简介：摘要目的探讨基于假体周围组织的宏基因组二代测序技术（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）在关节置换术后假体周围感染（periprosthetic joint infection，PJI）的诊断效率和价值。方法回顾性分析2019年6月至2020年6月接受髋或膝关节翻修术33例患者的病历资料。诊断为PJI的病例设为感染组共21例，男9例，女12例；年龄（59.14±14.55）岁（范围：28~84岁）；膝关节17例，髋关节4例；体质指数（body mass index，BMI）为（23.7±2.8） kg/m2（范围：17.7~29.4 kg/m2）。诊断为假体无菌性松动的病例设为对照组共12例，男4例，女8例；年龄为（53.08±10.05）岁（范围：39~70岁）；膝关节4例，髋关节8例；BMI为（25.2±2.9） kg/m2（范围：18.3~31.2 kg/m2）。收集所有病例关节液和组织微生物培养的结果，收集所有病例mNGS检测假体周围组织的结果。比较微生物培养和mNGS检测对膝或髋关节PJI诊断的敏感性和特异性，总结和比较两种技术检出致病菌的种类，比较取样前2周内抗生素的使用对两种技术检出率的影响。结果感染组21例中mNGS共检出13例阳性，微生物培养共检出6例阳性。对照组12例中mNGS仅检出1例阳性，微生物培养结果均为阴性。在PJI的诊断中，mNGS敏感性（61.9%）与微生物培养（28.6%）的差异有统计学意义（χ2=4.71，P=0.03）；mNGS特异性（91.7%）与微生物培养（100%）的差异无统计学意义（χ2=1.04，P=0.31）。在2周内有抗生素暴露的PJI病例中，mNGS阳性率（53.8%）明显高于微生物培养（15.4%），差异有统计学意义（χ2=4.25，P=0.04）；而在2周内无抗生素暴露的PJI病例中，mNGS阳性率（66.7%）与微生物培养（44.4%）的差异无统计学意义（χ2=0.90，P=0.34）。在致病菌检出上，mNGS共检出9种细菌（金黄色葡萄球菌、科氏葡萄球菌、奥斯陆莫拉菌、痤疮丙酸杆菌、毗邻颗粒链菌、表皮葡萄球菌、结核分枝杆菌、里昂葡萄球菌、脆弱拟杆菌）和2种真菌（烟曲霉菌、近平滑念珠菌）；微生物培养共检出3种细菌（金黄色葡萄球菌、卡他莫拉菌、结核分枝杆菌）和1种真菌（近平滑念珠菌）。mNGS和微生物培养均为阳性的患者共5例，3例检出完全一致的致病菌（金黄色葡萄球菌、结核分枝杆菌、近平滑念珠菌），1例部分一致（mNGS检出更多致病菌），1例完全不同。另外，mNGS在3例结核性PJI的诊断中表现出100%的特异性和敏感性，优于微生物培养。结论基于假体周围组织的mNGS检测技术是诊断PJI和确定致病菌的有效手段。取样前抗生素暴露对mNGS技术检出效力的影响小于微生物培养。

简介：摘要目的利用宏基因二代测序(mNGS)技术，检测其和传统培养法的区别，探讨病原微生物及检出序列数与感染患者病情程度和预后的相关性。方法选取2018年5月至2019年9月在上海市第十人民医院就诊的94例患者样本。分别进行传统培养和mNGS检测，对2种技术的诊断效果、假阳性率、假阴性率进行了分析。然后收集感染组75例患者的血液标本和临床信息，根据mNGS是否检出病原体将患者分为检出组(51例)和未检出组(24例)。测定外周血白细胞、C反应蛋白、降钙素原和中性粒细胞计数，用酶联免疫吸附试验法测定血清中细胞因子的浓度。分析患者病原体检出率与病情严重程度、住院时间等相关性分析。结果纳入的94例样本中，感染组75例(79.79%)，非感染组16例(17.02%)，未知组3例(3.19%)。样本类型中血液占比最多(34/94)，其次为肺泡灌洗液(28/94)、组织、痰液、胸水、脓液等。下呼吸道感染所占比例最高(60/94)，其次是血流感染、胸水、中枢系统感染、心血管系统感染等。mNGS的敏感度显著高于培养法(χ2＝－223.107，P<0.05)。mNGS的特异度与培养法差异无统计学意义(χ2＝3.840，P＝0.05)。感染未检出组患者住院时间也明显高于检出组(t＝4.724，P<0.05)。单因素分析发现检出组患者外周血白细胞计数、中性粒细胞计数、C反应蛋白、降钙素原显著高于未检出组(t值分别为－8.848、－4.724、－4.335、－4.335，P值均<0.05)；检出组中肿瘤坏死因子α、白细胞介素2R、白细胞介素8水平均高于未检出组(t值分别为－5.585、－7.258、－4.678，P值均<0.05)。logistic多因素回归分析去除混杂因素后，显示性别、年龄、白细胞介素2R与病原体检出阳性有关。结论mNGS在结核、真菌、病毒和厌氧菌诊断方面优势更明显，其阳性率高于传统方法3倍以上。感染患者的病原体检出率较高，其检出病原体核酸序列是患者预后不良的高危因素，有显著的临床价值。

简介：摘要目的探讨儿童重症监护病房(PICU)重症结核病(TB)患儿的临床特点和宏基因组二代测序(mNGS)在诊断中的可行性。方法回顾性分析2018年1月至2020年12月安徽省儿童医院PICU收治的3例重症TB患儿的临床资料和mNGS检测结果，并在中国知网、万方、维普和PubMed数据库中检索应用mNGS诊断的儿童TB，检索时间均为建库至2021年3月，复习相关文献。结果1．在3例患儿中，男2例，女1例。3例均有发热。1例患有X-连锁重症联合免疫缺陷病(X-SCID)。3例患儿抗酸染色、结核菌素纯蛋白衍生物(PPD)皮肤试验和结核感染T细胞斑点试验(T-SPOT.TB)均阴性，经mNGS早期诊断。2例转专科抗结核治疗好转出院。2.共检索到3篇文献，报道7例TB患儿。1例X-SCID男婴患卡介苗相关噬血细胞综合征，6例结核性脑膜炎，均采用mNGS早期检出结核分枝杆菌复合群协助诊断。结论mNGS在儿童重症TB，尤其是免疫抑制患儿的快速病原诊断方面具有一定应用前景，有助于优化早期诊断和抢先治疗，以改善预后。

简介：摘要目的探讨肾移植术后肺部感染病原学特点和宏基因组二代测序技术(mNGS)的诊断价值。方法选取2018年1月至2021年1月在西安交通大学第一附属医院肾移植科确诊的40例肺部感染受者，并通过常规病原体检测方法和mNGS明确病原体。常规病原体检测方法包括：血培养、支气管肺泡灌洗液(BALF)和痰培养及涂片染色、肺部组织病理、抗原检测和PCR等，mNGS则进行BALF检测寻找病原体。通过比较两种检测方法的结果，给予精准抗感染治疗，并对其临床资料进行回顾性分析。结果最终36例受者治愈出院，4例死亡。40例肺部感染受者，BALF的mNGS病原体检测呈阳性者37例，阴性3例，其检测敏感性92.5%，其中单一型肺部感染15例，混合型肺部感染22例，包括8例以细菌感染为主，9例病毒感染为主和20例真菌感染为主，耶氏肺孢子菌(20/40，50%)和人巨细胞病毒(10/40，25%)是最为常见的病原体。相比之下，通过常规病原体检测方法阳性者12例，检出率仅为30%，两种检测方法差异有统计学意义(χ2＝32.92，P<0.05)；对于混合型肺部感染两种检测方法诊断率分别为55%和10%，两者差异具有统计学意义(χ2＝18.46，P<0.05)，而单一型肺部感染诊断率分别为30%和20%，两者差异无统计学意义(χ2＝2.99，P>0.05)。结论与常规病原体检测方法相比，mNGS在病原体种类和分布、检测时效、敏感性、混合型感染诊断率及受益等方面更具优势，利用mNGS可更加高效寻找肾移植术后肺部感染的病原体，采取精准化治疗，减少费用，提高治愈率，值得广泛推广应用。

简介：摘要猪链球菌是一种人畜共患的兼性厌氧性革兰阳性菌，人感染猪链球菌最常见的是脑膜炎和败血症，可导致链球菌性中毒性休克样综合征而迅速死亡。猪链球菌脑膜炎确诊需要脑脊液及血液培养确诊，培养阳性率低下是导致病情延误的原因。宏基因组二代测序技术可以快速、准确地识别致病性病原体，为中枢神经系统感染性疾病的有效诊治提供条件。本文报道一例宏基因组二代测序确诊猪链球菌脑膜脑炎患者。

简介：摘要宏基因组二代测序从技术上具备同时检测所有病原体的能力，但临床实践数据仍需要进一步积累。本研究报道1例儿童艾滋病合并进行性多灶性脑白质病。患儿6岁，以中枢神经系统症状起病，曾按弓形虫脑病治疗，效果欠佳。入院后脑脊液宏基因组二代测序查见大量JC病毒序列片段，聚合酶链反应检测JC病毒特异性，Sanger测序进一步验证了宏基因组二代测序结果。提示宏基因组二代测序可以用于检测进行性多灶性脑白质病。

简介：【摘要】目的：研究宏基因组二代测序技术对肺部感染病原菌检测的临床意义。方法：选取肺部感染的患者，选取时间为2020年1月-2021年1(9)月没那么多，选取例数为64例。所有患者均接受宏基因组二代测序技术（mNGS）检测，收集患者临床资料、mNGS检测结果、传统病原学检测结果。比较患者mNGS检测结果和传统病原学检测结果阳性率情况和临床诊断一致性情况，同时探讨抗菌药物治疗中mNGS的指导性作用。结果：所选64例患者中，38例为支气管肺泡灌洗液标本、16例为痰标本、10例为血液标本。mNGS检出病原菌包括16例结核分枝杆菌、1鸟分枝杆菌、12例鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯、1铜绿假单胞菌、1、肺炎链球菌、诺卡菌、10例曲霉菌、7例肺孢子菌、3例病毒、6例念珠菌。mNGS检测结果阳性率为93.75%、临床符合率为71.88%，分别高于传统病原学检测的21.88%、6.25%，均有显著差异，P＜0.05。根据mNGS检测结果，为40例患者提供抗菌药物治疗调整方案，调整后临床症状显著改善的患者有28例，有效率为70.00%。结论：在肺部感染患者的病原菌检测当中，采用宏基因组二代测序技术，能够使病原菌检出率大大提升，同时可提高与临床结果的符合率，为抗菌药物治疗方案的制定和调整提供方案，具有重要的临床价值。

简介：摘要目的提高对结核相关噬血细胞综合征的认识。方法回顾性分析2019年11月南方医科大学深圳医院收治的1例结核相关噬血细胞综合征患者的诊治过程，并复习相关文献。结果患者，男性，57岁，发病时有高热伴全血细胞减少及胸椎椎旁肿物，外周血二代测序检测出结核分枝杆菌，考虑结核相关噬血细胞综合征，给予抗结核、控制噬血活动治疗后，病情好转。胸椎椎旁肿物穿刺检测出高序列数结核分枝杆菌，结合抗酸染色诊断为结核相关噬血细胞综合征，继续给予抗结核等治疗，患者病情持续好转。结论宏基因组二代测序技术是可疑感染结核相关噬血细胞综合征高效的检测手段，可提高临床救治率。

简介：摘要目的探讨通过宏基因组学二代测序诊断的鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床特征及治疗策略。方法选择2020年1月至2021年12月由惠州市中心人民医院和惠州市第一人民医院收治的26例鹦鹉热衣原体肺炎患者，收集其临床资料，包括一般情况、临床表现、实验室检查、胸部计算机断层成像、宏基因组学二代测序结果、治疗用药及预后等。结果26例患者中，20例(76.9%)有鸟或家禽接触史，发病季节以冬季[57.7%(15/26)]最多见。26例患者均出现高热、畏寒、纳差、乏力和咳嗽，21例(80.8%)出现呼吸困难，19例(73.1%)有相对缓脉，12例(46.2%)出现头痛、肌肉酸痛，7例(26.9%)有意识障碍。26例患者中，白细胞计数正常17例(65.4%)，淋巴细胞计数减少21例(80.8%)。26例患者超敏C反应蛋白、降钙素原均有升高，D-二聚体升高24例(92.3%)，天冬氨酸转氨酶升高18例(69.2%)，丙氨酸转氨酶升高15例(57.7%)。胸部计算机断层成像检查以肺实变为主要表现，20例(76.9%)为多肺叶病变，18例(69.2%)病灶主要位于肺下叶。26例患者的宏基因组学二代测序检测结果中，9例(34.6%)只检出鹦鹉热衣原体，余17例(65.4%)除检出鹦鹉热衣原体外，还检出了其他病原微生物。经过针对性抗感染治疗后，除2例因多脏器功能衰竭死亡外，其余24例均好转。结论鹦鹉热衣原体肺炎常见表现为高热、呼吸困难、相对缓脉，白细胞计数多正常，肺部影像学表现为肺实变，宏基因组学二代测序有助于疾病早期诊断，经过及时、有效的治疗后患者预后良好。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序技术在儿童细菌性脑膜炎病原诊断中的应用价值。方法回顾性分析2019年1月1日至2020年12月31日复旦大学附属儿科医院住院诊断为“细菌性脑膜炎”或“化脓性脑膜炎”或“中枢神经系统感染”的189例患儿的病原学检测结果。分别采用培养和宏基因二代测序检测方法检测细菌性脑膜炎患儿的脑脊液，分析2种检测方法病原检出率的差异。根据就诊时患儿年龄分为新生儿组（≤28日龄）和非新生儿组（>28日龄），采用χ2检验进行组间比较。以脑脊液培养为金标准，分析宏基因组二代测序技术在儿童细菌性脑膜炎诊断中的灵敏度和特异度。结果189例细菌性脑膜炎患儿中男116例、女73例。血和（或）脑脊液培养共检出76株病原菌，其中革兰阳性菌50株（65.8%），检出率较高的致病菌有无乳链球菌18株（23.7%）、大肠埃希菌17株（22.4%）、肺炎链球菌15株（19.7%）。非新生儿组革兰阳性菌感染率高于新生儿组［76.0%（38/50）比50.0%（13/26），χ2=5.24，P=0.020］。48例患儿脑脊液同时送检宏基因二代测序检测和培养，宏基因二代测序检测的病原检出率高于培养方法［20例（41.7%）比12例（25.0%），χ2=16.45，P<0.001］。脑脊液宏基因二代测序和培养检测结果的一致性为79.2%（38/48），其中同时阳性的11例患儿均检出同一种病原菌。以脑脊液培养结果为金标准，宏基因组二代测序技术在细菌性脑膜炎的诊断中的灵敏度为91.7%，特异度为75.0%。结论宏基因组二代测序技术可提高儿童细菌性脑膜炎的病原检出率，且与脑脊液培养检出结果一致性较高。在诊断细菌性脑膜炎时，尤其在疑似诊断患儿中传统病原学无法明确病原时应尽早完善宏基因二代测序检测。

简介：摘要宏基因组二代测序技术(mNGS)是一种无偏好、敏感性高、特异性强的分子生物学检测手段，目前已广泛应用于临床多种感染性疾病的辅助诊断，极大提高了患者的生存率和治愈率。近年来，mNGS临床应用研究的报道越来越多，本文主要就mNGS在呼吸系统感染性疾病诊疗方面的应用优势和所面临的挑战进行综述。

简介：摘要Q热心内膜炎的致病菌为贝纳特柯克斯体，其存在临床诊断困难且治疗疗程长的问题，目前血清学抗体滴度检测仍是Q热心内膜炎主要诊疗手段。本文报道1例应用宏基因组二代测序方法协助确诊病例，但在如何精确治疗时间，评价治疗效果方面仍存在困惑，期待更多证据为这类患者制定更为精确的治疗方案。

简介：摘要：弓形虫脑炎（ＴＥ）是艾滋病（ＡＩＤＳ）患者 最 常见的神经系统机会性感染之一，病死率高，临床表现无特异性，确诊的金标准为脑活检，该操作有一定风险，临床实用性较低。本研究旨在探索脑脊液宏基因组二代测序在艾滋病患者合并弓形虫脑炎诊断中的应用。本文分析 1例艾滋病（AIDS）合并弓形虫脑炎患者临床表现及诊疗经过，后结合脑脊液mNGS技术早期诊断及成功抗感染治疗后好转出院。该病例提示在免疫缺陷合并中枢神经系统感染的患者中，应用mNGS辅助早期诊断提供了一种新的方法。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序（mNGS）技术应用于神经外科术后颅内感染病原菌诊断的诊断效能。方法选取2017年5月至2018年10月在首都医科大学附属北京天坛医院经治的怀疑神经外科术后颅内感染的患者，收集脑脊液样本分别进行mNGS检测及细菌培养，计算两者的灵敏度、特异度、阳性预测值及阴性预测值，比较两者差异。结果共纳入80例怀疑神经外科术后颅内感染患者，其中男53例，女27例，年龄2~80（41±19）岁。经临床复核，即2名神经重症专家对患者的临床资料、实验室检查及影像学检查进行综合判读并给出临床诊断，最终临床确诊神经外科术后颅内感染42例，非感染组38例。mNGS检测诊断神经外科术后颅内感染的灵敏度和特异度分别为83.33%（35/42）、76.32%（29/38），阳性预测值和阴性预测值分别为79.55%（35/44）、80.56%（29/36）；细菌培养灵敏度和特异度分别为59.52%（28/42）、68.42%（26/38），阳性预测值和阴性预测值分别为68.00%（28/40）、60.47%（26/40），mNGS检测的灵敏度高于细菌培养技术，差异具有统计学意义（χ2=5.83，P=0.015）；与细菌培养相比，mNGS检测的特异度差异无统计学意义（χ2=0.59，P=0.441）。结论mNGS检测技术可以提高神经外科术后颅内感染病原菌的检出率，该方法可能成为一种有前景的病原体检测辅助诊断工具。

简介：摘要近年来基于高通量测序平台的宏基因组二代测序（mNGS）技术在新生儿感染性疾病领域得到了广泛应用。为了更加规范mNGS技术在新生儿重症监护病房的应用，中华医学会儿科学分会新生儿学组和中华儿科杂志编辑委员会组织专家以国内外循证医学证据和最新进展为基础，从mNGS技术的临床适应证、标本采集与转运、报告解读等方面给出建议。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序技术（metagenomic next generation sequencing，mNGS）在除结核、非结核分枝杆菌感染以外的脊柱感染性疾病诊断中的应用价值。方法回顾性分析了2019年1月至2020年11月收治的疑似脊柱非结核感染性疾病患者171例的临床资料，全部患者接受脊柱病灶穿刺活检或开放手术获取组织标本，进行组织病理学检查，病灶脓血液或灌洗液均行常规细菌培养及mNGS测序。比较两种检测手段在报告时间、敏感度（阳性率）、特异度（真阴性率）等方面的差异，分析脊柱感染病原微生物谱，分析标本采集方法、术前抗生素使用、标本类型对病原微生物检出的影响。结果根据脊柱非结核感染性疾病诊断标准明确感染136例，其中明确病原微生物111例。报告时间常规细菌培养为（81.67+15.52）h，mNGS为（36.33+11.92）h。常规细菌培养阳性43例，假阳性5例，敏感度31.62%，特异度85.71%；mNGS阳性76例，假阳性19例，敏感度55.88%，特异度45.71%。mNGS与常规细菌培养在病原微生物检出敏感度、特异度、报告时间的差异均有统计学意义。非特异性感染病原微生物检出前3位分别为金黄色葡萄球菌及葡萄球菌属、大肠埃希菌、链球菌属。除结核、非结核分枝杆菌外确诊11例特异性感染患者，常规细菌培养阳性2例，mNGS测序真阳性11例，mNGS对少见病原微生物具有较高的检出率。Logistic回归分析提示术前4周规范抗生素使用、标本获取方法对常规细菌培结果有明显影响，而标本获取方法对mNGS测序结果无影响。结论宏基因组二代测序技术诊断非结核脊柱感染性疾病对病原微生物检出具有较高的敏感度，特别是对少见病原微生物的检出具有明显优势，具有较高的诊断价值。

简介：摘要目的探讨基于宏基因组学的二代测序技术(mNGS)在化脓性脊柱感染病原菌检测中的应用价值。方法分析2018年3月至2022年3月在河南省人民医院诊断为脊柱化脓性感染的43例患者病例资料，其中男28例，女15例，平均年龄51.6岁(21~84岁)；感染部位为颈椎4例，胸椎12例，腰椎感染19例，胸腰椎3例，腰骶椎5例。27例经皮穿刺活检获得标本，11例经椎间孔镜下获得标本，5例经开放性手术获得标本；19例送检标本为软组织，24例为骨组织，所有标本均进行细菌培养和mNGS。分析比较细菌培养和mNGS和在本组病例中的病原菌阳性检出率。结果43例患者中，细菌培养检出病原菌检16例，mNGS检出26例；24例骨组织标本中，细菌培养检出病原菌检5例，mNGS检出12例；本组患者及骨组织标本中mNGS的病原菌检出率均高于细菌培养的病原菌检出率，差异有统计学意义[60.5%(26/43)比37.2%(16/43)，χ2＝8.1，P<0.05；50.0%(12/24)比20.8%(5/24)，χ2＝5.1，P<0.05]；16例细菌培养阳性的病例中，mNGS均检测出完全相一致的病原菌。结论mNGS在化脓性脊柱感染患者的诊断中具有较高的病原菌检出率。

简介：摘要感染性疾病是临床常见疾病，发病率和病死率高，快速明确致病病原微生物，以指导合理的治疗方案仍是临床急需解决的重要课题。随着宏基因组二代测序(mNGS)技术在感染性疾病病原微生物检测方面的广泛应用，血浆游离DNA(cfDNA)mNGS作为一种无创性检测手段在病原微生物检测方面显示出巨大的潜力，成为诊断感染性疾病和指导治疗的新兴手段，但目前仍在研究的早期阶段。本文介绍了血浆cfDNA的生物学特点、血浆cfDNA mNGS在感染性疾病诊断中的研究进展及其在感染性疾病诊断中的应用和挑战。

简介：摘要目的探讨宏基因组测序（mNGS）在艾滋病合并耶氏肺孢子菌感染患者中的诊断价值。方法回顾性研究。收集2019年1月至2021年6月长沙市第一医院艾滋病科诊断为艾滋病合并感染共236例患者的呼吸道和其他体液标本及其病例背景资料，同时进行传统病原学六胺银染色、血清G试验和mNGS检测。采用Fisher精确检验统计分析其结果，比较mNGS与六胺银染色和血清G试验的诊断性能差异。结果共收集艾滋病合并肺部感染的患者236例，临床初步诊断耶氏肺孢子菌肺炎患者77例，非耶氏肺孢子菌肺炎患者159例。艾滋病合并肺部感染患者中，mNGS检测出耶氏肺孢子菌阳性者77例，检出率为32.63%（77/236），六胺银染色法检测，耶氏肺孢子菌阳性者10例，检出率为4.24%（10/236），血清G试验阳性者146例，检出率为61.86%（146/236）。以临床治疗性诊断为标准，77例耶氏肺孢子菌肺炎患者中，mNGS检测的敏感度为100%（77/77），高于六胺银染色［12.99%（10/77），P=0.046］和血清G试验［58.44%（45/77），P=0.038］。mNGS检测具有良好的特异度，与六胺银染色的特异度相同，均为100%（159/159），高于血清G试验［36.48%（58/159），P=0.026］。以治疗性临床诊断为参考方法，mNGS检测的符合率为100%（236/236）。结论mNGS检测对艾滋患者合并耶氏肺孢子菌感染诊断的敏感度和特异度高，对耶氏肺孢子菌感染有较好的诊断价值。

简介：摘要流行性斑疹伤寒是由普氏立克次体引起的急性传染病。该病发作突然，临床表现不典型，易漏诊、误诊，病死率高。本研究报道1例以高热、头痛、乏力起病的患者，经验性抗感染治疗无效后，经血清学和宏基因组学第二代测序确诊为普氏立克次体感染，单用多西环素治疗后病情好转。