简介：摘要单细胞转录组测序通常称为单细胞RNA测序(scRNA-seq)，是一种在单个细胞水平上测量基因表达，对其含有的转录组信息进行测序分析的方法。近年来该技术在眼科领域的应用逐渐增加，可用于视网膜或角膜细胞类型与细胞亚型的鉴定；用于研究人类视网膜的早期发育过程、细胞分化的时间进程、视网膜和视网膜类器官的形成过程。该技术也可用于眼损伤修复的分子机制研究，有助于发现年龄相关性黄斑变性、视网膜母细胞瘤等眼部疾病新的生物靶点和标记物，为其治疗提供新的方向。(国际眼科纵览，2022, 46：184-188)

简介：摘要胚胎植入前产前诊断技术在辅助生殖中得到了很大发展，特别为遗传物质异常人群提供了优生优育的技术可能。单细胞测序作为新兴的测序技术，可以从单个细胞的层面解析细胞的基因组和转录组等组学问题，能够反映细胞间的异质性，从而有利于揭示疾病发生发展的机制。通过胚胎植入前产前诊断，应用胚胎活检获得的单个细胞进行高通量测序，可有效检出胚胎染色体的整倍性，对单核苷酸多态（SNP）和染色体拷贝数变异（CNV）也有较好的检出作用，可以应用于基因组多态性及致病变异的检测和研究。介绍了单细胞测序技术和方法，总结了单细胞测序在遗传生殖诊断中的研究现状，阐述了该技术在遗传生殖领域的应用进展，探讨了该技术的未来发展方向。

简介：摘要川崎病是一种急性、自限性系统性血管炎，好发于5岁以下儿童，常见并发症为冠状动脉病变。目前认为川崎病的发病机制涉及多种因素，包括遗传易感性、免疫应答紊乱、炎症损伤等。近十年，单细胞RNA测序技术通过解析组织中单个细胞的基因表达谱，可识别新的或罕见的细胞亚群，构建细胞轨迹，广泛应用于心血管疾病研究。该文将回顾单细胞RNA测序技术，对其在川崎病动物模型和急性期川崎病的病理生理机制等研究中的应用进行综述。

简介：摘要肺癌是世界各地癌症死亡的主要原因。尽管在过去的几十年里生存率有所提高，但肺癌的生存率还没有达到其他常见恶性肿瘤的水平。近年来，免疫检查点抑制剂（ICIs）在临床试验中已显示出巨大的前景，并迅速被纳入晚期非小细胞肺癌（NSCLC）患者的标准治疗方案中，然而许多患者并未从治疗中受益。研究结果表明，肿瘤微环境（TME）的异质性与ICIs疗效密切相关。单细胞测序是一种能够在单细胞水平上对细胞群体从基因组和转录组层面进行特异性分析的技术，该技术为探究ICIs疗效的影响因素进而找到ICIs的适用人群提供了保障。对单细胞测序技术在预测肺癌免疫疗效中的潜在价值进行了综述。

简介：摘要动脉粥样硬化是最常见的心脑血管系统疾病之一，也是导致卒中发生的重要原因。目前关于动脉粥样硬化发病机制的研究尚未完善。单细胞技术作为细胞生物学差异研究的新兴技术成为了动脉粥样硬化病因研究的新手段，为此提供了新的思路。文中对近年来单细胞测序技术在动脉粥样硬化中的研究进展进行综述。

简介：摘要传统转录组测序（bulk RNA-seq）可以获得基因在群体细胞中的平均表达水平，但忽略了细胞反应存在差异性，很难发现敏感效应细胞，导致毒性通路识别不准确。单细胞转录组测序（scRNA-seq）解离组织单细胞并对其测序，通过细胞分群进行细胞亚群特异性转录组分析。该技术可获取化合物暴露后组织微环境中的细胞异质性反应特征，从而有助于准确判别敏感效应细胞及关键分子事件，为探索毒性机制和毒作用模式提供强大工具和崭新视角。本文概述了单细胞转录组测序的发展、原理、方法以及在毒理学机制中的应用和局限性，并展望了其未来多方向的应用前景。

简介：摘要新兴的单细胞测序技术联合空间转录组技术，可以从细胞层面分析细胞的基因组、转录组和空间信息，这有助于人们探究细胞的基因表达水平和三维重建，了解细胞间的联系，进而促进探讨疾病的发生和发展机制。近年来，单细胞测序和空间转录组技术的联合运用已促进细胞和多种疾病研究，其在肝脏生理和疾病方面已取得部分成果。本文综述了单细胞测序和空间转录组技术联合运用在肝病研究中的应用进展。

简介：摘要目的通过单细胞转录组测序揭示骨巨细胞瘤特殊的免疫浸润环境以及可能存在的免疫逃逸机制。方法收集2018年1月至2021年12月4例原发性骨巨细胞瘤患者手术获得的肿瘤新鲜标本，采用10X平台进行单细胞转录组测序，使用 t-分布领域嵌入算法（t-distributed stochastic neighbor embedding，t-SNE）降维分析将单细胞数据可视化及定量。对4例标本的35 643个单细胞数据进行细胞聚类、基本细胞类型的定义、免疫细胞的分类以及细胞类型之间的相互调控关系分析，探究骨巨细胞瘤免疫环境的特征。通过细胞通讯分析，观察骨巨细胞瘤中免疫细胞调节及作用的主要细胞类型及主要作用的信号通路。结果骨巨细胞瘤由9种基本细胞类型组成，其中免疫细胞以CD8+ T细胞为主约占51%，非免疫细胞以成纤维细胞样梭形基质细胞为主，约占74%。在骨巨细胞瘤的免疫浸润中细胞毒性的CD8+ T细胞占比最高（49%），而耗竭状态的CD8+ T细胞占比最低（5%）。CD4+ T细胞以高表达免疫检查点基因CTLA4和TIGIT为特征。骨巨细胞瘤中CD8+ T细胞及NK细胞主要通过PARs和CCL两条信号通路的调控作用于多核破骨样巨细胞，而非基质细胞。结论通过单细胞测序数据定义了骨巨细胞瘤的主要组成细胞类型，并进一步揭示了其免疫浸润的组成特征，且发现其免疫细胞的作用对象主要为多核破骨样巨细胞，为更加深入了解骨巨细胞瘤发生、发展提供了有效信息。

简介：摘要葡萄膜黑色素瘤（UM）是眼内侵袭性强且致命的肿瘤。由于UM及其微环境的复杂性和异质性，导致缺乏早期预防和治疗转移的策略。单细胞测序技术通过在单个细胞层面进行基因组学、转录组学、表观遗传学的分析，为破译肿瘤内异质性和微环境的复杂性提供了关键的视角。通过生物信息分析，并结合人工智能算法，有助于寻找预后相关的分子指标和治疗靶点，为指导临床治疗方案的选择提供依据。但单细胞测序技术也存在一定的局限性，如对样本要求高、测序花费昂贵和耗时长等。相信随着科学技术的完善和分析方法的更新，这些缺点可被逐步解决，未来终将攻克这一罕见肿瘤，实现UM患者长期生存的目标。

简介：摘要目的基于单细胞RNA测序探讨小鼠全层皮肤缺损创面中真皮成纤维细胞（dFb）的异质性与生长因子调控网络。方法采用实验研究方法。取5只8周龄雄性健康C57BL/6小鼠（鼠龄、性别、品系下同）正常皮肤组织，另取5只背部全层皮肤缺损小鼠伤后7 d创面组织，用胶原酶D和DNA酶Ⅰ消化组织获得细胞悬液，用10x Genomics平台构建测序文库，用Illumina Novaseq6000测序仪进行单细胞RNA测序。采用R4.1.1软件的Seurat 3.0程序分析获得2种组织细胞的基因表达矩阵，采用按细胞群、细胞来源、标记皮肤中主要细胞基因分类的二维tSNE云图进行可视化展示。根据已有文献报道和CellMarker数据库检索情况，分析2种组织细胞的基因表达矩阵中标志基因表达情况，对各细胞群进行编号和定义。将基因表达矩阵和细胞分群信息导入R4.1.1软件的CellChat 1.1.3程序，分析2种组织中细胞间通信以及创面组织血管内皮生长因子（VEGF）、血小板衍生生长因子（PDGF）、表皮生长因子（EGF）、成纤维细胞生长因子（FGF）信号通路中的细胞间通信，2种组织中FGF的各亚型与FGF受体（FGFR）各亚型的两两配对（以下简称FGF配受体对）对FGF信号网络的相对贡献，2种组织中相对贡献排名前2的FGF配受体对信号通路中的细胞间通信。取1只健康小鼠正常皮肤组织和1只全层皮肤缺损小鼠伤后7 d创面组织，行多重免疫荧光染色，检测FGF7蛋白的表达与分布及其与二肽基肽酶4（DPP4）、干细胞抗原1（SCA1）、平滑肌肌动蛋白（SMA）和PDGF受体α（PDGFRα）的蛋白共定位表达。结果健康小鼠正常皮肤组织和全层皮肤缺损小鼠伤后7 d创面组织中均包含25个细胞群，但2种组织中各细胞群中细胞数不一致。PDGFRα、血小板内皮细胞黏附分子1、淋巴管内皮透明质酸受体1、受体型蛋白酪氨酸磷酸酶C、角蛋白10和角蛋白79基因在二维tSNE云图上均有各自明确的分布，分别指示特定的细胞群。将25个细胞群按C0~C24编号，分为9个dFb亚群和16个非dFb群，dFb亚群包括C0间质祖细胞、C5脂肪前体细胞、C13具有收缩能力的肌肉细胞相关成纤维细胞等，非dFb群包括C3中性粒细胞、C8 T细胞、C18红细胞等。与健康小鼠正常皮肤组织比较，全层皮肤缺损小鼠伤后7 d创面组织中细胞间通信更多更密集，其中细胞间通信强度排前3位的细胞群为dFb亚群C0、C1、C2，这3个dFb亚群与创面组织中其他细胞群之间均有通信。在全层皮肤缺损小鼠伤后7 d创面组织中，VEGF信号主要由dFb亚群C0发送、脉管相关细胞群C19和C21接收，PDGF信号主要由周细胞C14发送、多个dFb亚群接收，EGF信号主要由角质形成细胞亚群C9和C11发送、dFb亚群C0接收，FGF信号的主要发送者和接收者均为dFb亚群C6。健康小鼠正常皮肤组织和全层皮肤缺损小鼠伤后7 d创面组织FGF信号网络中的FGF配受体对相对贡献，均是FGF7-FGFR1排在首位，排名第2的分别是FGF7-FGFR2、FGF10-FGFR1；与正常皮肤组织比较，创面组织FGF7-FGFR1信号通路中的细胞间通信更多，而FGF7-FGFR2和FGF10-FGFR1信号通路中的细胞间通信稍有减少或无明显变化；创面组织FGF7-FGFR1信号通路中的细胞间通信强于FGF7-FGFR2、FGF10-FGFR1信号通路；在2种组织中，FGF7信号均主要由dFb亚群C0与C1和C2发送、dFb亚群C6和C7接收。与健康小鼠正常皮肤组织比较，全层皮肤缺损小鼠伤后7 d创面组织中FGF7蛋白表达更多；在正常皮肤组织中，FGF7蛋白主要表达于皮肤间质层且在靠近真皮白色脂肪组织附近也有表达；在2种组织中，FGF7蛋白与DPP4、SCA1蛋白共定位表达于皮肤间质层中，与PDGFRα蛋白共定位表达于dFb中，与SMA蛋白无共定位表达，其中创面组织中的共定位表达多于正常皮肤组织。结论小鼠全层皮肤缺损创面愈合过程中的dFb存在高异质性，为多种生长因子潜在的主要分泌或接收细胞群落，与生长因子信号通路之间存在紧密、复杂的联系；FGF7-FGFR1信号通路是创面愈合过程中的主要FGF信号通路，靶向调控多个dFb亚群。

简介：摘要颈动脉斑块形成是脑卒中发生的重要危险因素。对颈动脉斑块的干预是预防卒中的关键，但目前尚缺乏对其稳定性改变机制的明确阐述。单细胞转录组测序能够有效地检测整个组织中每一个细胞的基因序列，从而充分分析细胞亚型的表达差异。本文对单细胞转录组测序技术在颈动脉斑块稳定性的研究中的应用现状进行综述并进一步分析其研究前景。

简介：摘要目的构建桥本甲状腺炎(Hashimoto′s thyroiditis, HT)患者外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells, PBMCs)和甲状腺组织T细胞的单细胞转录图谱，分析在HT疾病状态下，T细胞各个亚群在比例和功能上的改变。方法对5例HT患者的PBMCs和甲状腺组织进行单细胞转录组测序，并从公共数据库中获取5名健康对照者PBMCs的单细胞转录组测序数据，初步聚类后，将表达CD3E的细胞聚类提取并再次聚类，根据已知的细胞标志物和高表达的基因确定每个聚类细胞亚群的细胞类型，统计每个细胞亚群的比例，并对不同样本的差异表达基因进行分析。结果将质量控制后得到的71 533个T细胞分成了19个细胞亚群。其中，在HT患者甲状腺组织T细胞中，C1_CD4+初始T细胞亚群、C3_CD4+ Treg细胞亚群、C7_CD8+初始T细胞亚群、C8_GNLY－CD8+ T细胞亚群、C10_RORC+CD8+ T细胞亚群、C11_GZMK+CD8+ T细胞亚群、C12_CCL4+CD8+ T细胞亚群和C18_PTGDS+NK细胞亚群的比例与功能与其在健康对照者的PBMCs和HT患者的PBMCs T细胞中的比例和功能有着显著差异。结论HT患者甲状腺组织中多种T细胞在比例上与其在PBMCs中有着明显差异，其中3种高表达细胞杀伤相关基因的CD8+T细胞亚群在HT患者甲状腺组织T细胞中的占比高于其在PBMCs T细胞中的占比。此外，HT患者甲状腺组织中多种T细胞的功能也与其在PBMCs中有着明显差异，与HT患者PBMCs中的细胞相比，在HT患者甲状腺组织中，一类GZMK+CD8+ T细胞PD1通路相关的基因表达明显降低，且一类CCL4+CD8+ T细胞中，IL-12相关信号通路基因的表达明显降低。

简介：摘要脂肪组织的细胞成分具有高度异质性。不同细胞以及不同细胞亚类之间生物学特性具有明显差异。单细胞转录组测序是近几年发展起来的在单细胞水平对转录组进行分析的新型技术。该技术在单个细胞的精度提供转录组信息，是细胞成分异质性高的组织器官生物功能探索的重要工具。在脂肪组织研究领域，单细胞转录组测序已经应用于描绘细胞图谱、鉴定关键细胞亚类、追踪细胞分化轨迹等方面。

简介：摘要由于症状的隐匿性和肿瘤异质性，头颈鳞状细胞癌（head and neck squamous cell carcinoma，HNSCC）的诊断和治疗具有很大的挑战性。突变基因的检测可为HNSCC的诊断、治疗和预后提供极具参考价值的信息，而目前的基因诊断工具存在程序繁杂等局限性，二代测序（next generation sequencing，NGS）是一项新兴的基因测序技术，具有高通量、自动化等优点，在HNSCC的个体化治疗中日益发展成熟的NGS扮演着越来越重要的角色。本文就NGS在HNSCC的驱动基因检测、预后研究和治疗中所取得的进展做一综述。

简介：摘要目的确定肠道病毒A71型(Enterovirus-A71，EV-A71)感染人扁桃体上皮细胞后miRNA表达谱的改变。方法EV-A71以感染复数为1感染人扁桃体上皮细胞6 h后，采用Trizol提取总RNA，构建小RNA文库，在Illumina NextSeq 500平台进行高通量测序，处理数据后确定差异表达的已知和新型miRNA种类及其靶基因，进行基因本体和信号途径分析；使用psRNATarget预测具有潜在结合EV-A71基因组的差异表达的miRNA种类。实时定量RT-PCR检测差异表达miRNA的变化倍数。结果通过高通量测序共鉴定61个已知差异表达的miRNA(下调21个、上调40个)和559个新型miRNA，新型miRNA具有典型的前miRNA的二级发卡结构。实时定量RT-PCR确定hsa-miR-517b-3p和hsa-miR-199a-5p的变化倍数与高通量测序结果基本一致。差异表达miRNA靶基因涉及到不同的生物学过程和信号途径。共鉴定出24个差异表达的miRNA(5个已知miRNA，19个新型miRNA)具有与EV-A71结合的潜在"种子序列"。结论EV-A71感染人扁桃体上皮细胞后引起miRNA表达谱的显著改变，且差异表达的miRNA可能靶向结合EV-A71基因组进而调控EV-A71复制。

简介：摘要目的提高对结核相关噬血细胞综合征的认识。方法回顾性分析2019年11月南方医科大学深圳医院收治的1例结核相关噬血细胞综合征患者的诊治过程，并复习相关文献。结果患者，男性，57岁，发病时有高热伴全血细胞减少及胸椎椎旁肿物，外周血二代测序检测出结核分枝杆菌，考虑结核相关噬血细胞综合征，给予抗结核、控制噬血活动治疗后，病情好转。胸椎椎旁肿物穿刺检测出高序列数结核分枝杆菌，结合抗酸染色诊断为结核相关噬血细胞综合征，继续给予抗结核等治疗，患者病情持续好转。结论宏基因组二代测序技术是可疑感染结核相关噬血细胞综合征高效的检测手段，可提高临床救治率。

简介：摘要目的基于转录组测序（RNA-Seq），分析比较非酒精性脂肪性肝炎（NASH）早期小鼠模型中Yes相关蛋白（YAP）阳性肝细胞和YAP阴性肝细胞的差异表达基因（DEGs），初步了解此类YAP阳性肝细胞的功能学特征。方法蛋氨酸-胆碱缺乏（MCD）饲喂C57BL/6小鼠2周构建NASH早期模型，对照组为正常饮食。肝组织行苏木精-伊红（HE）、天狼星红染色和病理学评分；免疫组织化学（IHC）观察YAP、p-YAP在肝组织的表达。胶原酶灌注联合Percoll密度梯度离心获取活率大于90%的原代肝细胞。进行YAP抗体标记、流式分选获得YAP阳性和YAP阴性肝细胞并进行RNA-Seq。测序结果用GO、KEGG和相互作用网路的分析方法筛选DEGs。RT-PCR验证模型组肝组织中YAP以及部分DEGs的表达水平。两样本均数比较采用独立样本t检验。结果与对照组相比，MCD诱导小鼠2周的HE染色肝组织可见脂肪变（病理评分1.07±0.21），伴有小叶炎症（病理评分1.13±0.32）和肝细胞气球样变（病理评分0.80±0.20），天狼星红染色未见明显肝纤维化（病理学评分0.40±0.40）。IHC显示NASH早期的部分肝细胞YAP表达为阳性。RNA-Seq分析，YAP阳性和YAP阴性的肝细胞分别得到Clean reads为49 310 604条、54 820 036条。与YAP阴性肝细胞相比，YAP阳性肝细胞导致5 565个基因差异表达，包括上调基因1 662个，下调基因3 903个。上调基因的GO分析显示，嘌呤三磷酸核苷和三磷酸核苷等线粒体功能相关的代谢过程为显著富集的生物学过程（BP）；下调基因分析到显著富集的BP为嗅觉受体相关过程。KEGG分析显示，DEGs富集到292条通路，氧化磷酸化（OXPHOS）通路为显著富集信号通路。RT-PCR确认炎症因子（白细胞介素-1β、白细胞介素-6）、YAP及其靶基因（Cyr61、Ankrd1）以及OXPHOS通路的Cox5b、Sdhc基因水平显著上调，与测序结果一致。相互作用网络分析预测到8个关键基因。结论NASH早期肝细胞代谢水平的变化可能与YAP活性增加有关。

简介：摘要英国将对健康婴儿进行基因测序试验，Leslie Biesecker及其同事表示，在适当年龄进行的基因筛查检测有助于减轻遗传性疾病的负担，但David Curtis认为新生儿群体无法对基因筛查表达认可，并且这可能会使我们的大量个人数据信息被滥用。

简介：摘要报道临床症状不典型的家族性黑棘皮病1家系。先证者女，4岁，自1周岁时，颈部、腹部出现黑色斑片，近年来逐渐扩大至唇周、躯干前部。腹部皮肤反射式共聚焦显微镜检查可见乳头环下延扭曲及沟壑结构，乳头环内可见中高折光颗粒结构。先证者父亲及祖母既往有类似病史，但随着年龄增长色素沉着自发性消退，仅有局部皮纹增粗。采集先证者及父母、祖母外周血，对先证者外周血DNA行Panel靶向测序，结果显示，先证者存在FGFR3基因14号外显子c.1949A>C（p.Lys650Thr）错义突变，Sanger测序验证证实先证者及其父亲和祖母均存在此突变。诊断：家族性黑棘皮病。

简介：摘要目的通过转录组测序和生物信息学分析，探究小胶质细胞炎症激活的关键通路和基因。方法使用质量浓度为1 μg/ml的脂多糖对小胶质细胞进行刺激，建立小胶质细胞炎症模型。使用ELISA法和RT-qPCR检测小胶质细胞炎症模型IL-6和TNF-α水平。对建立的小胶质细胞炎症模型进行转录组测序，采用生物信息学方法筛选出差异表达基因。对差异表达基因进行GO分析和KEGG分析。使用String数据库构建差异表达基因的蛋白互作网络，并使用Cytoscape软件进行蛋白互作网络的可视化。使用MCODE应用程序提取蛋白互作网络的模块，使用cytohubba应用程序提取枢纽基因。采用RT-qPCR验证枢纽基因的mRNA表达水平。对枢纽基因进行富集分析，预测其靶向miRNA，预测可能与其作用的药物。结果经ELISA和RT-qPCR检验，小胶质细胞炎症模型建立成功。通过转录组测序和生物信息学分析，筛选出434个差异表达基因。GO分析显示这些差异表达基因主要集中在细胞对细胞因子刺激的反应、炎症反应、对外界刺激反应的调节等条目。KEGG分析显示这些差异表达基因主要集中在趋化因子信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路等通路。构建了这些差异表达基因的蛋白互作网络图，并进行了模块分析和枢纽基因的提取，枢纽基因大部分位于模块1内，模块1的种子基因为S1pr1，枢纽基因包括S1pr1、Cxcr4、Cx3cl1、Cx3cr1、Cxcl10、Cxcl2、Ccl4、Ccl5、Ccl9、Fpr1。RT-qPCR结果显示，与培养液组相比，脂多糖组中S1pr1、Cxcr4、Cx3cl1、Cx3cr1的mRNA表达下调，Cxcl10、Cxcl2、Ccl4、Ccl5、Ccl9、Fpr1的mRNA表达上调。枢纽基因的富集分析主要集中在趋化因子介导的信号通路、视紫红质样受体、细胞趋化性等条目。预测了可能和枢纽基因作用的miRNA和药物。结论通过对小胶质细胞炎症模型进行转录组测序和生物信息学分析，筛选出了差异表达基因，提取了枢纽基因和种子基因，有助于进一步理解小胶质细胞炎症的分子机制，为相关疾病的诊治提供潜在的靶点。