简介：摘要目的探讨宏基因组高通量测序技术（mNGS）在异基因造血干细胞移植术后感染患者中的应用价值。方法回顾性分析2019年4月至2020年11月于北京大学血液病研究所进行异基因造血干细胞移植术后出现局部或全身感染症状的83例患者，并进行mNGS检测。标本包括外周血、脑脊液、肺泡灌洗液、脓腔穿刺液等，同时分析同期细菌/真菌培养、病毒PCR检测结果，将mNGS结果和常规检测结果进行比对。结果83例患者112份样本进行了mNGS检测，共确定病原微生物34种。其中细菌11种，共17例次，最常见为大肠埃希菌（4/17）。真菌7种，共10例次，白色念珠菌（2/10）。病毒16种，共129例次，细环病毒30.2%（39/129）、CMV 25.6%（33/129）、EBV 14.0%（18/129）。以常规检测手段为金标准，mNGS敏感性为86.5%，特异性为45.0%。单一病原体感染的样本，mNGS与常规检测手段结果一致的共82.9%（29/35）；共感染样本中，mNGS与常规检测结果一致的占16/17。结论mNGS有助于确定感染病原体，可作为常见手段的补充诊断方式。

简介：摘要鉴于目前一代测序通量低，二代测序读长短的限制，一种新的克服上述缺点的技术应运而生。基于纳米孔的三代测序技术不依赖DNA聚合酶的链式反应，通过识别电信号判别碱基，具有广泛的应用前景，同时也面临着更多挑战。目前在在感染性病原、传染病防控、遗传变异及肿瘤诊断等方面有诸多应用。

简介：摘要宏基因组学利用新一代高通量测序技术，以特定环境下病原体基因组为研究对象，在分析病原体多样性、种群结构、进化关系的基础上，进一步探究病原体的群体功能活性、相互作用及其与环境之间的关系，发掘潜在的生物学意义。目前，绝大部分的宏基因组学研究都集中在临床价值评价，宏基因组检测临床应用前分析性能确认的研究相对空白，北京协和医院检验科研究团队结合多年病原宏基因组检测的经验和国内外相关研究成果，就病原宏基因组项目医院本地化开展前的性能确认工作，从临床预期用途、方法学建立、性能确认、标准操作作业书4个方面提出了具体的实施方案，具体包含：标本类型和病原体范围、生物信息流程建立、生物信息分析参考盘制备和评估、湿实验流程的建立、背景核酸数据模型的建立、参考盘制备和全流程的性能确认等。

简介：摘要近年来，随着测序技术、生物信息学分析的迅猛发展，高通量测序（NGS）技术在精准医学中的应用不断深化，主要体现在遗传性疾病诊断、肿瘤基因检测及伴随诊断、感染性疾病检测等方面。相对于传统的临床检验技术，NGS检测步骤繁琐、流程复杂，对结果分析解读要求高。本文介绍了NGS在遗传病诊断、肿瘤检测及感染性疾病检测方面的临床应用，分析了目前临床应用中存在的问题，对实验室的质量管理提出了一些建议。

简介：摘要目的优化和评估粪便和组织样本高通量测序前处理方法，提高高通量测序在宏病毒组研究中的灵敏度。方法针对粪便样本，选取经粪便排毒的5种病毒阳性样本混合模拟样本，对不同材质的滤器、核酸酶不同处理时间、不同的提取核酸方法进行评价。针对组织样本，选取动物组织中检出的2种病毒阳性样本，对过滤、核酸酶处理和不同的核酸提取方法进行评价。采用TaqMan real-time PCR定量方法评价每步处理对每一种模式病毒核酸载量的影响，采用SYBR Green real-time PCR方法对细菌16S rRNA基因和宿主12S rRNA基因进行定量以评价细菌和宿主的去除效果。结果对于粪便样本，使用0.22 μm的PES滤器过滤效果较好，使用PVDF材质滤器导致样本量减少；核酸酶消化2 h比消化1 h去除细菌的效果更好，且病毒损失较少；使用RPMK试剂盒可以有效减少细菌，但对部分病毒提取效果较差，而MVSK试剂盒提取病毒核酸效果较好。对于组织样本，使用0.22 μm的PES滤器过滤病毒损失较少；核酸酶消化1 h可以有效去除宿主gDNA，且病毒损失较少；使用VNAEK II试剂盒提取病毒核酸效果最好，Trizol LS+RPMK方法去除宿主gDNA效果较好，但病毒损失较大。粪便和组织样本的前处理方法整个流程的病毒损失分别为(1.7-3.0)Ct和(1.6-2.5)Ct。结论粪便样本最佳方法为PES滤器过滤、核酸酶消化2 h、MVSK试剂盒提取核酸；组织样本最佳方法为PES滤器过滤、核酸酶消化1 h、VNAEK II试剂盒提取核酸。

简介：摘要目的基于全基因组测序数据，通过内源性激活期间菌株基因组突变分析，开展结核分枝杆菌（MTB）分子钟研究。方法筛选MTB内源性激活全基因组研究文献，下载全基因组测序数据，提取初治-复发配对样本单核苷酸多态性（SNP）差异和菌株分离时间，运用Poisson回归模型拟合初治-复发时间间隔与差异SNP的关系，计算MTB分子钟，估算突变率。结果若MTB传代时间为18 h，0~2年短期内源性激活突变率为6.47×10-10（95%CI：5.59×10-10~7.44×10-10），明显高于2~14年长期内源性激活突变率（3.27×10-10，95%CI：2.88×10-10~3.69×10-10）。0~、1~、2~、3~、5~、7~14年突变率分别为7.10×10-10、6.06×10-10、4.24×10-10、5.34×10-10、2.59×10-10、1.26×10-10。结论内源性激活复发期间，MTB突变率随初治-复发时间间隔增加而下降，本研究从微观层面验证了临床实践观察到的初治结核病2年内易复发现象。

简介：摘要目的应用全基因组测序技术对4例肾脏异常胎儿进行遗传学检测，以寻找其可能的遗传学病因。方法对4例肾脏异常胎儿的孕妇抽取羊水及胎儿父母外周血进行DNA提取，行全基因组测序检测，根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)原则对数据进行判定，拷贝数变异结果与SNP-array结果进行比对，致病性点变异行Sanger测序验证。结果全基因组测序技术检测2例胎儿为拷贝数变异致病，分别为染色体17q12缺失1.45 Mb和1q21.1-21.2重复1.85 Mb；2例胎儿为基因变异致病，分别为PKHD1 c．8301del(p.Asn2768Thr fs*18)和c.4481del(p.Asn1494Thrfs*6)复合杂合变异和BBS12: c．1372dup(p.Thr458Asnfs*5)纯合变异。SNP-array和Sanger测序结果与全基因组测序数据一致。根据ACMG遗传变异分类标准与指南，PKHD1 c．8301del(p.Asn2768Thr fs*18)和c.4481del(p.Asn1494Thrfs*6)变异均为致病性变异(PVS1+PM2+PM3+PP4)，BBS12: c．1372dup(p.Thr458Asnfs*5)变异判定为可能致病性变异(PVS1+PM2)。结论全基因组测序技术可以高效快速的为产前肾脏异常胎儿提供遗传学诊断，并为遗传咨询提供依据。

简介：摘要目的利用全外显子测序技术研究先天性巨指(趾)症的突变基因和位点。方法将2018年6月至2020年5月在我院手术的12例先天性巨指(趾)症患者分为单纯巨指、单纯巨趾、巨指并指、巨趾并趾4组，对患者的病变组织和外周血进行全外显子检测，将4组检测到的突变基因进行交集，对交集结果进行Phenolyzer分析，筛选巨指(趾)症的致病基因，并对外显子测序结果进一步行Sanger测序验证，明确先天性巨指(趾)症的突变基因和位点，对突变基因所编码的蛋白信号通路进行单克隆抗体免疫组化分析，以多指患儿脂肪细胞作为对照组进行比较，观察目标蛋白表达情况。结果根据全外显子测序综合生物信息分析及Sanger验证结果，筛选出PIK3CA基因突变为巨指(趾)症的致病基因，突变位点为10号外显子c.G1624A(p.E542K)、c.G1633A(p.E545K)；21号外显子c.A3140G(p.H1047R)、c.G3145C(p.G1049R)，其中c.G3145C(p.G1049R)位点是首次发现，病变组织的AKT单克隆抗体免疫组化分析显示巨指的AKT蛋白表达较多指明显增强。结论PIK3CA基因突变所导致的PI3k-AKT信号通路过度表达是导致先天性巨指(趾)症的原因。

简介：摘要遗传学检测技术的更新迭代不断推动着人类对遗传病的理解，但由于现有技术的局限性，无法识别部分变异或尚未构建部分变异与表型之间的联系，故仍有约半数的遗传病未得到明确诊断。近十余年来，以纳米孔测序和单分子实时测序为代表的三代测序技术，弥补了二代测序的技术盲区，在串联重复序列分析、结构变异、单倍型分析等遗传学检测的各方面展示出其优势。本文就测序技术的发展、三代测序技术的原理和技术特点、在遗传病诊断中的应用进行阐述。

简介：摘要患儿 男，5小时龄，因“胎龄35+2周早产、全身水肿5 h”于2021年6月入复旦大学附属儿科医院新生儿重症监护病房。患儿出生后表现为全身水肿、窒息，体重和头围均大于P97，存在低血糖、呼吸衰竭、心功能不全、持续性肺动脉高压和隐睾等。住院期间患儿临床症状呈进行性加重，入院第4天应用极速家系全基因组测序流程，用时23.5 h检测到HRAS基因1个新发杂合致病变异：c.35G>A，p.Gly12Asp，确诊Costello综合征，及时调整了治疗决策。

简介：摘要目的探究与扩张型心肌病(DCM)发生相关的突变基因位点。方法2019年12月至2021年6月，通过"儿童DCM易感基因研究项目"招募DCM患儿6例和健康儿童3例进行前瞻性研究。6例患儿，年龄4个月~14岁，其中女5例，男1例；3例健康儿童，年龄3~13岁，其中女2例，男1例。对研究对象进行全外显子测序，应用生物信息学方法筛选致病基因，同时采集对应患儿一级亲属静脉血，对基因突变所在区域进行一代测序。结果共筛选出4个可能与DCM相关的突变基因位点，患儿1发现亲联蛋白2(JPH2)基因c.2011-3C>G突变，受检者为纯合突变(GG)，受检者父母为杂合突变(CG)。患儿1同时发现肌联蛋白(TTN)基因c.G49415A突变，受检者为纯合突变(AA)，受检者父母为杂合突变(GA)。患儿4发现TTN基因c.G23033A突变，受检者及受检者父亲为杂合突变(GA)，其母为野生型(GG)。患儿5发现TTN基因c.16975_16978del突变，受检者及受检者父亲为杂合突变(TCTTC/T)，其母为野生型(TCTTC/TCTTC)。结论本研究共发现4个与DCM发病相关的致病基因位点，丰富了DCM疾病基因谱，为精准医疗的实施提供了靶点。

简介：摘要目的通过下一代测序（NGS）技术分析晚期胆道肿瘤患者的基因状态，了解胆道肿瘤靶向药物相关基因及免疫疗效相关生物学标记物特征，以期指导临床用药。方法回顾性分析2016—2021年间海军军医大学第三附属医院肿瘤科进行NGS检测的108例不可切除的晚期胆道肿瘤患者，收集这些患者的临床病例特征及NGS数据并进行基因特征分析。结果108例胆道肿瘤患者共涉及180个基因位点突变，包括晚期胆道肿瘤8种靶向成药相关基因及3种免疫疗效预测标志物。肿瘤细胞PD-L1表达阳性率为17.6%。TMB最高值48.46 mut/Mb，中位数为2.9 mut/Mb。TMB-H患者共6例，MSI-H患者共6例，提示其TMB高于MSS/MSI-L。结论通过NGS分析基因特征可为晚期胆道肿瘤患者筛选到更精准的治疗方案，或为其带来更长的生存获益。

简介：摘要：目的探讨肺泡灌洗液二代测序在重症肺炎患者中的应用效果。方法选取2022年1月至2022年6月在我院急诊科收治的30例重症肺炎并行肺泡灌洗液二代测序的患者为研究对象，按照检测方法分常规组和观察组，各15例。常规组患者进行普通微生物培养，观察组在对照组的基础上采用肺泡灌洗液mNGS检测。比较两组患者检测的病原菌的数量和分布情况、灵敏度、特异度及准确率。结果：常规组G－菌(17株)              、G＋菌(11株) 、病毒(9株)、真菌(2株)、检出均低于观察组G－菌(33株)、G＋菌(25株)、病毒(17株)、真菌(3株)；常规组患者检测的灵敏度为（83.67%）、特异度为（53.33%）、准确率（60.00%），低于观察组患者检测的灵敏度为（100.00%）、特异度为（100.00%）、准确率（93.33%），两组检测方法相比，差异有统计学意义（P

简介：摘要：感染性疾病是人类发病及死亡的主要原因之一。目前全球流行的新冠疫情就是感染性疾病中的一种，其给人类带来的死亡及直接或间接经济损害有目共睹。病原学的快速精准判断对感染性疾病的治疗起到关键性作用。然而传统病原学检测技术却有着诸如病原检测单一、精确度低、检测周期长、病毒及特殊病原体难以得到阳性结果等局限，因而导致临床治疗中常常出现在延误治疗时机或者抗菌药物滥用等情况。二代测序技术（Next-generation sequencing,NGS）以其高通量、覆盖度广、精确度高等优势，通过对样本所含基因进行测序，进一步明确细菌、真菌、病毒、寄生虫等病原体，为临床出现的新发、多重及疑难感染性疾病的确诊提供帮助。本文通过综述NGS的基本原理、临床应用，认识其现阶段存在的优缺点，使广大医疗工作者对NGS这一种新型的感染性疾病诊断工具有一定了解。

简介：

简介：摘要Y连锁遗传性耳聋家系的发现，使遗传性耳聋的遗传方式涵盖了全部孟德尔单基因病的遗传方式，为Y染色体的结构和功能研究展开了一个新的画面。作为男性性别决定的染色体，Y染色体大部分区域可以逃脱基因交换作用，从而存在大量的重复序列。这使得研究Y连锁遗传性耳聋的致病机制、重复序列的存在意义、Y染色体的生物学功能，困难重重。本文回顾了Y连锁遗传性耳聋家系的研究进展、Y染色体的功能以及长读长测序技术对Y染色体测序的可能发现，以期为Y连锁遗传性耳聋的研究提供思路与参考。

简介：摘要下呼吸道感染在我国所致的社会和经济负担巨大，针对下呼吸道感染的病原体进行早期快速检测，是提高患者救治成功率的重要途径。经典的微生物分离和培养等传统的病原学检测方法存在如操作复杂、耗时长、阳性率低等诸多局限，因此，临床实践中迫切需求呼吸道病原体的新型快速精准检测方法。近年来，纳米孔基因测序技术飞速发展，其具备长读长、设备便携、可进行实时测序和直接分析等技术优势，使其在呼吸系统感染中的病原学诊断方面展示出了巨大的潜力。本文将从纳米孔测序技术的进展及其在呼吸系统感染性疾病中的应用做一综述，以期为临床病原学快检提供新思路，更好的为临床服务。

简介：摘要目的观察髓质海绵肾(MSK)患者基因特点，探讨遗传因素在MSK发生中的作用。方法采用全基因组测序，对7例髓质海绵肾结石患者进行基因检测，并与正常人基因组进行差异分析，基因型频率差异倍数在10倍以上，认为在患者和对照之间差异有统计学意义，可能与疾病发生明显相关。通过基因本体(GO)分析出其与髓质海绵肾发生存在的关系，筛选出在中国人群中该疾病发生相关的因素，为进一步的筛查诊断及治疗提供依据。结果髓质海绵肾患者存在两类出现频率较高的基因，分子功能方面(GO：0005488 Gene 1003，GO：0003674 Gene 1138，GO：0005515 Gene 795，GO：0005509 Gene 86，GO：0043167 Gene 470)，生物过程方面(GO：0007275 Gene 440，GO：0048856 Gene 463，GO：0032502 Gene 487，GO：0009653 Gene 232，GO：0032501 Gene 566)，可能导致髓质海绵肾的易感性。结论MSK患者存在基因水平的结石易感性。

简介：摘要目的提高对母细胞性浆细胞样树突细胞肿瘤（BPDCN）的诊断及鉴别诊断水平。方法分析广西医科大学第一附属医院2020年6月收治的1例BPDCN患者的临床资料，总结其临床表现及实验室检查的特点，并复习相关文献。结果本例患者有皮肤受累，肿瘤细胞有大伪足，高表达CD123，且CD4、CD56阳性，cCD3、MPO、cCD79a、CD19阴性，符合BPDCN表现。结论BPDCN的临床表现及细胞形态缺少特异性，主要借助免疫表型进行诊断及鉴别诊断。

简介：摘要目的探讨MYCN对NK细胞的调控作用及其介导神经母细胞瘤（neuroblastoma，NB）细胞免疫逃逸机制。方法采用荧光原位杂交法（FISH）法和免疫组织化学法检测NB组织MYCN的表达情况，流式细胞术检测外周血NK细胞数量及比例、NK细胞的活化、NK细胞表面活化受体和NB细胞表面相应配体的表达状况；干扰/过表达NB细胞系MYCN，与分选的健康儿童NK细胞进行共培养，ELISA法检测共培养上清中细胞因子的分泌状况，4 h乳酸脱氢酶（LDH）释放法检测NK细胞对NB细胞的杀伤性。结果MYCN高表达NB患儿外周血NK细胞数量（F = 45. 53，P = 0. 0002）及比例（F = 43. 93，P = 0. 0003）显著减少，MYCN可显著抑制γ-干扰素、颗粒酶B和穿孔素的释放[SK-N-BE （2）：t = 9. 10，P = 0. 0008；t = 4. 76，P = 0. 0089；t = 4. 66，P = 0. 0096；SH-SY-5Y：t = 16. 79，P < 0. 0001；t = 35. 85，P < 0. 0001；t = 24. 66，P < 0. 0001]，抑制NK细胞的活化和对靶细胞的杀伤作用[SK-N-BE（2）：t = 7. 25，P = 0. 0019；SH-SY-5Y：t = 33. 07，P < 0. 0001]，MYCN高表达促进NK细胞NKG2A的表达[SK-N-BE（2）：t = 9. 25，P = 0. 0008；SH-SY-5Y：t = 14. 65，P = 0. 0001]，抑制NKG2D的表达[SK-N-BE（2）：t = 7. 21，P = 0. 0020；SH-SY-5Y：t = 8. 66，P = 0. 0010]，同时抑制NB细胞中NKG2D配体MICA[SK-N-BE（2）：t = 18. 35，P < 0. 0001；SH-SY-5Y：t = 56. 90，P < 0. 0001]和MICB[SK-N-BE（2）：t = 22. 40，P < 0. 0001]的表达。结论NB中高表达的MYCN可通过抑制NK细胞的数量及活性从而抑制NK细胞对NB细胞的杀伤介导NB细胞免疫逃逸。