简介：摘要人类行为和疾病症状的多样性与人脑结构与功能的个体差异有关，但个体差异的形成机制尚不清楚。本文提出了一个新的研究方向——脑影像暴露基因组学（NIMEG），系统介绍了NIMEG的概念与内涵、研究内容与方法、面临机遇与挑战及研究科学与临床意义。NIMEG研究将有助于认识人类行为个体差异的形成原因及神经精神疾病的发病机制，进而促进神经精神疾病的预防、诊断及治疗。

简介：摘要影像基因组学通过建立基因与非侵入性成像特征之间的联系，对基因的表达进行无创、实时及连续的监测，从而通过影像学检查对疾病的诊断、分级、治疗以及预后进行分子层面的预测、分析，实现精准医疗。近年来，越来越多的学者开始关注影像基因组学，并在不同的领域开展研究，取得了一定的进展。本文阐述了基于影像基因组学在胶质瘤、肺癌、乳腺癌、结直肠癌、肾癌、前列腺癌诊断、预后预测等方面的最新进展和潜力。

简介：摘要药物基因组学研究旨在探究遗传变异与药物的疗效和不良反应之间的关联，对样本量有很高的要求。为有效进行Meta分析以探究药物遗传关联，亟需提高药物基因组学研究报告质量。2020年制定的加强药物基因组学研究报告规范（Strengthening the Reporting of Pharmacogenetic Studies，STROPS）在STREGA规范（Strengthening the Reporting of Genetic Association Studies）的基础上进行补充和修改，为药物基因组学研究报告提供专门的指导。本文将重点介绍STROPS并对部分条目进行解读，同时给出实例以便理解和应用。

简介：摘要共病问题不可避免地导致老年患者用药数量和不良反应事件增加，因此，在老年人群中实施精准用药迫在眉睫。药物基因检测能够为老年患者增加个体化用药选择的机会，降低药物不良反应的发生风险，降低用药成本效益比，提高用药依从性，降低再入院率。因此，有必要在共病和多重用药的老年患者中推广应用药物基因检测，为老年人个体化用药问题提供解决方案。

简介：

简介：摘要帕金森病是一种常见的神经系统退行性疾病，药物治疗是帕金森病最主要的治疗手段。左旋多巴是治疗帕金森病的标准疗法，是帕金森病药物治疗中最有效的对症治疗药物。帕金森病患者的临床特征、病程以及药物治疗反应存在显著的个体化差异，不仅与疾病的进程和环境因素相关，遗传因素也发挥了相当大的作用。药物基因组学是根据患者的遗传学基础或其他分子机制的诊断来预测患者对药物治疗的反应，从而给患者提供最佳的治疗方案，包括给药时间、给药剂量以及药物选择。药物基因组学解释了药物药代动力学和药效学中60%~90%的变异性。药物基因组学的主要决定因素包括致病基因、机制基因、代谢基因、转运体基因和基因多效性。文中将总结多巴胺信号通路编码基因多态性对药物反应的影响及遗传多态性对多巴胺能药物治疗相关的并发症和预后的影响。

简介：摘要结直肠癌（colorectal cancer, CRC）是最常见的消化道肿瘤之一，肝脏是晚期CRC最常见的转移部位，结直肠癌肝转移（colorectal liver metastasis, CRLM）是影响患者长期预后的主要不利因素。研究表明，CRLM通常与基因突变状态密切相关。传统影像学方法在CRLM基因突变状态的预测、诊疗及预后等方面仍然具有一定的局限性。近年来，影像基因组学在预测CRLM的基因突变状态，进而指导CRLM治疗决策制订、提高远期预后及总体生存率、预测治疗敏感性等方面已经展示出极大的潜力及广阔的应用前景。

简介：摘要近年来，我国结直肠癌发病率和死亡率逐年上升，结直肠癌的早期筛查与早诊早治是遏制该趋势的有效措施。目前普遍应用的结直肠癌筛查手段还存在一定的局限性。肠道微生态在结直肠癌的发生发展中发挥重要的作用，通过粪便检测基于宏基因组学的微生物标志物有望成为结直肠癌早期筛查的新型无创检测手段。本文综述了粪便宏基因组学在结直肠癌早期筛查中多种微生物标志物的研究进展及其应用前景。

简介：摘要基因组拷贝数变异(copy number variants，CNVs)是人类遗传病的重要致病原因，也是儿科神经发育障碍和多种先天性畸形、产前胎儿超声异常等疾病的必检项目。尽管CNVs的检测技术日趋成熟，但其临床意义的解读却仍不够规范。2020年，美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics，ACMG)和临床基因组资源中心(Clinical Genome Resource，ClinGen)基于循证原则，采用定量计分，就结构性(constitutional)基因组CNVs的致病性评估和临床报告制定了推荐指南。本文对该指南中涉及拷贝数增加的分析要点进行了详细的解读，并利用6个不同类型的案例来展示如何正确使用打分系统，以鼓励临床诊断实验室根据这一专业标准对检测出的基因组变异开展解读、报告，以期提升遗传诊断报告中拷贝数增加临床评估的正确性和一致性。

简介：摘要目的探讨通过宏基因组学二代测序诊断的鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床特征及治疗策略。方法选择2020年1月至2021年12月由惠州市中心人民医院和惠州市第一人民医院收治的26例鹦鹉热衣原体肺炎患者，收集其临床资料，包括一般情况、临床表现、实验室检查、胸部计算机断层成像、宏基因组学二代测序结果、治疗用药及预后等。结果26例患者中，20例(76.9%)有鸟或家禽接触史，发病季节以冬季[57.7%(15/26)]最多见。26例患者均出现高热、畏寒、纳差、乏力和咳嗽，21例(80.8%)出现呼吸困难，19例(73.1%)有相对缓脉，12例(46.2%)出现头痛、肌肉酸痛，7例(26.9%)有意识障碍。26例患者中，白细胞计数正常17例(65.4%)，淋巴细胞计数减少21例(80.8%)。26例患者超敏C反应蛋白、降钙素原均有升高，D-二聚体升高24例(92.3%)，天冬氨酸转氨酶升高18例(69.2%)，丙氨酸转氨酶升高15例(57.7%)。胸部计算机断层成像检查以肺实变为主要表现，20例(76.9%)为多肺叶病变，18例(69.2%)病灶主要位于肺下叶。26例患者的宏基因组学二代测序检测结果中，9例(34.6%)只检出鹦鹉热衣原体，余17例(65.4%)除检出鹦鹉热衣原体外，还检出了其他病原微生物。经过针对性抗感染治疗后，除2例因多脏器功能衰竭死亡外，其余24例均好转。结论鹦鹉热衣原体肺炎常见表现为高热、呼吸困难、相对缓脉，白细胞计数多正常，肺部影像学表现为肺实变，宏基因组学二代测序有助于疾病早期诊断，经过及时、有效的治疗后患者预后良好。

简介：摘要目的分析心房颤动（房颤）患者肠道菌群脂多糖合成功能的变化特点及其可能的作用。方法本研究为前瞻性、横断面研究。选取2016年3月至2018年12月在首都医科大学附属北京朝阳医院住院的非瓣膜性房颤患者作为房颤组，并选取同期遗传背景匹配的体检者作为对照。收集所有研究对象的临床基线资料及粪便样本，提取肠道细菌DNA，采用Illumina novaseq进行宏基因组学测序。基于宏基因组学测序数据，分析脂多糖合成过程中的同源基因簇（KEGG orthology，KO）、合成酶的编码基因及含有这些酶基因的细菌的丰度。基于LASSO分析，筛选与房颤相关的参与脂多糖合成的关键因子，并采用受试者工作特征（ROC）曲线分析、中介分析和logistic回归分析评价其在房颤发病中可能的作用。结果房颤组50例，年龄66.0（57.0，71.3）岁，男性32例（64%）。对照组50名，年龄55.0（50.5，57.5）岁，男性41例（82%）。有20个参与脂多糖合成的KO、7个脂多糖合成酶的编码基因和89个同时可编码9个脂多糖合成酶的肠道细菌在对照组与房颤组间存在差异。LASSO回归分析显示，有5个KO、3个酶基因及9个种层级物种被筛选为关键因子，其中富集在房颤组的因子包括：2个KO（K02851和K00972），3个酶基因（LpxH、LpxC和LpxK），7个种层级物种（Intestinibacterbartlettii、Ruminococcussp. JC304、Coprococcuscatus、unculturedEubacteriumsp.、Eubacteriumsp. CAG：251、Anaerostipeshadrus、Dorealongicatena）。基于上述关键因子构建回归模型，ROC曲线分析示：KO、酶基因、物种分值识别房颤的曲线下面积（AUC）和95%CI分别为0.957（0.918~0.995）、0.940（0.889~0.991）和0.972（0.948~0.997）。中介分析的结果显示，参与脂多糖合成的肠道细菌的变化可影响房颤发病，其中有35.17%是通过富集相应的KO所介导。多因素logistic回归分析结果显示，KO分值绝对值增大，房颤的发生风险增加（OR值<0.001，95%CI：<0.001~0.021，P<0.001）。结论房颤患者肠道内富集了参与脂多糖合成的细菌，其通过编码脂多糖合成酶基因，使得房颤患者脂多糖合成功能有所上调。

简介：摘要本文报道1例44岁男性患者，主因不明原因高热、头痛就诊，影像学提示右肺上叶感染，支气管肺泡灌洗液的宏基因组学下一代测序提示惠普尔养障体感染，既往有葡萄膜炎、慢性腹泻、体质量减轻、多关节痛病史，诊断惠普尔病。院内及出院后序贯抗感染治疗3月余，临床症状明显改善，继续治疗中。惠普尔养障体属于放线菌纲、放线菌目、纤维素单胞菌科，革兰阳性，可引起慢性多器官感染，肺部受累少见。该病发病率低，临床表现多样且缺乏特异性，不易早期诊断，误诊及漏诊后致死率高。支气管肺泡灌洗液的宏基因组学下一代测序有助于提高肺部感染为主的惠普尔病的诊断率。

简介：摘要流行性斑疹伤寒是由普氏立克次体引起的急性传染病。该病发作突然，临床表现不典型，易漏诊、误诊，病死率高。本研究报道1例以高热、头痛、乏力起病的患者，经验性抗感染治疗无效后，经血清学和宏基因组学第二代测序确诊为普氏立克次体感染，单用多西环素治疗后病情好转。

简介：摘要基因组流行病学研究为病原真菌的遗传进化、传播和表型研究提供了新的视角，其核心技术是全基因组测序技术和生物信息学分析，极大地弥补了传统分子分型技术的不足。通过将病原真菌的全部遗传信息和流行病学调查相结合，能够预测病原真菌的传播途径和传播风险，为制定真菌防控的公共卫生策略提供理论基础。本文将对分子流行病学、基因组流行病学的发展以及基因组流行病学在病原真菌的遗传关系、溯源及进化、耐药性以及毒力、全基因组关联分析等方面的应用进行综述，并对病原真菌基因组流行病学未来发展做出展望。

简介：摘要目的观察髓质海绵肾(MSK)患者基因特点，探讨遗传因素在MSK发生中的作用。方法采用全基因组测序，对7例髓质海绵肾结石患者进行基因检测，并与正常人基因组进行差异分析，基因型频率差异倍数在10倍以上，认为在患者和对照之间差异有统计学意义，可能与疾病发生明显相关。通过基因本体(GO)分析出其与髓质海绵肾发生存在的关系，筛选出在中国人群中该疾病发生相关的因素，为进一步的筛查诊断及治疗提供依据。结果髓质海绵肾患者存在两类出现频率较高的基因，分子功能方面(GO：0005488 Gene 1003，GO：0003674 Gene 1138，GO：0005515 Gene 795，GO：0005509 Gene 86，GO：0043167 Gene 470)，生物过程方面(GO：0007275 Gene 440，GO：0048856 Gene 463，GO：0032502 Gene 487，GO：0009653 Gene 232，GO：0032501 Gene 566)，可能导致髓质海绵肾的易感性。结论MSK患者存在基因水平的结石易感性。

简介：摘要《“健康中国2030”规划纲要》强调积极推动主动健康以应对人口老龄化挑战，对个体与群体层面的抗衰老预防控制策略提出更高要求。衰老受遗传因素和环境暴露的共同影响。近20年来，随着高通量遗传检测技术和相关算法的发展，以及高质量大规模人群基因组研究的开展，极大促进了对衰老遗传学的研究。本文旨在对衰老相关的全基因组关联研究展开概述。

简介：摘要A族链球菌(group A Streptococcus, GAS)是世界十大人类感染性疾病的病原体之一。近些年，GAS所引起的猩红热在全球出现"再现"现象。随着基因测序技术的快速发展，在全球范围内，基因组技术已逐渐被应用于疾病监测和暴发调查之中。本研究在大量GAS分子流行病学文献的基础上，借助解决GAS种群基因组学问题的全球框架，以加深对GAS全球基因组关系、疾病关联和进化流行特点等的理解。

简介：摘要目的分离提纯1株新型耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的噬菌体，并对其基因组学信息和生物学特性进行分析。方法采用实验研究方法。取分离自陆军军医大学（第三军医大学）第二附属医院收治的1例胸骨正中切口感染的63岁女性患者创面的MRSA（下称宿主菌）液，采用污水共培养法和双层琼脂平板法从该院污水中分离提纯得到噬菌体，并命名为噬菌体SAP23，观察噬菌斑形态。采用磷钨酸负染法将噬菌体SAP23染色，采用透射电子显微镜观察其形态。采用十二烷基磺酸钠/蛋白酶裂解方案制备噬菌体SAP23 DNA，在Illumina NovaSeq PE150平台下进行全基因组测序，并完成序列组装、注释、系统发生树等基因组学分析。将噬菌体SAP23液分别按10.000 0、1.000 0、0.100 0、0.010 0、0.001 0、0.000 1感染复数与宿主菌液共培养4 h后，采用点滴法测定噬菌体效价，筛选最佳感染复数，此处及以下样本数均为3。按测得的最佳感染复数取噬菌体SAP23液与宿主菌液分别共同孵育5、10、15 min后，同前测定噬菌体效价，筛选最佳吸附时间。按测得的最佳感染复数取噬菌体SAP23液与宿主菌液按最佳吸附时间孵育后，分别于培养0（即刻）、5、10、15、20、30、40、50、60、80、100、120 min，同前测定噬菌体效价，绘制一步生长曲线。取噬菌体SAP23液分别在温度为4、37、50、60、70、80 ℃下，在pH值为2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12下孵育1 h，测定稳定性。取陆军军医大学（第三军医大学）微生物教研室储存的41株MRSA，完成噬菌体SAP23的宿主谱范围检测。结果噬菌体SAP23能在宿主菌双层琼脂板上形成透明噬菌斑。噬菌体SAP23头部是直径为（88±4）nm的多面体，其尾部长度为（279±21）nm、宽度为（22.6±2.6）nm。噬菌体SAP23基因组为全长151 618 bp的线状双链DNA，序列两端有11 681 bp的长末端重复序列，预测出220个开放阅读框，噬菌体可编码4个转运RNA，未预测出毒力因子或抗性基因，注释功能的噬菌体SAP23基因可分为5个组，GenBank登录号为MZ427930，噬菌体SAP23全基因组序列与共线性分析中的6个葡萄球菌噬菌体全基因组序列有5个局部共线区域，但在局部共线区域内部或外部存在差异。噬菌体SAP23属于Herelleviridae科Twortvirinae亚科Kayvirus病毒属。噬菌体SAP23的最佳感染复数为0.010 0，最佳吸附时间为10 min，潜伏期约为20 min，裂解期约为80 min；在4~37 ℃温度条件及pH值为4~9的条件中，稳定性较好。噬菌体SAP23可裂解41株MRSA中的3株。结论噬菌体SAP23为Herelleviridae科Twortvirinae亚科Kayvirus病毒属成员，潜伏期短，其对温度和酸碱耐受性好，可有效裂解MRSA，为不含毒力因子和抗性基因的新型烈性窄谱噬菌体。

简介：摘要宏基因组学利用新一代高通量测序技术，以特定环境下病原体基因组为研究对象，在分析病原体多样性、种群结构、进化关系的基础上，进一步探究病原体的群体功能活性、相互作用及其与环境之间的关系，发掘潜在的生物学意义。目前，绝大部分的宏基因组学研究都集中在临床价值评价，宏基因组检测临床应用前分析性能确认的研究相对空白，北京协和医院检验科研究团队结合多年病原宏基因组检测的经验和国内外相关研究成果，就病原宏基因组项目医院本地化开展前的性能确认工作，从临床预期用途、方法学建立、性能确认、标准操作作业书4个方面提出了具体的实施方案，具体包含：标本类型和病原体范围、生物信息流程建立、生物信息分析参考盘制备和评估、湿实验流程的建立、背景核酸数据模型的建立、参考盘制备和全流程的性能确认等。

简介：摘要肝细胞癌是国内常见的恶性肿瘤，其全球发病率持续上升且死亡率高。肝脏基因组的畸变会导致细胞恶性转化以及肝细胞癌的发生，这也是潜在的治疗靶点。肝细胞癌微环境中不同免疫细胞的成分如肿瘤相关巨噬细胞、中性粒细胞可以促进肿瘤进展，细胞毒性T淋巴细胞可破坏肿瘤细胞。细胞中不同的特征基因表型可以促进或抑制免疫耐受，这能够解释肝细胞癌患者对免疫治疗敏感或耐药的潜在原因，为探索新的免疫治疗靶点提供参考。进一步加深对肝细胞癌中基因组与转录组特征的认知以及认识其与免疫治疗的相关性，可为临床诊治提供新思路。