简介：摘要采用二代测序技术对1例以牙本质发育不全为主要临床表现的Ⅲ型成骨不全患者及其父母进行致病基因鉴定，并对临床和遗传资料进行分析。测序结果显示，患者Ⅲ型成骨不全相关基因COL1A2存在错义突变：c.1171G>A；p.Gly391Ser，家系鉴定结果显示该突变来自患者父亲。COL1A2基因突变（c.1171G>A；p.Gly391Ser）可能是以牙本质发育不全为主要临床表现的Ⅲ型成骨不全的致病因素之一。

简介：摘要目的采用荧光引物PCR结合毛细管电泳的方法分析1个脊髓小脑共济失调(spinocerebellar ataxia，SCA)家系的基因变异情况，进行疾病分型，并提供遗传咨询。方法采集一个家系8名成员(含6例患者)的外周血样，提取基因组DNA。针对SCA常见亚型(SCA1、SCA2、SCA3、SCA6、SCA12和SCA17)设计6对荧光标记引物，并通过毛细管电泳筛选该家系的致病基因。结果先证者SCA3基因CAG动态变异的重复次数分别为8次和70次，超出正常重复范围(12～40次)，确诊为SCA3型脊髓小脑共济失调患者。其他7名家系成员中5人SCA3基因CAG重复序列均检测到异常扩增，确诊为SCA3型患者，另有两人CAG重复序列未检测到异常扩增。结论SCA3基因CAG重复序列异常扩增是该家系的致病原因，通过荧光引物PCR结合毛细管电泳的方法可以快速准确地检出CAG重复序列动态变异所致的SCA患者。

简介：摘要目的探讨1例先天型佩梅病的基因型与表型特征。方法回顾性分析1例先天型佩梅病患儿的临床、影像学及遗传学特点。结果患儿生后四肢肌张力显著减低，眼球水平震颤渐明显，运动发育落后，6月龄头颅MRI提示脑白质未见髓鞘化。临床全外显子检测未发现致病性变异，捕获测序拷贝数变chrX：102 192 246-103 045 526区域检测到大小约853 kb的片段重复，在DECIPHER数据库中被报道与佩梅病相关，经QPCR验证该变异来源于母亲，为致病性变异，确诊先天型佩梅病。结论生后四肢肌张力低、眼球震颤、运动发育落后、头颅MRI提示脑白质未见髓鞘化应考虑到先天型佩梅病可能，进行基因检测时注意单基因点变异及拷贝数变异，以明确诊断有利于遗传咨询。

简介：摘要基因测序作为新型冠状病毒确诊的两种方法之一，其检测原理区别于实时荧光定量PCR（RT-PCR），在临床应用中有其优势及挑战。病原宏基因组测序（mNGS）是目前临床上最常用的病原基因测序方法。mNGS对病原广覆盖的特点不但使其对于新型冠状病毒这类新发病原体的快速鉴定具有其他方法学无可比拟的优势，还可以同时为其他病原和混合感染的精准诊断提供依据。但另一方面，由于mNGS操作复杂、检测时间相对较长等原因，在新型冠状病毒的检测上无法实现大范围推广、快速诊断的目的。因此，mNGS可与RT-PCR技术联合使用，实现优势互补。

简介：摘要目的应用生物信息学的方法研究β-微管蛋白亚型TUBB3在非小细胞肺癌(NSCLC)中的表达及其分子调控机制。方法通过GEO数据集(GEO profile)、转录因子和miRNA调控关系数据库(TransmiR)、综合型的miRNA靶基因数据库(miRWalk)、转录因子结合位点搜索(ConSite)等，研究TUBB3上游转录因子、共表达基因及与其有相互作用的miRNA等，阐明NSCLC中TUBB3表达的分子调控机制及其可能的作用。结果TUBB3的启动子存在Snail、n-MYC等多个与NSCLC相关的转录因子结合位点。其在转录后水平受到miR-200家族、miR-342-3p、miR-410等miRNA的调控，这些miRNA与NSCLC的增殖与侵袭有关。TUBB3与HDGF、GMPS、MRPL9、PMAIP1和SLBP有共表达行为，受转录因子Snail共同调控。其中SLBP、PMAIP1及转录因子Snail与细胞周期和细胞凋亡存在一定的联系。结论NSCLC中TUBB3的表达受到多个层面的调控，其可能参与了细胞周期和凋亡，同时与NSCLC细胞增殖与侵袭存在一定的联系。

简介：摘要目的对一圆头精子症家系的DPY19L2基因进行变异分析，明确其遗传学病因。方法应用全外显子组捕获测序及生物信息学技术对该家系基因组进行分析，Sanger测序及实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR, qRT-PCR)技术对致病基因的变异进行验证。结果全外显子组测序分析、Sanger测序及qRT-PCR验证显示家系两患者及其母亲均存在DPY19L2基因c.384dup(p.Glu129*)杂合变异，两例患者及父亲存在覆盖DPY19L2基因全长约164.5 kb的大片段杂合缺失。结论两例圆头精子症患者DPY19L2基因c.384dup(p.Glu129*)变异及DPY19L2基因缺失是其致病原因，符合常染色体隐性遗传规律。

简介：摘要表观遗传修饰在细胞的正常生长发育及肿瘤发生的过程中均发挥重要功能，且在肿瘤发生早期就会有显著改变。基因组不稳定性是肿瘤细胞的重要特征之一，对表观遗传修饰与基因组不稳定性关系的研究有利于未来进一步了解肿瘤发生的机制，为临床上癌症的早期诊断及治疗提供合理的依据。本文综述了部分表观遗传修饰的功能和机制，以及这些表观遗传修饰的改变与肿瘤细胞基因组不稳定性的关系。

简介：摘要目的对呼吸道标本中新型冠状病毒进行二代测序(NGS)，获取基因组序列并分析测序影响因素。方法2020年1月，收集广东省新型冠状病毒感染病例的上呼吸道和下呼吸道标本共计8份，运用RNA建库的方法进行测序，获得新型冠状病毒的基因组序列，采用生物信息学软件包(CLC Genomics Workbench 12.0)对基因组序列进行分析比较。结果从8例呼吸道标本中获得5个新型冠状病毒基因组序列，其中2份来自下呼吸道标本。与新冠病毒的核苷酸同源性为97.74%～99.90%。Ct值低的样本，测序深度、覆盖度和相对丰度高。结论标本中新型冠状病毒的Ct值低，测序质量好。

简介：摘要目的采用基因表达汇编（GEO）数据库中转录组数据筛选和分析滤泡性淋巴瘤的关键基因。方法通过GEO数据库收集转录组数据集GSE32018和GSE55267。使用R软件行差异分析，筛选差异表达基因，FunRich 3.13软件分析共同差异基因，Cytoscape 3.7.2软件进行滤泡性淋巴瘤相关生物过程和通路分析，筛选与滤泡性淋巴瘤相关的潜在基因，通过分析Oncomine数据库的临床数据进行生存分析，验证所筛选的差异基因。结果通过对GSE32018和GSE55267数据集的差异分析，确定141个上调基因和199个下调基因，其中筛选出12个关键基因，即CXCL8、KRT19、CYCS、CDKN3、SFN、RRM2、FN1、APOE、CXCL12、VWF、GATA3、TIMP1，其中CYCS、CXCL8和CXCL12与患者早期生存率的关联最为明显。CXCL12过表达和CYCS低表达与患者不良预后相关；CXCL8在淋巴瘤组织中表达下降，但生存分析中其相对高表达患者出现总生存期缩短的现象，可能与滤泡性淋巴瘤早期发展相关。筛选出GO、KEGG及Reactome通路，分别为GO：0001892、KEGG：04115、R-HSA：2559582、GO：0060968、R-HSA：6785807、GO：0043627、GO：0001936、GO：0043062。结论筛选出的基因CYCS、CXCL8和CXCL12可能为滤泡性淋巴瘤的治疗研究提供更有效的生物标志物。

简介：摘要目的了解上海地区急性胃肠炎患儿感染诺如病毒(norovirus, NoV)的基因特征情况。方法收集2018年10月至2019年9月上海市儿童医院门急诊急性胃肠炎患儿的粪便标本709份，采用实时荧光RT-PCR方法对NoV进行初筛，使用普通RT-PCR方法，分别用VP1、RdRp区和跨RdRp-VP1区引物对部分NoV阳性标本进行分型鉴定。应用SPSS20.0统计学软件进行数据处理，并使用生物信息学软件对NoV基因序列进行同源性、系统进化及重组性分析。结果经实时荧光RT-PCR检测，709份粪便标本中NoV阳性的标本为265份，阳性率为37.4%(265/709)。基于NoV RdRp和VP1区的测序分析，NoV阳性标本中共检出7种不同的基因型，分别为GⅡ.P16-GⅡ.2、GⅡ.P12-GⅡ.3、GⅡ.Pe-GⅡ.4_Sydney 2012、GⅡ.P7-GⅡ.6、GⅡ.P8-GⅡ.8、GⅡ.P21-GⅡ.13和GⅡ.P17-GⅡ.17型，其中以GⅡ.P16-GⅡ.2型所占比例最高，为30.6%(34/111)，其次为GⅡ.Pe-GⅡ.4_Sydney 2012型(27.0%，30/111)和GⅡ.P12-GⅡ.3型(24.3%，27/111)。本研究发现2株新的NoV重组株GⅡ.P21-GⅡ.13，其重组位点位于ORF1/ORF2的交接区。NoV在每个月份皆有流行，但每个月份的主导基因型不尽相同。男女患儿的NoV阳性检出率差异无统计学意义(P＝0.329)，而不同年龄组患儿的NoV阳性检出率差异有统计学意义(P＝0.011)，以>11～12岁和>2～3岁年龄组所占比例最高。结论2018年10月至2019年9月，上海地区以GⅡ.P16-GⅡ.2、GⅡ.Pe-GⅡ.4_Sydney 2012和GⅡ.P12-GⅡ.3 NoV重组株流行为主，并发现2株新的NoV重组株GⅡ.P21-GⅡ.13散在流行。跨ORF1/ORF2的基因序列测定，有助于更好地了解NoV的基因分型和重组情况。

简介：[摘要]目的：分析抗哮喘药物基因多态性与哮喘儿童临床特征、疗效的关系。方法：选取133例自2018年7月~2020年5月我院儿童呼吸科门诊收治的哮喘患儿，采集患儿外周静脉血并实施基因多态性位点基因分型检测。结果：ADRB2 rs1042713检出率偏低，其他SNPs检出率均高于99.0%。结论：SNPs为临床进行疾病易感性以及以及基因遗传变异做常用遗传标记，相关分析为多基因疾病常用研究方法，为了提高用药针对性及安全性可于用药前进行基因诊断的方式为哮喘患儿提供最佳用药方案。

简介：摘要目的探讨新疆地区维吾尔族儿童成骨不全基因变异谱系及临床表型特点。方法回顾性分析2013年1月至2017年12月新疆医科大学第一附属医院儿科就诊的9例（男4例、女5例）维吾尔族成骨不全患儿的临床资料，按照经典Sillence分型进行临床分型。检测成骨不全相关基因，利用美国医学遗传学和基因组学协会指南、InterVar、Alamut功能软件评估变异致病性，分析基因变异谱系特点。结果9例患儿年龄3岁6月龄~15岁，临床表现为反复骨折、骨骼畸形、矮小、蓝巩膜、听力异常、牙本质发育不全、关节韧带松弛。其中成骨不全Ⅲ型6例、Ⅳ型3例。9例患儿中共发现3种基因（COL1A1、COL1A2和SERPINF1）的9个候选变异，其中5个变异位点为国际首次报道，经评估均为可能致病性变异。结论新疆维吾尔族成骨不全临床表型复杂多样，但均有骨折及骨骼畸形。基因型与国内外报道有差异，SERPINF1基因可能在维吾尔族人群中更为高发，维吾尔族成骨不全的遗传异质性及独特的基因变异谱系，进一步为成骨不全的基因型与表型相关性提供了依据。

简介：摘要肾移植是罹患终末期肾脏疾病受者的重要选择，但目前移植术后许多相关问题亟待解决，比如药物浓度不稳定、移植物急性排斥反应，原发性肾炎复发，移植物长期存活率低等。除环境因素外，遗传因素亦是影响肾移植受者预后的主要因素。本文就基因组学对肾移植受者的预后影响进行综述，为肾移植领域发展提供参考。

简介：摘要目的探讨DNA拷贝数变异(CNV)与激素性股骨头坏死(GA-ONFH)遗传易感性的关系，并初步筛选GA-ONFH相关CNV。方法在由123例于2015年7月至2018年8月复旦大学附属中山医院风湿免疫科及肾内科住院患者首次接受糖皮质激素治疗患者构成的前瞻性观察队列中，采用巢式病例-对照研究方法，选择4例激素治疗后发生GA-ONFH的患者为坏死组，与坏死组临床资料相匹配的9例长期激素治疗后未发生骨坏死患者为对照组，在全基因组范围检测CNV。采用独立样本t检验比较两组临床资料和CNV数量。采用Fisher精确检验筛选组间差异CNV，结合CNV临床意义和所含基因进一步选定候选CNV。结果13例患者共检出不重复CNV片段240个，坏死组患者携带CNV总数[(72.2±11.0)个比(47.3±8.0)个，t＝－4.222，P<0.01]、微重复[(24.0±7.7)个比(12.1±5.0)个，t＝0.076，P<0.05]及杂合性缺失数均多于对照组[LOH，(38.2±6.4)个比(23.4±6.2)个，t＝－3.608，P<0.01]，差异均有统计学意义。18个CNV组间分布存在明显差异，分析得到5个高度怀疑的候选CNV(1q21.3-q22、5p12-p11、11q11-q12.1LOH，5q35.3、22q11.22微重复)和2个可能与GA-ONFH相关的候选CNV(3p21.1LOH、5p15.33微重复)。另外，本研究还筛选出3个(14q32.33微/高拷贝重复1p33-p32.3、Xq13.2-q13.3LOH)可能与系统性红斑狼疮发生相关的候选CNV。结论本研究揭示了GA-ONFH遗传易感性与CNV存在关联，并得到7个GA-ONFH潜在相关CNV。

简介：摘要目的探讨昆明地区乙肝相关肝细胞癌患者基因型和血清PIVKA-Ⅱ水平情况及其临床意义。方法选取2015年11月至2017年11月期间昆明市第三人民医院门诊及住院病例341例，通过Sanger测序法和全自动化学发光法测定患者乙肝基因型和血清PIVKA-Ⅱ水平。结果乙肝相关肝细胞癌组的PIVKA-Ⅱ水平显著高于乙肝相关肝硬化组和慢乙肝组(P<0.01)，并且随TNM肿瘤分期的增高PIVKA-Ⅱ水平升高。乙肝相关肝细胞癌组、乙肝相关肝硬化组及慢乙肝组基因型C型占比均高于基因型B型，但各组间不同基因型的分布比例无显著差异(P>0.05)，不同TNM肿瘤分期组间乙肝不同基因型的分布比例也无显著差异(P>0.05)。结论PIVKA-Ⅱ在乙肝相关肝细胞癌患者的早期诊断、治疗随访及预后评估中，具有重要的临床应用价值。乙肝相关肝细胞癌患者早期诊断、治疗及疗效监测时不能忽视基因B型患者，应同样引起重视。

简介：摘要目的探讨散发孤独症谱系障碍(autism spectrum disorders, ASD)核心家系患儿的疾病易感基因。方法对60例散发ASD核心家系患儿及父母进行全外显子测序。选取总体样本10%以上患者共存的变异基因，应用Phenolyzer数据库进行基因-表型关联评分，进一步利用metascape数据库进行基因功能通路富集分析，重点关注与神经-突触发育相关的通路或过程基因，结合基因-表型得分筛选ASD易感基因。结果共发现170个共有基因与ASD表型相关，其中高置信基因(high-confidence gene)1个：SHANK2(0.8146分)；中置信基因(medium-confidence gene)4个：ERBB2(0.1322分)、LAMC3(0.1117分)、PPFIA4(0.1059分)、DISC1(0.1002分)。通过基因功能通路富集分析发现20条通路及生物学过程达到统计学意义，其中投射神经元形态发生(GO：0048812)、神经母细胞增殖的调控(GO：1902692)、兴奋性突触后电位的调节(GO：0098815)、树突形态发生(GO：0048813)等4个生物学过程，共计21个基因与神经-突触发育相关，其中SHANK2、ERBB2、DISC1基因为中度以上置信基因。结论投射神经元形态发生(GO：0048812)过程异常可能与ASD的发生密切相关，SHANK2、ERBB2、DISC1基因可能是ASD的遗传易感基因。

简介：摘要扩展性携带者筛查（ECS）在过去数年取得了长足发展，在国内外越来越多地的应用于临床，已帮助数百万夫妇做出了更适合的生育决策，从源头上减少了出生缺陷。随着ECS的广泛开展，其优越性日益明显，但同时也暴露出了诸多不足，更显现了遗传咨询的重要性。本文针对目前ECS临床遗传咨询面临的问题，结合国外相关专业指南，就ECS的咨询原则、流程及具体内容等进行阐述。

简介：摘要巨细胞病毒(CMV)感染是异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)后的常见并发症。allo-HSCT后CMV感染患者的主要临床表现为肺部感染，胃、肠道炎症，脑炎，肝炎，视网膜炎及无症状CMV血症等。CMV感染还可影响患者的免疫功能，增加细菌、真菌等病原菌感染风险，以及移植物抗宿主病(GVHD)和骨髓衰竭的发生风险。近年来，由于对allo-HSCT后患者预防性使用抗病毒药物，其CMV感染发生率有所下降。然而，多药耐药的出现及复发/难治性CMV感染，仍然严重影响allo-HSCT患者预后。笔者拟就allo-HSCT后CMV感染的危险因素、检测与诊断方法、预防及治疗等方面进行阐述，旨在为allo-HSCT后CMV感染的防治提供新思路。

简介：摘要目的检测牛磺酸上调基因1（TUG1）和微小RNA-145（miR-145）在胃癌中的表达情况，探讨两者在胃癌发病中的作用及关系。方法选取2016年2月至2017年2月于海南省肿瘤医院行根治性胃切除术的局部进展期胃癌患者110例，采用实时荧光定量-聚合酶链反应（RT-PCR）方法检测胃癌组织和癌旁正常组织中TUG1、miR-145的相对表达量，分析TUG1、miR-145表达相关性及其与临床病理资料、术后生存的关系。结果与正常组织相比，胃癌组织中TUG1的表达明显升高（P<0.05），miR-145的表达明显降低（P<0.05）。胃癌组织中TUG1、miR-145的相对表达量呈明显负相关关系（P<0.05）。TUG1的表达水平与胃癌患者的淋巴结转移、肿瘤分化程度、临床分期有关（P<0.05），miR-145的表达水平与胃癌患者的淋巴结转移、临床分期有关（P<0.05）。TUG1低表达的胃癌患者总生存率明显高于TUG1高表达者（P=0.010），miR-145高表达胃癌患者总生存率明显高于miR-145低表达者（P<0.001）。结论在胃癌组织中，TUG1明显高表达，miR-145明显低表达，且两者呈负相关关系，具有判断胃癌预后的价值。

简介：摘要在过去10年中，对30岁及以上妇女进行细胞学和HPV联合的子宫颈癌筛查的数量逐年增加，所以，存在一定数量的细胞学阴性、HPV阳性的妇女。世界范围内子宫颈细胞学阴性妇女的高危型HPV（HR-HPV）感染率为4%~14%，且与年龄相关。细胞学阴性、HR-HPV阳性妇女应行HPV分型检测，对HPV 16型、HPV 18和（或）45型（HPV18/45型）阳性者应转诊阴道镜检查。细胞学阴性、HR-HPV阳性妇女的随访间隔，依HPV型别不同而有所差异。