简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序技术（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）在新生儿脓毒症病原诊断及对临床决策中的影响。方法回顾性选择2019年1月至2021年2月复旦大学附属上海市第五人民医院新生儿病房收治的疑似脓毒症、同时行mNGS及血培养检测的新生儿为研究对象，分析mNGS检出病原是否受抗菌药物影响及对临床治疗和管理的影响。结果共收治35例疑似脓毒症、同时行mNGS和血培养检查的患儿，确诊脓毒症24例，其中病原体阳性12例（mNGS+血培养阳性3例，仅mNGS阳性8例，仅血培养阳性1例），确诊脓毒症新生儿中mNGS病原检出率高于血培养检出率（45.8%比16.7%，P=0.049），mNGS和血培养一致性为74.3%。21例（60.0%）检测前使用过抗菌药物，14例未使用过抗菌药物，检测前是否使用抗菌药物mNGS和血培养的病原检出率差异均无统计学意义（19.0%（4/21）比4.8%（1/21），P=0.343；28.6%（4/14）比21.4%（3/14），P=1.000）。8.6%的患儿因mNGS结果调整了临床用药。结论mNGS可提高新生儿脓毒症病原检出率，与血培养有较好的一致性，值得应用于新生儿脓毒症临床诊疗。

简介：摘要目的比较宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing，mNGS)与传统病原学诊断方法对艾滋病患者肺部感染病原学诊断的优劣，为临床诊治提供参考依据。方法回顾北京佑安医院感染科2019年7月至2021年1月行mNGS检测的艾滋病患者其出院主诊断为肺部感染者。对mNGS送检呼吸道样本的病例进行分析，比较mNGS检测与传统临床检测结果对肺部感染诊断的敏感性、诊断效能及在不同病原体中的检测价值。结果共55例艾滋病合并肺部感染患者入组。29例送检呼吸道样本的病例中，mNGS检测对肺部感染病原诊断敏感性显著高于传统检测方法(89.7% vs. 37.9%, P<0.001)。二者诊断结果一致性较差(Kappa＝0.249，P＝0.170)，体现在mNGS在诊断细菌性感染(90.9% vs. 9.1%, P<0.001)、肺孢子菌(仅mNGS检测到)及非结核分枝杆菌感染(仅mNGS检测到)中优于传统诊断方法。结论相较于传统临床诊断方法，mNGS检测对诊断艾滋病患者肺部感染具有较高敏感性，尤其在细菌、肺孢子菌及非结核分枝杆菌感染的诊断中更具优势。

简介：摘要目的对3例无焦痂恙虫病患儿的病原宏基因组二代测序技术(mNGS)检测结果进行分析，探讨其在临床的应用价值。方法回顾性分析。2018年6月至2019年10月温州医科大学附属第二医院、育英儿童医院收治的3例重症无焦痂儿童恙虫病的临床资料，2例为5岁男童，1例为6岁女童。3例患儿的外周血均进行mNGS检测。结果3例患儿经mNGS检测后均提示恙虫病东方体感染，且未并其他病原感染。例1死亡，例2和例3治愈出院。结论无焦痂恙虫病患儿早期诊断困难。对于临床感染性疾病，特别是早期无法确诊的疑难危重性感染性疾病，mNGS能够提供快速准确的病原学诊断支持，为精准治疗提供帮助。

简介：摘要目的分析鹦鹉热衣原体肺炎的临床表现及辅助检查特征，旨在提高对该病的认识及诊疗水平。方法收集首都医科大学大兴教学医院2021年5月至2022年3月基于宏基因组二代测序(mNGS)诊断的鹦鹉热衣原体肺炎病例8例，分析其临床表现、实验室检查、影像学表现及治疗经过。结果8例患者中，男3例，女5例，中位年龄55岁，年龄范围为42~76岁。7例有禽类接触史，主要表现为高热(8/8)、咳嗽(7/8)、头痛(5/8)、呼吸困难(4/8)。白细胞计数大多正常(6/8)，C反应蛋白升高(8/8)，肝酶、心肌酶升高(5/8)，血钠降低(4/8)，凝血功能异常(8/8)。8例患者胸部CT均表现为大片斑片实变影，单肺病变(7/8)，右侧为主，2例伴胸腔积液。诊断后给予四环素类、大环内酯类或喹诺酮类药物治疗，7例好转出院，1例死亡。结论鹦鹉热衣原体肺炎通常表现为高热、咳嗽伴肺部斑片实变影，对临床可疑病例应加强询问流行病学史，尽早行mNGS检测明确病原体，及时针对性抗感染治疗。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在间质性肺病(ILD)伴肺部感染患者中的初步应用。方法本研究为病例对照研究。采用单纯随机抽样法，选取2018年1月至2019年8月南京大学医学院附属鼓楼医院呼吸与危重症医学科住院、诊断为ILD伴感染患者61例为研究对象。按照是否进行mNGS检测，分为mNGS组(n＝18)和对照组(n＝43)。收集研究对象的临床、实验室及胸部影像学资料，并进行电话随访。比较2组患者的临床资料，比较mNGS检测与传统病原微生物培养的差异。采用Kaplan-Meier法及Cox回归模型分析患者生存情况及预后因素。结果2组患者比较，除了mNGS组住院时间较对照组明显延长(P＝0.001)，其他临床变量间差异均无统计学意义(P值均>0.05)。mNGS组检测结果与临床综合判断结果符合率为83.3%，传统实验室培养结果与临床综合判断结果符合率为33.3%，差异有统计学意义(P＝0.008)。有50.0%(9/18)的患者根据mNGS检测结果调整治疗方案，44.4%(8/18)的患者经调整治疗后病情好转。Kaplan-Meier生存分析显示mNGS组患者总生存时间较对照组显著延长，差异有统计学意义(P＝0.031)，其中mNGS组患者30 d、180 d、360 d生存率明显高于对照组(P值均<0.05)。单因素Cox回归分析发现外周血白细胞计数、C反应蛋白、降钙素原、血清白蛋白、乳酸脱氢酶、氧合指数、丙种球蛋白使用、mNGS检测均与ILD伴感染患者生存时间有关(P值均<0.05)；多因素Cox回归分析显示血清乳酸脱氢酶水平(HR＝1.01，95% CI：1.00~1.01，P＝0.001)和mNGS检测(HR＝0.12，95% CI：0.02~0.98，P＝0.048)是ILD伴感染患者生存的独立预测因素。结论mNGS检测可以及时准确地明确ILD伴感染患者致病原，指导临床医师合理进行抗感染治疗，从而提高患者的生存率，改善患者预后。

简介：摘要目的提高对结核相关噬血细胞综合征的认识。方法回顾性分析2019年11月南方医科大学深圳医院收治的1例结核相关噬血细胞综合征患者的诊治过程，并复习相关文献。结果患者，男性，57岁，发病时有高热伴全血细胞减少及胸椎椎旁肿物，外周血二代测序检测出结核分枝杆菌，考虑结核相关噬血细胞综合征，给予抗结核、控制噬血活动治疗后，病情好转。胸椎椎旁肿物穿刺检测出高序列数结核分枝杆菌，结合抗酸染色诊断为结核相关噬血细胞综合征，继续给予抗结核等治疗，患者病情持续好转。结论宏基因组二代测序技术是可疑感染结核相关噬血细胞综合征高效的检测手段，可提高临床救治率。

简介：摘要目的探讨通过宏基因组学二代测序诊断的鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床特征及治疗策略。方法选择2020年1月至2021年12月由惠州市中心人民医院和惠州市第一人民医院收治的26例鹦鹉热衣原体肺炎患者，收集其临床资料，包括一般情况、临床表现、实验室检查、胸部计算机断层成像、宏基因组学二代测序结果、治疗用药及预后等。结果26例患者中，20例(76.9%)有鸟或家禽接触史，发病季节以冬季[57.7%(15/26)]最多见。26例患者均出现高热、畏寒、纳差、乏力和咳嗽，21例(80.8%)出现呼吸困难，19例(73.1%)有相对缓脉，12例(46.2%)出现头痛、肌肉酸痛，7例(26.9%)有意识障碍。26例患者中，白细胞计数正常17例(65.4%)，淋巴细胞计数减少21例(80.8%)。26例患者超敏C反应蛋白、降钙素原均有升高，D-二聚体升高24例(92.3%)，天冬氨酸转氨酶升高18例(69.2%)，丙氨酸转氨酶升高15例(57.7%)。胸部计算机断层成像检查以肺实变为主要表现，20例(76.9%)为多肺叶病变，18例(69.2%)病灶主要位于肺下叶。26例患者的宏基因组学二代测序检测结果中，9例(34.6%)只检出鹦鹉热衣原体，余17例(65.4%)除检出鹦鹉热衣原体外，还检出了其他病原微生物。经过针对性抗感染治疗后，除2例因多脏器功能衰竭死亡外，其余24例均好转。结论鹦鹉热衣原体肺炎常见表现为高热、呼吸困难、相对缓脉，白细胞计数多正常，肺部影像学表现为肺实变，宏基因组学二代测序有助于疾病早期诊断，经过及时、有效的治疗后患者预后良好。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序技术在儿童细菌性脑膜炎病原诊断中的应用价值。方法回顾性分析2019年1月1日至2020年12月31日复旦大学附属儿科医院住院诊断为“细菌性脑膜炎”或“化脓性脑膜炎”或“中枢神经系统感染”的189例患儿的病原学检测结果。分别采用培养和宏基因二代测序检测方法检测细菌性脑膜炎患儿的脑脊液，分析2种检测方法病原检出率的差异。根据就诊时患儿年龄分为新生儿组（≤28日龄）和非新生儿组（>28日龄），采用χ2检验进行组间比较。以脑脊液培养为金标准，分析宏基因组二代测序技术在儿童细菌性脑膜炎诊断中的灵敏度和特异度。结果189例细菌性脑膜炎患儿中男116例、女73例。血和（或）脑脊液培养共检出76株病原菌，其中革兰阳性菌50株（65.8%），检出率较高的致病菌有无乳链球菌18株（23.7%）、大肠埃希菌17株（22.4%）、肺炎链球菌15株（19.7%）。非新生儿组革兰阳性菌感染率高于新生儿组［76.0%（38/50）比50.0%（13/26），χ2=5.24，P=0.020］。48例患儿脑脊液同时送检宏基因二代测序检测和培养，宏基因二代测序检测的病原检出率高于培养方法［20例（41.7%）比12例（25.0%），χ2=16.45，P<0.001］。脑脊液宏基因二代测序和培养检测结果的一致性为79.2%（38/48），其中同时阳性的11例患儿均检出同一种病原菌。以脑脊液培养结果为金标准，宏基因组二代测序技术在细菌性脑膜炎的诊断中的灵敏度为91.7%，特异度为75.0%。结论宏基因组二代测序技术可提高儿童细菌性脑膜炎的病原检出率，且与脑脊液培养检出结果一致性较高。在诊断细菌性脑膜炎时，尤其在疑似诊断患儿中传统病原学无法明确病原时应尽早完善宏基因二代测序检测。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序（mNGS）技术应用于神经外科术后颅内感染病原菌诊断的诊断效能。方法选取2017年5月至2018年10月在首都医科大学附属北京天坛医院经治的怀疑神经外科术后颅内感染的患者，收集脑脊液样本分别进行mNGS检测及细菌培养，计算两者的灵敏度、特异度、阳性预测值及阴性预测值，比较两者差异。结果共纳入80例怀疑神经外科术后颅内感染患者，其中男53例，女27例，年龄2~80（41±19）岁。经临床复核，即2名神经重症专家对患者的临床资料、实验室检查及影像学检查进行综合判读并给出临床诊断，最终临床确诊神经外科术后颅内感染42例，非感染组38例。mNGS检测诊断神经外科术后颅内感染的灵敏度和特异度分别为83.33%（35/42）、76.32%（29/38），阳性预测值和阴性预测值分别为79.55%（35/44）、80.56%（29/36）；细菌培养灵敏度和特异度分别为59.52%（28/42）、68.42%（26/38），阳性预测值和阴性预测值分别为68.00%（28/40）、60.47%（26/40），mNGS检测的灵敏度高于细菌培养技术，差异具有统计学意义（χ2=5.83，P=0.015）；与细菌培养相比，mNGS检测的特异度差异无统计学意义（χ2=0.59，P=0.441）。结论mNGS检测技术可以提高神经外科术后颅内感染病原菌的检出率，该方法可能成为一种有前景的病原体检测辅助诊断工具。

简介：摘要近年来基于高通量测序平台的宏基因组二代测序（mNGS）技术在新生儿感染性疾病领域得到了广泛应用。为了更加规范mNGS技术在新生儿重症监护病房的应用，中华医学会儿科学分会新生儿学组和中华儿科杂志编辑委员会组织专家以国内外循证医学证据和最新进展为基础，从mNGS技术的临床适应证、标本采集与转运、报告解读等方面给出建议。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序技术（metagenomic next generation sequencing，mNGS）在除结核、非结核分枝杆菌感染以外的脊柱感染性疾病诊断中的应用价值。方法回顾性分析了2019年1月至2020年11月收治的疑似脊柱非结核感染性疾病患者171例的临床资料，全部患者接受脊柱病灶穿刺活检或开放手术获取组织标本，进行组织病理学检查，病灶脓血液或灌洗液均行常规细菌培养及mNGS测序。比较两种检测手段在报告时间、敏感度（阳性率）、特异度（真阴性率）等方面的差异，分析脊柱感染病原微生物谱，分析标本采集方法、术前抗生素使用、标本类型对病原微生物检出的影响。结果根据脊柱非结核感染性疾病诊断标准明确感染136例，其中明确病原微生物111例。报告时间常规细菌培养为（81.67+15.52）h，mNGS为（36.33+11.92）h。常规细菌培养阳性43例，假阳性5例，敏感度31.62%，特异度85.71%；mNGS阳性76例，假阳性19例，敏感度55.88%，特异度45.71%。mNGS与常规细菌培养在病原微生物检出敏感度、特异度、报告时间的差异均有统计学意义。非特异性感染病原微生物检出前3位分别为金黄色葡萄球菌及葡萄球菌属、大肠埃希菌、链球菌属。除结核、非结核分枝杆菌外确诊11例特异性感染患者，常规细菌培养阳性2例，mNGS测序真阳性11例，mNGS对少见病原微生物具有较高的检出率。Logistic回归分析提示术前4周规范抗生素使用、标本获取方法对常规细菌培结果有明显影响，而标本获取方法对mNGS测序结果无影响。结论宏基因组二代测序技术诊断非结核脊柱感染性疾病对病原微生物检出具有较高的敏感度，特别是对少见病原微生物的检出具有明显优势，具有较高的诊断价值。

简介：摘要目的探讨基于宏基因组学的二代测序技术(mNGS)在化脓性脊柱感染病原菌检测中的应用价值。方法分析2018年3月至2022年3月在河南省人民医院诊断为脊柱化脓性感染的43例患者病例资料，其中男28例，女15例，平均年龄51.6岁(21~84岁)；感染部位为颈椎4例，胸椎12例，腰椎感染19例，胸腰椎3例，腰骶椎5例。27例经皮穿刺活检获得标本，11例经椎间孔镜下获得标本，5例经开放性手术获得标本；19例送检标本为软组织，24例为骨组织，所有标本均进行细菌培养和mNGS。分析比较细菌培养和mNGS和在本组病例中的病原菌阳性检出率。结果43例患者中，细菌培养检出病原菌检16例，mNGS检出26例；24例骨组织标本中，细菌培养检出病原菌检5例，mNGS检出12例；本组患者及骨组织标本中mNGS的病原菌检出率均高于细菌培养的病原菌检出率，差异有统计学意义[60.5%(26/43)比37.2%(16/43)，χ2＝8.1，P<0.05；50.0%(12/24)比20.8%(5/24)，χ2＝5.1，P<0.05]；16例细菌培养阳性的病例中，mNGS均检测出完全相一致的病原菌。结论mNGS在化脓性脊柱感染患者的诊断中具有较高的病原菌检出率。

简介：摘要感染性疾病是临床常见疾病，发病率和病死率高，快速明确致病病原微生物，以指导合理的治疗方案仍是临床急需解决的重要课题。随着宏基因组二代测序(mNGS)技术在感染性疾病病原微生物检测方面的广泛应用，血浆游离DNA(cfDNA)mNGS作为一种无创性检测手段在病原微生物检测方面显示出巨大的潜力，成为诊断感染性疾病和指导治疗的新兴手段，但目前仍在研究的早期阶段。本文介绍了血浆cfDNA的生物学特点、血浆cfDNA mNGS在感染性疾病诊断中的研究进展及其在感染性疾病诊断中的应用和挑战。

简介：摘要流行性斑疹伤寒是由普氏立克次体引起的急性传染病。该病发作突然，临床表现不典型，易漏诊、误诊，病死率高。本研究报道1例以高热、头痛、乏力起病的患者，经验性抗感染治疗无效后，经血清学和宏基因组学第二代测序确诊为普氏立克次体感染，单用多西环素治疗后病情好转。

简介：摘要目的分析健康人与慢性阻塞性肺疾病(COPD)稳定期用药和未用药患者的肠道菌群相对丰度及功能基因差异。方法本研究为病例对照研究。采用非随机抽样方法，收集2019年1月至2019年12月在广州医科大学附属第一医院就诊的体检健康人10名(A组)、COPD稳定期未用药患者10例(B组)和COPD稳定期用药患者10例(C组)的粪便，收集3组患者一般资料，采用宏基因组二代测序方法比较3组肠道相对丰度及功能基因。结果研究对象的年龄、身高、体质量、体质量指数差异无统计学意义(P值均>0.05)。基于相似性分析与主成分分析，3组间差异无统计学意义；基于Metastats差异分析，与A组比较，B组的普氏菌属、马赛普菌属和巨球型菌属均显著减少(P值均<0.05)；而C组的埃希菌属显著增加(P＝0.045)，C组的马赛普菌属和巨球型菌属显著减少(P值均<0.05)；B组与C组间差异无统计学意义(P>0.05)。基于功能基因分析，在level3水平上，与A组相比，B组的果糖和甘露糖代谢、萜类化合物生物合成、氨基酸合成、同源重组、淀粉和蔗糖代谢功能基因通路显著减少，细菌双组分调节系统通路显著增加；而C组的果糖和甘露糖代谢、萜类化合物生物合成、氨基酸合成、同源重组功能基因通路显著减少，细菌分泌系统、细菌双组分调节系统、糖酵解与合成显著增加(P值均<0.05)；B组与C组比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论与健康人比较，COPD稳定期患者的肠道菌群存在特征性改变，复诊治疗患者与初诊未用药治疗患者间的差异无统计学意义；COPD稳定期患者的果糖和甘露糖代谢、萜类化合物生物合成、氨基酸合成和同源重组功能基因通路显著减少，提示能量代谢功能下降。

简介：摘要目的探讨外周血病原宏基因组二代测序(mNGS)在重症肺孢子菌肺炎(PCP)诊断中的应用价值，并提高临床医师对此类疾病的认识。方法本研究为横断面研究。采用非随机抽样法，分析2020年1月至2022年1月在南京鼓楼医院呼吸与危重症医学科重症监护病房通过外周血mNGS确诊的7例重症非HIV感染者PCP患者的临床资料，分析临床特征、影像学表现、治疗以及预后。结果7例患者，男2例，女5例，年龄64(57，65)岁，年龄范围为36~66岁，均有长期服用激素药物史，其中3例患者同时服用免疫抑制剂，主要症状包括发热、气喘、咳嗽，实验室检查显示外周血淋巴细胞绝对计数均降低，外周血CD4+T淋巴细胞绝对计数均小于0.2×109/L，外周血CD8+T淋巴细胞绝对计数均小于0.3×109/L，血清G试验、乳酸脱氢酶均增高，血气分析均提示Ⅰ型呼吸衰竭，影像学主要表现为两肺弥漫性磨玻璃影，并可见囊状影、实变影。7例患者外周血mNGS均检出肺孢子菌，治疗上7例患者均给予口服复方磺胺甲恶唑并联合克林霉素及卡泊芬净治疗PCP，同时给予注射用甲泼尼龙琥珀酸钠抗炎平喘，并联合其他抗生素抗感染治疗，6例患者给予气管插管有创呼吸支持治疗，1例患者给予无创机械通气治疗，最终2例患者好转出院，其余5例患者死亡。结论重症非HIV者PCP起病急、预后差、病死率高，主要发生在免疫抑制人群，临床表现主要为发热、气喘、影像学表现为磨玻璃影、囊状影及实变影，外周血mNGS检查能够为诊断重症PCP提供依据，为治疗争取时间，减少病死率。

简介：摘要由于症状的隐匿性和肿瘤异质性，头颈鳞状细胞癌（head and neck squamous cell carcinoma，HNSCC）的诊断和治疗具有很大的挑战性。突变基因的检测可为HNSCC的诊断、治疗和预后提供极具参考价值的信息，而目前的基因诊断工具存在程序繁杂等局限性，二代测序（next generation sequencing，NGS）是一项新兴的基因测序技术，具有高通量、自动化等优点，在HNSCC的个体化治疗中日益发展成熟的NGS扮演着越来越重要的角色。本文就NGS在HNSCC的驱动基因检测、预后研究和治疗中所取得的进展做一综述。

简介：摘要：目的探讨肺泡灌洗液二代测序在重症肺炎患者中的应用效果。方法选取2022年1月至2022年6月在我院急诊科收治的30例重症肺炎并行肺泡灌洗液二代测序的患者为研究对象，按照检测方法分常规组和观察组，各15例。常规组患者进行普通微生物培养，观察组在对照组的基础上采用肺泡灌洗液mNGS检测。比较两组患者检测的病原菌的数量和分布情况、灵敏度、特异度及准确率。结果：常规组G－菌(17株)              、G＋菌(11株) 、病毒(9株)、真菌(2株)、检出均低于观察组G－菌(33株)、G＋菌(25株)、病毒(17株)、真菌(3株)；常规组患者检测的灵敏度为（83.67%）、特异度为（53.33%）、准确率（60.00%），低于观察组患者检测的灵敏度为（100.00%）、特异度为（100.00%）、准确率（93.33%），两组检测方法相比，差异有统计学意义（P

简介：摘要：感染性疾病是人类发病及死亡的主要原因之一。目前全球流行的新冠疫情就是感染性疾病中的一种，其给人类带来的死亡及直接或间接经济损害有目共睹。病原学的快速精准判断对感染性疾病的治疗起到关键性作用。然而传统病原学检测技术却有着诸如病原检测单一、精确度低、检测周期长、病毒及特殊病原体难以得到阳性结果等局限，因而导致临床治疗中常常出现在延误治疗时机或者抗菌药物滥用等情况。二代测序技术（Next-generation sequencing,NGS）以其高通量、覆盖度广、精确度高等优势，通过对样本所含基因进行测序，进一步明确细菌、真菌、病毒、寄生虫等病原体，为临床出现的新发、多重及疑难感染性疾病的确诊提供帮助。本文通过综述NGS的基本原理、临床应用，认识其现阶段存在的优缺点，使广大医疗工作者对NGS这一种新型的感染性疾病诊断工具有一定了解。

简介：摘要宏基因组学利用新一代高通量测序技术，以特定环境下病原体基因组为研究对象，在分析病原体多样性、种群结构、进化关系的基础上，进一步探究病原体的群体功能活性、相互作用及其与环境之间的关系，发掘潜在的生物学意义。目前，绝大部分的宏基因组学研究都集中在临床价值评价，宏基因组检测临床应用前分析性能确认的研究相对空白，北京协和医院检验科研究团队结合多年病原宏基因组检测的经验和国内外相关研究成果，就病原宏基因组项目医院本地化开展前的性能确认工作，从临床预期用途、方法学建立、性能确认、标准操作作业书4个方面提出了具体的实施方案，具体包含：标本类型和病原体范围、生物信息流程建立、生物信息分析参考盘制备和评估、湿实验流程的建立、背景核酸数据模型的建立、参考盘制备和全流程的性能确认等。