简介：摘要目的探讨宏基因二代测序技术检测尿路感染患者尿液中多瘤病毒的临床价值。方法2018年9月至2020年4月复旦大学附属中山医院收治的送检尿液宏基因二代测序的尿路感染患者共33例。采用随机扩增法、脱氧核糖核酸纳米球、华大基因公司BGI-500测序平台及BWA算法为基础的比对法等技术对尿液标本的核酸提取物进行二代测序分析，以尿标本中多瘤病毒核酸序列数>100为入选标准，分析检出多瘤病毒的类型、深度、覆盖度、丰度及序列数等参数。采用Taq Man探针实时定量聚合酶链反应（PCR）法验证并检测多瘤病毒DNA载量。结果30.3%（10/33）的患者尿标本中检出JC多瘤病毒，其中1例合并检出BK多瘤病毒。所有患者在检测前均使用抗菌药物治疗，但仅一例尿培养阳性。JC多瘤病毒检出的深度均值为35.9，覆盖度均值96.8%，相对丰度均值92.6%，唯一比对序列数均值为3 154。实时定量PCR法检测10例患者尿中JC多瘤病毒DNA载量在5.84×103~6.55×108拷贝/ml，均值为6.82×107拷贝/ml，其中9例患者（均为免疫受损者）的病毒载量超过5×104拷贝/ml，与宏基因二代测序结果基本相符。每1 M数据中的严格比对序列数（RPM）与CD4+T细胞计数存在线性负相关（R2=0.84，P=0.004）。其中1例患者经西多福韦治疗后症状及尿检指标好转，随访尿液宏基因二代测序检查JC多瘤病毒的序列数及RPM值明显下降，实时定量PCR法证实尿中病毒DNA载量亦下降。结论宏基因二代测序技术在病毒性尿路感染的诊断中有着重要意义。西多福韦可能是治疗多瘤病毒尿路感染的一个选择。

简介：摘要目的利用宏基因二代测序(mNGS)技术，检测其和传统培养法的区别，探讨病原微生物及检出序列数与感染患者病情程度和预后的相关性。方法选取2018年5月至2019年9月在上海市第十人民医院就诊的94例患者样本。分别进行传统培养和mNGS检测，对2种技术的诊断效果、假阳性率、假阴性率进行了分析。然后收集感染组75例患者的血液标本和临床信息，根据mNGS是否检出病原体将患者分为检出组(51例)和未检出组(24例)。测定外周血白细胞、C反应蛋白、降钙素原和中性粒细胞计数，用酶联免疫吸附试验法测定血清中细胞因子的浓度。分析患者病原体检出率与病情严重程度、住院时间等相关性分析。结果纳入的94例样本中，感染组75例(79.79%)，非感染组16例(17.02%)，未知组3例(3.19%)。样本类型中血液占比最多(34/94)，其次为肺泡灌洗液(28/94)、组织、痰液、胸水、脓液等。下呼吸道感染所占比例最高(60/94)，其次是血流感染、胸水、中枢系统感染、心血管系统感染等。mNGS的敏感度显著高于培养法(χ2＝－223.107，P<0.05)。mNGS的特异度与培养法差异无统计学意义(χ2＝3.840，P＝0.05)。感染未检出组患者住院时间也明显高于检出组(t＝4.724，P<0.05)。单因素分析发现检出组患者外周血白细胞计数、中性粒细胞计数、C反应蛋白、降钙素原显著高于未检出组(t值分别为－8.848、－4.724、－4.335、－4.335，P值均<0.05)；检出组中肿瘤坏死因子α、白细胞介素2R、白细胞介素8水平均高于未检出组(t值分别为－5.585、－7.258、－4.678，P值均<0.05)。logistic多因素回归分析去除混杂因素后，显示性别、年龄、白细胞介素2R与病原体检出阳性有关。结论mNGS在结核、真菌、病毒和厌氧菌诊断方面优势更明显，其阳性率高于传统方法3倍以上。感染患者的病原体检出率较高，其检出病原体核酸序列是患者预后不良的高危因素，有显著的临床价值。

简介：摘要宏基因组二代测序从技术上具备同时检测所有病原体的能力，但临床实践数据仍需要进一步积累。本研究报道1例儿童艾滋病合并进行性多灶性脑白质病。患儿6岁，以中枢神经系统症状起病，曾按弓形虫脑病治疗，效果欠佳。入院后脑脊液宏基因组二代测序查见大量JC病毒序列片段，聚合酶链反应检测JC病毒特异性，Sanger测序进一步验证了宏基因组二代测序结果。提示宏基因组二代测序可以用于检测进行性多灶性脑白质病。

简介：摘要宏基因组二代测序技术(mNGS)是一种无偏好、敏感性高、特异性强的分子生物学检测手段，目前已广泛应用于临床多种感染性疾病的辅助诊断，极大提高了患者的生存率和治愈率。近年来，mNGS临床应用研究的报道越来越多，本文主要就mNGS在呼吸系统感染性疾病诊疗方面的应用优势和所面临的挑战进行综述。

简介：摘要目的通过与细菌培养及血清生物学标志对比，探讨二代测序技术(NGS)对人工关节置换术后假体周围感染(PJI)的诊断价值。方法选取2017年7月到2019年12月在聊城市人民医院关节外科因假体周围感染或无菌性松动行关节翻修手术，排除初始关节液无法采集到，通过关节内注射生理盐水获得样本的患者及其他部位存在感染病灶的患者，共纳入患者35人(35例)根据美国肌骨骼感染协会(MSIS)的诊断标准，15例患者纳入感染组，20例患者纳入非感染组。术前两组患者常规检查血沉(ESR)、C反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)、白介素6(IL-6)及D-二聚体(D-Dimer)。所有患者术前均行关节穿刺，穿刺液检测白细胞计数、白细胞分类、细菌培养及NGS。计算ESR、CRP、PCT、IL-6及D-Dimer的受试者操作特性曲线(ROC)的曲线下面积(AUC)。计算NGS、细菌培养及各项血清学标志物的诊断精确度、敏感性及特异性。结果髋关节19例(54.3%)，膝关节16例(45.7%)。男性21例(60.0%)，女性14例(40.0%)，年龄67.0(62.0，74.0)岁。感染组15例患者中NGS结果阳性14例(93.3%)，细菌培养结果阳性7例(46.7%)。非感染组NGS结果阴18例(90.0%)。ESR及D二聚体的AUC分别为0.667和0.572(均为P>0.05)。CRP、IL-6及PCT的AUC分别为0.827、0.767及0.808(均为P<0.01)。NGS、细菌培养、CRP、IL-6及PCT的精确度分别为0.91、0.74、0.77、0.74及0.83。NGS与CRP、IL-6、PCT、细菌培养两两比较，总体检测结果差异有统计学意义(P<0.01)。NGS与CRP、IL-6、PCT、细菌培养两两比较，NGS敏感性更高(P<0.05)。NGS与CRP比较特异性更好(P<0.05)。NGS与IL-6、PCT及细菌培养比较，特异性差异无统计学意义(P>0.05)。结论NGS比细菌培养及常用的血清学标志物有更高的精确度及敏感性，在PJI的诊断中具有更大的价值。

简介：摘要目的探讨脑脊液宏基因组二代测序(mNGS)在颅脑创伤(TBI)后中枢神经系统(CNS)感染中的诊断效能与应用价值。方法前瞻性纳入2018年8月至2020年1月上海交通大学医学院附属仁济医院神经外科高度怀疑存在CNS感染但缺乏病原学结果的TBI患者，采集其脑脊液标本，并行mNGS与微生物培养同步检测。以CNS感染临床诊断为"金标准"，分别计算两种检测方法的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、Youden指数；通过受试者工作特征(ROC)曲线计算曲线下面积，以评估mNGS的诊断效能。结果行mNGS与微生物培养同步检测的21例TBI患者中，共有11例符合CNS感染临床诊断标准，其中脑室膜炎8例，脑脓肿3例；11例患者中，mNGS阳性9例，微生物培养阳性3例。mNGS与微生物培养的灵敏度分别为81.8%、27.3%，特异度均为90.0%，阳性预测值分别为90.0%、75.0%，阴性预测值分别为81.8%、52.9%，Youden指数分别为0.718、0.173，ROC曲线下面积分别为0.859(95% CI：0.639～0.970)、0.586(95% CI：0.354～0.794)，且与AUC＝0.5的诊断参考线比较，mNGS与其的差异有统计学意义(Z＝4.553，P<0.001)，而微生物培养与其差异无统计学意义(Z＝1.000，P＝0.317)。结论对于TBI相关的CNS感染诊断，mNGS较微生物培养具有更好的诊断效能，显示了其应用价值，可作为微生物培养等常规诊断技术的必要补充。

简介：摘要病原学的精准诊断对感染性疾病的诊断非常重要。宏基因组学第二代测序技术检测具有无偏倚性、广覆盖、快速等优点，能覆盖更广范围的病原体。本专家共识就第二代测序技术的临床应用范围、样本采集、分析解读和诊断效能等方面进行证据总结和意见推荐，建立中国感染病原体宏基因组学检测的标准规范。

简介：摘要胰腺癌病死率高，5年生存率仅有8%。PDAC占所有胰腺恶性肿瘤约90%，早期诊断困难，手术切除是其唯一可能的治愈方法，治疗方式一直缺少突破性进展。二代测序(NGS)可以发现PDAC的突变基因，运用NGS的PDAC分子分型提出了PDAC的潜在治疗靶点和发生机制。NGS还可以应用于生物标志物的检测，有助于早期诊断和术后随访。对患者进行NGS检测可以对药物作用靶点进行筛选，提供个体化治疗的可能。

简介：摘要我国重症社区获得性肺炎常见病原体为肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、病毒以及嗜肺军团菌等，由诺卡菌引起两肺弥漫性病变为影像特征的CAP较为少见。因诺卡菌培养时间较长，故临床工作中易造成漏检。通过本例患者的诊治过程提示气管内深部痰涂片检查对发现诺卡菌可能具有重要提示意义。可以提醒临床微生物室检验员延长培养时间。近年来微生物二代基因测序诊断技术对发现少见菌，如诺卡菌及该菌种的鉴定价值很大。尽早明确重症社区获得性肺炎的病原体是救治成功的关键。

简介：摘要目的探讨以脑血肿为突出表现的单纯疱疹病毒脑炎的临床特点及宏基因二代测序(mNGS)对单纯疱疹病毒脑炎诊断的价值。方法回顾性分析2019年6月上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心诊治的1例以脑血肿为突出表现的单纯疱疹病毒脑炎患儿的临床表现、诊断过程和临床治疗及预后，并检索及复习相关文献。结果患儿，男，4岁，伴有低热、头痛、抽搐和呕吐，于当地医院行影像学检查后考虑患儿颅内占位，瘤内出血可能。来上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心后行头颅CT检测显示颅内多发出血灶，伴血液系统疾病并发症可能，查血常规及凝血常规未发现异常，骨髓细胞学检查未见异常，脑脊液生化正常，常规白细胞8×106/L，脑脊液涂片、培养、二代测序均为阴性，脑脊液自身免疫性脑炎抗体检查亦均为阴性，脑组织活检提示炎症可能。行脑组织mNGS提示单纯疱疹病毒1型双份标本阳性，明确为单纯疱疹病毒脑炎。给予阿昔洛韦抗病毒治疗3周后，患儿病情好转，随访5个月，患儿四肢瘫痪，仅有眨眼及吞咽等活动。结论临床上不能排除脑炎的脑血肿等颅内出血，要考虑到单纯疱疹病毒脑炎的可能性；mNGS有助于明确中枢神经系统病原体的诊断。

简介：摘要目的探讨非小细胞肺癌（NSCLC）多样本二代测序（NGS）检测基因突变状态的临床意义，为个体化靶向治疗提供依据。方法回顾性分析浙江大学医学院附属第一医院2016年6月至2019年2月收治的NSCLC患者51例，收集患者的年龄、性别、吸烟情况、病理类型、肿瘤分期、胸膜侵犯情况、脑膜侵犯情况等资料，对组织、脑脊液、胸腔积液及血浆标本行NGS检测。采用χ2检验或Fisher确切概率法分析驱动基因[表皮生长因子受体（EGFR）、间变性淋巴瘤激酶（ALK）、c-ros癌基因1（ROS1）]突变状态与患者临床病理特征之间的相关性，采用Cohen Kappa系数分析比较不同标本间NGS检测结果的一致性。结果51例患者中7例送检了3种不同类型标本，其中3例脑脊液标本驱动基因突变均阳性，2例胸腔积液标本存在双基因突变。驱动基因突变多见于女性[90.48%（19/21）比50.00%（15/30），χ2=9.107，P=0.003]、非吸烟[80.00%（24/30）比47.62（10/21），χ2=5.829，P=0.016]、腺癌[72.34%（34/47）比0，P=0.017]和合并恶性胸腔积液[92.86%（13/14）比56.76%（21/37），χ2=4.443，P=0.035]患者，差异均有统计学意义，但驱动基因突变率在不同年龄和肿瘤分期患者间差异均无统计学意义（均P>0.05）。37例患者血浆标本与配对组织标本间驱动基因突变检测结果一致率为70.27%（26/37），κ值为0.430，二者一致性良好。结论晚期NSCLC伴脑膜转移的患者行脑脊液基因检测具有较高的应用价值，伴胸腔积液患者行胸腔积液基因突变状态检测是筛选靶向治疗药物的有效手段。多样本NGS检测能更好地反映基因突变状态，可用于指导NSCLC患者个体化靶向治疗。

简介：摘要鹦鹉热衣原体的主要宿主为鹦鹉及鸟类，人类通过直接接触或呼吸道吸入感染。临床上对鹦鹉热衣原体肺部感染较为重视而对于病原体的血行播散缺乏关注。本文报道2例通过二代测序检测出下呼吸道分泌物及血液中高核酸序列数鹦鹉热衣原体的病例，考虑病原体吸入致肺炎，并入血造成血流感染。对传统培养无法明确的少见、复杂病原体感染以及经验性抗感染治疗无效的重症感染，二代测序技术是有效的补充手段。

简介：摘要感染是儿童常见的疾病谱，精准、快速的病原体诊断能帮助临床医师有的放矢地进行治疗，改善患儿预后。传统的病原体诊断方法存在耗时长、灵敏度低等缺陷，近些年来二代测序技术不断发展并应用于临床，成为病原学诊断的新方法。其中宏基因二代测序技术应用最多，它可以无偏移地将标本中所有病原体的核酸都检测出来，此技术包括了样本采集、核酸提取、文库制备、高通量测序、生物信息分析和报告解读几个基本步骤。由于整个流程涉及临床、微生物、生物信息多个领域，故对于报告结果的判读需要临床医生结合患者及其他辅助诊断手段仔细斟酌反复求证。临床医生需要了解二代测序的优势和局限性，才能更好地利用这项技术服务于患者。

简介：摘要目的分析北京市一株人呼吸道合胞病毒(human respiratory syncytial virus, HRSV)A亚型全基因组序列的变异和遗传特征。方法对北京友谊医院住院儿童鼻咽抽吸物样本核酸进行二代测序，获得了一株HRSV A亚型全基因组序列，与其他相关参考株构建系统发生树，并对主要蛋白编码区进行同源性分析、单核苷酸多态性分析以及N-糖基化位点预测。结果系统发生树和同源性分析结果提示，本研究获得的HRSV病毒株(RSVA/Beijing-China/2017)属于A亚型ON1基因型。核苷酸和氨基酸变异分析表明G蛋白、F蛋白和L蛋白变异性较大。氨基酸变异位点分析显示G蛋白第142位发生了氨基酸替换(L142S)。F蛋白P27肽中(110-136aa)有一处氨基酸替换(S105N)，在抗原位点Ø(62-69aa和196-210aa)中也发生了氨基酸替换(C69Y)。N-糖基化位点预测发现该毒株的F蛋白N-糖基化位点有5个，G蛋白N-糖基化位点有4个。结论本研究所得的HRSV毒株属于A亚型ON1基因型，G蛋白、F蛋白和L蛋白变异较大，G和F蛋白共发生22处氨基酸替换。

简介：摘要目的探讨基于宏基因组学的高通量二代基因测序技术在器官移植术后肺部感染诊断中的应用。方法回顾性分析2016年6月至2020年1月期间，海军军医大学附属长海医院器官移植中心因肺部感染入院治疗的肾移植和肝移植受者共34例的病史资料，按时间段2016年6月至2018年12月为传统病原检测组，共20例，均采用传统病原检测方法。2019年1月至2020年1月为二代基因测序组，共14例，均采用高通量二代基因测序技术。统计分析两组间病原学检出率、灵敏度和特异度、检测结果回报时间、住院时间、28 d病死率等指标。结果两组间临床基本资料(年龄、性别、抗体诱导方式、免疫抑制剂使用等)差异无统计学意义，二代基因测序组的病原学阳性检出率高于传统检测组，灵敏度高于传统检测组，特异度差异无统计学意义。二代基因检测组检测结果回报耗时明显短于传统检测组，差异有统计学意义。二代基因测序组住院时间、28 d病死率低于传统检测组，差异有统计学意义。结论高通量二代基因测序技术可提高器官移植术后肺部感染的病原检出率，为疾病的治疗提供"精而准"的指向，是传统诊断方法的有益补充。

简介：摘要遗传性胰腺炎(hereditary pancreatitis)为临床急性或复发性胰腺炎的少见病因，本文1例反复发作3次急性胰腺炎的青年女性患者，在其囊性纤维化跨膜转导调节因子(CFTR)基因上发现一处c.374T>C杂合变异，临床表现为血脂肪酶明显升高。临床实践中对于年轻的反复发作急性胰腺炎或者慢性胰腺炎的患者，即便没有家族史可循，也应考虑到遗传性胰腺炎，二代基因测序检测可帮助诊断。

简介：摘要侵袭性曲霉病通常发生在免疫功能缺陷的患者中，骨关节部位的曲霉病比较少见，由于感染的部位深，培养阳性率低，诊断往往比较困难。现报道1例天然关节曲霉病病例，患者反复腰痛2年余，通过关节腔积液的第二代测序技术检测确诊，予有效的抗真菌治疗后患者病情缓解。

简介：摘要目的探讨急性淋巴细胞白血病（ALL）的基因突变表达谱及基因突变对患者预后的影响。方法收集2016年6月至2017年6月于苏州大学附属第一医院就诊的128例初治ALL患者DNA标本，采用靶向特异的二代测序技术，针对恶性血液疾病相关的51种基因突变进行分析，描述其发生频谱。由于基因突变频谱因疾病亚型而异，基因突变涉及8类通路，包括DNA甲基化、染色体修饰、转录调节、肿瘤抑制、信号转导、RNA剪接、黏着复合物及其他通路。通过Kaplan-Meier法、Cox回归模型分析临床因素及突变基因对患者总生存（OS）和无复发生存（RFS）的影响。结果二代测序结果显示，128例患者中86例（67.2%）发生至少1种基因突变，27例（21.1%）患者发生≥3种基因突变；突变率较高的基因为JAK（10.9%，14/128）、NOTCH1（10.1%，13/128）、KRAS（8.6%，11/128）、SETD2（7.0%，9/128）、CSMD1（7.0%，9/128）、ETV6（7.0%，9/128）、RUNX1（7.0%，9/128），其中急性B淋巴细胞白血病（B-ALL）患者中突变率较高的基因为KRAS（9.4%，10/106）、CSMD1（7.5%，8/106）、JAK（7.5%，8/106）、PTPN11（6.6%，7/106）、SETD2（5.7%，6/106）、TET2（5.7%，6/106）、TP53（5.7%，6/106）、PAX5（5.7%，6/106），急性T淋巴细胞白血病（T-ALL）患者中突变率较高的基因为NOTCH1（54.5%，12/22）、PHF6（27.3%，6/22）、JAK（27.3%，6/22）、RUNX1（22.7%，5/22）、ETV6（18.2%，4/22）。128例ALL患者基因突变总发生频次181次，其中信号转导、转录调节、肿瘤抑制和染色体修饰相关的调节基因突变发生较多，在T-ALL和B-ALL中均如此。在临床特征上，男性患者更易发生多种基因共突变（P=0.002），参与肿瘤抑制通路的基因突变在男性患者中更好发（P=0.054）；年龄大的患者参与转录调节和DNA甲基化调节通路的基因更易发生突变（P=0.067，P=0.009）；T-ALL较B-ALL更易发生基因突变（P=0.002），也更容易出现基因共突变（P<0.01），且以参与信号转导、转录调节、肿瘤抑制和染色体修饰的基因发生突变为主（均P<0.05）。Cox回归单因素分析发现，发病年龄小和异基因造血干细胞移植能延长ALL患者OS时间（P=0.005，P=0.003），而对RFS无影响（均P>0.05），8类调控通路对患者的OS及RFS均无影响（均P>0.05），JAK基因突变ALL患者OS短（P=0.024）。结论基因突变在ALL患者中普遍存在，发生频谱因疾病亚型而异，涉及多种信号通路，其中以参与信号转导、转录调节、肿瘤抑制和染色体修饰相关的调节基因发生突变较多。ALL患者突变基因之间的共存现象频繁，提示ALL患者的遗传复杂性和不稳定性。JAK家族基因突变常提示ALL患者预后较差，但其他各类基因突变对预后的影响有待进一步研究。

简介：摘要目的了解分化中晶状体的转录谱，包括mRNA、长链非编码RNA（lncRNA）和环状RNA（circRNA）。方法实验研究。提取人源性分化晶状体RNA并纯化。然后使用Illumina HiSeq 2500对16、23、25周晶状体总RNA样本进行测序，并使用生物信息学工具进行分析，筛选出最高表达和差异表达的mRNA和lncRNA；用维恩图分析3个时期晶状体的重叠基因表达情况；分析晶状体特异性基因的表达趋势，并用实时荧光定量PCR验证。结果在16、23、25周晶状体中分别获得67 518 311、99 440 160和67 262 320条映射序列。基因重叠表达分析显示，前1 000个高表达mRNA、前300个高表达lncRNA和前100个高表达circRNA中分别有740、170、69个在16、23、25周晶状体中同时表达。晶状体特异性基因表达分析显示，晶状体蛋白（CRY）AA、CRYGA、CRYGB、CRYGC、CRYGD、CRYGEP和CRYGS基因表达随晶状体分化时间上调，缝隙连接（GJ）蛋白GJA3和GJA8基因表达随晶状体分化时间下调。结论晶状体转录组表达谱显示不同分化阶段晶状体的高表达mRNA、lncRNA和circRNA中重叠表达者占半数以上，且均高表达晶状体特异性蛋白基因，如CRY、GJ蛋白基因等。（中华眼科杂志，2020，56：356-363）

简介：摘要目的探讨乳腺癌甲醛固定石蜡包埋（formalin-fixed and paraffin-embedded，FFPE）穿刺样本杂交捕获法二代测序（next-generation sequencing）样本优选条件。方法纳入多中心乳腺癌FFPE穿刺样本共计435例，选取燃石36基因检测试剂盒二代测序数据分析。纳入样本保存时间、切片厚度、降解等级、建库后的浓度、核酸片段大小、下机数据质量等质控信息。结果435例样本中111例核酸总量低于30 ng，剩余28例DNA质量低于C级，最终296例进入质控分析。保存时间分布为：<1年188例；1~2年74例；>2~3年34例，其DNA降解程度分布为：A级（>2 500 bp）67例（22.6%）；B级（1 500~2 500 bp）155例（52.4%）；C级（<1 500 bp）74例（25.0%）。预文库质控合格样本（300 ng）的分布为：A级65例（97.0%）；B级138例（89.0%）；C级64例（86.0%）。终文库片段大小280 bp以上合格样本分别为：A级66例（98.5%）；B级151例（97.4%）；C级72例（97.3%）。保存<1年、1~2年、>2~3年样本根据下机数据插入片段质控合格（>170 bp），所占比率分别为：156例（83.0%）、45例（60.8%）和25例（73.5%）。降解程度分布分别为：A级 54例（80.6%）；B级 127例（81.9%）；C级 46例（62.2%）。结论FFPE穿刺样本杂交捕获法二代测序样本优选条件：（1）切片总厚度不低于50 μm；（2）保存时间优选<1年样本；（3）核酸降解优选A级。