简介：摘要目的通过与细菌培养及血清生物学标志对比，探讨二代测序技术(NGS)对人工关节置换术后假体周围感染(PJI)的诊断价值。方法选取2017年7月到2019年12月在聊城市人民医院关节外科因假体周围感染或无菌性松动行关节翻修手术，排除初始关节液无法采集到，通过关节内注射生理盐水获得样本的患者及其他部位存在感染病灶的患者，共纳入患者35人(35例)根据美国肌骨骼感染协会(MSIS)的诊断标准，15例患者纳入感染组，20例患者纳入非感染组。术前两组患者常规检查血沉(ESR)、C反应蛋白(CRP)、降钙素原(PCT)、白介素6(IL-6)及D-二聚体(D-Dimer)。所有患者术前均行关节穿刺，穿刺液检测白细胞计数、白细胞分类、细菌培养及NGS。计算ESR、CRP、PCT、IL-6及D-Dimer的受试者操作特性曲线(ROC)的曲线下面积(AUC)。计算NGS、细菌培养及各项血清学标志物的诊断精确度、敏感性及特异性。结果髋关节19例(54.3%)，膝关节16例(45.7%)。男性21例(60.0%)，女性14例(40.0%)，年龄67.0(62.0，74.0)岁。感染组15例患者中NGS结果阳性14例(93.3%)，细菌培养结果阳性7例(46.7%)。非感染组NGS结果阴18例(90.0%)。ESR及D二聚体的AUC分别为0.667和0.572(均为P>0.05)。CRP、IL-6及PCT的AUC分别为0.827、0.767及0.808(均为P<0.01)。NGS、细菌培养、CRP、IL-6及PCT的精确度分别为0.91、0.74、0.77、0.74及0.83。NGS与CRP、IL-6、PCT、细菌培养两两比较，总体检测结果差异有统计学意义(P<0.01)。NGS与CRP、IL-6、PCT、细菌培养两两比较，NGS敏感性更高(P<0.05)。NGS与CRP比较特异性更好(P<0.05)。NGS与IL-6、PCT及细菌培养比较，特异性差异无统计学意义(P>0.05)。结论NGS比细菌培养及常用的血清学标志物有更高的精确度及敏感性，在PJI的诊断中具有更大的价值。

简介：摘要目的用二代测序技术(NGS)检测结直肠癌患者的基因状态特征。方法收集2016年8月至2020年12月90例结直肠癌患者血液和组织样本，利用NGS技术1021panel进行检测分析驱动基因突变情况。结果43例组织标本和83份血液标本，同时有血液和组织标本患者36例。组织标本中KRAS和BRAF突变比例分别为51.2%(22/43)和20.9%(9/43)，同时发现3例罕见的KRAS与BRAF共突变；血液标本中KRAS和BRAF突变比例分别为26.5%(22/83)和10.8%(9/83)；同时有血液和组织标本患者的KRAS和BRAF突变比例分别为52.8%(19/36)和10.8%(8/36)。结论结直肠癌患者中组织标本KRAS突变和文献报道的比例相似，BRAF突变比例更高，罕见KRAS与BRAF共突变的比例也高于国外报道。

简介：摘要目的探讨宏基因二代测序(metagenomics next-generation sequencing，mNGS)技术对肝脓肿病原学诊断的价值。方法前瞻性纳入2020年2月至2021年4月复旦大学附属中山医院急诊科收治的35例肝脓肿患者，采用常规微生物培养法和mNGS技术分别检测血液和脓肿引流液样本。并将患者按是否出现休克分为两组，采用SPSS 25.0进行统计学分析，对比分析两组患者之间的差异。结果mNGS技术在血液样本和引流液样本中总体检测阳性率显著高于常规培养法(血液：67.6% vs. 15.2%，P<0.05；引流液：100% vs. 55.2%，P<0.05)。35例肝脓肿病例中71.4%检出致病病原体为肺炎克雷伯菌。休克组患者脓肿引流液样本中mNGS检测出的致病病原体序列数显著高于非休克组(P<0.05)。结论mNGS能够快速准确的检测出肝脓肿的致病病原体，为临床精准治疗提供重要的病原学依据。

简介：【摘要】目的：本研究旨在探讨宏基因组二代测序（mNGS）在预测院内感染方面的应用价值，并与常规微生物学检测（CMT）进行比较。方法：我们回顾性分析了2022年1月至2022年12月在我院收治的75例疑似院内感染患者。所有样本都同时进行了CMT和mNGS检测。结果：通过CMT确诊感染的有30例（40%），而通过mNGS确诊的有45例（60%）。统计分析显示，mNGS在诊断准确性（P=0.01）、报告时间（P=0.004）、病原体种类检出（P=0.003）以及混合感染检出率（P=0.01）方面均显著优于CMT。结论：mNGS在院内感染的预测和诊断方面具有高度的应用价值，表现出对多种病原体以及混合感染的高灵敏度和准确度，且能在更短的时间内给出结果。

简介：摘要目的评价宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染诊断中的潜在应用价值。方法回顾性分析青岛市胸科医院脊柱外科2019年1月至12月临床确诊为骨关节感染的37例住院患者临床资料。所有患者均经过穿刺或手术途径获取感染病灶核心部位组织样本，分别对样本进行分枝杆菌、需氧菌和厌氧菌常规培养，结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。采用卡方检验或Fisher确切概率法比较mNGS和常规培养病原体及单纯细菌感染检出率。以临床确诊为金标准，比较常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测对骨关节结核分枝杆菌感染的诊断效能，同时采用受试者工作特征曲线(ROC)评估三种方法在骨关节结核诊断中的价值。采用配对t检验比较患者抗感染治疗前后白细胞(WBC)计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白。P<0.05为差异有统计学意义。结果37例患者年龄32～90岁。感染部位：31例为脊柱，6例为其他骨关节。入院前症状：12例患者表现为感染部位疼痛和发热，11例表现为疼痛，5例表现为疼痛和活动受限，5例表现为疼痛、发热、乏力及食欲减退，2例表现为疼痛、发热及活动受限，1例表现为疼痛伴体质量减轻，1例表现为疼痛、发热伴腹泻。mNGS共发现3类病原微生物，累计检出频次为42例次，其中细菌39例次(包括10个菌属)，占92.8%(39/42)；真菌2例次，占4.8%(2/42)；柯克斯体1例次，占2.4%(1/42)。37例患者中单纯细菌感染29例，占78.4%(29/37)；单纯真菌感染2例，占5.4%(2/37)；单纯柯克斯体感染1例，占2.7%(1/37)；5例患者同时检测出两种及以上病原体，占13.5%(5/37)。37例患者mNGS和常规培养病原体检出率分别为100.0%(37/37)和67.6%(25/37)，差异有统计学意义(χ2＝13.987，P<0.05)；29例单纯细菌感染患者mNGS和常规培养检出率分别为100.0%(29/29)和69.0%(20/29)，差异有统计学意义(χ2＝16.913，P<0.05)。常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测诊断骨关节结核分枝杆菌感染的ROC曲线下面积分别为0.958(95%CI：0.866～1.000，P<0.05)、1.000(95%CI：1.000～1.000，P<0.05)和0.958(95%CI：0.866～1.000，P<0.05)，诊断效能均较好。37例患者均根据mNGS及常规培养结果进行针对性抗感染药物治疗，其中28例接受手术干预。随访至2020年4月30日，1例患者死亡。随访3个月后患者WBC计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白分别为(5.5±1.5)×109/L、(41±38)mm/h和(5.0±4.6)mg/L，均低于抗感染治疗前水平[(8.0±2.9)×109/L、(79±42)mm/h和(63±52)mg/L]，差异均有统计学意义(t＝6.536、8.302和6.373，P均<0.05)。结论mNGS对于骨关节感染的鉴别诊断可能具有重要临床价值。

简介：无

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序技术（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）在新生儿脓毒症病原诊断及对临床决策中的影响。方法回顾性选择2019年1月至2021年2月复旦大学附属上海市第五人民医院新生儿病房收治的疑似脓毒症、同时行mNGS及血培养检测的新生儿为研究对象，分析mNGS检出病原是否受抗菌药物影响及对临床治疗和管理的影响。结果共收治35例疑似脓毒症、同时行mNGS和血培养检查的患儿，确诊脓毒症24例，其中病原体阳性12例（mNGS+血培养阳性3例，仅mNGS阳性8例，仅血培养阳性1例），确诊脓毒症新生儿中mNGS病原检出率高于血培养检出率（45.8%比16.7%，P=0.049），mNGS和血培养一致性为74.3%。21例（60.0%）检测前使用过抗菌药物，14例未使用过抗菌药物，检测前是否使用抗菌药物mNGS和血培养的病原检出率差异均无统计学意义（19.0%（4/21）比4.8%（1/21），P=0.343；28.6%（4/14）比21.4%（3/14），P=1.000）。8.6%的患儿因mNGS结果调整了临床用药。结论mNGS可提高新生儿脓毒症病原检出率，与血培养有较好的一致性，值得应用于新生儿脓毒症临床诊疗。

简介：摘要目的评价宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染诊断中的潜在应用价值。方法回顾性分析青岛市胸科医院脊柱外科2019年1月至12月临床确诊为骨关节感染的37例住院患者临床资料。所有患者均经过穿刺或手术途径获取感染病灶核心部位组织样本，分别对样本进行分枝杆菌、需氧菌和厌氧菌常规培养，结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。采用卡方检验或Fisher确切概率法比较mNGS和常规培养病原体及单纯细菌感染检出率。以临床确诊为金标准，比较常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测对骨关节结核分枝杆菌感染的诊断效能，同时采用受试者工作特征曲线(ROC)评估三种方法在骨关节结核诊断中的价值。采用配对t检验比较患者抗感染治疗前后白细胞(WBC)计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白。P<0.05为差异有统计学意义。结果37例患者年龄32～90岁。感染部位：31例为脊柱，6例为其他骨关节。入院前症状：12例患者表现为感染部位疼痛和发热，11例表现为疼痛，5例表现为疼痛和活动受限，5例表现为疼痛、发热、乏力及食欲减退，2例表现为疼痛、发热及活动受限，1例表现为疼痛伴体质量减轻，1例表现为疼痛、发热伴腹泻。mNGS共发现3类病原微生物，累计检出频次为42例次，其中细菌39例次(包括10个菌属)，占92.8%(39/42)；真菌2例次，占4.8%(2/42)；柯克斯体1例次，占2.4%(1/42)。37例患者中单纯细菌感染29例，占78.4%(29/37)；单纯真菌感染2例，占5.4%(2/37)；单纯柯克斯体感染1例，占2.7%(1/37)；5例患者同时检测出两种及以上病原体，占13.5%(5/37)。37例患者mNGS和常规培养病原体检出率分别为100.0%(37/37)和67.6%(25/37)，差异有统计学意义(χ2＝13.987，P<0.05)；29例单纯细菌感染患者mNGS和常规培养检出率分别为100.0%(29/29)和69.0%(20/29)，差异有统计学意义(χ2＝16.913，P<0.05)。常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测诊断骨关节结核分枝杆菌感染的ROC曲线下面积分别为0.958(95%CI：0.866～1.000，P<0.05)、1.000(95%CI：1.000～1.000，P<0.05)和0.958(95%CI：0.866～1.000，P<0.05)，诊断效能均较好。37例患者均根据mNGS及常规培养结果进行针对性抗感染药物治疗，其中28例接受手术干预。随访至2020年4月30日，1例患者死亡。随访3个月后患者WBC计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白分别为(5.5±1.5)×109/L、(41±38)mm/h和(5.0±4.6)mg/L，均低于抗感染治疗前水平[(8.0±2.9)×109/L、(79±42)mm/h和(63±52)mg/L]，差异均有统计学意义(t＝6.536、8.302和6.373，P均<0.05)。结论mNGS对于骨关节感染的鉴别诊断可能具有重要临床价值。

简介：摘要目的探讨宏基因二代测序技术检测尿路感染患者尿液中多瘤病毒的临床价值。方法2018年9月至2020年4月复旦大学附属中山医院收治的送检尿液宏基因二代测序的尿路感染患者共33例。采用随机扩增法、脱氧核糖核酸纳米球、华大基因公司BGI-500测序平台及BWA算法为基础的比对法等技术对尿液标本的核酸提取物进行二代测序分析，以尿标本中多瘤病毒核酸序列数>100为入选标准，分析检出多瘤病毒的类型、深度、覆盖度、丰度及序列数等参数。采用Taq Man探针实时定量聚合酶链反应（PCR）法验证并检测多瘤病毒DNA载量。结果30.3%（10/33）的患者尿标本中检出JC多瘤病毒，其中1例合并检出BK多瘤病毒。所有患者在检测前均使用抗菌药物治疗，但仅一例尿培养阳性。JC多瘤病毒检出的深度均值为35.9，覆盖度均值96.8%，相对丰度均值92.6%，唯一比对序列数均值为3 154。实时定量PCR法检测10例患者尿中JC多瘤病毒DNA载量在5.84×103~6.55×108拷贝/ml，均值为6.82×107拷贝/ml，其中9例患者（均为免疫受损者）的病毒载量超过5×104拷贝/ml，与宏基因二代测序结果基本相符。每1 M数据中的严格比对序列数（RPM）与CD4+T细胞计数存在线性负相关（R2=0.84，P=0.004）。其中1例患者经西多福韦治疗后症状及尿检指标好转，随访尿液宏基因二代测序检查JC多瘤病毒的序列数及RPM值明显下降，实时定量PCR法证实尿中病毒DNA载量亦下降。结论宏基因二代测序技术在病毒性尿路感染的诊断中有着重要意义。西多福韦可能是治疗多瘤病毒尿路感染的一个选择。

简介：大约从2009年夏天开始，“富二代”“穷二代”和“官二代”这几个新鲜词汇开始在网络上蹿红。而在2010年全国“两会”上，“二代”话题正式进入最高民意机构的视野，代表和委员发表自己的看法，或者忙着澄清社会舆论的质疑。主要来自网络的这些概念，已经成为公共话语。

简介：2007年9月28日，在《Science》国际顶级学术期刊的网站上，同时查询到3篇突破性的基础研究成果。这三篇文章的研究对象和领域完全不同，分别涉及了对人类基因组变异的研究，蜜蜂社会性的进化讨论以及灭绝的古生物线粒体全序列的测定。然而共同的一点是，这三篇文章使用的分析数据和实验结果都来自罗氏454公司研发的高通量测序技术平台GenomeSequencer-TM。在1周的时间里就有3篇GS系统在不同研究领域的文章发表在《Science》上，由此累计已有近100篇GenomeSequencer-TM的应用成果发表在《Nature》，《Science》，

简介：摘要我国重症社区获得性肺炎常见病原体为肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、病毒以及嗜肺军团菌等，由诺卡菌引起两肺弥漫性病变为影像特征的CAP较为少见。因诺卡菌培养时间较长，故临床工作中易造成漏检。通过本例患者的诊治过程提示气管内深部痰涂片检查对发现诺卡菌可能具有重要提示意义。可以提醒临床微生物室检验员延长培养时间。近年来微生物二代基因测序诊断技术对发现少见菌，如诺卡菌及该菌种的鉴定价值很大。尽早明确重症社区获得性肺炎的病原体是救治成功的关键。

简介：

简介：摘要胰腺癌病死率高，5年生存率仅有8%。PDAC占所有胰腺恶性肿瘤约90%，早期诊断困难，手术切除是其唯一可能的治愈方法，治疗方式一直缺少突破性进展。二代测序(NGS)可以发现PDAC的突变基因，运用NGS的PDAC分子分型提出了PDAC的潜在治疗靶点和发生机制。NGS还可以应用于生物标志物的检测，有助于早期诊断和术后随访。对患者进行NGS检测可以对药物作用靶点进行筛选，提供个体化治疗的可能。

简介：摘要目的探讨二代测序(NGS)技术在Lynch综合征相关基因胚系突变检测中的价值。方法采用免疫组化方法检测2016—2018年在山东省立医院手术切除的肿瘤组织中MutL homolog 1 (MLH1)、PMS1 homolog 2(PMS2)、MutS homolog 2(MSH2)和MutS homolog 6(MSH6) 4种DNA错配修复(MMR)蛋白的表达情况。根据MMR的表达情况和临床资料，选取45例疑似Lynch综合征患者，提取其经显微镜证实无癌累及正常组织的DNA，对MLH1和MSH2等12个基因进行NGS测序分析，应用生物信息学技术分析基因胚系突变位点和意义。采用Sanger测序对10例患者的可疑致病位点进行验证。结果免疫组化检测显示，45例肿瘤组织标本中，MLH1和PMS2表达缺失22例，MSH2和MSH6表达缺失16例，MMR蛋白表达正常7例。NGS显示，28例结肠癌患者的正常组织样本中，4例有MLH1致病性突变，1例有MLH1疑似致病性突变，2例有MSH2致病性突变，2例有MSH2疑似致病性突变。6例直肠癌、6例胃癌和7例免疫组化检测MMR表达正常结直肠癌患者的正常组织样本中均未见明显MMR基因突变。5例子宫内膜癌患者的的正常组织样本中，MLH1和MSH2致病性突变各1例，MLH1疑似致病性突变1例。此外，NGS还检测到许多其他基因异常和未见报道的基因突变。Sanger测序均检测到与NGS检测结果相同的MLH1和MSH2基因突变位点。结论高通量NGS技术可以快速、准确、可靠地检测到疑似Lynch综合征患者的异常基因，对消化道等遗传性肿瘤的相关基因检测具有广阔的应用前景。

简介：摘要目的分析宏基因组二代测序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）技术在脑脓肿病原菌检测中的应用价值。方法回顾性分析天津市环湖医院2019年1月至2021年12月年脑脓肿患者资料，所有患者均行立体定向下脓肿穿刺引流。根据病原菌检测方法不同，分为细菌培养组（仅行细菌培养）与mNGS组（行mNGS同时行细菌培养）。比较两组患者的临床症状、脓肿部位、细菌培养和mNGS结果，抗生素应用方案及预后，对两组患者细菌检测结果进行分析，并对患者抗生素应用情况及预后进行比较。采用X2检验或精确概率法及Mann-Whitney U检验，比较两组差异有无统计学意义。结果共纳入脑脓肿患者43例，其中细菌培养组21例，mNGS组22例。细菌培养组细菌阳性率42.9%（9/21），mNGS组细菌培养阳性率45.5%（10/22）。mNGS检测阳性率100%（22/22），细菌培养组仅3例有较明确的细菌来源，mNGS组根据细菌结果17例明确细菌来源，两组差异有统计学意义（χ2=19.69，P<0.001）。细菌培养回报时间为7.0（4.0，7.0）d，mNGS回报时间为1.5（1.5，1.5）d，两组细菌回报时间差异有统计学意义（Z=0.00，P<0.001），细菌培养组抗生素使用费用为2.40（0.56，3.10）万元，mNGS组抗生素使用费用为1.20（0.21，2.00）万元，两者差异有统计学意义（Z=5.22，P=0.026）。结论mNGS能够快速准确地明确脑脓肿病原菌种类及来源，指导临床更有针对性地应用抗生素，降低抗生素使用费用，是脑脓肿病原菌检测的有效手段。

简介：摘要目的探讨二代测序(NGS)技术在Lynch综合征相关基因胚系突变检测中的价值。方法采用免疫组化方法检测2016—2018年在山东省立医院手术切除的肿瘤组织中MutL homolog 1 (MLH1)、PMS1 homolog 2(PMS2)、MutS homolog 2(MSH2)和MutS homolog 6(MSH6) 4种DNA错配修复(MMR)蛋白的表达情况。根据MMR的表达情况和临床资料，选取45例疑似Lynch综合征患者，提取其经显微镜证实无癌累及正常组织的DNA，对MLH1和MSH2等12个基因进行NGS测序分析，应用生物信息学技术分析基因胚系突变位点和意义。采用Sanger测序对10例患者的可疑致病位点进行验证。结果免疫组化检测显示，45例肿瘤组织标本中，MLH1和PMS2表达缺失22例，MSH2和MSH6表达缺失16例，MMR蛋白表达正常7例。NGS显示，28例结肠癌患者的正常组织样本中，4例有MLH1致病性突变，1例有MLH1疑似致病性突变，2例有MSH2致病性突变，2例有MSH2疑似致病性突变。6例直肠癌、6例胃癌和7例免疫组化检测MMR表达正常结直肠癌患者的正常组织样本中均未见明显MMR基因突变。5例子宫内膜癌患者的的正常组织样本中，MLH1和MSH2致病性突变各1例，MLH1疑似致病性突变1例。此外，NGS还检测到许多其他基因异常和未见报道的基因突变。Sanger测序均检测到与NGS检测结果相同的MLH1和MSH2基因突变位点。结论高通量NGS技术可以快速、准确、可靠地检测到疑似Lynch综合征患者的异常基因，对消化道等遗传性肿瘤的相关基因检测具有广阔的应用前景。

简介：摘要目的比较宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing，mNGS)与传统病原学诊断方法对艾滋病患者肺部感染病原学诊断的优劣，为临床诊治提供参考依据。方法回顾北京佑安医院感染科2019年7月至2021年1月行mNGS检测的艾滋病患者其出院主诊断为肺部感染者。对mNGS送检呼吸道样本的病例进行分析，比较mNGS检测与传统临床检测结果对肺部感染诊断的敏感性、诊断效能及在不同病原体中的检测价值。结果共55例艾滋病合并肺部感染患者入组。29例送检呼吸道样本的病例中，mNGS检测对肺部感染病原诊断敏感性显著高于传统检测方法(89.7% vs. 37.9%, P<0.001)。二者诊断结果一致性较差(Kappa＝0.249，P＝0.170)，体现在mNGS在诊断细菌性感染(90.9% vs. 9.1%, P<0.001)、肺孢子菌(仅mNGS检测到)及非结核分枝杆菌感染(仅mNGS检测到)中优于传统诊断方法。结论相较于传统临床诊断方法，mNGS检测对诊断艾滋病患者肺部感染具有较高敏感性，尤其在细菌、肺孢子菌及非结核分枝杆菌感染的诊断中更具优势。

简介：摘要目的对3例无焦痂恙虫病患儿的病原宏基因组二代测序技术(mNGS)检测结果进行分析，探讨其在临床的应用价值。方法回顾性分析。2018年6月至2019年10月温州医科大学附属第二医院、育英儿童医院收治的3例重症无焦痂儿童恙虫病的临床资料，2例为5岁男童，1例为6岁女童。3例患儿的外周血均进行mNGS检测。结果3例患儿经mNGS检测后均提示恙虫病东方体感染，且未并其他病原感染。例1死亡，例2和例3治愈出院。结论无焦痂恙虫病患儿早期诊断困难。对于临床感染性疾病，特别是早期无法确诊的疑难危重性感染性疾病，mNGS能够提供快速准确的病原学诊断支持，为精准治疗提供帮助。

简介：无