
  • 简介:摘要单细胞蛋白组学分析能够对细胞异质性进行深层次研究,进一步推动精准医疗和肿瘤研究等领域发展。近年来,基于质谱的蛋白组学取得重大进展,然而在单细胞水平进行蛋白组学分析仍然面临着灵敏度挑战。目前液相色谱-串联质谱已成为蛋白组学主要分析方法,由于其具有高灵敏度,高通量,高稳定性等特点,在单细胞领域得以广泛推广。近几年具有代表性的单细胞蛋白组学方法,根据样品处理方式的不同,可以分为单管技术、微流控平台、集合处理平台三类。不同的数据采集和分析方法各有优劣。单细胞蛋白组学目前还停留在实验室研究,若能早日在临床应用,必将推动精准医疗和肿瘤学研究进步发展。

  • 标签: 液相色谱-串联质谱 单细胞 蛋白质组学 样品制备 微流控
  • 简介:摘要目的评价围术期认知功能紊乱(PND)小鼠海马蛋白组学的变化及生物信息学分析。方法清洁级健康雄性C57BL/6小鼠,15月龄,体重30~35 g,采用随机数字表法分为2组(n=9):对照组(C组)和PND组。采用异氟烷麻醉下行胫骨骨折切开复位内固定术构建PND模型。分别于术前1 d和术后1、3、7 d时行Morris水迷宫实验、旷场实验和条件恐惧实验。分别于术后1、3和7 d时,P组处死每次认知功能测试最差的3只小鼠、C组随机处死3只小鼠,取海马组织,采用高效液相色谱-质谱法筛选差异表达蛋白,并对差异表达蛋白进行Gene Ontology生物学过程富集分析(GO分析)和KEGG通路富集分析(KEGG分析)。结果与C组相比,P组术后各时点逃避潜伏期延长,靶象限停留时间百分比降低,场景恐惧记忆实验僵直时间百分降低(P<0.05)。采用高效液相色谱-质谱法筛选出21个差异表达的蛋白,其中有12个蛋白表达上调,有9个蛋白表达下调。GO分析结果表明,差异表达蛋白参与了代谢、信号传递、生物过程的调节等过程,构成了细胞器、突触等结构,并与结合、运输等分子功能有关。KEGG分析结果表明,MAPK信号通路、ErBb信号通路、AMPK信号通路、SNARE蛋白囊泡运输等存在差异。结论PND小鼠海马存在21个差异表达的蛋白,这些蛋白参与了神经炎症反应、突触结构异常、线粒体功能异常、自噬能力下降等可能与PND有关的病理过程。

  • 标签: 认知障碍 蛋白质组学 海马
  • 简介:摘要目的探讨慢病毒介导色素上皮衍生因子(PEDF)基因修饰后人脐带间充质干细胞(hUCMSCs)的蛋白组学变化。方法将hUCMSCs分为基因修饰组和对照组,基因修饰组采用慢病毒介导PEDF基因修饰hUCMSCs,对照组为正常hUCMSCs,提取各组细胞蛋白;采用FASP酶切法制备蛋白样本,进行液相-质谱联用仪检测,采用SWATH模式采集数据。根据蛋白检测结果,进行差异蛋白分析及相应蛋白基因本体论(GO)分析和Reactome信号通路显著性富集分析。结果共鉴定出5 361个可定量蛋白,与对照组相比,实验组慢病毒介导的PEDF基因修饰后差异表达倍数>1.5且P<0.05的蛋白共432个,其中上调蛋白219个,包括丝氨酸蛋白酶抑制剂家族F成员1(SERPINF1)(PEDF)、DEAD-box家族螺旋酶59(DDX59)、血小板反应蛋白1(THBS1)等;下调蛋白213个,包括Ⅰ型胶原蛋白α1链(COL1A1)、COL18A1等。GO分析结果显示,差异蛋白主要参与纤维蛋白溶解、细胞外结构构建、转运蛋白活性调节、仲醇及胆固醇生物合成、辅酶代谢、肽酶活性调节等多种生物学进程;Reactome信号通路显著性富集分析表明,差异蛋白主要涉及胰岛素样生长因子结合蛋白调节的胰岛素样生长因子的运输和摄取、蛋白翻译后修饰磷酸化、细胞外基质构成、糖皮质激素代谢等信号通路。结论慢病毒介导PEDF基因修饰的hUCMSCs可通过调节多种蛋白的表达水平,改变细胞外基质结构,调节与细胞增生、自我更新和多能性相关的蛋白表达水平。

  • 标签: 色素上皮衍生因子 脐带 间充质干细胞 蛋白质组学 新生血管性眼病 治疗
  • 简介:摘要目的筛选慢性乙型肝炎患者经异甘草酸镁(MgIG)治疗前后血浆外泌体的差异蛋白组。方法分别采集36例MgIG治疗慢性乙型肝炎患者前后的血浆标本(2 ml/例),利用超速离心方法提取血浆外泌体,利用Nanosight NS300颗粒粒度分析仪检测外泌体颗粒的浓度和内径。随机各抽取3例MgIG治疗前后组的血浆外泌体,裂解后提取蛋白,利用胰蛋白酶消化后,用液相色谱串联质谱技术进行label-free差异蛋白组学分析,筛选出变化倍数1.5倍以上的差异蛋白。利用酶联免疫吸附测定技术对感兴趣差异蛋白的表达量进行验证(n = 30)。计量资料的比较采用配对样本均数的t检验。结果提取的外泌体平均颗粒浓度为2.2×109个/ml,平均粒径为(107±52)nm,与理论血浆外泌体大小值相符,证明成功提取了血浆外泌体。蛋白组学结果显示,MgIG治疗慢性乙型肝炎患者前后相比较,共筛选出153个差异蛋白,包括85个上调蛋白和68个下调蛋白。酶联免疫吸附实验结果显示,慢性乙型肝炎患者MgIG治疗后组和治疗前组相比较,血浆外泌体中肝细胞生长因子激活剂和肝细胞生长因子样蛋白浓度差异有统计学意义(P < 0.05)。肝细胞生长因子激活剂在MgIG治疗前组血浆外泌体中浓度为(45.9±9.4)μg/ml,在MgIG治疗后组为(13.9±2.0)μg/ml。肝细胞生长因子样蛋白在MgIG治疗前组血浆外泌体中浓度为(23.4±4.9)μg/ml,在MgIG治疗后组为(13.8±2.2)μg/ml。酶联免疫吸附实验结果均与蛋白组学结果一致。结论本研究成功筛选出MgIG治疗慢性乙型肝炎患者前后血浆外泌体差异蛋白组,为研究MgIG治疗慢性乙型肝炎的分子机制提供实验依据。

  • 标签: 慢性乙型肝炎 血浆 外泌体 蛋白质组学 异甘草酸镁
  • 简介:摘要目的探讨蛋白精氨酸甲基转移酶5(PRMT5)和细胞分裂周期蛋白42(Cdc42)在胃癌组织表达及临床意义。方法收集2014年6月至2020年8月山西医科大学第二医院病理学确诊的84例胃癌组织和对应癌旁组织,应用免疫组织化学方法检测PRMT5蛋白和Cdc42在标本中表达,结合临床资料采用χ2检验。结果PRMT5蛋白在胃癌组织中的表达率为73.81%(62/84),明显高于癌旁组织表达率[25.00%(21/84)],两者差异有统计学意义(χ2=40.030,P<0.01);Cdc42蛋白在胃癌组织中的表达率为80.95%(68/84),明显高于癌旁组织表达率[29.76%(25/84)],两者差异有统计学意义(χ2=44.535,P<0.01)。PRMT5表达水平与胃癌TNM分期、淋巴结转移呈明显相关(分别为χ2=6.149、5.497,P<0.05),Cdc42表达水平与胃癌TNM分期、淋巴结转移、组织学分化程度明显相关(分别为χ2=6.421、5.132、4.271,P<0.05)。结论胃癌组织中PRMT5蛋白和Cdc42蛋白表达上调,PRMT5和Cdc42有助于预测胃癌患者病情和预后。

  • 标签: 胃癌 免疫组织化学方法