简介:摘要近期上海交通大学科研人员成功构建人类泛基因组分析流程的报道受到学术界广泛关注,英文论著原文发表在国际基因组学研究权威刊物《Genome Biology》(基因组生物学)上。不少学者都想了解这是一项什么新技术,特别是从事基础医学研究的科研人员更想了解这项新技术会对人类疾病研究带来什么影响。为了使生物医学领域研究人员对HUPAN开发的生物学意义有更多的了解,作者从泛基因组学分析流程的构建过程、泛基因组学研究需要的硬件条件、已经公布的人类基因组参考序列与泛基因组理念的差别、泛基因组研究将会对人类疾病研究产生的影响等多角度进行述评。
简介:摘要慢性肾脏病(CKD)是主要公共问题之一,肾功能是评估CKD严重程度指标之一。肾功能与遗传因素相关,基因组学特别是全基因组关联性研究(GWAS)为研究复杂疾病的遗传背景提供了有力手段。自2009年以来,针对肾功能的GWAS不断涌现,队列规模从上万人到上百万人,已经识别数百个相关基因位点,精细定位、组织定位和功能注释等分析方法筛选出可能的相关基因,同时全表型组关联研究、遗传风险评分等则为基因型与表型的关联提供线索,孟德尔随机化等新的手段从基因层面找出肾功能与其他表型之间的因果关系,进一步的功能研究为全面认识肾功能的生理病理机制研究提供众多线索。本文通过对基因组学在肾功能中的研究进行综述,为保护肾功能的治疗新靶点提供理论参考。
简介:摘要目的评估低深度全基因组拷贝数变异测序技术(copy number variation sequencing,CNV-seq)在不明原因智力低下/发育迟缓(mental retardation/developmental delay, MR/DD)患者遗传病因中的诊断作用。方法选择2017年11月至2018年12月在郑州大学第一附属医院遗传与产前诊断中心就诊的145例MR/DD患者作为研究对象,采集外周血样本进行全基因组测序,联合生物信息学手段分析MR/DD患者所携带的拷贝数变异(copy number variations,CNVs)相关信息。结果145例MR/DD患者中检出49例有基因组CNVs,共发现67个CNVs,CNVs平均长度为5.27 Mb。通过评估,22例患者携带与MR/DD相关的CNVs,涉及21种综合征,涵盖174个智力低下相关基因,分布于10条染色体的18个不同区段。CNV-seq在不明原因MR/DD患者中发现携带与疾病相关的CNVs的诊断率为15.17%(22/145例)。结论基因组CNVs相关的微缺失/重复是不明原因MR/DD患者的遗传学病因之一,全基因组CNV-seq技术可为MR/DD患者提供准确的遗传学病因的诊断。
简介:摘要冠状病毒基因组资源库(Coronavirus Tracing,CoVTrac)是通过2019新型冠状病毒信息库(2019 novel coronavirus resource, 2019nCoVR)、全球流行性感冒病毒数据库(Global Initiative on Sharing All Influenza Data, GISAID)和美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)等多个数据平台及自测方式收集冠状病毒基因组序列(包括2019新型冠状病毒),利用Java、Spring、Angular和MySQL等技术搭建的在线数据平台。CoVTrac数据库整合了包含α、β、γ、δ 4个冠状病毒属共456条基因组序列,实现了数据提交、数据展示、进化溯源分析、基因功能注释和辅助分子实验设计等功能。CoVTrac数据平台可为包括新型冠状病毒在内的冠状病毒基因组的科学研究、流行病学调查和快速检测、药物研发等行业应用提供支持。
简介:摘要目的分析四川南充和新疆和田甲型肝炎病毒(hepatitis A virus, HAV)分离株全基因组序列特征。方法收集2006年四川南充同1起暴发的3份和2016年新疆和田6份急性期甲肝患者血清标本,通过核酸提取、逆转录、分段巢式PCR、测序和序列拼接获得9条HAV全基因组序列。利用生物信息学软件进行系统进化、抗原中和位点、重组和选择压力分析。结果VP1-2A连接区基因分型表明9条HAV序列都属于IA亚型,分为4个不同的分支,其中3条南充序列和3条和田序列属于同一分支;全基因组序列表明,3条南充序列核苷酸和氨基酸同源性分别为99.99%~100%和100%,与3条和田序列全基因组核苷酸和氨基酸差异分别为0.50%~0.57%和0.08%~0.17%。9条HAV全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为98.29%~100%和99.62%~100%,与我国hd9和蒙古MNA12-001关系最近(核苷酸和氨基酸同源性分别为:与hd9 98.60%~99.50%和99.75%~99.92%;与MNA12-001 98.45%~99.32%和99.71%~99.87%)。9条HAV序列在已发表的抗原中和位点处未发生改变,未发现重组,选择压力分析表明处于负向选择。结论我国存在多株HAV流行株;9条HAV氨基酸序列在主要抗原中和位点处很保守。
简介:摘要目的用单基因组测序技术分析HIV-1感染者体内基因型耐药动态变化,了解耐药相关突变发生特征。方法对4例抗逆转录病毒治疗失败病例及其基线冻存血浆样本进行标准基因型耐药检测和共享测序。采用倍比稀释法进行pol基因片段单基因组扩增和测序(SGS),分析准种变异和耐药动态变化特征。获得的基因序列用斯坦福大学HIV耐药数据库判断基因型耐药及耐药程度解析。结果NA2302-00病例存在传播性耐药突变(TDR,M184//G190A突变型),在治疗5个月后突变位点增多并导致治疗失败。3例未检测到TDR,但是CD4细胞计数均低于200个/μl,在治疗4~6个月后出现获得性耐药和治疗失败。所有病例均对所服用的拉米夫定和依非韦伦药物存在高度耐受,2例对替诺福韦高度耐受。从4个病例的治疗基线和失败两个采样时间点血浆样本中共获得291条pol基因SGS序列。2个无TDR的病例基线样本SGS序列存在劣势耐药相关突变(2.4%~2.9%),但这些突变在随访样本中未检测到。NA2302-00的27条SGS序列均检测到该TDR突变型。治疗失败样本SGS序列表现出复杂的准种变异,进化为不同耐药突变型。2个病例的治疗失败样本SGS序列突变型为1~2个,另2个病例分别有4和13个突变型,>20%优势毒株突变型各2个。4个病例在更换蛋白酶抑制剂为主的二线药物后,维持较好的病毒抑制效果。结论单基因组测序可以揭示感染者体内毒株准种变异和耐药发生特征。在药物选择压力下,感染者体内病毒发生适应性进化,产生复杂的耐药相关突变模式,尤其需要加强艾滋病期感染者治疗第一年的随访和监测。
简介:摘要目的通过病毒宏基因组学方法分析我国北京市销售的海产品贝类所携带的病毒谱情况。方法收集北京市销售的330份贝类样本,经过蛋白酶K结合PEG沉淀处理贝类消化腺和肠道后,利用高通量测序和病毒宏基因组进行分析。结果本研究通过高通量测序后共获得了4 594 270条被注释病毒的基因序列,其中以动物为宿主的病毒序列占21%(965 185/4 594 270)。而在以动物为宿主的病毒序列中,被注释到哺乳动物为宿主的病毒序列占1%(12 205/965 185),包括20个病毒科,包括常见的肠道病毒、甲肝病毒和诺如病毒。诺如病毒基因型包括GII.1、GII.2、GII.13、GII.14和GII.17,GII.2和GII.17诺如病毒基因序列与人间同型流行株的核苷酸相似性分别为100%和98%。结论北京市销售的不同种贝类中含有多种可以引起人类疾病的病毒病原体序列,有必要开展相应的监测和进一步分析病毒生物活性。