简介:摘要目的基于二代测序技术探究一个均为男性发病的Lynch综合征家系的具体突变方式,并寻找针对我国Lynch综合征患者的其他潜在致病突变。方法观察该家系中发病患者的临床特征、病理形态学及免疫表型,利用二代测序技术探究该家系是否为Lynch综合征,确定其具体突变方式,并寻找其他潜在致病突变。结果(1)该家系结直肠癌患者肿瘤组织免疫组织化学及外周血二代测序检测均表现为高度微卫星不稳定(MSI-H);(2)该家系以MSH2突变为首要特点,具体表现为:MSH2基因第2号外显子上的缺失突变可能会导致转录提前终止,形成功能异常或失活蛋白(MSH2 EX2 Del);(3)NTRK1、POLE、EXT2在6例进行外周血二代测序的Lynch综合征患者中重复出现,提示其可能协同参与结直肠癌的发生。结论Lynch综合征是常染色体显性遗传疾病,但Lynch综合征可表现为不完全外显,可能对本研究中Lynch综合征只有男性发病作出一定解释;当然,对于意义未明的突变及性别是否是导致不完全外显的潜在因素,进一步探究NTRK1、POLE、EXT2及性染色体在Lynch综合征中的意义将为其提供新的理论支撑。
简介:摘要目的分析宏基因组二代测序(mNGS)技术在重症肺炎病原菌未明患者中的应用价值。方法回顾性分析扬州大学附属医院2019年6月至2020年2月采用肺泡灌洗液mNGS技术辅助诊疗的重症肺炎病原菌未明患者8例的临床资料,包括肺泡灌洗液涂片、培养、mNGS检测等结果,分析患者的临床特点与mNGS检测情况。依据mNGS结果并结合临床医师的判断,将是否明确为病原菌分为病原菌确定组、病原菌未确定组,比较两组辛普森菌群多样性指数。结果8例患者中,男5例,女3例;年龄范围41~71岁,中位年龄62.5岁。除1例患者无慢性疾病外,其余患者合并糖尿病、慢性阻塞性肺疾病、肾脏移植等。8例患者mNGS检测阳性,3例患者常规检测阳性。病原菌确定组(n=5)与病原菌未确定组(n=3)辛普森菌群多样性指数比较,差异有统计学意义[(0.398±0.222)比(0.763±0.061),t=2.709,P=0.035]。2例患者mNGS检测阳性与常规检测阳性结果不同。3例卡氏肺孢子虫mNGS检测阳性患者的核酸序数为120~15 580,相对丰度为24.6%~99.8%。结论肺泡灌洗液mNGS技术有助于医师快速、全面掌握病原菌信息,特别适用于重症肺炎病原菌未明患者。
简介:摘要目的探讨二代测序技术在淋巴瘤基因克隆重排毛细管电泳法判读困难病例中的应用价值。方法收集组织学确诊为淋巴瘤且经毛细管电泳重排检测查见低扩增峰造成判读困难的病例,使用二代测序技术检测并对比二者结果。结果IgH克隆性重排检测24例,二代测序检出15例(62.5%,15/24),毛细管电泳检出3例(12.5%,3/24);IgK克隆性重排检测22例,二代测序检出13例(59.1%,13/22),毛细管电泳检出10例(45.5%,10/22);TRG克隆性重排检测27例,二代测序检出14例(51.9%,14/27),毛细管电泳检出6例(22.2%,6/27)。结论毛细管电泳和二代测序都可有效分析基因克隆性重排,当毛细管电泳检测低水平克隆病例判断困难时,可采用二代测序分析具体重排序列占比,进一步明确基因重排克隆的情况,为淋巴瘤病理诊断提供更多佐证。
简介:摘要目的通过病毒宏基因组学方法分析我国北京市销售的海产品贝类所携带的病毒谱情况。方法收集北京市销售的330份贝类样本,经过蛋白酶K结合PEG沉淀处理贝类消化腺和肠道后,利用高通量测序和病毒宏基因组进行分析。结果本研究通过高通量测序后共获得了4 594 270条被注释病毒的基因序列,其中以动物为宿主的病毒序列占21%(965 185/4 594 270)。而在以动物为宿主的病毒序列中,被注释到哺乳动物为宿主的病毒序列占1%(12 205/965 185),包括20个病毒科,包括常见的肠道病毒、甲肝病毒和诺如病毒。诺如病毒基因型包括GII.1、GII.2、GII.13、GII.14和GII.17,GII.2和GII.17诺如病毒基因序列与人间同型流行株的核苷酸相似性分别为100%和98%。结论北京市销售的不同种贝类中含有多种可以引起人类疾病的病毒病原体序列,有必要开展相应的监测和进一步分析病毒生物活性。
简介:摘要目的分析严重爆炸致烧伤患者在不同时间段感染病原微生物的特征,同时探讨宏基因组学第二代测序(mNGS)技术在病原微生物检测中的应用价值。方法采用回顾性观察性研究方法。2020年6月13日—9月13日浙江大学医学院附属第二医院收治符合入选标准的23例严重爆炸致烧伤患者,其中男21例、女2例,年龄(64±5)岁,烧伤总面积(86±14)%体表总面积。统计入院时,患者的简明烧伤严重指数(ABSI)评分、修订Baux评分、急性生理学和慢性健康状况评价Ⅱ(APACHEⅡ)评分和序贯器官衰竭(SOFA)评分。记录患者入院后≤7 d、8~20 d、21~30 d并发症及病原微生物感染来源分布情况,统计病原微生物检出情况并比较微生物培养法与mNGS检测效能的差异。统计患者入院后感染的病原微生物来源分布总体情况并比较微生物培养法与mNGS检测效能差异。对数据行McNemar和Fisher确切概率法检验。结果入院时,患者ABSI评分、修订Baux评分、APACHE Ⅱ评分和SOFA评分分别为(12.6±2.4)、(91±22)、(26±4)和(10.3±2.3)分。入院后≤7 d,患者的并发症主要为吸入性损伤、脓毒症休克和低蛋白血症;患者感染病原微生物的来源主要为创面、血流和肺部。入院后8~20 d,患者脓毒症休克的发生率最高,吸入性损伤的发生率明显低于入院后≤7 d(P<0.01);病原微生物感染来源仍然以创面、肺部和血流为主,其中创面和血流感染发生率均明显低于入院后≤7 d(P<0.01)。入院后21~30 d,患者仅有多器官功能衰竭和急性呼吸窘迫综合征存在且发生率低,吸入性损伤的发生率明显低于入院后≤7 d(P<0.01),脓毒症休克的发生率明显低于入院后≤7 d(P<0.01)和入院后8~20 d(P<0.01);仅存在较低的血流感染,创面感染发生率明显低于入院后≤7 d(P<0.01)和入院后8~20 d(P<0.05),肺部和血流感染发生率明显低于入院后≤7 d(P<0.01)。入院后≤7 d,革兰阳性菌以金黄色葡萄球菌为主;革兰阴性菌以肺炎克雷伯菌和嗜麦芽窄食单胞菌为主;真菌中仅含念珠菌。入院后8~20 d,革兰阳性菌仍以金黄色葡萄球菌为主,肠球菌的检出率明显低于入院后≤7 d(P<0.01);革兰阴性菌以铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌为主,且其检出率均明显高于入院后≤7 d(P<0.01);新检出了镰刀菌。入院后21~30 d,革兰阳性菌仍以金黄色葡萄球菌为主,肠球菌和芽孢杆菌的检出率明显低于入院后≤7 d(P<0.01);革兰阴性菌仍以铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌为主,且随呈时间依赖性增高趋势,铜绿假单胞菌检出率明显高于入院后≤7 d(P<0.01)和入院后8~20 d(P<0.01),鲍曼不动杆菌的检出率明显高于入院后≤7 d(P<0.01),肺炎克雷伯菌检出率均明显低于入院后≤7 d(P<0.01)和入院后8~20 d(P<0.01);念珠菌、霉菌、镰刀菌均有检出。在入院后≤7 d和入院后8~20 d,mNGS和微生物培养法检出病原微生物的一致性较高(κ=0.659、0.596);而在入院后21~30 d,mNGS和微生物培养法检出病原微生物的一致性为中度(κ=0.407)。不同时间段,mNGS的病原微生物阳性检验率是基本恒定的,而微生物培养法呈时间依赖性下降。入院后,创面、血液、痰液和留置导管中共分离出506株病原微生物,以金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌为主。创面标本以金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌最为多见,血液标本中以肺炎克雷伯菌多见,在痰液标本中以铜绿假单胞菌和鲍曼不动杆菌为主,留置导管标本中以鲍曼不动杆菌最为多见。铜绿假单胞菌在创面和痰液中的检出率均分别显著高于血液(P<0.05或P<0.01)和留置导管(P<0.01)。mNGS和微生物培养法检测病原微生物总体结果的一致性为中度(κ=0.556),其中血液和留置导管标本的mNGS与微生物培养法检测病原微生物结果的一致性为高度(κ=0.631、0.619);而痰液和创面检测结果的一致性为中度(κ=0.558、0.528)。结论该研究中的严重爆炸致烧伤患者最常见的感染是创面感染和血流感染。随入院时间的延长,患者感染的病原微生物由金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌和嗜麦芽窄食单胞菌为主转为以鲍曼不动杆菌和铜绿假单胞菌为主;mNGS检测与微生物培养法相比,表现出更高的病原微生物阳性检出率。
简介:摘要目的研究脑脊液二代测序(Next-generation sequencing,NGS)在中枢神经系统布鲁菌感染诊断中的应用价值。方法对2018年1至6月郑州大学人民医院住院并临床疑诊为中枢神经系统布鲁菌感染的3例患者的临床资料进行回顾性分析,3例患者均行常规脑脊液及NGS检测,并进行病原分析。结果3例患者中2例有牛羊接触史,1例有饮用生羊奶史,急性起病,主要症状为头痛、发热。影像学表现为柔脑膜、腰髓或脑室旁受累。脑脊液常规白细胞计数升高,以单核细胞为主,蛋白质水平增加,葡萄糖水平降低。脑脊液NGS检出布鲁菌的核酸序列数为(47~16 411)条,覆盖度为(0.092~4.340)%。结论脑脊液NGS能够辅助中枢神经系统布鲁菌感染的临床诊断。